|
|
Mezidruhová hybridizace u rákosníků rodu Acrocephalus
Majerová, Veronika ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Kotlík, Petr (oponent)
Rákosníci rodu Acrocephalus prodělali během posledních několika milionů letadaptivní radiaci, která dala vzniknout třiceti jedna druhům obývajících předevšímEurasii, Afriku a Austrálii. Většina druhů je morfologicky velmi podobná, liší sevšak ekologickými nároky, migrační strategií a zpěvem. Mezi jednotlivými druhydochází v přírodě k hybridizaci a to nejen mezi sesterskými druhy, ale i mezifylogeneticky relativně vzdálenými. Hlavním cílem této studie bylo zjistit, jestlitato hybridizace vede ke genovému toku mezi druhy a jaké faktory míru genovéhotoku ovliňují. Za tímto účelem jsme provedli detailní populačně genetickou analýzuu tří evropských druhů rákosníků rodu Acrocephalus, podrodu Notiocichla:rákosníka obecného (A. scirpaceus), rákosníka zpěvného (A. palustris) a rákosníkapokřovního (A. dumetorum). Naše výsledky založené na analýze sekvenčních datz osmi jaderných lokusů ukazují, že ke genovému toku mezi studovanými druhydochází, ale vždy jen v jednom směru. Genový tok je vyšší mezi genetickypříbuznějšími druhy než mezi ekologicky podobnějšími druhy, kteří mají vícepříležitostí k hybridizaci. Odhadli jsem také, že rákosník obecný a rákosník zpěvnýdivergovali zhruba před 1,1 milionem let a rákosník pokřovní a předek rákosníkaobecného a rákosníka zpěvného zhruba před 2,5 miliony let. U dvou lokusů...
|
|
|
Konflikty genů a speciace
Kropáčková, Lucie ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent)
V této bakalářské práci se budu zabývat genovými konflikty a jejich uplatněním při vzniku nových druhů. Genové konflikty mohou vést především k vytvoření postzygotické reprodukční bariéry mezi nově vznikajícími druhy. Příkladem takového konfliktu může být meiotický tah na pohlavních chromozomech, který vychyluje poměr pohlaví a zdá se, že hraje roli při vzniku hybridní sterility samců. Dalším příkladem může být genomový imprinting způsobující abnormální placenty a embryonální vývoj u mezidruhových hybridů. Koevoluční zápas mezi cytoplazmatickými a jadernými geny může být příčinou sterility pylu u hybridů rostlin. Podobně navozuje vnitrobuněčná bakterie Wolbachia cytoplazmatické nekompatibility u živočichů. Také mobilizace transpozonů může vést k poruchám ve vývoji hybridů.
|
|
| |
|
|
Speciation genomics in nightingales
Mořkovský, Libor ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent) ; Piálek, Lubomír (oponent)
Shrnutí Speciacejeobvyklepomalýproces,kdesečasměřívtisícíchažmilionechlet.Todělávýzkum speciaceobtížným,protože"celou"speciacinelzeanipozorovat,anisníexperimentálněma- nipulovat.Nejvíceinformacíospeciacinámposkytnepodrobnápopulačnístrukturaspolečně s rekonstruovanou populační historií vybraných populací, které považujeme za vznikající nebo nedávno vzniklé druhy. Díky nedávnému vzestupu nových sekvenačních metod lze nyní zjistit genotypy mnoha jedinců ve velkém rozlišení za přijatelnou cenu. Výzkum spe- ciace tím získává nové obzory. Speciace totiž není jeden konkrétní proces, který se pokaždé odehraje podle stejného scénáře, ale spíše symfonie různých událostí, jež vedou v konečném důsledku k (trvalé) reprodukční izolaci dvou subpopulací. Proto je k pochopení celého feno- ménudůležitézkoumatpříkladyurůznýchmodelovýchsystémů.Myjsmesizvolilidvadruhy slavíků(LuscinialusciniaaL.megarhynchos),kteréseoddělilypředzhruba1,8 milionemlet, pravděpodobnědíkyposunůmzaledněníběhemstřídánídobledových.Našímhlavnímcílem bylopomocínovýchsekvenačníchmetod(1)detekovatmezidruhovéhybridy,(2)odhadnout úroveň genového toku mezi druhy, (3) najít oblasti v genomu slavíka, které podmiňují reprodukční izolaci mezi druhy a konečně (4) prozkoumat roli chromosomu Z při speciaci....
|
|
|
Evoluční význam smíšených zpěvů v kontaktní zóně dvou druhů slavíků
Kohoutová, Hana ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Sedláček, Ondřej (oponent)
Zpěv je důležitý nástroj komunikace u ptáků. U některých druhů ptáků dochází ke kopírování zpěvu od jiných druhů. Toto heterospecifické kopírování zpěvů je časté zejména u blízce příbuzných druhů ptáků, kde se označuje jako tzv. smíšené zpěvy. Smíšené zpěvy bývají často asymetrické, kdy kopíruje pouze jeden z dvojice druhů. Význam smíšených zpěvů není zatím příliš prozkoumán. Nejčastější příčinou vzniku je pravděpodobně chyba během fáze učení zpěvu, ale v některých případech je možné, že mají smíšené zpěvy i adaptivní význam. Ve své diplomové práci se zabývám evolučním významem smíšených zpěvů u dvou blízce příbuzných druhů pěvců - slavíka obecného (Luscinia megarhynchos) a slavíka tmavého (Luscinia luscinia). Tyto druhy se setkávají v sekundární kontaktní zóně v centrální a východní části Evropy. Smíšené zpěvy nalezneme pouze u slavíka tmavého, který je větším a pravděpodobně dominantnějším druhem. V playbackových experimentech prováděných na slavících obecných jsem zkoumala možný adaptivní význam smíšených zpěvů pro mezidruhovou komunikaci. Testovala jsem rozdíl v chování a zpěvové reakci slavíků obecných na tři typy stimulů: čistý zpěv slavíka obecného, čistý zpěv slavíka tmavého a smíšený zpěv slavíka tmavého. Ukázalo se, že testovaní jedinci vykazovali signifikantně slabší zpěvovou reakci na...
|
|
|
Evoluce genovou duplikací z pohledu subfunkcionalizace.
Romášek, Marek ; Krylov, Vladimír (vedoucí práce) ; Reifová, Radka (oponent)
Evoluce genovou duplikací je předním tématem biologie už několik desetiletí. Nové metody a přístupy umožnily v poslední době významný pokrok v našem porozumění tomuto fenoménu. Cílem této práce je přehledně shrnout moderní pohledy na zachování duplikovaných genů v genomu organismů a procesy, které jej doprovázejí. Dalším záměrem je posoudit význam konceptu subfunkcionalizace, tedy rozlišení ancestrálních funkcí mezi dceřiné duplikáty, vedoucí k jejich zachování.
|
|
| |
|
|
Současné přístupy celogenomového sekvenování a de novo sestavení genomu
Halenková, Zuzana ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Röslein, Jan (oponent)
Během uplynulých deseti let klesla díky vývoji sekvenátorů druhé a třetí generace cena sekvenování téměř desettisíckrát. Osekvenování a sestavení celogenomové sekvence organismu je tak čím dál tím dostupnějším nástrojem a může najít využití v mnoha vědních oborech. Na cestě za kompletní sekvencí DNA organismu je nutné učinit několik rozhodnutí, která jsou stěžejní pro úspěšné sestavení kvalitní celogenomové sekvence. Tato rozhodnutí se týkají přípravy vzorků, výběru metody sekvenování a stanovení vhodného přístupu k sestavení sekvence. Bakalářská práce popisuje různé metody, které lze pro jednotlivé části procesu zvolit, a aspekty, které je nutné při rozhodování zohlednit. Klíčová slova: sekvenování nové generace, sekvenování třetí generace, celogenomové sekvenování, de novo sestavení genomu, algoritmy genomového sestavení
|
|
|
Detection of structural variants in genomes of two nightingale species
Halenková, Zuzana ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Jansa, Petr (oponent)
Strukturální varianty jsou mutace v sekvenci DNA ovlivňující pozici, orientaci nebo počet kopií úseků delších než 50 bp. Přestože má tento typ mutací potenciál k vytvoření velkých změn ve fenotypu, strukturální varianty jsou v porovnání s ostatními typy mutací (jako jsou například jednonukleotidové polymorfismy) z velké části neprobádané, neboť je poměrně obtížné je detekovat. Ukazuje se ale, že strukturální varianty by mohly hrát důležitou roli v evoluci druhů. Obzvláště inverze bývají považovány za účinný mechanismus pro adaptaci a speciaci kvůli jejich schopnosti potlačit rekombinaci. Tato práce poskytuje první vhled do strukturální variace mezi dvěma blízce příbuznými, přirozeně se křížícími druhy, slavíkem obecným (Luscinia megarhynchos) a slavíkem tmavým (Luscinia luscinia). Strukturální varianty byly detekovány pomocí dlouhých čtení a vysoce kvalitních de novo sestavených genomů z jednoho jedince od každého druhu. Finální výběr kandidátních strukturálních variant byl vytvořen pro každý referenční genom zvlášť jako průnik výsledků několika metod detekujících strukturální varianty a obsahoval 18 839 variant při referenci slavíka obecného a 19 864 variant při referenci slavíka tmavého. Mezi nimi bylo nalezeno 9 kandidátních inverzí polymorfních mezi druhy. Tyto inverze by potenciálně mohly hrát...
|
|
|
Vyvozování demografické historie populací z genomových dat
Simandlová, Sára ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Černá Bolfíková, Barbora (oponent)
V současné době není obtížné získat genomová data i z nemodelových organismů. Tato data nám mohou přinést informace o demografické historii populací. Bylo vyvinuto mnoho statistických vyvozovacích postupů k odvození demografické historie populací z genomových dat, jejichž popisem se zabývám v této bakalářské práci. V úvodu čtenáře seznamuji s důležitými pojmy při analýze demografické historie populací. Dále popisuji různé typy genomových dat, které se dají použít k vyvozování demografické historie populací. Následně představuji průběh experimentu při vyvozování demografické historie populací, kde rozvádím jednotlivé kroky a uvádím přístupy a metody, které se v dnešní době využívají. Poskytuji základní přehled teorie a logiky každého přístupu. Dále čtenáře seznamuji s nejpoužívanějšími softwarovými balíčky pro vyvozování demografické historie populací a poskytuji jejich srovnání.
|
host ::
RSS.