|
|
Kryptické přestavby lidských chromozomů asociované s poruchami autistického spektra
Křivánková, Anna ; Šolc, Roman (vedoucí práce) ; Růžičková, Šárka (oponent)
Poruchy autistického spektra (PAS) jsou heterogenní skupinou neurovývojových postižení charakteristické asocialitou a atypickými vzorci chování. Etiologie je velmi komplexní, autismus většinou vzniká spojením několika faktorů. Jedna z příčin vzniku může být genetická (mutace genů). Dosud je známo kolem 450 kandidátních genů PAS. Minoritní část z nich se vyskytuje v lokusech, které jsou ovlivňovány kryptickými přestavbami. Tyto aberace výrazně přispívají k projevům autismu. Patologie, které způsobují, vedou k syndromům s vysokou penetrancí pro PAS, jako je například Angelmanův/Prader-Willi nebo DiGeorgův syndrom. Další lokusy jsou nalézány často na chromosomech 1, 2, nebo 16. Vzhledem ke krátké době, po kterou jsou kryptické přestavby zkoumány, k fenotypové variabilitě a počtu pacientů, můžeme v budoucnu očekávat nárůst vědeckých studií, v nichž by neměl být opomenut vliv těchto přestaveb na vznik poruch autistického spektra.
|
|
|
Molekulárně genetická analýza u pacientů s podezřením na kryptické přestavby.
Šolc, Roman ; Hirschfeldová, Kateřina (vedoucí práce) ; Vícha, Aleš (oponent)
"Kryptické přestavby" je označení takových chromozómových přestaveb, které nelze odhalit s použitím cytogenetického pruhování metafázních chromozómů, tedy o velikosti menší než 3 - 5 Mb, a proto se k jejich detekci využívají moderní molekulárně cytogenetické metody. Čím dál více se prokazuje významná role kryptických přestaveb v lidské patologii. S použitím metody multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) jsme vyšetřili soubor 50 probandů s idiopatickou mentální retardací. U 8 probandů (16 %) byla detekována kryptická přestavba, u 6 z nich prokazatelně kauzální. Dále jsme vyšetřili soubor 40 probandů pro podezření na patologii genu SHOX. U 17 probandů (42,5 %) byla detekována kryptická přestavba, u 8 z nich prokazatelně kauzální. Výskyt malé delece nalezné izolovaně u 7 probandů byl prověřen u populačního souboru, avšak bez jednoznačného výsledku. Provedena byla rovněž mutační analýza genu SHOX.
|
|
|
Analýza variant v počte kópií (CNV) v genómoch pacientov s mentálnou retardáciou
Hančárová, Miroslava ; Sedláček, Zdeněk (vedoucí práce) ; Gaillyová, Renata (oponent) ; Michalová, Kyra (oponent)
Mentálna retardácia (MR) je časté veľmi heterogénne neurovývojové ochorenie, s prevalenciou v populácii 2,5-3 %. Prispenie genetických faktorov k rozvoju MR je vysoké, ale v mnohých prípadoch zostáva etiológia ochorenia neobjasnená. Najnovšie štúdie prostredníctvom arrayových metód poukázali na častejší výskyt variant v počte kópií (copy number variants - CNV) u pacientov s týmto ochorením. Patogénne CNV boli identifikované u 10-15 % pacientov s idiopatickou MR a normálnym karyotypom. Cieľom práce bola celogenómová analýza ziskov a strát genetického materiálu v súbore českých pacientov s MR a dôkladná bioinformatická analýza zistených genetických zmien pre určenie ich pravdepodobného klinického významu. Celogenómová analýza s využitím HumanCytoSNP-12 BeadChips (Illumina) bola prevedená u 183 pacientov s idiopatickou MR, normálnym karyotypom a bez expanzie v géne FMR1. Získané dáta boli analyzované dvoma nezávislými programami, a to GenomeStudio a QuantiSNP a ich výsledky boli následne podrobené dvom kolám dôkladnej bioinformatickej analýze. Výsledkom tejto analýzy bola klasifikácia CNV do 4 rôznych kategórií: patogénne CNV, pravdepodobne patogénne CNV, CNV s nejasnou klinickou signifikanciou a benígne CNV. S výnimkou benígnych CNV boli všetky ostatné CNV potvrdzované nezávislou metódou ako FISH, MLPA, QFPCR...
|
|
|
Význam parentálního původu postiženého chromozomu při vzniku mikrodelečních syndromů
Rašpličková, Tereza ; Šolc, Roman (vedoucí práce) ; Novotná, Drahuše (oponent)
Mikrodeleční syndromy jsou komplexní onemocnění, způsobená ztrátou genetické informace v důsledku kryptických delecí menších než 5 Mb. Jsou příčinou velkého množství fenotypových znaků, mezi nejčastější patří vývojové a mentální retardace, nejrůznější tělesné vady a abnormality či poruchy chování. Bylo dokázáno, že v jistých případech hraje parentální původ postiženého chromozomu roli při vzniku mikrodelečních syndromů. Při vzniku Angelmanova, Prader-Williho a Beckwith-Wiedemannova syndromu výrazně zasahuje genový imprinting, který zapříčiňuje nerovnoměrné postižení chromozomů. Důvody výrazné převahy postižení jednoho z paternálně zděděných chromozomů u syndromu Cri du chat, monosomie 1p36 a Phelan-McDermidova syndromu jsou odlišné a vliv genového imprintingu u těchto syndromů nebyl potvrzen. Klíčová slova: mikrodelece, mikrodeleční syndromy, metylace, genový imprinting
|
|
|
Cryptic Rearrangements of Human Chromosomes Associated with Schizophrenia
Jurišová, Lívia ; Šolc, Roman (vedoucí práce) ; Brynychová, Iva (oponent)
Schizofrénia je závažné psychické ochorenie s vysokou dedičnosťou a komplexnou genetikou, ktorej súhra s environmentálnymi faktormi vedie k celej škále symptómov. Nástup moderných cytogenetických a molekulárne genetických techník pomohol odhaliť jednu z možných príčin tohto ochorenia - kryptické prestavby chromozómov. Tieto prestavby označované ako mikrode- lécie či mikroduplikácie majú veľkosť pod 3-5 Mb, môžu zasahovať viacero génov a vplývajú na génovú dózu. Výskum kryptických prestavieb v asociácii so schizofréniou začal v roku 2008 identifikáciou troch patogénnych aberácií. S postupom času pribúdali štúdie popisujúce ďalšie kryptické prestavby i štúdie podporujúce či nepodporujúce ich úlohu v ochorení. Pozornosť bola venovaná aj kandidátnym génom a ich možným interakciám. Predpokladá sa, že schizof- rénia vzniká v dôsledku patologicky pozmenenej konektivity mozgu, v ktorej môžu kryptické prestavby meniace génovú dózu, zohrávať úlohu. Štúdium kryptických prestavieb je len na za- čiatku a v blízkej budúcnosti môžeme očakávať identifikáciu nových prestavieb, čo môže viesť k lepšiemu pochopeniu vzniku a symptómov schizofrénie či zohrávať úlohu v prenatálnej diag- nostike a liečbe pacientov. Kľúčové slová: kryptické prestavby, schizofrénia, mikrodelécia, mikroduplikácia, kandi- dátne gény,...
|
|
|
Detekce submikroskopických aberací metodou array CGH
HORÁKOVÁ, Pavla
Tato bakalářká práce se zabývá metodou array CGH (array Comparativ Genomic Hybridization - komparativní genomová hybridizace na čipech) a jejím využití v genetické diagnostice, a to jak prenatální tak i postnatální. Metoda slouží k určení aberantních míst, tedy chromozomových oblastí, ve kterých došlo ke změně počtu kopií sekvencí DNA. Lokalizace aberantních míst není předem známa, jedná se tedy o celogenomový screening. Metoda se používá při podezření na výskyt mikrodelečního či mikroduplikačního syndromu. Také je ji možno použít v případech pacientů, u kterých se projevují patologické fenotypové změny, ale jiné metody změnu genetické výbavy neprokázaly. Bakalářská práce se zaměřuje na stanovení diagnózy v prenatálním období a také na stanovení příčiny patologických projevů v postnatální diagnostice. Nejprve práce probírá postupy v klinické cytogenetice a poté se zabývá submikroskopickými změnami. Práce dále popisuje metodou array CGH, vysvětluje její princip, využití, vyhodnocení a interpretaci jejích výsledků. V poslední části práce statisticky vyhodnocuje data array CGH získaná na oddělení OLG Thomayerovy nemocnice v období 8/18 - 3/19. Metoda array CGH může sloužit k doplnění rutinně prováděných cytogenetických vyšetření, umožňuje získat podrobnější informace o genetickém materiálu jedince, lze vyšetřit množství mikodelečních či mikroduplikačních syndromů. Na základě výsledků může být přesně stanovena diagnóza i prognóza pacientů.
|
|
|
Kryptické přestavby lidských chromozomů asociované s poruchami autistického spektra
Křivánková, Anna ; Šolc, Roman (vedoucí práce) ; Růžičková, Šárka (oponent)
Poruchy autistického spektra (PAS) jsou heterogenní skupinou neurovývojových postižení charakteristické asocialitou a atypickými vzorci chování. Etiologie je velmi komplexní, autismus většinou vzniká spojením několika faktorů. Jedna z příčin vzniku může být genetická (mutace genů). Dosud je známo kolem 450 kandidátních genů PAS. Minoritní část z nich se vyskytuje v lokusech, které jsou ovlivňovány kryptickými přestavbami. Tyto aberace výrazně přispívají k projevům autismu. Patologie, které způsobují, vedou k syndromům s vysokou penetrancí pro PAS, jako je například Angelmanův/Prader-Willi nebo DiGeorgův syndrom. Další lokusy jsou nalézány často na chromosomech 1, 2, nebo 16. Vzhledem ke krátké době, po kterou jsou kryptické přestavby zkoumány, k fenotypové variabilitě a počtu pacientů, můžeme v budoucnu očekávat nárůst vědeckých studií, v nichž by neměl být opomenut vliv těchto přestaveb na vznik poruch autistického spektra.
|
|
|
Význam parentálního původu postiženého chromozomu při vzniku mikrodelečních syndromů
Rašpličková, Tereza ; Šolc, Roman (vedoucí práce) ; Novotná, Drahuše (oponent)
Mikrodeleční syndromy jsou komplexní onemocnění, způsobená ztrátou genetické informace v důsledku kryptických delecí menších než 5 Mb. Jsou příčinou velkého množství fenotypových znaků, mezi nejčastější patří vývojové a mentální retardace, nejrůznější tělesné vady a abnormality či poruchy chování. Bylo dokázáno, že v jistých případech hraje parentální původ postiženého chromozomu roli při vzniku mikrodelečních syndromů. Při vzniku Angelmanova, Prader-Williho a Beckwith-Wiedemannova syndromu výrazně zasahuje genový imprinting, který zapříčiňuje nerovnoměrné postižení chromozomů. Důvody výrazné převahy postižení jednoho z paternálně zděděných chromozomů u syndromu Cri du chat, monosomie 1p36 a Phelan-McDermidova syndromu jsou odlišné a vliv genového imprintingu u těchto syndromů nebyl potvrzen. Klíčová slova: mikrodelece, mikrodeleční syndromy, metylace, genový imprinting
|
|
|
Analýza klinických parametrů pacientů s autismem a mentální retardací indikovaných na vyšetření metodou SNP array
Petříková, Nikola ; Vlčková, Markéta (vedoucí práce) ; Panczak, Aleš (oponent)
Práce se zabývá analýzou klinických parametrů pacientů trpících poruchou autistického spektra vyšetřených pomocí DNA mikročipů. Teoretická část je zaměřena na definování autismu a jeho jednotlivých podtypů, dále na dosud známé genetické příčiny této pervazivní vývojové poruchy a nakonec na možnosti laboratorní diagnostiky jejích genetických příčin. Mezi příčiny autismu se řadí varianty počtu kopií různých částí genomu, které leze efektivně diagnostikovat vyšetřením pomocí DNA čipů. Náš soubor čítal celkem 98 pacientů s diagnostikovaným autismem či s autistickými rysy. U všech pacientů byla provedena analýza pomocí mikročipů HumanCytoSNP-12 od firmy Illumina. U všech pacientů ze souboru byla následně provedena retrospektivní analýza několika sledovaných klinických parametrů dostupných ve zdravotnické dokumentaci. Všechna získaná data byla statisticky zpracována s cílem zjistit případné závislosti. K další podrobnější analýze pak byly vybrány dvojice parametrů, u kterých již byla určitá korelace v minulosti popsána v literatuře, nebo jsme u nich závislost očekávali. V některých případech se naše výsledky shodovaly s údaji udávanými v literatuře, v některých nikoliv. Dále bylo zkoumáno, zda existuje významný rozdíl mezi skupinou pacientů, u kterých byla zjištěna aberace, která s vysokou pravděpodobností...
|
|
|
Reciproké mikrodelece a mikroduplikace na lidských chromozómech
Sluková, Lucie ; Šolc, Roman (vedoucí práce) ; Brynychová, Iva (oponent)
Nealelická homologní rekombinace (NAHR) zprostředkovaná LCRs (low-copy repeats) produkuje v lidském genomu chromozomové přestavby, mezi něž patří mikrodelece a mikroduplikace. Tyto mutace způsobují velké množství syndromů, a proto jsou studovány stejně jako mechanismus jejich vzniku. Studie jsou umožněny rozvojem metod, s jejichž pomocí lze tyto kryptické aberace detekovat, jako je například komparativní genomová hybridizace (CGH). V současné době se často naráží na zrcadlový fenotyp k již popsaným mikrodelečním (mikroduplikačním) syndromům a genomovou analýzou se objeví přítomnost reciproké mikroduplikace (mikrodelece), která zasáhla gen citlivý na počet svých kopií nebo jiné důležité oblasti v lidském genomu. Příkladem takto postižených chromozomových oblastí (a asociovaných onemocnění) jsou regiony 1q21.1; 5q35.2-3 (Sotosův syndrom); 7q11.23 (Williams-Beurenův syndrom); 16p11.2 až 12.2 a 16p13.11; 17q11.2 (neurofibromatóza typu 1); 17p11.2-12 (CMT1A/HNPP) a 22q11.2 (DiGeorgeův syndrom a VCFS). Klíčová slova: mikroduplikace; mikrodelece; nealelické homologní rekombinace (NAHR); komparativní genomová hybridizace (CGH); zrcadlový fenotyp; reciproké přestavby.
|
host ::
RSS.