|
|
Differential discovery of protein features using tandem mass spectrometry
Wybitul, Evžen ; Kratochvíl, Miroslav (vedoucí práce) ; Pluskal, Tomáš (oponent)
Disulfidické můstky hrají důležitou roli při skládání proteinů a mají velký vliv na jejich funkci. K určování polohy disulfidických můstků v proteinech se často používá tandemová hmotnostní spektrometrie v kombinaci s manuální nebo výpočetní interpretací výsledků. V této práci představujeme progam Dibby, který má za cíl charakterizovat disulfidické můstky v proteinu. Dibby identifikuje proteinové fragmenty ve fragmentačních spektrech a s jejich po- mocí určuje, kde v proteinu se disulfidické můstky nacházejí. Použitý iden- tifikační algoritmus zvládá identifikovat i komplexní fragmenty s několika disulfidickými můstky, kterých si jiné metody často nevšimnou. Abychom při identifikaci fragmentů zmenšili vyhledávací prostor, využíváme metodu rozděl a panuj a metodu větví a mezí. Pomocí evaluace na naměřených i na uměle vygenerovaných datasetech jsme ověřili, že Dibby jen s minimálními manuálními zásahy správně rozpozná velkou část přítomných disulfidických můstků. 1
|
|
|
Optimization of warehouse locations by evolutionary algorithms
Nagy, Marek ; Neruda, Roman (vedoucí práce) ; Kratochvíl, Miroslav (oponent)
V tejto práci navrhujeme algoritmus pre riešenie problému warehouse location-routing problem. Úloha representuje náročný problém kombinatorickej optimalizácie, ktorý má veľký praktický význam v logistickom použití. Ide o kombináciu viacerých dobre známych problémov, ktoré nemôžeme riešiť oddelene a preto k tomu pristupujeme ako k úplne novému problému. Predstavujeme Evolučné algoritmy a ich základné koncepty ako aj definujeme náš špecifický problém presnejšie a používame odvetvie Evolučných algoritmov, aby sme op- timalizovali umiestnenie skladov na danej mape. Keďže náš hlavný cieľ je optimalizovať čas dodania, tiež spustíme experimenty, aby sme zistili ako spomínaný algoritmus pracuje v provnaní s Evolučným algoritmom optimalizujúcim vzdialenosť. Tiež neberieme do úvahy cenu samotného skladu ani cenu za uloženie a cenu nákladných vozidiel, keďže cieľ tejto práce je optimalizovať čas. 1
|
|
|
Remixing OSM maps using recurrent neural networks
Sedlák, Filip ; Kratochvíl, Miroslav (vedoucí práce) ; Kruliš, Martin (oponent)
Generovanie náhodných realistických máp je žiadaná metóda generovania obsahu pre zábavný priemysel. Neurónové siete poskytujú výkonné výpoč- tové schopnosti, ktoré sa osvedčili v mnohých oblastiach. Táto práca popisuje algoritmus, ktorý prispôsobuje dáta z reálneho sveta pre učenie Rekurent- ných Neurónových Sietí (RNN) inšpirované pixelovo rekurentnými RNN. Al- goritmus bol zostrojený na generovanie mapy nadmorských výšok, ciest, riek a budov. Výsledky sú testované a vyhodnotené na viacerých vybraných oblastiach z reálneho sveta. Tento algoritmus ukazuje schopnosť sa učiť a vytvárať náhodné realistické mapy založené na vstupných údajoch užívateľa a tréningových dátach. Generácia ciest a riek ukázala slabšie výsledky. Gen- erácia budov ukázala neuspokojivé výsledky. 1
|
|
|
Additive Pairs in Quantitative Type Theory
Svoboda, Tomáš ; Šefl, Vít (vedoucí práce) ; Kratochvíl, Miroslav (oponent)
Jan závislé, tak lineární typy mají své kýžené vlastnosti. Zatímco závislé typy mo- hou vyjádřit závislosti mezi vstupy a výstupy funkcí, lineární typy umožňují kontrolu nad používáním zdrojů. Kombinace těchto dvou systémů byla složitá kvůli dvou různým interpretacím výskytu proměnné v kontextu. Teorie kvantitativních typů (QTT) kom- binuje závislé a lineární typy použitím polookruhů ke sledování druhů spotřeby každé proměnné. Tato práce rozšiřuje QTT o aditivní páry a aditivní jednotky, formuluje kompletní QTT pravidla ve formě oboustranného typování, a prezentuje náš interpret jednoduchého jazyka založeného na QTT. 1
|
|
|
Remixing OSM maps using recurrent neural networks
Sedlák, Filip ; Kratochvíl, Miroslav (vedoucí práce) ; Kruliš, Martin (oponent)
Generovanie náhodných realistických máp je žiadaná metóda generovania obsahu pre zábavný priemysel. Neurónové siete poskytujú výkonné výpoč- tové schopnosti, ktoré sa osvedčili v mnohých oblastiach. Táto práca popisuje algoritmus, ktorý prispôsobuje dáta z reálneho sveta pre učenie Rekurent- ných Neurónových Sietí (RNN) inšpirované pixelovo rekurentnými RNN. Al- goritmus bol zostrojený na generovanie mapy nadmorských výšok, ciest, riek a budov. Výsledky sú testované a vyhodnotené na viacerých vybraných oblastiach z reálneho sveta. Tento algoritmus ukazuje schopnosť sa učiť a vytvárať náhodné realistické mapy založené na vstupných údajoch užívateľa a tréningových dátach. Generácia ciest a riek ukázala slabšie výsledky. Gen- erácia budov ukázala neuspokojivé výsledky. 1
|
|
|
Škálovatelná navigace vozidel na dynamických grafech
Polický, Adam ; Kratochvíl, Miroslav (vedoucí práce) ; Švancara, Jiří (oponent)
Algoritmy pro hledání nejkratších cest ve velkých grafech tvoří nezbytnou část mnoha moderních navigačních systémů. Tento problém je ale při navigaci vozidel komplikovaný dynamičností silniční sítě, především uzavírkami a změnami v provozu, což omezuje ap- likaci mnoha bězných optimalizací. Cílem této práce je navrhnout algoritmus pro hledání cest ve velkých grafech, který je škálovatelný a efektivní díky tomu, že minimalizuje počet navštívených, v paměti uložených objektů. Docílilo se toho iterativním zjednodušováním grafu do vrstevnaté aproximativní struktury a vyvinutím modifikované verze Dijkstrova algoritmu, která na ní umožnuje efektivní navigaci. Výsledky ukazují, že navrhovaný algoritmus prozkoumá 4× méně grafových objektů než A* a 14× méně než Dijkstra. Dosahuje tak lepšího výkonu na úkor o něco delších nalezených cest. Kromě toho je tato vrstevnatá struktura schopna přizpůsobit se změnám v původním grafu, což umožňuje algoritmu pracovat i na měnící se síti bez náročných přepočtů. 1
|
|
|
Applications of graph theory in protein function prediction
Kalábová, Nikola ; Hartman, David (vedoucí práce) ; Kratochvíl, Miroslav (oponent)
Rapidní vývoj celogenomových sekvenačních metod a jejich snižující se cena za- příčinila existenci velkého množství osekvenovaných genomů. Vývoj spolehlivých in-silico metod pro anotaci rychle rostoucího počtu osekvenovaných genomů představuje výzvu pro moderní biologii. V práci představujeme způsob predikce funkce proteinů, založený na aplikaci teorie grafů v protein-protein interakčních sítích a identifikujeme jeho silné a slabé stránky. Tento přístup poté ilustrujeme na vybraných algoritmech založených na různých myšlenkách. Představené algoritmy porovnáváme a vyhodnocujeme jejich spolehlivost. 1
|
|
|
Podpora tokenizace pro Diff a Patch
Antoniewicz, Arkadiusz Martin ; Kratochvíl, Miroslav (vedoucí práce) ; Horký, Vojtěch (oponent)
Algoritmy na porovnávanie súborov a pomocné programy "diff", "patch" a "diff3" sa často používajú v programovaní za účelom porovnávania kódu a v mnohých systémoch správy verzií. Napriek užitočnosti sú výsledky týchto nástrojov striktne orientované na riadky, čo môže komplikovať spracovanie rôznych formátov textov, ako je napríklad obyčajný text, značkovací jazyk a rôzne ďalšie formáty, v ktorých nie sú zlomy riadkov významné. Táto práca popisuje a implementuje prispôsobiteľnú verziu týchto nástrojov, ktoré umožňujú používateľovi určiť ľubovoľnú tokenizáciu vstupu, čoho dôsledkom ľahké diferencovanie, opravovanie a zlučovanie zmien obsahu, ktorý nie je podporovaný tradičným programom "diff". Práca sa zaoberá novovzniknutým problémom vysporadúvania sa s bielymi znakmi. 1
|
|
|
Interactive environment for flow-cytometry data analysis
Molnárová, Soňa ; Kratochvíl, Miroslav (vedoucí práce) ; Pacovský, Jan (oponent)
Pr·toková cytometrie je metoda pro měření chemických vlastností jed- notlivých buněk v roztoku, s aplikacemi v biologickém a klinickém výzkumu. Nedávny pokrok technologií pr·tokové cytometrie umožňuje mimořádně snadně vyrobit větší soubory dat, které popisují další zajímavé jevy, které vytváří nové výzvy pro zpracování dat a softwaru pro analýzu. Tato práce popisuje a implementuje prototyp softwaru, který zjednodušuje zpracování dat im- plementací interaktivního pipeline editoru pro analýzu, který je navržen tak, aby efektivně zpracovával obrovské soubory dat. Funkcionalita soft- waru je demonstrována implementací nejnovějšího algoritmu analýzy dat a porovnáním efektivity zdroj· s typickým nástrojem pro analýzu v pro- gramu R. Budoucí využití softwaru biology a lékaři je usnadněno poskytnutím jednoduchého rozhraní pro přidávání nových algoritm·, čímž se rozšiřuje funkčnost. 1
|
|
|
High-performance exploration and querying of selected multi-dimensional spaces in life sciences
Kratochvíl, Miroslav ; Bednárek, David (vedoucí práce) ; Glaab, Enrico (oponent) ; Svozil, Daniel (oponent)
Tato práce studuje, implementuje a experimentuje se specifickými, aplikačně orien- tovanými přístupy pro prozkoumávání a dotazování multimediálních dat. První část práce zkoumá indexování komplexního prostoru chemických sloučenin a popisuje návrh vysoce výkonného systému pro dotazování v databázích malých molekul. Výsledný sys- tém je následně využit v širším kontextu federovaného vyhledávání v heterogenních dat- ech a metadatech souvisejících s chemickými informačními zdroji. V druhé části se práce zaměřuje na rychlou vizualizaci a prohledávání mnohadimenziálních dat pocháze- jících z jednobuněčné průtokové cytometrie. Ze samoorganizačních map odvozuje rychlé metody pro analýzu dat, a využívá je jako základ pro nový vizualizační algoritmus. Podobný přístup zpracování dat je nakonec využit pro vysoce interaktivní prohledávání multimediálních dat. Hlavní příspěvky a výsledky práce se sestávají z pokroku v opti- malizaci metod pro dotazování chemických dat implementovaných v databázi Sachem, federovaného rozhraní pro Sachem založeného na jazyce SPARQL které poskytuje pod- poru pro heterogenního dotazování, algoritmu EmbedSOM pro redukci dimenzionality, návrhu a implementace specifických analytických nástrojů pro průtokovou a hmotnos- tní cytometrii odvozených od algoritmu EmbedSOM, a návrhu a implementace...
|
host ::
RSS.