|
|
Identification and Characterization of Genetic Aberrations in Acute Childhood Leukemia
Lukeš, Julius ; Kubričanová Žaliová, Markéta (vedoucí práce) ; Machová Poláková, Kateřina (oponent) ; Živný, Jan (oponent)
Dětské akutní leukémie jsou geneticky komplexní poruchy hematopoézy. U většiny pacientů se vyskytují rekurentní či náhodné aberace, jejichž pečlivá funkční charakterizace je zásadní pro pochopení role, kterou hrají v procesu leukemogeneze. Naším cílem byla identifikace a charakterizace genetického pozadí dvou leukemických entit. Transientní myeloproliferativní porucha (TMD) je preleukémie, která postihuje 10% novorozenců s Downovým syndromem. Trisomie 21 chromozomu a in-utero získané mutace v genu GATA1 jsou kauzální pro vznik TMD a společně představují ideální "více-zásahový" model leukemogeneze. Zaměřili jsme se na zkoumání alternativního mechanismu vzniku TMD bez účasti trisomie 21. U jedinečného případu TMD jsme jako potenciálně spouštěcí aberace popsali nové delece v genech GATA1 a JAK1. Delece D65_C228 v GATA1 způsobuje tvorbu poškozené izoformy, u níž se předpokládá ztráta transaktivační schopnosti a rovněž částečná ztráta vazby ke specifickým vazebným místům v DNA, což může stačit ke spuštění TMD. Námi provedená podrobná charakterizace delece F636 v JAK1 zpochybňuje význam této aberace pro patogenezi TMD. Analýza signalizace JAK/STAT odhalila pokles kinázové aktivity po ztrátě F636. Růst buněk Ba/F3, které vytvářejí poškozený JAK1, je závislý na cytokinech, podobně jako je tomu u buněk...
|
|
|
Role of the oncogenic microRNAs miR-17-92 and miR-155 in the regulation of hematopoietic differentiation and leukemogenesis
Pospíšil, Vít ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Pospíšek, Martin (oponent) ; Machová Poláková, Kateřina (oponent)
Krvetvorba je vysoce uspořádaný hierarchický proces, ve kterém je diferenciace specializovaných krevních buněk závislá na koordinované regulaci genové exprese dvěmi klíčovými regulátory: transkripčními faktory a mikroRNA. PU.1 je základní transkripční faktor nezbytný pro vývoj a diferenciaci kmenových a progenitorových buněk do myeloidní a lymfoidní krevní řady. MikroRNA jsou nekódující ~22 nukleotidů dlouhé RNA, jež regulují posttranskripčně genovou expresi vazbou do nepřekládané oblasti mRNA a tím způsobují umlčení translace. Předložená disertační práce popisuje nové mechanismy vzájemné regulace a funkce onkogenních mikroRNA, miR-17-92 klastru a miR-155 a transkripčních faktorů PU.1 a Egr2, účastnících se makrofágové diferenciace myeloidních progenitorů. MiR-17-92 (Onkomir1) kóduje sedm příbuzných mikroRNA, které regulují buněčnou proliferaci, apoptózu a vývoj, které jsou nadprodukovány v nádorových buňkách myeloidních leukemií a dalších malignit. Tato práce popisuje nový mechanismu regulace miR-17-92 klastru v myeloidních progenitorech. V průběhu makrofágové diferenciace transkripční faktor PU.1 indukuje expresi sekundárního transkripčního faktoru Egr2. Ten se váže do CpG ostrůvku v promotorové oblasti miR-17-92 klastru a současně přináší protein Jarid1b, histon demetylázu, jež demetyluje...
|
|
|
The role of transcription factors PU.1 a GATA-1 during leukemia differentiation.
Burda, Pavel ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Kořínek, Vladimír (oponent) ; Machová Poláková, Kateřina (oponent)
Hematopoéza neboli krvetvorba je proces regulovaný transkripčními faktory, mezi nimiž hrají klíčovou roli molekuly PU.1 (Spi1, Sfpi1) a GATA-1. GATA-1 a PU.1 se mohou na DNA vzájemně vázat a blokovat tím své transkripční programy. Myší erytroleukemické buňky (MEL) jsou transformované erythroidní prekurzory zablokované v pokročilejším stádiu erythroidní diferenciace, současně exprimují PU.1 i GATA-1 a lze u nich navodit erytroidní diferenciaci snížením hladiny PU.1 či zvýšení hladiny GATA-1 v jádře. Ve své práci ukazuji, že v MEL buňkách je PU.1 dependentní transkriptom negativně regulovaný pomocí GATA-1. Tuto represi a následně možnou derepresi podrobněji popisuji na genech Cebpa a Cbfb, které kódují další důležité hematopoetické transkripční faktory. Pomocí chromatinové imunoprecipitace a reportérových esejí jsme identifikovali vazebné sekvence DNA pro vazbu PU.1 na genech Cebpa a Cbfb, na nichž jsme v leukemických blastech detekovali současně faktory PU.1 i GATA-1. Regulace transkripce těchto genů manipulací hladiny PU.1 a GATA-1 zahrnuje kvantitativní změny úrovně acetylace H3K9, známky transkripčně aktivního chromatinu. Data jsou podpořena experimenty ukazujícími, že signifikantní derepresi genů Cebpa a Cbfb lze v MEL buňkách dosáhnout jak aktivací PU.1, tak i inaktivací GATA-1. Má disertační práci...
|
|
|
Mechanismy rezistence k inhibitorům tyrozin kináz při léčbě pacientů s chronickou myeloidní leukemií
Polívková, Václava ; Machová Poláková, Kateřina (vedoucí práce) ; Zuna, Jan (oponent) ; Bělohlávková, Petra (oponent)
Mechanismy rezistence k inhibitorům tyrozin kináz při léčbě pacientů s chronickou myeloidní leukemií Zavedení léčby inhibitory tyrozin kináz (TKI) znamenalo průlom v léčbě pacientů s chronickou myeloidní leukemií (CML). I přes velkou úspěšnost této terapie se u 20 až 30 % pacientů rozvíjí rezistence k této léčbě. Cílem této práce bylo za využití in vitro CML modelu sledovat mechanismy související s rozvojem mutací v kinázové doméně (KD) BCR-ABL1 a případně jiných genech, které jsou zodpovědné za rezistenci k TKI. Dále byl sledován vliv střídavé terapie interferonem alfa (IFN-α) a TKI na zastoupení klonů s multirezistentní mutací a role aktivace imunitního systému v dosažení léčebných odpovědí na tomto typu léčby. Jako poslední byla studována možnost využití měření exprese transportérů hOCT1 a ABCB1 v době určení diagnózy u pacientů s CML jako prediktivního markeru odpovědi na léčbu imatinibem. Buňky CML buněčné linie KCL-22 jsou po vystavení účinku imatinibu schopny opakovaně vyvíjet mutace v KD BCR-ABL1. Na klonech odvozených od kultury KCL-22 jsme prokázali existenci de novo mutageneze. U čtyř klonů KCL-22, které byly schopny proliferovat v prostředí s 4µM imatinibem, došlo k vývoji mutací v KD BCR-ABL1, nebo KRAS. Vývoj mutací byl asociován se změnou exprese genů účastnících se odpovědi buněk na...
|
|
|
Identification and Characterization of Genetic Aberrations in Acute Childhood Leukemia
Lukeš, Julius ; Kubričanová Žaliová, Markéta (vedoucí práce) ; Machová Poláková, Kateřina (oponent) ; Živný, Jan (oponent)
Dětské akutní leukémie jsou geneticky komplexní poruchy hematopoézy. U většiny pacientů se vyskytují rekurentní či náhodné aberace, jejichž pečlivá funkční charakterizace je zásadní pro pochopení role, kterou hrají v procesu leukemogeneze. Naším cílem byla identifikace a charakterizace genetického pozadí dvou leukemických entit. Transientní myeloproliferativní porucha (TMD) je preleukémie, která postihuje 10% novorozenců s Downovým syndromem. Trisomie 21 chromozomu a in-utero získané mutace v genu GATA1 jsou kauzální pro vznik TMD a společně představují ideální "více-zásahový" model leukemogeneze. Zaměřili jsme se na zkoumání alternativního mechanismu vzniku TMD bez účasti trisomie 21. U jedinečného případu TMD jsme jako potenciálně spouštěcí aberace popsali nové delece v genech GATA1 a JAK1. Delece D65_C228 v GATA1 způsobuje tvorbu poškozené izoformy, u níž se předpokládá ztráta transaktivační schopnosti a rovněž částečná ztráta vazby ke specifickým vazebným místům v DNA, což může stačit ke spuštění TMD. Námi provedená podrobná charakterizace delece F636 v JAK1 zpochybňuje význam této aberace pro patogenezi TMD. Analýza signalizace JAK/STAT odhalila pokles kinázové aktivity po ztrátě F636. Růst buněk Ba/F3, které vytvářejí poškozený JAK1, je závislý na cytokinech, podobně jako je tomu u buněk...
|
|
|
Vliv koktavosti na sociální přijetí balbutika
Machová, Kateřina ; Černá, Martina (vedoucí práce) ; Veroňková, Jitka (oponent)
Koktavost je široké veřejnosti známá. V českém prostředí se setkáváme s mnohými studiemi či monografiemi, které zkoumají balbutismus zejména z terminologického hlediska. V zahraničí pak častěji s těmi, které chtějí zjistit více o vlivu koktavosti na sociální přijetí mluvčích s touto vadou řeči. Cílem naší práce je do oblasti zabývající se sociálním přijetím balbutiků přispět. Výzkum se skládá se dvou částí: percepční test pro respondenty bez vady řeči a polostrukturované rozhovory s balbutiky. Výzkumu se zúčastnilo 5 balbutiků, s nimiž byly pořízeny jak nahrávky, tak i nenahrávané polostrukturované rozhovory zaměřené na zkušenosti se sociálním přijetím v různých sférách života (partnerský život, pracovní příležitosti apod.). Z nahrávek byl vytvořen percepční test. 20 respondentů si pouštělo nahrávky, na základě kterých hodnotilo osobnostní rysy mluvčích i jejich sociální příležitosti na pětibodové Likertově škále. Následně byly výsledky obou typů výzkumu porovnány a vztaženy k dosavadním prezentovaným výzkumům. Téměř úplná shoda se mezi výsledky našich výzkumů a výzkumů dosavadních našla jen u jednoho balbutika, jehož symptomy subjektivně vnímáme jako nejtěžší. Dále byla zjištěna souvislost mezi hodnocením míry rušivosti mluvených projevů a obecnou povahou hodnocení jednotlivých mluvčích. Taktéž...
|
|
|
Regulace exprese HOX genů v hematopoéze a leukemogenezi
Rejlová, Kateřina ; Starková, Júlia (vedoucí práce) ; Machová Poláková, Kateřina (oponent) ; Fišerová, Jindřiška (oponent)
Exprese homeoboxových (HOX) genů je během hematopoézy přísně regulována a v průběhu diferenciace hematopoetických buněk dochází postupně k jejímu snižování. Naopak u leukemických buněk je exprese těchto genů velmi často narušena. U akutní myeloidní leukémie (AML) byla popsána rozdílná exprese HOX genů mezi jednotlivými subtypy definovanými dle cytogenetického a molekulárně-genetického vyšetření. V naší práci byla pomocí metody nesupervidovaného hierarchického klastrování podle hladiny exprese HOX genů rozdělena kohorta dětských pacientů s AML do 5 klastrů, které jsou charakterizovány přítomností nebo absencí typických molekulárních aberací. Zároveň byla vyšetřena exprese HOX genů ve zdravých populacích hematopoetických buněk, které odpovídají jednotlivým morfologickým stádiím leukemických buněk. Na základě výsledků lze konstatovat, že exprese HOX genů nekopíruje pouze vývojové/morfologické stádium, ve kterém byla leukemická buňka zastavena v průběhu maligního zvratu, ale změněná hladina HOX genů se přímo nebo nepřímo podílí na procesu leukemogeneze. Prokázali jsme, že hladina exprese HOX genů je také závislá na přítomnosti molekulárních aberací. Pro další studium jsme si vybrali AML pacienty s fúzním genem PML-RARa, kteří mají celkově nejnižší expresi HOX genů. Zajímala nás regulace exprese HOX...
|
|
| |
|
|
Epigenetické regulační faktory CTCF a SMARCA5 kontrolují expresi hematopoetického transkripčního faktoru SPI1 v buňkách akutní myeloidní leukémie a myelodysplastického syndromu.
Dluhošová, Martina ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Machová Poláková, Kateřina (oponent) ; Kozák, Tomáš (oponent)
CCCTC-vázající faktor (CTCF) má schopnost aktivovat a tlumit transkripci genů mechanizmem vytváření chromatinových smyček, jež spojují regulační oblasti s promotory, na nichž je zahájena transkripce RNA. Metylace DNA představuje modifikaci cytosinových nukleotidů, jež má regulační vlastnosti a je vytvářena jaderným enzymatickým aparátem. Regulační role CTCF tkví ve vazbě na nemetylovanou DNA a interakci s dalšími bílkovinami kohezinového komplexu vedoucí k ovlivnění transkripce sousedících genů; například genů pro H19 a Igf2. Role CTCF v krvetvorbě je předpokládána a řada prací ukazuje i na význam CTCF pro vznik leukemické transformace a nadúměrné produkci klonálních myeloblastů, avšak přesný mechanizmus těchto procesů není znám. Imprinting je epigenetický mechanizmus pro regulaci transkripce skrze metylaci DNA a CTCF, jež je využívána při maternálním a paternálním přenosu genetické informace do zygoty. Mezi molekulární mechanizmy CTCF patří takzvaný blokující efekt, kterým CTCF odstraní vliv regulační zesilovací (‚enhancerové') sekvence na funkci promotoru. V naší výzkumné práci jsme si položili otázky vedoucí ke zjištění role CTCF v krvetvorbě. Výsledky mé práce potvrzují, že se CTCF váže do kontrolní oblasti pro geny H19 a Igf2. V mé práci jsme identifikovali nového vazebného partnera pro CTCF,...
|
|
|
Experimentální terapie B-nehodgkinských lymfomů.
Klánová, Magdalena ; Klener, Pavel (vedoucí práce) ; Machová Poláková, Kateřina (oponent) ; Froňková, Eva (oponent)
1 ABSTRAKT Agresivní nehodgkinské lymfomy vycházející z B-lymfocytů (B-NHL) představují heterogenní skupinu vzácných hematologických malignit vznikajících nádorovou transformací tzv. periferních lymfocytů v průběhu jejich diferenciace v sekundárních lymfatických orgánech. Difúzní velkobuněčný B-lymfom (DLBCL, difuse large B-cell lymphoma) a lymfom z plášťových buněk (MCL, mantle cell lymphoma) jsou agresivní typy B-NHL. V jejich patogenezi se uplatňuje zejména narušení mechanismů programované buněčné smrti, buněčného cyklu či oprav poškozené DNA. Identifikovány byly také abnormálně aktivované signalizační dráhy, které vedou ke zvýšení proliferace nádorových buněk či inhibici apoptózy. Poznání těchto mechanismů umožňuje vyvíjet a experimentálně testovat nová protinádorová léčiva, která cíleně blokují onkogenní kaskády rekurentně nalézané u jednotlivých typů B-NHL. MCL je agresivní typ B-NHL s nepříznivou prognózou. In vivo modely lidského MCL pro experimentální terapii tohoto onemocnění však dosud chyběly. Zavedli a charakterizovali jsme několik modelů lidského MCL pomocí xenotransplantace primárních buněk a ustálených linií MCL do imunodeficitních myší. Prokázali jsme, že buňky přihojené a proliferující v myších tkáních jsou biologicky odlišné a mají komplexní změny genové exprese, fenotypu a senzitivity k...
|
host ::
RSS.