|
|
Biopolymery produkované halofilními bakteriemi a jejich role ve stresové odpovědi prokaryotických buněk
Drábková, Kateřina ; Turková, Kristýna (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Předmětem této práce je studium halofilních mikroorganismů. Hlavní část se zabývá izolací a charakterizací extracelulárního polysacharidu (EPS) produkovaného archeálním hyperosmofilním kmenem Haloferax mediteranei. Chemická struktura extracelulárního polysacharidu byla studována prostřednictvím Ramanovy spektroskopie, FTIR a prvkové analýzy. Byla zjištěna velmi nízká koncentrace sulfátových skupin, což lze interpretovat tak, že modelová struktura EPS není zcela univerzální a zastoupení jednotlivých funkčních skupin, může záviset na kultivačních podmínkách a dalších parametrech. Protektivní účinek polysacharidu byl posouzen na modelovém prokarytickém organismu Cupriavidus necator a eukaryotickém modelu – kvasince Saccharomyces cerevisiae. EPS vykazoval významné protektivní účinky vůči mražení, osmotickému stresu, vysoké teplotě a ethanolu u obou testovaných mikroorganismů.
|
|
|
Produkce vodíku bakteriemi rodu Clostridium
Sedláček, Zbyněk ; Turková, Kristýna (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá produkcí vodíku bakteriemi rodu Clostridium. Práce podává přehled o způsobech produkce vodíku uvedenými mikroorganismy, charakterizuje další biotechnologické metody a ukazuje příklady průmyslové výroby vodíku. Dále jsou popsány kvalitativní znaky a metabolismus bakterií rodu Clostridium a uvedeny příklady využitelných substrátů. K detekci a identifikaci bakterií rodu Clostridium se využívá polymerázová řetězová reakce (PCR) s rodově a druhově specifickými primery. DNA izolovaná metodou fenolové extrakce z bakteriální kultury Clostridium tyrobutyricum DSM 2637 byla amplifikována pomocí rodově specifické PCR za vzniku PCR produktů o velikosti 619 bp.
|
|
|
Studium probiotických bakterií mléčného kvašení produkujících antimikrobiální látky
Turková, Kristýna ; Doležal, Petr (oponent) ; Rada,, Vojtěch (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Soubor 68 kmenů izolovaných ze stolice plně kojených dětí a dalších zdrojů byl identifikován pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) s primery specifickými pro rod Lactobacillus, druhově specifickými primery včetně multiplexní PCR, pheS PCR, rep-PCR, RAPD-PCR a srovnáním sekvencí genů pro 16SrRNA. Dále byla sledována produkce antimikrobiálních látek pomocí agarového kapkového testu a agarového difuzního testu. Antimikrobiální bílkovinné látky v dostatečné koncentraci v supernatantu produkovalo 7 kmenů. U vybraných 3 kmenů byl sledován vliv teploty, pH a přítomnosti detergentů na inhibiční vlastnosti supernatantu. Uvedené kmeny produkovaly teplotně stabilní antimikrobiální bílkovinné látky, jejichž antimikrobiální vlastnosti neovlivňovaly testované detergenty s výjimkou SDS. Skríning DNA na přítomnost genů pro produkci bakteriocinů pomocí PCR a DNA/DNA hybridizace ukázal jejich přítomnost u 14 kmenů. U 3 kmenů byly identifikovány geny shodné s geny v genových klastrech pro gassericin K7A nebo gassericin K7B. Specifické produkty PCR byly sekvenovány a analyzovány pomocí algoritmu BLAST a programu CLUSTAL W2. U 2 kmenů byla nalezena v databázi GeneBank 100% shoda nukleotidových sekvencí se sekvencemi pro části genových klastrů gassericinu K7B, gassericinu T a acidocinu LF221B. Kmeny skupiny Lactobacillus acidophilus byly dále testovány na odolnost vůči podmínkám gastrointestinálního traktu, na adhezi na Caco-2 buňky a na rezistenci vůči antibiotikům. Skríningem DNA všech kmenů pomocí specifických primerů byla zjištěna přítomnost genu pro produkci histidin dekarboxylázy u 7 kmenů, gen pro produkci tyrosin dekarboxylázy byl detegován u 1 kmene a gen pro linoleát izomerázu u 4 kmenů. Pomocí optimalizovaného postupu imunomagnetické separace buněk s využitím biotinylované protilátky anti-Lactobacillus a magnetických nosičů s navázaným streptavidinem byly buňky kmene L. rhamnosus LOCK 0900 separovány z tekutého MRS media, UHT mléka a bílého jogurtu v dostatečném množství pro detekci pomocí PCR.
|
|
|
Isolace, identifikace a charakterizace extremofilů schopných produkce PHA
Vlasáková, Terézia ; Turková, Kristýna (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Predložená diplomová práca sa zameriava na izoláciu a identifikáciu termofilných mikroorganizmov schopných produkcie polyhydroxyalkanoátov (PHA) vo vzorke aktivovaného kalu z čističky odpadových vôd. Z aktivovaného kalu bolo pomocou kultivačných techník a metód molekulárnej biológie vyizolovaných 6 vzoriek, ktoré boli na základe nukleotidových sekvencií génu 16S rRNA bližšie identifikované a zaradené k bakteriálnemu rodu Anoxybacillus. Tieto vzorky obsahovali gén phaC kódujúci PHA syntázu a poskytovali pozitívnu odozvu na detekciu intracelulárnych lipidických štruktúr farbením kolónií Nílskou červeňou. Produkcia PHA s vybranými izolátmi však nebola úspešná. Dôvodom mohlo byť nevyhovujúce produkčné médium či nastavené podmienky produkcie. Pozitívny fenotypový výsledok pri farbení Nílskou červeňou bol zrejme spôsobený produkciou veľkého množstva lipidu poskytujúceho podobnú fluorescenciu ako granule PHA.
|
|
|
Metody identifikace PHA produkujících bakterií
Skřivanová, Veronika ; Turková, Kristýna (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá testováním, optimalizací a porovnáním metod vhodných pro identifikaci bakterií produkujících polyhydroxyalkanoáty. V rámci práce byly využity metody kultivační a mikroskopické, kde byly bakteriální buňky barveny lipofilními barvivy Nilská červeň a Sudánová čerň. Dále byla využita průtoková cytometrie a metody spektroskopické, a to Ramanova spektroskopie a infračervená spektroskopie s Fourierovou transformací a také metody molekulárně biologické, kde byla analyzována přítomnost genu kódujícího PHA syntázu (phaC) pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR). PCR test se skládá ze dvou reakcí, v první reakci je phaC gen amplifikován společně s 16S rRNA oblastí společnou pro všechny bakterie (multiplexní PCR). Druhá reakce je pak specifická pro PHA syntázu katalyzující biosyntézu mcl-PHA. Podle výsledků práce je při identifikaci PHA produkujících kmenů za účelem eliminace falešně pozitivních výsledků metod analyzujících genotyp a falešně negativních výsledků metod zkoumající fenotyp kombinovat oba přístupy. Jako velice perspektivní se jeví kombinace PCR pro stanovení přítomnosti phaC genu a následné analýzy přítomnosti PHA v bakteriálních buňkách. K tomuto účelu se nám nejlépe osvědčila Ramanova mikrospektroskopie, která je schopna zachytit i nízký obsah PHA v buňkách a zároveň nehrozí záměna PHA za jiné lipidické látky. Výsledky práce poskytují přehled testovaných metod, jejich výhody a nevýhody a také porovnání různých kritérií, dle kterých je možné vybrat metodu identifikace v závislosti na nastavených požadavcích.
|
|
|
Isolace, identifikace a charakterizace extremofilů schopných produkce PHA
Vlasáková, Terézia ; Turková, Kristýna (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Predložená diplomová práca sa zameriava na izoláciu a identifikáciu termofilných mikroorganizmov schopných produkcie polyhydroxyalkanoátov (PHA) vo vzorke aktivovaného kalu z čističky odpadových vôd. Z aktivovaného kalu bolo pomocou kultivačných techník a metód molekulárnej biológie vyizolovaných 6 vzoriek, ktoré boli na základe nukleotidových sekvencií génu 16S rRNA bližšie identifikované a zaradené k bakteriálnemu rodu Anoxybacillus. Tieto vzorky obsahovali gén phaC kódujúci PHA syntázu a poskytovali pozitívnu odozvu na detekciu intracelulárnych lipidických štruktúr farbením kolónií Nílskou červeňou. Produkcia PHA s vybranými izolátmi však nebola úspešná. Dôvodom mohlo byť nevyhovujúce produkčné médium či nastavené podmienky produkcie. Pozitívny fenotypový výsledok pri farbení Nílskou červeňou bol zrejme spôsobený produkciou veľkého množstva lipidu poskytujúceho podobnú fluorescenciu ako granule PHA.
|
|
|
Biopolymery produkované halofilními bakteriemi a jejich role ve stresové odpovědi prokaryotických buněk
Drábková, Kateřina ; Turková, Kristýna (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Předmětem této práce je studium halofilních mikroorganismů. Hlavní část se zabývá izolací a charakterizací extracelulárního polysacharidu (EPS) produkovaného archeálním hyperosmofilním kmenem Haloferax mediteranei. Chemická struktura extracelulárního polysacharidu byla studována prostřednictvím Ramanovy spektroskopie, FTIR a prvkové analýzy. Byla zjištěna velmi nízká koncentrace sulfátových skupin, což lze interpretovat tak, že modelová struktura EPS není zcela univerzální a zastoupení jednotlivých funkčních skupin, může záviset na kultivačních podmínkách a dalších parametrech. Protektivní účinek polysacharidu byl posouzen na modelovém prokarytickém organismu Cupriavidus necator a eukaryotickém modelu – kvasince Saccharomyces cerevisiae. EPS vykazoval významné protektivní účinky vůči mražení, osmotickému stresu, vysoké teplotě a ethanolu u obou testovaných mikroorganismů.
|
|
|
Archiv nakladatelství Fr. A. Urbánek
Turková, Kristýna ; Gabrielová, Jarmila (oponent) ; Ottlová, Marta (vedoucí práce)
Hlavní částí práce je soupis torza archivu nakladatelství Fr. A. Urbánek, nacházejícího se v knihovně Ústavu hudební vědy Filozofické fakulty Univerzity Karlovy v Praze. Textová část obsahuje dvě obecné kapitoly, přibližující dobové vydávání hudebnin i samotné Urbánkovo nakladatelství. Třetí kapitola pak hodnotí a porovnává zpracované prameny s archiváliemi uloženými v dalších pražských institucích. Cílem je vymezení okruhu pramenů, které mohly být součástí původního archivu tohoto nakladatelství.
|
|
|
Metody identifikace PHA produkujících bakterií
Skřivanová, Veronika ; Turková, Kristýna (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá testováním, optimalizací a porovnáním metod vhodných pro identifikaci bakterií produkujících polyhydroxyalkanoáty. V rámci práce byly využity metody kultivační a mikroskopické, kde byly bakteriální buňky barveny lipofilními barvivy Nilská červeň a Sudánová čerň. Dále byla využita průtoková cytometrie a metody spektroskopické, a to Ramanova spektroskopie a infračervená spektroskopie s Fourierovou transformací a také metody molekulárně biologické, kde byla analyzována přítomnost genu kódujícího PHA syntázu (phaC) pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR). PCR test se skládá ze dvou reakcí, v první reakci je phaC gen amplifikován společně s 16S rRNA oblastí společnou pro všechny bakterie (multiplexní PCR). Druhá reakce je pak specifická pro PHA syntázu katalyzující biosyntézu mcl-PHA. Podle výsledků práce je při identifikaci PHA produkujících kmenů za účelem eliminace falešně pozitivních výsledků metod analyzujících genotyp a falešně negativních výsledků metod zkoumající fenotyp kombinovat oba přístupy. Jako velice perspektivní se jeví kombinace PCR pro stanovení přítomnosti phaC genu a následné analýzy přítomnosti PHA v bakteriálních buňkách. K tomuto účelu se nám nejlépe osvědčila Ramanova mikrospektroskopie, která je schopna zachytit i nízký obsah PHA v buňkách a zároveň nehrozí záměna PHA za jiné lipidické látky. Výsledky práce poskytují přehled testovaných metod, jejich výhody a nevýhody a také porovnání různých kritérií, dle kterých je možné vybrat metodu identifikace v závislosti na nastavených požadavcích.
|
|
|
Studium probiotických bakterií mléčného kvašení produkujících antimikrobiální látky
Turková, Kristýna ; Doležal, Petr (oponent) ; Rada,, Vojtěch (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Soubor 68 kmenů izolovaných ze stolice plně kojených dětí a dalších zdrojů byl identifikován pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) s primery specifickými pro rod Lactobacillus, druhově specifickými primery včetně multiplexní PCR, pheS PCR, rep-PCR, RAPD-PCR a srovnáním sekvencí genů pro 16SrRNA. Dále byla sledována produkce antimikrobiálních látek pomocí agarového kapkového testu a agarového difuzního testu. Antimikrobiální bílkovinné látky v dostatečné koncentraci v supernatantu produkovalo 7 kmenů. U vybraných 3 kmenů byl sledován vliv teploty, pH a přítomnosti detergentů na inhibiční vlastnosti supernatantu. Uvedené kmeny produkovaly teplotně stabilní antimikrobiální bílkovinné látky, jejichž antimikrobiální vlastnosti neovlivňovaly testované detergenty s výjimkou SDS. Skríning DNA na přítomnost genů pro produkci bakteriocinů pomocí PCR a DNA/DNA hybridizace ukázal jejich přítomnost u 14 kmenů. U 3 kmenů byly identifikovány geny shodné s geny v genových klastrech pro gassericin K7A nebo gassericin K7B. Specifické produkty PCR byly sekvenovány a analyzovány pomocí algoritmu BLAST a programu CLUSTAL W2. U 2 kmenů byla nalezena v databázi GeneBank 100% shoda nukleotidových sekvencí se sekvencemi pro části genových klastrů gassericinu K7B, gassericinu T a acidocinu LF221B. Kmeny skupiny Lactobacillus acidophilus byly dále testovány na odolnost vůči podmínkám gastrointestinálního traktu, na adhezi na Caco-2 buňky a na rezistenci vůči antibiotikům. Skríningem DNA všech kmenů pomocí specifických primerů byla zjištěna přítomnost genu pro produkci histidin dekarboxylázy u 7 kmenů, gen pro produkci tyrosin dekarboxylázy byl detegován u 1 kmene a gen pro linoleát izomerázu u 4 kmenů. Pomocí optimalizovaného postupu imunomagnetické separace buněk s využitím biotinylované protilátky anti-Lactobacillus a magnetických nosičů s navázaným streptavidinem byly buňky kmene L. rhamnosus LOCK 0900 separovány z tekutého MRS media, UHT mléka a bílého jogurtu v dostatečném množství pro detekci pomocí PCR.
|
host ::
RSS.