|
|
Methods for Predicting Drug Side Effects in Silico
Cicková, Pavlína ; Lexa,, Matej (oponent) ; Berka,, Karel (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Drug discovery is a field of contemporary science, which has encompassed the use of various computational methods. Wet lab approaches are costly and time-consuming and hence, in silico methods play an important role. Notwithstanding the progress of computational techniques applied in drug discovery in the last few decades, the great majority of the investigational compounds still do not succeed in reaching the final approval stage. Not only for this reason state-of-the-art drug design strategies focus on reinvestigating already approved drugs and drug similarity analyzes are crucial to consider. This work presents the development and application of a set of workflows created within the KNIME Analytics Platform which implements an approach using machine-learning methods for drug side effect prediction. The presented set of workflows deals with data retrieval, pre-processing, similarity metrics computation and data exploratory analysis. Consequently, classification models are applied to predict specific side effects of drugs. The prediction is based on similarity-based techniques. Structural and other similarities of approved drug molecules were used to train the decision tree models for the prediction of potential drug-side effect associations. The main advantage of the work is the re-usability of the applied techniques. Our set of workflows provides an environment allowing for new research questions in terms of drug similarity to be addressed. Moreover, as the workflows created within KNIME Analytics Platform provide a user-friendly graphical interface, users do not require any advanced experience in machine learning or programming to perform their studies using the designed workflows.
|
|
|
Interakce léčiv používaných v gynekologii a urologii a jejich management
Kupka, Vojtěch ; Doseděl, Martin (vedoucí práce) ; Kostřiba, Jan (oponent)
Interakce léčiv používaných v gynekologii a urologii a jejich management Autor: Kupka Vojtěch Vedoucí diplomové práce: PharmDr. Martin Doseděl, Ph.D., Katedra sociální a klinické farmacie, Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Úvod: Lékové interakce představují závažný zdravotní problém a mohou být příčinnou nežádoucích účinků a zvýšené toxicity podávaných léčiv. Cíl práce: Cílem práce bylo vytvořit přehled možných lékových interakcí u léčiv používaných v gynekologické a urologické praxi. Metodika: Z teoretického úvodu byla vybrána, pomocí webové databáze SÚKLu, léčiva registrovaná v ČR k 1. 1. 2015. Informace o lékových interakcích byly získávány a porovnávány z databází Vademecum infopharm a Micromedex. Z databáze Micromedex byly vybírány lékové interakce s kvalitou dokumentace "excellent" nebo "good". K vytvoření přehledu dostupných informací o vybraných lékových interakcí byla využita databáze PubMed (www.pubmed.gov) se zadáváním klíčových slov "základní léčivo", "drug interaction" a "interakční léčivo". Pro doplnění informací bylo také čerpáno z časopisů Praktické lékárenství, Klinická farmakologie a farmacie. V případě nenalezení relevantních informací jsem čerpal ze souhrnné informace (SPC) dílčích léčivých přípravků. Výsledky: Výsledky byly sepsány jako rešeršní...
|
|
|
Polymorfismus genů účastnících se v metabolismu léčiv jako potencionální cíl prevence závažných komplikací léčby u novorozenců a dětí.
Hronová, Karolína ; Slanař, Ondřej (vedoucí práce) ; Paluch, Zoltán (oponent) ; Hladík, Michal (oponent)
Univerzita Karlova 1. lékařská fakulta Studijní program: Biomedicína Studijní obor: Preventivní medicína MUDr. Karolína Hronová Polymorfismus genů účastnících se v metabolismu léčiv jako potenciální cíl prevence závažných komplikací léčby u novorozenců a dětí Polymorphism of drug metabolizing enzymes as a potential target of prevention of serious treatment complications in neonates and infants Disertační práce- ABSTRAKT V ČESKÉM JAZYCE Školitel: prof. MUDr. Ondřej Slanař, Ph.D. Konzultant: MUDr. Pavla Pokorná, PhD. Praha, 2018 Abstrakt Úvod a cíle: Bezpečnost analgosedativních léčiv zahrnuje lékové interakce, nežádoucí účinky, syndrom z odnětí a vznik závislosti na těchto lécích, tedy faktory významně ovlivňující morbiditu a mortalitu a jejichž prevence má zásadní význam pro zvýšení kvality péče o pediatrické pacienty. Cílem disertační práce bylo posouzení predikce účinnosti a bezpečnosti analgosedativních léčiv sufentanilu, midazolamu, tramadolu a antiepileptika kyseliny valproové u novorozenců a dětí na základě výskytu vybraných farmakogenetických biomarkerů potenciálně ovlivňujících tyto parametry. Dále byl posouzen výskyt lékových interakcí fenobarbitalu s ostatními analgosedativními léčivy. Metodika: Základem disertace jsou dvě studie, provedené na Jednotce intenzivní a resuscitační péče Kliniky...
|
|
|
Analýza činnosti Lékového informačního centra IV. - lékové interakce
Michálek, Georg ; Malá, Kateřina (vedoucí práce) ; Doseděl, Martin (oponent)
Analýza činnosti Lékového informačního centra IV. - lékové interakce Autor: Georg Michálek Školitel: PharmDr. Kateřina Malá, Ph.D. Konzultant: PharmDr. Petra Rozsívalová Katedra sociální a klinické farmacie, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové, Univerzita Karlova, Česká republika Úvod: Lékové informační centrum (LIC) Farmaceutické fakulty UK v Hradci Králové (FaF UK) a Fakultní nemocnice Hradec Králové (FN HK) vzniklo v roce 1994. Mimo jiné poskytuje informace o léčivech odborné zdravotnické veřejnosti formou včasné a výstižné odpovědi na lékové dotazy a podává tak veškeré informace o farmakoterapii včetně lékových interakcí. Cíl: Cílem diplomové práce bylo analyzovat lékové dotazy LIC FaF UK a FN HK za období 2015-2020 se zaměřením na lékové interakce. Dále bylo cílem vyřešit tři lékové dotazy zaměřené na lékové interakce. Metodika: Proběhla kvantitativní a kvalitativní analýza řešení lékových dotazů. Byly shromážděny data z řešení lékových dotazů zaměřujících se (nejen) na lékové interakce typu lék-lék, lék-bylina a lék-nemoc. Kvantitativní analýza byla s pomocí metod deskriptivní statistiky provedena na dvou úrovních: úrovni dotazů a úrovni interakcí. Na úrovni dotazů byly identifikovány a analyzovány ATC kódy vyskytující se v dotazech a na úrovni interakcí byly hodnoceny různé parametry,...
|
|
|
Analýza činnosti Lékového informačního centra IV. - lékové interakce
Michálek, Georg ; Malá, Kateřina (vedoucí práce) ; Doseděl, Martin (oponent)
Analýza činnosti Lékového informačního centra IV. - lékové interakce Autor: Georg Michálek Školitel: PharmDr. Kateřina Malá, Ph.D. Konzultant: PharmDr. Petra Rozsívalová Katedra sociální a klinické farmacie, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové, Univerzita Karlova, Česká republika Úvod: Lékové informační centrum (LIC) Farmaceutické fakulty UK v Hradci Králové (FaF UK) a Fakultní nemocnice Hradec Králové (FN HK) vzniklo v roce 1994. Mimo jiné poskytuje informace o léčivech odborné zdravotnické veřejnosti formou včasné a výstižné odpovědi na lékové dotazy a podává tak veškeré informace o farmakoterapii včetně lékových interakcí. Cíl: Cílem diplomové práce bylo analyzovat lékové dotazy LIC FaF UK a FN HK za období 2015-2020 se zaměřením na lékové interakce. Dále bylo cílem vyřešit tři lékové dotazy zaměřené na lékové interakce. Metodika: Proběhla kvantitativní a kvalitativní analýza řešení lékových dotazů. Byly shromážděny data z řešení lékových dotazů zaměřujících se (nejen) na lékové interakce typu lék-lék, lék-bylina a lék-nemoc. Kvantitativní analýza byla s pomocí metod deskriptivní statistiky provedena na dvou úrovních: úrovni dotazů a úrovni interakcí. Na úrovni dotazů byly identifikovány a analyzovány ATC kódy vyskytující se v dotazech a na úrovni interakcí byly hodnoceny různé parametry,...
|
|
|
Polymorfismus genů účastnících se v metabolismu léčiv jako potencionální cíl prevence závažných komplikací léčby u novorozenců a dětí.
Hronová, Karolína ; Slanař, Ondřej (vedoucí práce) ; Paluch, Zoltán (oponent) ; Hladík, Michal (oponent)
Univerzita Karlova 1. lékařská fakulta Studijní program: Biomedicína Studijní obor: Preventivní medicína MUDr. Karolína Hronová Polymorfismus genů účastnících se v metabolismu léčiv jako potenciální cíl prevence závažných komplikací léčby u novorozenců a dětí Polymorphism of drug metabolizing enzymes as a potential target of prevention of serious treatment complications in neonates and infants Disertační práce- ABSTRAKT V ČESKÉM JAZYCE Školitel: prof. MUDr. Ondřej Slanař, Ph.D. Konzultant: MUDr. Pavla Pokorná, PhD. Praha, 2018 Abstrakt Úvod a cíle: Bezpečnost analgosedativních léčiv zahrnuje lékové interakce, nežádoucí účinky, syndrom z odnětí a vznik závislosti na těchto lécích, tedy faktory významně ovlivňující morbiditu a mortalitu a jejichž prevence má zásadní význam pro zvýšení kvality péče o pediatrické pacienty. Cílem disertační práce bylo posouzení predikce účinnosti a bezpečnosti analgosedativních léčiv sufentanilu, midazolamu, tramadolu a antiepileptika kyseliny valproové u novorozenců a dětí na základě výskytu vybraných farmakogenetických biomarkerů potenciálně ovlivňujících tyto parametry. Dále byl posouzen výskyt lékových interakcí fenobarbitalu s ostatními analgosedativními léčivy. Metodika: Základem disertace jsou dvě studie, provedené na Jednotce intenzivní a resuscitační péče Kliniky...
|
|
|
Studium interakcí antivirálních látek s intestinálními lékovými efluxními ABC transportéry
Huličiak, Martin ; Červený, Lukáš (vedoucí práce) ; Vokřál, Ivan (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Študent: Martin Huličiak Školiteľ: PharmDr. Lukáš Červený, Ph.D. Názov diplomovej práce: Studium interakcí antivirálních látek s intestinálními lékovými efluxními ABC transportéry P-gp, MRP2 a BCRP sú efluxné transportéry, ktoré sú členmi rodiny ATP binding cassette (ABC) transportérov. Tieto transportéry sú lokalizované na apikálnej membráne črevného epitelu, kde môžu obmedziť absorpciu orálne podávaných liekov. Štúdium liekových interakcií s/na črevných efluxných transportéroch je potrebné na zabezpečenie bezpečnej a účinnej liečby. Bunková línia caco-2 je FDA odporúčaný in vitro model intestinálnej bariéry a používa sa na obojsmerné testovanie substrátov a inhibítorov ABC transportérov v predklinickom výskume. Avšak táto metodika má niekoľko nedostatkov, takže potreba zavedenia nových experimentálnych modelov sa zvyšuje a metóda ex vivo založená na ľudskom alebo potkaňom čreve je sľubnou možnosťou. Precision-cut intestinal slices (PCIS) predstavujú mini-model orgánu a obsahujú všetky typy buniek tkaniva. Použili sme in vitro model s využitím monovrstiev caco-2 buniek pre štúdium transportu liečiv a novo zavedenú ex vivo metódu PCIS pre akumulačnú štúdiu a rhodamín123 (RHD123) ako modelový substrát P-gp....
|
|
|
Drug interactions of drugs used in thyroid diseases
Teťáková, Veronika ; Malý, Josef (vedoucí práce) ; Marešová, Helena (oponent)
Lékové interakce léčiv používaných u tyreopatií Autor: Veronika Teťáková1 Vedoucí diplomové práce: PharmDr. Josef Malý, Ph.D.1 1 Katedra sociální a klinické farmacie, Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Úvod a cíl práce: Lékové interakce představují významný aspekt farmakoterapie, který může vést k potenciaci toxicity a nežádoucích účinků léčiv. Jejich identifikace a adekvátní management užívání kombinací léčiv však naráží na řadu překážek. Cílem práce bylo zesumarizování poznatků o lékových interakcích léčiv používaných v léčbě tyreopatií (levothyroxin, propylthiouracil, thiamazol) a vytvoření článků popisujících management interakcí v klinické praxi obsahující i informace pro dispenzaci léčiv. Informace uváděné v jednotlivých databázích vzájemně porovnat a zjistit míru shody mezi jednotlivými zdroji. Metodika: Na základě použití vícerých informačních zdrojů (Micromedex, UpToDate, SPC, Stockley's Drug Interactions) byly vytvořeny seznamy lékových interakcí uvedených léčiv používaných v léčbě tyreopatií. Informace o těchto interakcích byly doplněny poznatky z dalších zdrojů (PubMed®, odborné publikace, Google Scholar). Informace uváděny v jednotlivých zdrojích byly následně zhodnoceny a porovnány. Zesumarizování těchto poznatků vedlo k vytvoření článků hodnotících jednotlivé...
|
|
|
Interakce léčiv používaných v gynekologii a urologii a jejich management
Kupka, Vojtěch ; Doseděl, Martin (vedoucí práce) ; Kostřiba, Jan (oponent)
Interakce léčiv používaných v gynekologii a urologii a jejich management Autor: Kupka Vojtěch Vedoucí diplomové práce: PharmDr. Martin Doseděl, Ph.D., Katedra sociální a klinické farmacie, Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Úvod: Lékové interakce představují závažný zdravotní problém a mohou být příčinnou nežádoucích účinků a zvýšené toxicity podávaných léčiv. Cíl práce: Cílem práce bylo vytvořit přehled možných lékových interakcí u léčiv používaných v gynekologické a urologické praxi. Metodika: Z teoretického úvodu byla vybrána, pomocí webové databáze SÚKLu, léčiva registrovaná v ČR k 1. 1. 2015. Informace o lékových interakcích byly získávány a porovnávány z databází Vademecum infopharm a Micromedex. Z databáze Micromedex byly vybírány lékové interakce s kvalitou dokumentace "excellent" nebo "good". K vytvoření přehledu dostupných informací o vybraných lékových interakcí byla využita databáze PubMed (www.pubmed.gov) se zadáváním klíčových slov "základní léčivo", "drug interaction" a "interakční léčivo". Pro doplnění informací bylo také čerpáno z časopisů Praktické lékárenství, Klinická farmakologie a farmacie. V případě nenalezení relevantních informací jsem čerpal ze souhrnné informace (SPC) dílčích léčivých přípravků. Výsledky: Výsledky byly sepsány jako rešeršní...
|
host ::
RSS.