|
|
Hodnocení genetického polymorfismu kmenů \kur{Beauveria bassiana }na základě analýzy mikrosatelitů
PUDIL, Jiří
Mikrosatelity jsou tandemově se opakující repetice o délce 2-6 párů bazí DNA. Mikrosatelity byly objeveny v každém organismu, včetně entomopatogenních hub. Jsou vysoce polymorfní, a proto jsou účinnými genetickými markery, které nám dovolují zkoumat různé aspekty těchto hub. Cílem diplomové práce je provést analýzu mikrosatelitů a popsat genetické závislosti mezi jednotlivými kmeny a monosporovými izoláty, které byly z těchto kmenů odvozeny a zhodnotit tak míru genetického polymorfismu kmenů \kur{Beauveria bassiana} odebraných při monitoringu v lokalitě Černá Hora na Šumavě. Dále se ve své práci snažím optimalizovat metodu izolace DNA a metodu analýzy mikrosatelitů. Celkem bylo analyzováno 44 kmenů \kur{Beauveria bassiana} izolovaných z lýkožrouta smrkového \kur{(Ips typographus)} za použití čtyř primerů. Celkově lze říci, že výsledky, které jsem získal při řešení diplomové práce ukazují na vysokou podobnost hodnocených kmenů a tedy nízkou hladinu polymorfismu. Pro další práci by bylo vhodné zvětšit lokalitu, ze které budou vzorky odebírány a zařadit do analyzované sady kmeny, které byly získány z různých vývojových stádií hostitele, stejně tak jako další referenční kmeny entomopatogenních hub získané z jiných lokalit s podobnými podmínkami. Pro detailnější vnitropopulační studii by bylo vhodné využít analýzu ribosomální DNA. Takto vybraná a hodnocená populace pravděpodobně poskytne věrnější obraz kmenové diverzity na daném území.
|
|
|
Evropský agregát Pinus mugo {--} studium genetické struktury populací
KRAJNÍKOVÁ, Eva
Historie taxonomického hodnocení agregátu Pinus mugo Turra je velmi komplikovaná. Tento komplex představuje skupinu evolučně mladých taxonů vzájemně se intenzivně křížících. Navíc je situace složitější příležitostným vznikem fertilních hybridů nebo celých hybridních populací s ekologicky plastickým druhem Pinus sylvestris L. Cílem této práce je posoudit vhodnost techniky molekulárních markerů pro účely hodnocení vnitrodruhové a mezidruhové variability v rámci agregátu Pinus mugo.
|
|
|
Metody izolace jednotlivých subpopulací neurálních kmenových buněk
Zelený, Martin ; Zíková, Martina (vedoucí práce) ; Vargová, Ingrid (oponent)
Kmenové buňky mají obrovský léčebný potenciál, no zatím nejsou prozkoumané dost na to, aby se dali využít v klinické praxi. Proto je důležitý jejich další výzkum. Jedním z typů kmenových buněk jsou neurální kmenové buňky, které dávají vzniknout neurálním a gliovým buňkám v mozku. Neurální kmenové buňky jsou v dospělém organizmu přítomny na dvou místech, v subventrikulární zóně předního mozku a v subgranulární zóně hipokampu. Neurální kmenové buňky nejsou jedním specifickým typem buněk, ale skupinou různých subpopulací s odlišnou genovou expresí. V mé bakalářské práci jsem se zaměřil na metody, které se používají na výzkum těchto subpopulací, a to konkrétně na jejich izolaci a charakterizaci jejich exprese. Klíčové slova: neurální kmenové buňky, neurogenní zóny, molekulární markery
|
|
|
Využití molekulárních markerů pro studium vlivu globálních změn na společenstva hub
Faltysová, Julie ; Baldrian, Petr (vedoucí práce) ; Koukol, Ondřej (oponent)
Houby jsou nezbytnou součástí života na Zemi. Mimo svou hlavní roli v rozkladu organické hmoty patří také mezi významné symbiotické organismy a podílí se na poskytování celé řady ekosystémových služeb důležitých pro člověka jako je například primární produkce rostlin a s tím spojená dostupnost potravin, či regulace půdní vody. Pro studium distribuce hub se často využívá metody tzv. DNA metabarcodingu, která kombinuje využití specifických molekulárních markerů, nejčastěji univerzálního houbového ITS, a masivně paralelního sekvenování. Význam této metody v současné době měnícího se prostředí roste, a pomáhá nám sledovat změny v houbových společenstvech vlivem globálních změn. Ukazuje se, že především klimatické faktory jako je oteplování, změny ve srážkovém režimu a depozice dusíku, významně ovlivňují složení společenstev a zastoupení jednotlivých funkčních skupin hub. Tyto změny pak mohou mít následně vliv na fungování celých ekosystémů, a může být tak ohrožena jejich rovnováha. Klíčová slova: molekulární markery, DNA metabarcoding, společenstva hub, oteplování, změna klimatu, depozice dusíku
|
|
|
Differentiation of keratinocytes: molecular markers and potential of influencing them in vitro
Ondrúšková, Denisa ; Filová, Elena (vedoucí práce) ; Porubská, Bianka (oponent)
Keratinocyty sú najviac zastúpené kožné bunky nachádzajúce sa v pokožke - epidermis. Delia sa na bazálne proliferujúce kmeňové bunky, ktoré sú v úzkom kontakte s bazálnou membránou a na suprabazálne diferencujúce bunky. Bazálne keratinocyty exprimujú keratíny K5 a K14 a prostredníctvom delaminácie alebo asymetrickým delením dávajú vznik postupne diferencujúcim vrstvám. Ako prvá vzniká stratum spinosum exprimujúca keratíny K1 a K10 a involukrín, následne prechádza v stratum granulosum, v ktorej bunky exprimujú lorikrín a profilagrín a poslednú vrstvu tvorí stratum corneum, tvorená korneocytmi, ktoré sa postupne odlupujú. Keratinocyty sa podieľajú na procese regenerácie kože a je možné ich izolovať a kultivovať. Ich kultivácia môže byť ovplyvnená rôznymi faktormi, ako sú výber vhodného materiálu (nanovlákna/gél) a vhodného kultivačného média, ktoré môže byť obohatené o rastové faktory, doštičkový lyzát, vitamíny a ďalšie látky. Pri ich kultivácii taktiež záleží na tom, či sú keratinocyty úplne ponorené v médiu alebo rastú na rozhraní voda/vzduch. Pre priblíženie sa in vivo podmienkam a na štúdium interakcií medzi bunkovými populáciami sú keratinocyty častokrát pestované v ko-kultúrach s rôznymi bunkami, ako sú fibroblasty, endotelové bunky, monocyty a ďalšie. Keratinocyty kultivované in vitro sa...
|
|
|
Možnosti šíření sladkovodních plžů
Buďová, Jana ; Černý, Martin (vedoucí práce) ; Juřičková, Lucie (oponent)
Sladkovodní plži (Mollusca: Gastropoda) patří do dvou tradičních taxonomických skupin: předožábří (Prosobranchia) a plicnatí (Pulmonata). Většina těchto plžů je charakteristická nízkou vagilitou, a proto se spoléhají především na pasivní dispersi. Jejich nejčastějšími vektory jsou ptáci a voda. Ţivočichové můžou plže přenášet jak externě, tak interně. Šíření můžeme sledovat pomocí metod přímých (metody zpětných odchytů, radiové sledování) a genetických. Pro genetické studie můžeme využít celou řadu markerů, z nichž v současnosti nejpoužívanější jsou mikrosatelity. Z výsledků studií z poslední doby vyplývá, že disperse sladkovodních plžů zřejmě není tak častá a rozšířená, jak se dříve předpokládalo. Klíčová slova: sladkovodní plži, disperse, vektory disperse, capture - mark - recapture, molekulární markery, populační genetika
|
|
|
Genetické markery ve šlechtění rostlin; postupy, vývoj, praktické aplikace
Smýkalová, Zdeňka
Již od dob prvních pokusů o šlechtění rostlin udělal tento obor velké pokroky. Moje práce se zaměřuje na průřez metodami jak klasickými, tak i moderními, které v současné době zaznamenávají velký rozmach. Z moderních genetických metod jsem se zaměřila převážně na metody, které vychází z PCR analýzy. Kladem těchto metod je hlavně jejich přesnost, rychlost a opakovatelnost s využitím velmi malého množství vstupního materiálu. Záporem je však zatím poměrně velká pořizovací cena vybavení do laboratoří i to, že musíme mít kvalifikovaný laboratorní personál. Přes své klady i zápory by genetické metody sami o sobě nemohli spolehlivě fungovat a je velmi vhodné je doplnit o metody klasického šlechtění.
|
|
|
Molekulární charakterizace a hodnocení genetické diverzity genových zdrojů máku
STARÁ, Martina
Tato diplomová práce se zabývá studiem genových zdrojů máku setého (Papaver somniferum L.) pomocí SSR analýzy. Celkem bylo hodnoceno 85 vzorků. DNA byla izolována ze sušeného, směsného vzorku vypěstovaného z osiva, poskytnutého VÚO Opava, pomocí modifikované metody CTAB podle Doyle and Doyle (1990). Pro analýzu bylo vybráno šest SSR primerů, vizualizace probíhala pomocí čipové elektroforézy. Byla provedena optimalizace PCR reakce s fluorescenčně značeným primerem pro fragmentační analýzu. Data z čipové elektroforézy byla vyhodnocena v programu MVSP za použití PCO analýzy. Nadále byla vypočtena matice podobnosti, ze které bylo zřejmé, že vzorky vykazují vysokou genetickou variabilitu. Výsledky matice podobnosti byly poskytnuty šlechtitelům jako podklad pro další šlechtění.
|
|
|
Geny rezistence obilnin proti houbovým chorobám a metody pro jejich detekci
Stuchlíková, Šárka ; Dumalasová, Veronika (vedoucí práce) ; Schwarzerová, Kateřina (oponent)
Práce se zabývá možnostmi detekce genů rezistence k houbovým chorobám u původních evropských obilnin, jako jsou pšenice, ječmen, žito a oves. Podává přehled o nejdůležitějších genech rezistence pro šlechtění. Význam genů rezistence hodnotí na základě škodlivosti jednotlivých houbových chorob obilnin a také významu jednotlivých druhů obilnin. Popisuje možnosti detekce genů rezistence pomocí molekulárních markerů a srovnává různé typy molekulárních markerů. Hledá odpověď na otázku, ve kterých případech šlechtění na rezistenci a tedy i využití molekulárních markerů přináší největší užitek.
|
|
|
Vývoj molekulárních selekčních markerů pro detekci obnovitelů fertility pro systém CMS Shaan 2A
KARBANOVÁ, Aneta
Tato diplomová práce se zabývá vývojem molekulárních selekčních markerů pro detekci obnovitelů fertility pro systém CMS Shaan 2A u řepky pomocí molekulárních technik. V práci jsou popsány použité molekulární techniky, jako je technika izolace DNA, polymerázová řetězová reakce a technika návrhu primerů pro detekci obnovitelů fertility. Byly navrženy specifické primery pro PCR amplifikaci sekvencí genu Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein a genu Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein, které byly následně osekvenovány. Na základě zjištěných sekvenčních odlišností mezi rostlinami, jež byly podle fenotypu určeny jako obnovitelé fertility, sterilními matkami a udržovateli sterility byla navržena metodika pro detekci obnovitelů fertility.
|
host ::
RSS.