|
|
Defects of pre-mRNA splicing causing retitinis pigmentosa
Pakhomova, Yelyzaveta ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Vaňková Hausnerová, Viola (oponent)
Retinitis pigmentosa je genetická porucha postihující sítnici. Progrese onemocnění vede ke ztrátě zraku. Tato práce se zaměřuje na příčinu autozomálně dominantní retinitis pigmentosa. Konkrétněji, je nastíněna druhá největší zodpovědná skupina mutací. Výše uvedená skupina genových mutací je zodpovědná za tvorbu mutantních variant jejich odpovídajících sestřihových proteinů. Tyto proteiny a důsledky jejich mutací jsou v práci shrnuty a prezentovány. Pro každý mutovaný protein je uveden přehled dopadu mutace na sítnici. Dotyčné proteiny jsou: PRPF8, PRPF31, PRPF3, PRPF4, PRPF6, SNRNP200, DHX38 (výjimka, způsobující autozomálně recesivní retinitis pigmentosa), PAP-1, CWC27 (výjimka, způsobující autozomálně recesivní retinitis pigmentosa). Přehled literatury umožnil tezi dospět k závěru, že sestřihové proteiny s vysokou pravděpodobností hrají rozhodující roli ve zdraví sítnice. Kromě toho jsou stručně představeny některé další pozoruhodné poznatky. Například, zjištění týkající se nedostatku údajů o některých mutacích. Dalším příkladem takového zjištění je, že stále zůstává neznámé, proč tyto mutace způsobují takový tkáňově specifický fenotyp. Klíčová slova: sestřih, retinitis pigmentosa, snRNP, sítnice, autozomálně dominantní retinitis pigmentosa, sestřihové proteiny
|
|
|
Functional analysis of hPrp8 mutations linked to retinitis pigmentosa.
Matějů, Daniel ; Cvačková, Zuzana (vedoucí práce) ; Král, Vlastimil (oponent)
hPrp8 je esenciální faktor účastnící se sestřihu pre-mRNA. Tento vysoce konzervovaný protein je součástí U5 malé jaderné ribonukleoproteinové částice (U5 snRNP), která představuje jednu ze základních komponent spliceozomu. hPrp8 působí jako klíčový regulátor aktivace spliceozomu a interaguje přímo s U5 snRNA a s oblastmi pre-mRNA, které se účastní transesterifikačních reakcí během sestřihu. Mutace v hPrp8 způsobují autozomálně dominantní formu retinitis pigmentosa (RP), dědičného onemocnění, které vede k postupné degeneraci sítnice. V této práci jsme zkoumali, jak mutace spojené s RP ovlivňují funkci proteinu hPrp8. Použili jsme metodu 'BAC recombineering' k vytvoření mutovaných variant hPrp8-GFP a připravili jsme stabilní buněčné linie exprimující tyto rekombinantní proteiny. Mutované proteiny byly exprimovány a lokalizovány do jádra, avšak jedna z bodových mutací výrazně ovlivnila lokalizaci a stabilitu hPrp8. Další experimenty napověděly, že mutace spojené s RP ovlivňují schopnost hPrp8 interagovat s dalšími komponenty U5 snRNP a s pre-mRNA. Dále jsme studovali biogenezi U5 snRNP komplexů. Pomocí siRNA jsme odstranili hPrp8 a narušili tak formování U5 snRNP komplexu. Zjistili jsme, že nekompletní U5 snRNP komplexy se hromadí v Cajalových tělískách, což značí, že tyto jaderné struktury hrají roli...
|
|
|
The role of pre-mRNA splicing in human hereditary diseases
Malinová, Anna ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Vanáčová, Štěpánka (oponent) ; Krásný, Libor (oponent)
Malá jaderná ribonukleoproteinová částice U5 (U5 snRNP) je jednou z hlavních komponent spliceozomu, komplexu který katalyzuje sestřih pre-mRNA. U5 snRNP je tvořena molekulou RNA a několika proteiny, nicméně o tom jak jsou jednotlivé díly postupně skládány v maturovanou částici, se mnoho neví. Ukázali jsme, že po depleci proteinu PRPF8, jedné z klíčových složek U5 snRNP, se částice správně neskládají a akumulují se v jaderných strukturách zvaných Cajalova tělíska. K objasnění role PRPF8 v biogenezi U5 snRNP jsme se dále rozhodli využít mutace tohoto proteinu, které byly identifikovány u pacientů s degenerativním onemocněním oční sítnice, retinitis pigmentosa (RP). Vytvořili jsme stabilní buněčné linie exprimující mutantní varianty proteinu PRPF8 a ukázali jsme, že RP mutace narušují skládání U5 snRNP, což následně vede ke snížení efektivity sestřihu pre-mRNA v buňkách. Mutantní PRPF8 se spolu s proteinem EFTUD2 hromadí v cytoplazmě a vytvoření tohoto komplexu je zdá se prvním krokem skládání U5 snRNP. Dále jsme s využitím proteomických metod identifikovali řadu nových faktorů včetně komlexu HSP90/R2TP a proteinu ZNHIT2, které se váží na U5 snRNP. Naše výsledky ukazují, že tyto faktory preferenčně interagují...
|
|
|
Molekulárně genetická vyšetření u klinicky definované skupiny pacientů se syndromovou poruchou zraku a sluchu u vzácných genetických syndromů asociovaných s hluchoslepotou v ČR a SR
Čopíková, Jana ; Kremlíková Pourová, Radka (vedoucí práce) ; Astl, Jaromír (oponent) ; Baxová, Alice (oponent)
Hluchoslepota, neboli kombinované postižení, je současné poškození zraku a sluchu různého stupně s incidencí cca 1 : 8000 dětí a 1 : 5500 dospělých. Její nejčastější genetickou příčinou jsou syndromy Sticklerův (STL) a Usherův (USH). Hlavním cílem této práce je poskytnout aktuální přehled o výskytu STL a USH v ČR a SR, upřesnění korelací genotypu s fenotypem pro naši populaci a tím diagnostických kritérií. Pro podezření na STL jsme pomocí sekvenování a MLPA vyšetřili celkem 45 pacientů z 28 rodin. U 39 pacientů z 22 rodin jsme nalezli potenciálně kauzální varianty STL genů. Detekovali jsme celkem 15 různých variant (z toho 8 nových) v genu COL2A1 u 28 pacientů z 18 rodin a 4 různé dosud nepopsané varianty v genu COL11A1 u 11 pacientů ze 4 rodin. Příčinu onemocnění jsme objasnili u 22 rodin (79 % vyšetřovaných). Do výzkumu USH bylo zařazeno 30 pacientů z 27 rodin. Nejčastěji jsme zachytili patogenní varianty v genu USH2A, a to 19 variant u 14 rodin, z toho 10 popsaných a 9 nových. Dále jsme nalezli 6 variant (5 nových) v genu MYO7A (3 rodiny), 3 (2 nové) v genu USH1C (2 rodiny) a 3 (2 nové) v genu CDH23 (2 rodiny). U dvou rodin byla zjištěna složená heterozygozita pro varianty ve dvou různých USH genech. Příčinu hluchoslepoty v této skupině nemocných jsme objasnili u 21 rodin (78 % vyšetřovaných)....
|
|
|
The role of pre-mRNA splicing in human hereditary diseases
Malinová, Anna
Malá jaderná ribonukleoproteinová částice U5 (U5 snRNP) je jednou z hlavních komponent spliceozomu, komplexu který katalyzuje sestřih pre-mRNA. U5 snRNP je tvořena molekulou RNA a několika proteiny, nicméně o tom jak jsou jednotlivé díly postupně skládány v maturovanou částici, se mnoho neví. Ukázali jsme, že po depleci proteinu PRPF8, jedné z klíčových složek U5 snRNP, se částice správně neskládají a akumulují se v jaderných strukturách zvaných Cajalova tělíska. K objasnění role PRPF8 v biogenezi U5 snRNP jsme se dále rozhodli využít mutace tohoto proteinu, které byly identifikovány u pacientů s degenerativním onemocněním oční sítnice, retinitis pigmentosa (RP). Vytvořili jsme stabilní buněčné linie exprimující mutantní varianty proteinu PRPF8 a ukázali jsme, že RP mutace narušují skládání U5 snRNP, což následně vede ke snížení efektivity sestřihu pre-mRNA v buňkách. Mutantní PRPF8 se spolu s proteinem EFTUD2 hromadí v cytoplazmě a vytvoření tohoto komplexu je zdá se prvním krokem skládání U5 snRNP. Dále jsme s využitím proteomických metod identifikovali řadu nových faktorů včetně komlexu HSP90/R2TP a proteinu ZNHIT2, které se váží na U5 snRNP. Naše výsledky ukazují, že tyto faktory preferenčně interagují...
|
|
|
Molekulárně genetická analýza pacientů s Usherovým syndromem
Průšová, Kateřina ; Ďuďáková, Ľubica (vedoucí práce) ; Kousal, Bohdan (oponent)
Práce je zaměřena na molekulárně genetické testování pacientů s Usherovým syndromem - na potvrzení správné diagnózy, určení kauzální příčiny vzniku onemocnění a popis nových mutací způsobující Usherův syndrom u českých pacientů. Usherův syndrom je klinicky a geneticky heterogenní onemocnění, které je nejčastější příčinou dědičné hluchoslepoty. Je klasifikováno do tří klinických subtypů. Vzhledem k tomu, že v současné době neexistuje žádná specifická léčba, je potřeba pochopit patofyziologii tohoto onemocnění a rozšířit spektrum kauzálních mutací. Teoretická část práce se věnuje anatomii oka, a to především stavbě sítnice. Pozornost je rovněž věnována onemocněním sítnice, jako je progresivní ztrátou zraku charakteristická Retinitis pigmentosa (RP). RP se může vyskytovat buď jako izolovaná porucha nebo také spolu s dalšími poškozeními jako tzv. syndromová RP. Mezi klasické syndromové RP patří Usherův syndrom, jímž se práce zabývá. V teoretické části se práce věnuje především mechanismu vzniku onemocnění, funkcím jednotlivých usherovských proteinů a genům, které tyto proteiny kódují. Rovněž jsou uvedeny nejčastější mutace způsobující Usherův syndrom v Evropě a výsledky haplotypových analýz, které byly u těchto frekventovaných mutací provedeny. Na základě jejich výsledků byl již dříve potvrzen efekt...
|
|
|
The role of pre-mRNA splicing in human hereditary diseases
Malinová, Anna
Malá jaderná ribonukleoproteinová částice U5 (U5 snRNP) je jednou z hlavních komponent spliceozomu, komplexu který katalyzuje sestřih pre-mRNA. U5 snRNP je tvořena molekulou RNA a několika proteiny, nicméně o tom jak jsou jednotlivé díly postupně skládány v maturovanou částici, se mnoho neví. Ukázali jsme, že po depleci proteinu PRPF8, jedné z klíčových složek U5 snRNP, se částice správně neskládají a akumulují se v jaderných strukturách zvaných Cajalova tělíska. K objasnění role PRPF8 v biogenezi U5 snRNP jsme se dále rozhodli využít mutace tohoto proteinu, které byly identifikovány u pacientů s degenerativním onemocněním oční sítnice, retinitis pigmentosa (RP). Vytvořili jsme stabilní buněčné linie exprimující mutantní varianty proteinu PRPF8 a ukázali jsme, že RP mutace narušují skládání U5 snRNP, což následně vede ke snížení efektivity sestřihu pre-mRNA v buňkách. Mutantní PRPF8 se spolu s proteinem EFTUD2 hromadí v cytoplazmě a vytvoření tohoto komplexu je zdá se prvním krokem skládání U5 snRNP. Dále jsme s využitím proteomických metod identifikovali řadu nových faktorů včetně komlexu HSP90/R2TP a proteinu ZNHIT2, které se váží na U5 snRNP. Naše výsledky ukazují, že tyto faktory preferenčně interagují...
|
|
|
The role of pre-mRNA splicing in human hereditary diseases
Malinová, Anna ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Vanáčová, Štěpánka (oponent) ; Krásný, Libor (oponent)
Malá jaderná ribonukleoproteinová částice U5 (U5 snRNP) je jednou z hlavních komponent spliceozomu, komplexu který katalyzuje sestřih pre-mRNA. U5 snRNP je tvořena molekulou RNA a několika proteiny, nicméně o tom jak jsou jednotlivé díly postupně skládány v maturovanou částici, se mnoho neví. Ukázali jsme, že po depleci proteinu PRPF8, jedné z klíčových složek U5 snRNP, se částice správně neskládají a akumulují se v jaderných strukturách zvaných Cajalova tělíska. K objasnění role PRPF8 v biogenezi U5 snRNP jsme se dále rozhodli využít mutace tohoto proteinu, které byly identifikovány u pacientů s degenerativním onemocněním oční sítnice, retinitis pigmentosa (RP). Vytvořili jsme stabilní buněčné linie exprimující mutantní varianty proteinu PRPF8 a ukázali jsme, že RP mutace narušují skládání U5 snRNP, což následně vede ke snížení efektivity sestřihu pre-mRNA v buňkách. Mutantní PRPF8 se spolu s proteinem EFTUD2 hromadí v cytoplazmě a vytvoření tohoto komplexu je zdá se prvním krokem skládání U5 snRNP. Dále jsme s využitím proteomických metod identifikovali řadu nových faktorů včetně komlexu HSP90/R2TP a proteinu ZNHIT2, které se váží na U5 snRNP. Naše výsledky ukazují, že tyto faktory preferenčně interagují...
|
|
|
Functional analysis of hPrp8 mutations linked to retinitis pigmentosa.
Matějů, Daniel ; Cvačková, Zuzana (vedoucí práce) ; Král, Vlastimil (oponent)
hPrp8 je esenciální faktor účastnící se sestřihu pre-mRNA. Tento vysoce konzervovaný protein je součástí U5 malé jaderné ribonukleoproteinové částice (U5 snRNP), která představuje jednu ze základních komponent spliceozomu. hPrp8 působí jako klíčový regulátor aktivace spliceozomu a interaguje přímo s U5 snRNA a s oblastmi pre-mRNA, které se účastní transesterifikačních reakcí během sestřihu. Mutace v hPrp8 způsobují autozomálně dominantní formu retinitis pigmentosa (RP), dědičného onemocnění, které vede k postupné degeneraci sítnice. V této práci jsme zkoumali, jak mutace spojené s RP ovlivňují funkci proteinu hPrp8. Použili jsme metodu 'BAC recombineering' k vytvoření mutovaných variant hPrp8-GFP a připravili jsme stabilní buněčné linie exprimující tyto rekombinantní proteiny. Mutované proteiny byly exprimovány a lokalizovány do jádra, avšak jedna z bodových mutací výrazně ovlivnila lokalizaci a stabilitu hPrp8. Další experimenty napověděly, že mutace spojené s RP ovlivňují schopnost hPrp8 interagovat s dalšími komponenty U5 snRNP a s pre-mRNA. Dále jsme studovali biogenezi U5 snRNP komplexů. Pomocí siRNA jsme odstranili hPrp8 a narušili tak formování U5 snRNP komplexu. Zjistili jsme, že nekompletní U5 snRNP komplexy se hromadí v Cajalových tělískách, což značí, že tyto jaderné struktury hrají roli...
|
host ::
RSS.