|
|
Regulace nástupu kvetení u dřevin
Čermák, Vladimír ; Mašková, Petra (vedoucí práce) ; Čermák, Vojtěch (oponent)
Nástup kvetení je pro dřeviny mírného pásu velice důležitý proces a jeho špatné načasování může způsobit poškození květů a ztrátu úrody. I když je tento proces dobře popsán u jednoletých bylin, jako je například Arabidopsis thaliana, u dřevin stále mnoho otázek zůstává nezodpovězených. Tato práce sumarizuje poznatky o mechanismech nástupu kvetení u dřevin, a to ve srovnání s poznatky dosaženými u modelových rostlin, zejména Arabidopsis thaliana, včetně faktorů zapojených v regulaci procesu kvetení. Konkrétně jsou to FT-like geny a TFL1- like geny, které hrají důležitou roli při regulaci indukce kvetení, a jsou proto podrobně diskutovány. U dřevin mírného pásu následuje po indukci kvetení, ještě před rozkvětem, období dormance. Periodická regulace tohoto stavu je řízena endogenně a krom jiných faktorů je ovlivněna expresí genů DAM. Genetické mechanismy regulující ukončení endodormance u dřevin jsou nápadně podobné vernalizaci u bylin. Hlubší pochopení procesů jako je indukce kvetení a ukončení endodormance nám může pomoci při vývoji kultivarů s modifikovanou dobou kvetení.
|
|
|
Kinematický záznam jurské obdukce oceánské kůry v Západních Karpatech
Čermák, Vojtěch ; Jeřábek, Petr (vedoucí práce) ; Vojtko, Rastislav (oponent)
Práce je zaměřena na problematiku deformačního záznamu jurské subdukce meliatského oceánského prostoru v oblasti Západních Karpat. Tato oceánská doména se otevřela během středního triasu a k jejímu uzavírání došlo na hranici střední a svrchní jury. Dokladem existence oceánské domény jsou sedimentární horniny oceánského původu, glaukofanitizované bazalty a serpentinizované ultramafické horniny v oblasti předpokládané suturní zóny. Metabazalty, jejichž chemismus odpovídá přechodnému složení mezi bazalty středooceánských riftů a ostrovních oblouků, prodělaly vysokotlakou, nízkoteplotní metamorfózu, což dokládá, že byly během subdukce zataženy do velkých hloubek a později exhumovány do spodních partií akrečního klínu. Vlastní výzkum byl zaměřen na identifikaci deformačního záznamu v jednotkách jižního Gemerika, Meliatské jednotce (příkrov Bôrky) a Silickém příkrovu Na základě analýzy deformačních struktur byly ve studované oblasti identifikovány čtyři deformační události D1 - D4. Deformace D1 - D3, které se projevily různě v různých jednotkách, ukazují na zhruba východo-západní směr komprese související se subdukcí Meliatské oceánské desky, exhumací jejích částí do akrečního komplexu nad subdukční zónou a přesouváním těchto horninových komplexů přes jednotku Gemerika. Deformace D4 postihla všechny...
|
|
|
Kinematický záznam jurské obdukce oceánské kůry v Západních Karpatech
Čermák, Vojtěch ; Jeřábek, Petr (vedoucí práce) ; Vojtko, Rastislav (oponent)
Tato práce je zaměřena na problematiku jurské subdukce meliatského oceánského prostoru v oblasti Západních Karpat. Tato oceánská pánev se otevřela během středního triasu a zavřela se koncem střední jury. Dokladem existence této oceánské pánve jsou sedimentární horniny oceánského původu a glaukofanitizované bazalty v oblasti předpokládané suturní zóny. Metabazalty, jejichž chemismus odpovídá přechodnému složení mezi bazalty středooceánských riftů a ostrovních oblouků, prodělaly vysokotlakou, nízkoteplotní metamorfózu, což dokládá, že byly během subdukce zataženy do velkých hloubek a později exhumovány do spodních partií akrečního klínu. Praktická část této práce je zaměřena na prezentaci dat z měření krystalografické orientace kalcitových zrn v mramorech, které se vyskytují spolu s metabazalty v příkrovu Bôrky. Klíčová slova: Západní Karpaty; příkrov Bôrky; Turnaikum; Silický příkrov; subdukce; sutura;
|
|
|
The role of histone post-translational modifications in the regulation of gene expression in plants
Chromý, Jakub ; Čermák, Vojtěch (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
Štruktúra chromatínu, génová expresia a následne i mnohé dôležité aspekty rastlinného vývinu podliehajú epigenetickej regulácii. V rámci epigenetickej regulácie, históny a ich modifikácie zohrávajú ústrednú úlohu. N-konce histónov sú dynamicky modifikované kovalentnými posttranslačnými modifikáciami (PTM). Tieto modifikácie sú kľúčové pri modulácii a regulácii štruktúry chromatínu a tak i génovej expresie. Jedným z procesov citlivo regulovaných na epigenetickej úrovni je práve kvitnutie krytosemenných rastlín. Kvitnutie predstavuje veľmi komplexný dej, zaujímavý ako z pohľadu štúdia epigenetickej regulácie, tak i praktického uplatnenia. V tejto práci zhrňujem doterajšie poznatky o úlohe posttranslačných modifikácií histónov v regulácii génovej expresie u rastlín, zameranej predovšetkým na dvoch ústredných regulátorov kvitnutia u Arabidopsis - FLC a FT.
|
|
|
Efficiency, predictability and liquidity in the commodity futures markets
Čermák, Vojtěch ; Krištoufek, Ladislav (vedoucí práce) ; Čech, František (oponent)
Tato práce zkoumá efektivitu několika CME komoditních futures a její vztah k likviditě během desetiletého období. Cílem je najít ARMA model, který je lepší než šum z pohledu kvality předpovědi a dále provést analýzu likvidity daného trhu v případě že se nám podaří takový model nalézt. Toto je provedeno porovnáváním vybraných ARMA modelů ku šumu. K tomu je použit Diebolt - Mariano test na chyby v předpovědi získané pseudo out - of - sample analýzou za použití klouzavého okna s opětovnou regresí. Další analýza se zabývá vybranými faktory které mohou ovlivnit velikost DM statistiky. Hlavním zjištěním je, že pro téměř každou komoditu jsme schopni nalézt dostatečně malé období, kde je ARMA model lepší než šum. Pro většinu komodit je toto období tak malé, že na nemá vliv na hypotézu efektivních trhů. Jen pro palladium a lean hog futures jsme schopni nalézt toto období větší než rok. Tyto dvě komodity ukazují silné známky neefektivity, která vychází z toho, že schopnost predikovat není vyvážena sníženou likviditou v daném období.
|
|
|
Studium mechanismu posttranskripčního a transkripčního umlčování transgenů v buněčné linii tabáku BY-2
Čermák, Vojtěch ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Moravec, Tomáš (oponent)
RNA interference je jedním z mechanismů, který umožňuje buňkám regulovat aktivitu genů, ovlivňovat tvorbu a udržování heterochromatinu a chránit je před invazivními nukleovými kyselinami. U rostlin je RNA interference spouštěna přítomností dvoušroubovicové RNA, která je štěpena proteinem Dicer na malé RNA o délce převážně 20-24nt. Tyto malé RNA mohou v komplexu s proteinem Argonaut na základě sekvenční komplementarity řídit štěpení mRNA, blokování translace, či modifikace chromatinu. V důsledku tak může být genová exprese umlčována buď posttranskripčně (tím že je bráněno vzniku proteinu z již vytvořené mRNA, PTGS) a nebo transkripčně (tím že je bráněno vzniku transkriptu, TGS). Záměrem této práce bylo připravení různých způsobů spouštění posttranskripčního umlčování a porovnání jejich funkčnosti a účinnosti. Dalším krokem pak byla příprava systému, který by měl umožnit sledování jednotlivých kroků přechodu posttranskripčního umlčování na umlčování transkripční. Tyto tzv. indikátorové linie by měly dovolit sledovat časování a dynamiku tohoto procesu s využitím fluorescenčních proteinů. Připravovaný systém umožní také vyhodnocení různých faktorů na průběh tohoto procesu - jedním z nich je RNA-dependentní RNA polymeráza 6, která hraje hlavní roli v samovolném spouštění PTGS. V práci je použita jako modelový...
|
|
|
RNA interference u rostlin
Čermák, Vojtěch ; Kulich, Ivan (oponent) ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce)
RNA interference je jedním z dějů, které umožňují v buňkách regulovat aktivitu genů. Tento proces je většinou spouštěn přítomností dvoušroubovicové RNA v buňce. Z takovéto RNA mohou být vyštěpovány duplexy malých RNA, většinou o délce 20-25 nukleotidů, za pomoci proteinu zvaného Dicer. Jednovláknové malé RNA uvolněné z těchto duplexů jsou základním kamenem RNA interference a lze je třídit do několika skupin na základě jejich biogeneze. U rostlin se setkáváme s miRNA a siRNA. Malé RNA asociují s proteinem zvaným Argonaut a navádějí jej na základě sekvenční komplementarity k cílové molekule. Argonaut může fungovat buďto sám nebo v komplexu s jinými proteiny. V závislosti na charakteru proteinů účastnících se tohoto děje spouští malé RNA různorodé procesy, které mohou vést ke štěpení mRNA (proces, na který stačí samotný komplex Argonaut a malá RNA), blokování translace nebo modifikacím chromatinu. S RNA interferencí se lze setkat u většiny Eukaryot, kde hraje roli ve vývoji organismů, jejich reakci na stres, úpravách chromatinu a také v obraně proti virům. U rostlin se setkáváme s rozmanitou škálou mechanismů, kterými může RNAi fungovat a kterým začínáme teprve postupně rozumět a doceňovat jejich význam.
|
|
| |
host ::
RSS.