|
Molekulárně biologický průkaz Pneumocystis carinii pomocí real-time PCR
Roučková, Vítězslava ; Fendrich, Zdeněk (vedoucí práce) ; Vopršalová, Marie (oponent)
Pneumocystis carinii je oportunní patogen, který způsobuje často smrtelnou pneumónii u pacientů pod imunosupresivní léčbou, u pacientů s imunitním deficitem (AIDS), u léčených chemoterapií, nebo u pacientů pod imunosupresivní léčbou z důvodu orgánové transplantace. Pro diagnostiku této oportunní houby se nejčastěji užívá různých mikroskopických technik a nested PCR. Ale tyto metody jsou méně citlivé a časově náročnější. My jsme se zaměřili na kvantifikační metodu real-time PCR. Tato metoda je vysoce precizní a mnohem objektivnější. V této práci popisujeme real-time PCR metodu pro detekci P. carinii vhodnou pro LightCycler systém. Zavedli a optimalizovali jsme kvantitativní metodu real-time PCR pro P. carinii. Pro kvantifikaci jsme použili primery z oblasti genu rRNA P. carii. Mez citlivosti jsme stanovili na 1000 kopií DNA/ml a mez detekce na 50 kopií DNA /ml. Real-time PCR je optimalizována a validována v laboratoři molekulární biologie Ústavu klinické biochemie a diagnostiky FN Hradec Králové. Byl vytvořen standardní operační postup pro praktické užití
|
|
Diagnostické zobrazovací metody v senologii, gynekologii a porodnictví
PILAŘOVÁ, Martina
Tématem této bakalářské práce jsou ?Zobrazovací metody v senologii, gynekologii a porodnictví?. V současné době se využívají stále lepší metody zobrazovací diagnostiky. Vývoj těchto metod jde velmi rychle dopředu. Průlomem zobrazovací diagnostiky byl objev W.C. Röntgena, který v polovině 20.století objevil paprsky X. Právě tímto objevem nastartoval éru vývoje moderní diagnostiky. Teoretická část práce se zabývá anatomií prsu a ženských pohlavních orgánů. Dále je zde jednoduše popsán princip a využití zobrazovacích metod v gynekologii, senologii a porodnictví. V senologické části je také zmínka o karcinomu prsu. Karcinom prsu je jeden z nejčastějších nádorů postihující ženy. Je to nádor hormonálně závislý, proto se na jeho vzniku často podílí hormonální stimulace. Na vzniku karcinomu prsu se také často podílí genetické faktory. Mezi nejčastější rizikové faktory patří dřívější onemocnění prsu, obezita a expozice ionizujícím zářením. Základními symptomy jsou například změna tvaru prsu, velikosti, bolest, edém, ulcerace. Velmi účinnou prevencí je samovyšetření prsu, dalším preventivním opatřením je mammografický screening. Gynekologická část obsahuje výčet nejčastějších vyšetření a jejich stručný popis. Poslední teoretickou částí práce je porodnictví, kde jsem se jako hlavnímu tématu věnovala zobrazováním pomocí magnetické rezonance. Je to metoda velmi přínosná, ale bohužel dnes v tomto oboru stále velmi málo používaná. Škodlivost této metody není prokázána, přesto se nedoporučuje používat v prvním trimestru těhotenství. Využití magnetické rezonance má svá specifika a indikační oblasti. Využívá se například v diagnostice některých nitrolebních lézí, jako jsou absence corpus calosum, intracerebrální tumory, detekce drobných lézí v oblasti páteře, nejasných patologických struktur a případně kongenitálních infekcí plodu. Její perspektiva je zřejmě v možnosti vyhodnocení metabolických projevů v průběhu vývoje. Cílem mé práce je analyzovat radiologické vyšetřovací metody v senologii, gynekologii a porodnictví. Dalším cílem je určit počet specializovaných center prenatální diagnostiky v ČR. Hypotéza bakalářské práce byla zformulována následovně: Počet vyšetření radiologickými metodami stoupá. Praktická část práce poskytuje informace týkající se především celkového počtu vyšetření radiologickými metodami v gynekologii v Nemocnici České Budějovice s.r.o. v letech 2010 a 2012. Tato vyšetření se týkala především gynekologických diagnoz. Všechna použitá data byla získána z počítačového systému nemocnice. V práci byly porovnány data pacientů: ? vzhledem k věku pacientů, ? vzhledem k nejčastější diagnóze, ? vzhledem k celkovému počtu vyšetření v letech 2010 až 2012. Dále byla použita a zpracována data z internetového portálu Ústavu zdravotnických informací a statistiky ČR (ÚZIS ČR). Jako zajímavost jsem použila údaje o prvním ultrazvukovém vyšetření v těhotenství a o mortalitě novorozenců. Toto sice není předmětem práce, ale tato problematika mě osobně zaujala proto jsem jí věnovala i část mě práce. Výsledky práce dokazují splnění cílů, které byly v této práci určeny. Potvrdila se hypotéza, že využití radiodiagnostických zobrazovacích metod stoupá každým rokem. Zvyšuje se informovanost lidí o možnostech vyšetření a i vybavenost oddělení radiologickými zobrazovacími metodami se postupně zlepšuje.
|
|
Thiopurinmethyltransferéza - klinický význam genotypizace a fenotypizace
Černá, Blanka ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Šimůnek, Tomáš (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Blanka Černá Školitel: Doc. PharmDr. Martin Beránek, PhD. Název diplomové práce: Thiopurin S-methyltransferasa - klinický význam genotypizace a fenotypizace Thiopurin S-methyltransferasa (TPMT) katalyzuje S-methylaci thiopurinových léčiv jako jsou 6-merkaptopurin a thioguanin. Polymorfismy v genu pro TPMT představují důležitý fakt v oblasti klinické farmakogenetiky. Velké rozdíly ve stupni aktivity TPMT v lidské tkáni jsou důsledkem přítomnosti mutace v genu pro tento enzym. Tyto polymorfismy jsou tak důležitým faktorem v účinnosti léčby thiopuriny. Nízká hodnota aktivity enzymu se objevuje v přítomnosti mutace v genu pro tento enzym, vyšší hodnota aktivity enzymu naopak bez přítomnosti mutace. Genotypizovali jsme TPMT gen pomocí metody real-time PCR u vybrané skupiny pacientů (n=55) s autoimunitními onemocněními. Pacienti byli v průměrném věku 16,7 roku. Z nesrážlivé krve sbírané do EDTA (n=55) byla izolována DNA pomocí QIAmp Mini Kitu (Qiagen, Německo) a použita pro genotypizaci enzymu TPMT. Genotypizace byla provedena metodou real time PCR metody v Light Cycleru (Roche, Německo). TPMT byla fenotypizována na Lékařské fakultě v Hradci Králové na Ústavu farmakologie. Pro fenotypizaci byl použit...
|
|
Molekulární aspekty mezidruhové hybridizace jeseterovitých ryb ve vztahu k polyploidii a in situ konzervaci
HAVELKA, Miloš
Jednotlivé druhy jeseterů (nadřád: chrupavčití, řád: jeseteři) vykazují výraznou disjunkci areálu svého rozšíření na severní polokouli. Jejich potravní specializace, morfologie, evoluční historie a také status kriticky ohrožených druhů, v některých případech dokonce druhů na pokraji vyhynutí, dělá z jeseterů a veslonosů jednu z nejzajímavějších skupin obratlovců na naší planetě. Mimoto, ploidní diverzita jeseterovitých ryb, reprezentovaná druhy s ~ 120 chromozómy, 240 ? 270 chromozómy a jedním druhem s ~ 360 chromozómy v jádrech svých buněk, poskytuje unikátní model pro studium evolučních procesů jdoucích skrze celogenomové duplikační události. Jeseterovité ryby jsou také notoricky známé pro svoji výraznou náchylnost k mezidruhové hybridizaci, která může mít za následek tvorbu hybridů s různými úrovněmi ploidie. Všechny tyto skutečnosti dělají ze studia genetiky a cytogenetiky jeseterovitých ryb prosperující, ale také obtížnou oblast vědeckého poznání. V této práci byl za pomoci zvolených molekulárních márkrů studován význam celogenomových duplikačních a funkčně redukčních událostí v evoluci jeseterů, jejich ploidní úrovně a ploidní vztahy uvnitř tohoto řádu chrupavčitých ryb. Dále byl studován původ abnormálních ploidních úrovní jeseterovitých ryb a také vzor segregace mikrosatelitních alel při mezidruhové hybridizaci polyploidních druhů jeseterů. S ohledem na všechny předpoklady a pozorování popsané v této studii jsme dopěli k závěru, že evoluce jeseterovitých ryb je stále dynamicky probíhající proces, který může probíhat skrze allopolyploidizační stejně tak jako autopolyploidizační události.
|
|
Současné možnosti laboratorní diagnostiky pneumokokových infekcí
ČAPKOVÁ, Irena
Streptococcus pneumoniae (S. pneumoniae) může být běžnou kolonizující flórou lidského nosohltanu, ale také může být jedním z hlavních patogenů, vyvolávajících invazivní pneumokokové onemocnění. Jeho diagnostika je založena na přímém průkazu pomocí metod mikroskopie, kultivace, identifikace a bezkultivačního průkazu antigenu či deoxyribonukleové kyseliny (DNA). Úvodní část práce je věnována popisu rodu Streptococcus, včetně druhu S. pneumoniae. Je popsána morfologie, fyziologie, antigenní struktura, patogeneze i patogenita tohoto bakteriálního rodu a druhu i teoretický popis jednotlivých metod laboratorní diagnostiky. V metodice jsou popsány postupy identifikačních metod, tak jak byly použity k diagnostice S. pneumoniae v Laboratoři lékařské mikrobiologie, Pracoviště bakteriologie Nemocnice České Budějovice a.s. Popsány jsou kultivace biologických vzorků, z kterých byl S. pneumoniae izolován, ale také jednotlivé identifikační testy, které umožňují rozlišit S. pneumoniae od ostatních viridujících streptokoků. K diagnostice byly využity dva základní, běžně užívané identifikační testy test citlivosti k optochinu a test rozpustnosti ve žluči-deoxycholát sodný. Test rozpustnosti ve žluči účinkem deoxycholátu sodného je základním testem v diagnostice S. pneumoniae. Ze 127 testovaných kmenů, získaných kultivačním průkazem s pozitivním testem rozpustnosti ve žluči, bylo v testu citlivosti k optochinu pozitivních 114 testovaných kmenů. Test citlivosti k optochinu měl úspěšnost 89,9%. Metodou hmotnostní spektrometrie Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI TOF MS) byly testovány pouze 4 kmeny primárně určené jako viridující streptokoky. Tuto specifickou, rychlou a přesnou metodu nelze k identifikaci S. pneumoniae zcela využít, díky velmi blízkému genotypu se Streptococcus oralis/mitis. K průkazu antigenu S. pneumoniae byly použity a popsány dva testy imonochromatografický test a latex aglutinační reakce. Imunochromatografickým testem byl prokázán 15x antigen z moči a likvoru z celkem vyšetřovaných 266 vzorků a latex aglutinační reakcí se podařilo prokázat 7x antigen S. pneumoniae v hemokultuře a likvoru. Tyto dvě metody jsou vysoce specifické. Podávají rychlou informaci o přítomnosti antigenu S. pneumoniae ve vyšetřovaném vzorku a tedy o možnosti probíhající závažné pneumokokové infekce. Dalším vysoce specifickým testem k diagnostice závažných invazivních pneumokokových onemocnění je průkaz DNA metodou PCR, který byl úspěšný u 5 vzorků likvoru, vyšetřovaných současně i v Laboratoři molekulární biologie a genetiky, Nemocnice České Budějovice a.s.
|
|
Sledování genetických faktorů ovlivňujících riziko vzniku a průběh karcinomů kolorekta a pankreatu
Mohelníková Duchoňová, Beatrice ; Souček, Pavel (vedoucí práce) ; Skálová, Lenka (oponent) ; Macek, Milan (oponent)
Úvod: Cílem této práce bylo sledování genetických faktorů ovlivňujících riziko vzniku a průběh karcinomů kolorekta a pankreatu. První část se zabývá etiologickými faktory, a to vlivem polymorfismů v biotransformačních enzymech a genetických alterací v genu CHEK2 na vznik těchto malignit. V druhé části jsou analyzovány geny transportu cytostatik jako případné prognostické a prediktivní markery odpovědi na onkologickou léčbu. Materiály a metody: Polymorfismy a další genetické alterace byly zjišťovány pomocí real-time PCR, alel-specifické PCR a PCR-RFLP metody v DNA získané z krve pacientů. Byla hodnocena frekvence polymorfismů a posuzován jejich význam s ohledem na dostupná epidemiologická data. Exprese genů byly stanoveny metodou qPCR v párových vzorcích tkání nádoru a okolního parenchymu. Výsledky: Pro většinu námi sledovaných polymorfismů se nepodařilo prokázat vztah mezi jejich přítomností a rizikem vzniku obou těchto malignit. Variantní alela CYP2A13*7, byla nalezena u 7 z 265 hodnocených zdravých kontrol, ale nebyla nalezena u žádného pacienta s karcinomem pankreatu. Výskyt variantní alely GSTP1-Val a genotypu GSTT1-null byl naopak spojen se zvýšeným rizikem vzniku karcinomu pankreatu (OR=2,38; 95% CI=1,17- 4,83). V souboru pacientů s kolorektálním karcinomem byl genotyp GSTT1-null v kombinaci...
|
|
Predikce sekundární struktury proteinů pomocí celulárního automatu
Šalanda, Vojtěch ; Vogel, Ivan (oponent) ; Bendl, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato práce přináší nový přístup k predikci sekundární struktury proteinů. K existujícím přístupům k této problematice zavádí novou metodu, založenou na celulárním automatu a jeho charakteristických vlastnostech. Hlavním cílem práce je zvýšení rychlosti predikce i za cenu mírného snížení její úspěšnosti. Pro nalezení optimálních parametrů běhu celulárního automatu je využito genetického algoritmu s vhodně definovanými genetickými operátory. Dosažené výsledky byly porovnány s výsledky existujících metod. Parametry predikce, se kterými bylo dosaženo nejvyšší úspěšnosti, byly použity ve výpočetním frameworku pro predikci sekundární struktury libovolného analyzovaného proteinu.
|
|
Návrh digitálních filtrů na GPU
Vaverka, Filip ; Maršík, Lukáš (oponent) ; Polok, Lukáš (vedoucí práce)
Tato práce ukazuje jeden z přístupů k návrhu digitálních filtrů s nekonečnou impulzní odezvou a volitelným řádem. Prezentované řešení je založeno na evolučním genetickém algoritmu a umožňuje tedy přímý návrh filtru dle jeho specifikací. Hlavním přínosem práce je paralelní implementace genetického algorimu, která je akcelerovaná pomocí GPU. Filtry jsou navrhovány v kaskádové reprezentaci. Řešení také umožňuje specifikovat požadovanou jak frekvenční, tak fázovou charakteristiku filtru.
|
|
Stabilizace chaosu: metody a aplikace
Švihálková, Kateřina ; Dvořák, Jiří (oponent) ; Matoušek, Radomil (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá stabilizací vybraných systémů deterministického chaosu s~použitím heuristických a metaheuristických metod. Diskutovaná je parametrizace zvolených optimalizačních metod, kterými jsou genetické algoritmy, simulované žíhání a~pattern search. Dále jsou představeny vhodné řídící metody a definice kriteriální funkce. V teoretické části práce jsou nejdříve stručně vysvětleny základní pojmy z teorie deterministického chaosu. Větší část je pak věnována běžně studovaným chaotickým systémům a zároveň popisu nejpoužívanějších metod řízení deterministického chaosu, konkrétně OGY a Pyragasově metodě. Praktická část je rozdělena do dvou kapitol. První z nich se zabývá stabilizací umělých chaotických systémů pomocí metod zpožděné vazby (Pyragasovy metody) - TDAS i modifikované verze ETDAS. Druhá kapitola je ukázkou řízení reálného chaotického systému, kterým je Duffingův oscilátor.
|
|
Vliv pH na chelataci železa
Hrabalíková, Jitka ; Mladěnka, Přemysl (vedoucí práce) ; Hrdina, Radomír (oponent)
Železo patří mezi základní látky, které jsou nezbytné pro život buněk. Je s ním spojeno mnoho důležitých procesů a jeho nedostatek může vést až k buněčné smrti. Nebezpečný však je i jeho nadbytek, který může vzniknout nejen při akutní intoxikaci ale také jako chronická forma z důvodu genetické abnormality regulace metabolismu (hereditární hemochromatózy) nebo při častých krevních transfúzích při léčbě talasémie, sideroblastické anémie či myelodysplastického syndromu. Kromě využití chelátorů železa na výše zmíněné patologické stavy, se v současné době zkoumá jejich využití i při nádorech a akutním infarktu myokardu. V patogenezi obou těchto stavů hraje železo a změny pH výraznou roli. V této práci byl zjišťován vliv pH na chelatační schopnosti různých látek (deferoxamin, syntetický chelátor SIH, flavonoidy, syntetický kumarin 7,8-dihydroxy-4- methylkumarin) za pomocí ferozinu jako indikátoru. Zároveň byla posuzována i stabilita komplexu železo - chelátor za různých pH. U všech testovaných látek bylo zjištěno, že se stoupajícím pH se zvyšuje účinnost chelatace. Zároveň s rostoucím pH vzrůstá i stabilita komplexu železo-chelátor. Silné chelátory SIH a deferoxamin byly stejně účinné při chelataci iontů železa při pH 5.5-7.5, naopak u 7,8-dihydroxykumarinu a flavonoidů se chelatace snižovala s klesajícím pH.
|
host ::
