|
|
Porovnání metod druhové identifikace (barcoding) živočichů
Maťátková, Jana ; Vaněk, Daniel (vedoucí práce) ; Sember, Alexandr (oponent)
Druhová identifikace je klíčovým prvkem v mnoha vědních oborech, od studia diverzity až po forenzní vědy a potravinářský průmysl. Tradiční morfologické metody založené na vizuálním rozlišení anatomických rysů často narážejí na limity spojené s určováním morfologicky podobných živočichů. S nástupem molekulárních metod se však objevila nová perspektiva, a to analýza DNA, která nabízí vyšší přesnost a nezávislost na vnějších faktorech. V této bakalářské práci je popsán podrobný přehled a srovnání různých molekulárních metod, které slouží k identifikaci živočichů. Zaměřuje se na důkladné zhodnocení principů fungování těchto metod a jejich efektivity. Zvláštní pozornost je věnována cílovým sekvencím spojeným s DNA barcodingem, jeho univerzálnímu využití a omezením, která mohou vzniknout v závislosti na konkrétním druhu živočichů. Důležitým prvkem úspěšné identifikace je existence a využívání databází, které slouží jako zdroj referenčních dat pro porovnání sekvencí z neznámých vzorků.
|
|
|
Identifikace organismů pomocí analýzy nukleotidových denzitních vektorů
Maděránková, Denisa ; Babula, Petr (oponent) ; Schwarz, Daniel (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Většina metod pro analýzu genomických dat pracuje se sekvencemi v jejich symbolickém zápisu. Genomické sekvence lze považovat za formu biologického digitálního signálu, který je možné analyzovat metodami zpracování digitálních signálů. Sekvence v symbolickém zápisu však musí být před zpracováním převedeny do vhodného numerického formátu. Tato dizertační práce představuje metodu numerické reprezentace genomických dat, nukleotidové denzitní vektory, a jejich využití k molekulární identifikaci organismů. V současnosti populární DNA barcoding je přístup molekulární identifikace organismů na základě porovnávání krátkých sekvencí určitého úseku mitochondriálního genomu. V této dizertační práci navržená metoda identifikace organismů na základě porovnávání nukleotidových denzitních vektorů byla testována na rozsáhlém souboru DNA barcodingových sekvencích. Navržený způsob identifikace do druhů byl dále rozšířen a otestován na vyšší taxonomické skupiny jako je čeleď. Dále také byly pro testovací data zkonstruovány a porovnány dendrogramy ze standardně používaných evolučních vzdáleností a vzdáleností mezi nukleotidovými denzitními vektory.
|
|
|
Analýza mitochondriálních genů živočichů pro DNA barcoding
Brabencová, Klára ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato diplomová práce obsahuje literární rešerši na téma mitochondriální genom a DNA barcodingu. Praktická část se zabývá sestavením datasetu mitochondriálních sekvencí z databáze GenBank a vytvořením funkce pro extrakci jednotlivých genů, které jsou obsaženy v mitochondriálním genomu. Tato funkce byla vytvořena v programovém prostředí Matlab. DNA barcoding je metoda, která vytvořením čárového kódu života přiřadí každému živočišnému druhu na Zemi jeho specifickou a unikátní značku, podle které by mohl být daný jedinec snadno a rychle identifikován. Neexistuje ucelená práce zkoumající vhodnost jednotlivých mitochondriálních genů. Proto tato práce zkoumá potenciály ostatních mitochondriálních genů a hodnotí jejich účinnost pro DNA barcoding výpočtem jejich vnitrodruhových a mezidruhových variabilit.
|
|
|
Molekulární taxonomie flebotomů (Diptera: Psychodidae) v Evropě
Grešová, Markéta ; Dvořák, Vít (vedoucí práce) ; Brzoňová, Jana (oponent)
Flebotomové (Diptera, Psychodidae) jsou drobní krev sající živočichové, kteří jsou dosud jedinými prokázanými přenašeči onemocnění zvaného leishmanióza. Ve Starém světě jsou do přenosu zapojeni zástupci rodu Phlebotomus, v Novém světě jedinci patřící do rodu Lutzomyia. Jen některé druhy těchto rodů jsou schopny onemocnění přenášet, přesné druhové určení a znalost aktuálního areálu výskytu jednotlivých druhů jsou tedy zcela zásadní pro pochopení přenosových cyklů leishmanióz. Tradičně používané morfologické znaky pro druhové určování flebotomů se v řadě případů ukazují jako nedostatečné, zejména kvůli vnitrodruhové variabilitě a možnému poškození při odchytu a preparaci. Navíc je hledání rozlišovacích znaků, zejména u samic, velmi obtížné a vyžaduje jistou míru praxe. Proto se v současnosti k identifikaci stále více využívají různé molekulární metody. Tato práce se věnuje použití molekulárních metod založených na studiu DNA i proteinů k rutinní identifikaci flebotomů odchycených v jihovýchodní Evropě a přilehlých státech, tedy v oblastech, kde znalost diverzity tamní flebofauny je nízká či neaktuální. Další část této práce je věnovaná bližšímu zkoumání vztahů mezi vybranými blízce příbuznými druhy v rámci druhových komplexů. Klíčová slova: Phlebotomus, molekulární identifikace, DNA barcoding,...
|
|
|
Praktická znalost přírodnin žáků 2. stupně základních škol
Moravcová, Kamila Štěpánka ; Novotný, Petr (vedoucí práce) ; Pavlasová, Lenka (oponent)
NÁZEV: Praktická znalost přírodnin žáků 2. stupně základních škol AUTOR: Bc. Kamila Štěpánka Moravcová KATEDRA (ÚSTAV): Katedra biologie a environmentálních studií VEDOUCÍ PRÁCE: PhDr. Petr Novotný, Ph.D. Abstrakt Diplomová práce se zaměřuje na problematiku znalosti přírodnin. Jejím cílem je zjistit míru znalosti přírodnin u žáků 2. stupně základních škol. V teoretické části diskutuje a vymezuje základní pojmy problematiky a podrobně rozebírá v minulosti realizované výzkumné práce na téma zjišťující znalosti dětí předškolního, základního, středoškolského a vysokoškolského vzdělávání. V rešeršní části práce jsem detailně rozebrala a následně srovnala metodiku a výsledky těchto výzkumů. Vlastní výzkumná část zahrnuje předvýzkum a testování žáků. V předvýzkumu jsem zjišťovala obsah výuky ve smyslu znalosti přírodnin a sestavila jsem konkrétní seznamy přírodnin vyučované na základních školách účastnících se výzkumu. Tyto seznamy jsou vypsány z žákovských poznámkových sešitů z přírodopisu. Hlavním výzkumem jsem zjišťovala, jak si žáci stojí v poznávání přírodnin ve srovnání k dříve realizovaným výzkumům. Získané výsledky ukazují, že znalost přírodnin je i nadále bolavou patou výuky přírodopisu na našich školách. Klíčová slova: znalost přírodnin, poznávání přírodnin, přírodnina
|
|
|
Molekulární fylogeneze rodu Geosmithia
Korittová, Celie ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Tomšovský, Michal (oponent)
Rod Geosmithia zahrnuje 11 popsaných a několik desítek dosud nepopsaných druhů hub, které se vyskytují téměř výhradně v požercích podkorního hmyzu (zejména kůrovců). V rámci předkládané diplomové práce byla provedena fylogenetická analýza na základě sekvencí čtyř genů kódujících proteiny, konkrétně TEF-1, RPB2, Mcm7 a Tsr1. Tato analýza potvrdila, že ekologické strategie geosmithií (tzn. vazba na listnáče či jehličnany a adaptace na symbiózu s ambrosiovými brouky) se vyvinuly několikrát opakovaně. Na základě získaného fylogenetického stromu jsem rozlišila 51 druhů (ve smyslu "Genealogical Concordance Phylogenetic Species Recognition"). Dále jsem testovala schopnost těchto genů sloužit jako "barcode" pro identifikaci blízce příbuzných druhů geosmithií.
|
|
|
Identifikace organismů pomocí analýzy nukleotidových denzitních vektorů
Maděránková, Denisa ; Babula, Petr (oponent) ; Schwarz, Daniel (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Většina metod pro analýzu genomických dat pracuje se sekvencemi v jejich symbolickém zápisu. Genomické sekvence lze považovat za formu biologického digitálního signálu, který je možné analyzovat metodami zpracování digitálních signálů. Sekvence v symbolickém zápisu však musí být před zpracováním převedeny do vhodného numerického formátu. Tato dizertační práce představuje metodu numerické reprezentace genomických dat, nukleotidové denzitní vektory, a jejich využití k molekulární identifikaci organismů. V současnosti populární DNA barcoding je přístup molekulární identifikace organismů na základě porovnávání krátkých sekvencí určitého úseku mitochondriálního genomu. V této dizertační práci navržená metoda identifikace organismů na základě porovnávání nukleotidových denzitních vektorů byla testována na rozsáhlém souboru DNA barcodingových sekvencích. Navržený způsob identifikace do druhů byl dále rozšířen a otestován na vyšší taxonomické skupiny jako je čeleď. Dále také byly pro testovací data zkonstruovány a porovnány dendrogramy ze standardně používaných evolučních vzdáleností a vzdáleností mezi nukleotidovými denzitními vektory.
|
|
|
Analýza mitochondriálních genů živočichů pro DNA barcoding
Brabencová, Klára ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato diplomová práce obsahuje literární rešerši na téma mitochondriální genom a DNA barcodingu. Praktická část se zabývá sestavením datasetu mitochondriálních sekvencí z databáze GenBank a vytvořením funkce pro extrakci jednotlivých genů, které jsou obsaženy v mitochondriálním genomu. Tato funkce byla vytvořena v programovém prostředí Matlab. DNA barcoding je metoda, která vytvořením čárového kódu života přiřadí každému živočišnému druhu na Zemi jeho specifickou a unikátní značku, podle které by mohl být daný jedinec snadno a rychle identifikován. Neexistuje ucelená práce zkoumající vhodnost jednotlivých mitochondriálních genů. Proto tato práce zkoumá potenciály ostatních mitochondriálních genů a hodnotí jejich účinnost pro DNA barcoding výpočtem jejich vnitrodruhových a mezidruhových variabilit.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.