|
Studium interakcí organické hmoty a jejích složek pomocí molekulární dynamiky
BARVÍKOVÁ, Hana
Humic acids and humates are principal components of humic substances major organic constituents of soil, peat, coal and water around the world. I was involved in research into molecular dynamics simulations of interactions of quartz surfaces with aqueous solutions of ions and small organic molecules representing basic building blocks of larger biomolecules and functional groups of organic matter. We studied interactions of molecules with surfaces for a set of surface charge densities corresponding to the experimentally or environmentally relevant ranges of pH values employing molecular mechanics, molecular dynamics and ab initio techniques. Simulated quartz surfaces covered the range of surface charge densities 0.00, -0.03, -0.06 and -0.12 C-m-2, approximately corresponding to pH values 4.5, 7.5, 9.5 and 11. As model molecules, benzoic acid, phenol, o-salicylic acid and their conjugated bases were chosen. My task was to prepare topologies and parametric models of selected organic matter basic building blocks organic molecules. I focused on studying interactions of these molecules in an aqueous environment with mineral surface quartz. The aim was to process simulation results and analyse conformations of the adsorption complexes and their thermodynamic properties such as interaction energies, free energies and adsorption geometries.
|
| |
|
Interakce mezi TiAl taveninou a keramickými tavícími kelímky s povlaky
Dočekalová, Kateřina ; Dlouhý, Antonín ; Zemčík, L. ; Fiala, J.
V tomto příspěvku je pozornost zaměřena na studium interakce mezi taveninou TiAl a keramickými kelímky. Pro experimenty byly použity keramické kelímky bez povlaku (systém tavenina TiAl - kelímek Al2O3) a s dezoxidačním povlakem (systém tavenina TiAl - povlak CaO - kelímek Al2O3). Analýza modelového systému povlak CaO - kelímek Al2O3 byla provedena s cílem určit fázové složení soustavy před tavbou. Výsledky získané metodami SEM, EDAX a RTG difrakce umožnily identifikovat majoritní fáze přítomné na reakčním rozhraní a stanovit jejich chemické složení. Ke znečišťování taveniny oxidickými vměstky dochází pravděpodobně v procesu difúze složek taveniny podél hranic zrn jednotlivých keramických fází ve stěně kelímku a při následných chemických reakcích. Stanovení termodynamických parametrů chemických reakcí přispělo k objasnění mechanismu vzniku fází na reakčním rozhraní a mechanismu eroze stěny tavícího kelímku.
|
| |
|
Studium interakce plazma-pevná látka při středních tlacích
Roučka, Štěpán ; Hrach, Rudolf (vedoucí práce) ; Novotný, Dušan (oponent)
Předmětem práce je částicové modelování plazmatu při středních tlacích. Hlavní výsledky práce se týkají modelování srážek v algoritmu typu particlein-cell. V práci jsou diskutovány různé metody simulace srážek a je diskutována jejich přesnost a rychlost výpočtu. Dále byla navržena nová modikace algoritmu particle-in-cell pro použití při středních tlacích. Numerické testy uvedené v závěrečné kapitole ukazují výhody nového algoritmu.
|
|
The role of acetylation in the RNA recognition motif of SRSF5 protein
Icha, Jaroslav ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Šenigl, Filip (oponent)
Acetylace je významná posttranslační modifikace, která byla nalezena u několika tisíc proteinů jak u eukaryot, tak u prokaryot. Globální proteomické studie odhalily, že acetylace reguluje mnoho procesů např. metabolizmus, genovou expresi, buněčný cyklus, stárnutí a mnohé další. V této práci jsem studoval roli acetylace sestřihového faktoru SRSF5 pomocí mutací v jeho acetylačním místě. Testoval jsem hypotézu, že acetylace ovlivňuje vazbu SRSF5 na RNA. V HeLa buňkách jsem exprimoval mutované proteiny SRSF5, jednak mutanta napodobujícího acetylovanou formu (Q) a také neacetylovatelného mutanta (R) a zjišťoval jsem jejich interakci s RNA pomocí RNA imunoprecipitace a také in vitro měřením fluorescenční anizotropie. Výsledky obou metod se shodly na tom, že oba mutanty interagují s RNA méně než přirozená forma proteinu a Q mutant se vázal na RNA slaběji než R mutant. Mutanty se naopak od přirozené formy SRSF5 nelišily v lokalizaci a dynamice v buňce. Rozdíly ve vazbě na RNA byly pravděpodobně překryty dalšími faktory, které ovlivňují chování SRSF5, nejspíše protein-proteinovými interakcemi. Mutantní SRSF5 také neměly dominantní efekt na sestřih alternativního EDB exonu fibronektinu. Získané výsledky poskytují nepřímý důkaz pro hypotézu, že acetylace má vliv na vazbu SRSF5 na RNA. Mutant napodobující acetylovanou...
|
| |
| |
| |
|
Organizace mediálního obsahu a možnosti řešení v JavaFX
Smíšek, Matěj ; Pavlíčková, Jarmila (vedoucí práce) ; Tran, Lam (oponent)
Bakalářská práce nahlíží na změny ve sledovacích návycích diváků televizní a filmové pro-dukce. Zvyšující se počet seriálů a filmů, které má divák ve své knihovně, přináší nové po-třeby tyto soubory organizovat a zaznamenávat jejich zhlédnutí a užití. Aplikační řešení musí sledovat zvyky diváků a umožnit plynulý přechod od pomalu ustávajících způsobu sledování k novým. Současná nabídka řešení takové organizace je sice rozsáhlá, ale je třeba se zaměřit, zdali opravdu splňuje všechny požadavky, anebo naopak netvoří velké aplikační celky, se kterými může mít běžný uživatel strasti. Náhled do možnosti řešení v jazyce Java s pomocí moderní knihovny uživatelského rozhraní JavaFX 8. Cílem této práce je tak po-skytnout budoucím řešitelům náhled do problematiky a základní mediální aplikační celek, ze kterého mohou vycházet.
|
host ::
