|
|
Bakteriální REP elementy: původ, variabilita a využití.
Nunvář, Jaroslav ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Pačes, Jan (oponent) ; Melter, Oto (oponent)
6 ABSTRAKT (česky) Tato práce shrnuje tři publikace, jejichž jednotícím tématem jsou bakteriální REP (angl. repetitive extragenic palindrome) elementy. REP elementy jsou jednou z nejznámějších a nejlépe charakterizovaných skupin repetitivních DNA sekvencí u bakterií. Jsou známé především u gamaproteobakterií, včetně enterobakterií. Vyskytují se v nekódujících oblastech hostitelských genomů, zpravidla ve stovkách kopií. REP elementy jsou typicky agregovány do repetitivních útvarů vyšších řádů. U gramnegativní modelové bakterie Escherichia coli byly popsány interakce REP elementů s několika důležitými proteiny buněčné fyziologie, svědčící o významné roli těchto sekvencí pro hostitelskou buňku. První studie (Nunvar et al. 2010) prezentuje objev třídy proteinů příbuzných tyrosinovým transponázám ze skupiny IS200/IS605 inzerčních sekvencí. Tyto proteiny, pojmenované RAYT (angl. REP-associated tyrosine transposase), jsou charakteristické přítomností specifických motivů v jejich aminokyselinové sekvenci, nepřítomných u kanonických IS200/IS605 transponáz. Dalším společným znakem je uspořádání genů kódujících RAYT proteiny. Tyto geny se v hostitelském chromozomu vyskytují vždy v jedné kopii a jsou z obou stran ohraničeny alespoň dvěma REP elementy v inverzní orientaci. Na základě podobnosti mezi systémem...
|
|
|
Diversity and phylogeny of symbiotic partners in zeorin-containing red-fruited Cladonia species.
Steinová, Jana ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Pérez-Ortega, Sergio (oponent) ; Vondrák, Jan (oponent)
Ačkoliv lišejníky představují jeden z nejklasičtějších příkladů symbiotických asociací, tak se pohled na jejich symbiózu během posledních sto padesáti let výrazně změnil. V současnosti jsou lišejníky obvykle vnímány jako mikroekosystémy skládající se z několika symbiotických partnerů, kteří různým způsobům příspívají k fungování celého systému a kteří se vzájemně liší silou vazby k dalším partnerům. Úroveň poznání specificity, diverzity a faktorů, které tuto diverzitu ovlivňují, se u jednotlivých partnerů (mykobiont, fotobiont a bakterie) výrazně liší. Hlavním cílem této práce bylo odhalit diverzitu organismů, které se na lišejníkové symbióze podílejí a lépe porozumět biologickým silám, které tuto diverzitu ovlivňují. Pracovali jsme s červenoplodými zeorin obsahujícími dutohlávkami, což je poměrně běžná skupina lišejníků. Konkrétně jsme se zaměřili na studium organismů (mykobiontů, fotobiontů a bakterií), které se v těchto dutohlávkách vyskytují. V průběhu studie vyšlo najevo, že dalším tématem, které si zaslouží naši pozornost, je problematika vymezení druhů (species delimation). Z výsledků vyplynulo, že současné vymezení většiny druhů mykobiontů není podpořeno molekulárními daty. Genetická diverzita mykobiontů byla poměrně vysoká a bylo zjištěno několik linií, které nebylo možné fenotypově...
|
|
|
Bakteriální REP elementy: původ, variabilita a využití.
Nunvář, Jaroslav
6 ABSTRAKT (česky) Tato práce shrnuje tři publikace, jejichž jednotícím tématem jsou bakteriální REP (angl. repetitive extragenic palindrome) elementy. REP elementy jsou jednou z nejznámějších a nejlépe charakterizovaných skupin repetitivních DNA sekvencí u bakterií. Jsou známé především u gamaproteobakterií, včetně enterobakterií. Vyskytují se v nekódujících oblastech hostitelských genomů, zpravidla ve stovkách kopií. REP elementy jsou typicky agregovány do repetitivních útvarů vyšších řádů. U gramnegativní modelové bakterie Escherichia coli byly popsány interakce REP elementů s několika důležitými proteiny buněčné fyziologie, svědčící o významné roli těchto sekvencí pro hostitelskou buňku. První studie (Nunvar et al. 2010) prezentuje objev třídy proteinů příbuzných tyrosinovým transponázám ze skupiny IS200/IS605 inzerčních sekvencí. Tyto proteiny, pojmenované RAYT (angl. REP-associated tyrosine transposase), jsou charakteristické přítomností specifických motivů v jejich aminokyselinové sekvenci, nepřítomných u kanonických IS200/IS605 transponáz. Dalším společným znakem je uspořádání genů kódujících RAYT proteiny. Tyto geny se v hostitelském chromozomu vyskytují vždy v jedné kopii a jsou z obou stran ohraničeny alespoň dvěma REP elementy v inverzní orientaci. Na základě podobnosti mezi systémem...
|
|
|
Delimitace druhů u lobosních měňavek
Foučková, Martina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Škaloud, Pavel (oponent)
Lobosní měňavky - měňavky vytvářející lobopodie - se vyskytují napříč skupinami Amoebozoa, Excavata, Rhizaria, a v rodu Anaeramoeba s nejasným postavením. Pro jejich druhovou delimitaci (tj. vymezení hranic pro odlišení jednotlivých druhů od sebe) jsou nejčastěji používané morfologické znaky, které bylo možné dokumentovat i v minulosti, jako je velikost a tvar těla, vzhled hyalinní zóny, panožek a subpseudopodií, granuloplazma s cytoplazmatickými inkluzemi, počet a velikost jader, tvar uroidu a podoba případné cysty. Dále jsou používány znaky na ultrastruktuře, kterými jsou ultrastruktura jádra, jadérka, povrchových útvarů a organel. Díky molekulárním metodám se dnes druhy popisují a rozlišují také díky sekvenování genu pro SSU rRNA a aktin, COI barcodingu a sekvencí ITS a je tak možné odhalovat i kryptické druhy. Před sekvenováním se pro molekulární popis druhů využívalo také technik RFLP, RAPD a izozymů. Tato práce hodnotí význam jednotlivých znaků používaných pro druhovou delimitaci lobosních měňavek na příkladu vybraných 125 druhů ze skupiny Amoebozoa (řádů Acanthamoebida, Pellitida, Himatismenida, Dermamoebida, Thecamoebida, Vannellida, Dactylopodida, Squamocutida, Variopodida, Euamoebida, Leptomyxida a Echinamoebida), Heterolobosea a Anaeramoebidae. Klíčová slova: barcoding, druhová...
|
|
|
Diverzita a rozšíření druhového komplexu Euastrum humerosum / didelta (Desmidiales)
Kupčíková, Eva ; Šťastný, Jan (vedoucí práce) ; Kollár, Jan (oponent)
Z 23 evropských a severoamerických kmenů druhového komplexu Euastrum humerosum/didelta (Desmidiales) jsem získala 3 evoluční linie v molekulárním markeru trnGucc intronu (druhého typu). U SSU intronu jsem nezískala signifikantní a jednotné výsledky. Je pravděpodobné, že jsou linie trnGucc intronu velice mladé. SEM odhalila jeden centrální pór a pětici hrbolků. Linie byly signifikantně odlišné svým tvarem a rozměry. V některých kmenech byla vysoká morfologická variabilita. Linie se lišily především délkou a šířkou buněk. Uvnitř morfotypu E. humerosum se linie lišily tvarem a rozměry polárního laloku. Uvnitř morfotypu E. didelta se linie lišily tvarem a rozměry krku. To bylo zjištěné geometrickou morfometrikou a měřením. Lineární diskriminační analýza krásivek z literatury odhalila, že je možné částečně odlišit skupiny variet (E. humerosum var. parallelum a E. didelta v linii A; dvě formy E. didelta f. val Piora a E. didelta f. latior v linii B; E. didelta var. inermiforme a E. humerosum var. affine v linii C). Klíčová slova: krásivky, druhy, skrytá diverzita, molekulární fylogenetika, geometrická morfometrika, Euastrum, skenovací elektronová mikroskopie
|
|
|
Diversity and phylogeny of symbiotic partners in zeorin-containing red-fruited Cladonia species.
Steinová, Jana ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Pérez-Ortega, Sergio (oponent) ; Vondrák, Jan (oponent)
Ačkoliv lišejníky představují jeden z nejklasičtějších příkladů symbiotických asociací, tak se pohled na jejich symbiózu během posledních sto padesáti let výrazně změnil. V současnosti jsou lišejníky obvykle vnímány jako mikroekosystémy skládající se z několika symbiotických partnerů, kteří různým způsobům příspívají k fungování celého systému a kteří se vzájemně liší silou vazby k dalším partnerům. Úroveň poznání specificity, diverzity a faktorů, které tuto diverzitu ovlivňují, se u jednotlivých partnerů (mykobiont, fotobiont a bakterie) výrazně liší. Hlavním cílem této práce bylo odhalit diverzitu organismů, které se na lišejníkové symbióze podílejí a lépe porozumět biologickým silám, které tuto diverzitu ovlivňují. Pracovali jsme s červenoplodými zeorin obsahujícími dutohlávkami, což je poměrně běžná skupina lišejníků. Konkrétně jsme se zaměřili na studium organismů (mykobiontů, fotobiontů a bakterií), které se v těchto dutohlávkách vyskytují. V průběhu studie vyšlo najevo, že dalším tématem, které si zaslouží naši pozornost, je problematika vymezení druhů (species delimation). Z výsledků vyplynulo, že současné vymezení většiny druhů mykobiontů není podpořeno molekulárními daty. Genetická diverzita mykobiontů byla poměrně vysoká a bylo zjištěno několik linií, které nebylo možné fenotypově...
|
|
|
Diverzita a rozšíření druhového komplexu Euastrum humerosum / didelta (Desmidiales)
Kupčíková, Eva ; Šťastný, Jan (vedoucí práce) ; Kollár, Jan (oponent)
Z 23 evropských a severoamerických kmenů druhového komplexu Euastrum humerosum/didelta (Desmidiales) jsme získali 3 evoluční linie v molekulárním markeru trnGuuc intronu (druhého typu). U SSU intronu jsme nezískali signifikantní a jednotné výsledky. Je pravděpodobné, že jsou linie velice mladé. Linie byly signifikantně odlišné svým tvarem a rozměry. Použili jsme geometrickou morfometriku a měření rozměrů délky a šířky semicely, isthmu a jejich poměrů. V některých kmenech byla vysoká morfologická variabilita. Různé morfy v sebe přecházely a lišily se ve vroubkování bazálního laloku. Linie se lišily především svými rozměry a tvarově variabilními polárními laloky, včetně krku. SEM odhalila jeden centrální pór, oproti E. didelta var. bengalicum, který je v literatuře uváděn s póry dvěma. Klíčová slova: krásivky, druhy, skrytá diverzita, molekulární fylogenetika, geometrická morfometrika, Euastrum, skenovací elektronová mikroskopie
|
|
|
Molekulárně genetická studie pochvorepovitých (Emballonuridae) Blízkého východu a sousedních oblastí
Uvizl, Marek ; Benda, Petr (vedoucí práce) ; Vallo, Peter (oponent)
Na Blízkém východě se vyskytují tři druhy čeledi Emballonuridae, které jsou morfologicky rozděleni do několika poddruhů, které jsou ovšem leckdy definovány pouze nejasně a vnitrodruhové taxonomické uspořádání dotyčných druhů tak není uspokojivě vyřešeno. Proto byla v této práci použita molekulárně-genetická analýza, která může pomoci toto uspořádání zrevidovat na dosud neuplatněné rovině. Na základě dat získaných sekvenací mitochondriálních i jaderných markerů byla provedena fylogenetická analýza, která doplňuje informace o vnitrodruhových i mezidruhových vztazích populací dotyčné čeledi v této oblasti. Letouni (Chiroptera) z čeledi Emballonuridae, která je charakterizována ocasem pronikajícím skrze dorzální stranu uropatagia a redukcí prstních článků horní končetiny tvořící dlouhé a úzké křídlo, jsou rozšířeni cirkumtropicky a dělí se na dvě podčeledi. Podčeleď Emballonurinae se často dělí na dva triby, novosvětský tribus Diclidurini a starosvětský Emballonurini. Zástupci podčeledi Taphozoinae se vyskytují pouze ve Starém světě. Oblast Blízkého východu obývají tři druhy této čeledi. Coleura afra se vyskytuje pouze v jižní části Arabského poloostrova a zdejší populace se řadí k poddruhu C. a. gallarum. Taphozous nudiventris by se měl na Blízkém východě vyskytovat ve třech poddruzích, z nichž dva...
|
|
|
Evolutionary history of Parnassiinae
Kaman, Ondřej ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Král, David (oponent)
Tato přehledová práce je věnována evoluční historii Parnassiinae a to zejména nominátnímu rodu Parnassius, který představuje hlavní skupinu Parnassiinae. Nejdříve bude pojednáno taxonomické pojetí Parnassiinae, monofyletický charakter skupiny a její fylogenetické postavení. Bude ukázáno, že osm rodů Parnassiinae vytváří tři vývojové větve klasifikované jako triby. Dále bude představen možný časový scénář vzniku Parnassiinae spolu s popisem fosilních druhů. Následující část bude zaměřena na rod Parnassius, jehož vnitřní fylogenese z větší části potvrzuje tradiční klasifikaci na osm podrodů. Tyto jednotlivé evoluční větve budou systematicky diskutovány s důrazem na fylogeneticky zajímavé případy druhových komplexů a blízce příbuzných taxonů, přičemž výklad doprovodí taxonomický komentář. Poslední tři kapitoly se budou věnovat fylogeografii P. mnemosyne, P. apollo a komplexu P. phoebus, jejichž evoluční historie bude vyložena s ohledem na klimatické změny v pleistocénu a holocénu. Práce se snaží podat ucelený přehled založený na morfologických, molekulárních a biogeografických aspektech, který by umožnil základní fylogenetickou a taxonomickou diskusi.
|
|
|
Bakteriální REP elementy: původ, variabilita a využití.
Nunvář, Jaroslav
6 ABSTRAKT (česky) Tato práce shrnuje tři publikace, jejichž jednotícím tématem jsou bakteriální REP (angl. repetitive extragenic palindrome) elementy. REP elementy jsou jednou z nejznámějších a nejlépe charakterizovaných skupin repetitivních DNA sekvencí u bakterií. Jsou známé především u gamaproteobakterií, včetně enterobakterií. Vyskytují se v nekódujících oblastech hostitelských genomů, zpravidla ve stovkách kopií. REP elementy jsou typicky agregovány do repetitivních útvarů vyšších řádů. U gramnegativní modelové bakterie Escherichia coli byly popsány interakce REP elementů s několika důležitými proteiny buněčné fyziologie, svědčící o významné roli těchto sekvencí pro hostitelskou buňku. První studie (Nunvar et al. 2010) prezentuje objev třídy proteinů příbuzných tyrosinovým transponázám ze skupiny IS200/IS605 inzerčních sekvencí. Tyto proteiny, pojmenované RAYT (angl. REP-associated tyrosine transposase), jsou charakteristické přítomností specifických motivů v jejich aminokyselinové sekvenci, nepřítomných u kanonických IS200/IS605 transponáz. Dalším společným znakem je uspořádání genů kódujících RAYT proteiny. Tyto geny se v hostitelském chromozomu vyskytují vždy v jedné kopii a jsou z obou stran ohraničeny alespoň dvěma REP elementy v inverzní orientaci. Na základě podobnosti mezi systémem...
|
host ::
RSS.