|
|
The diversity of anaerobic ciliates from the subclass Scuticociliatia and their symbionts
Poláková, Kateřina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
Nálevníci jsou v hypoxických a anoxických prostředích nejdiverzifikovanější protistní skupinou a často zde vstupují do symbióz s prokaryoty. Ačkoliv byla rozmanitost anaerobních nálevníků dlouhodobě přehlížena, jejich zástupce najdeme ve většině tříd nálevníků. Tato práce se soustřeďuje na anaerobní nálevníky z podtřídy Scuticociliatia, opomíjenou skupinu patřící do diverzifikované třídy Oligohymenophorea. Objevili jsme novou anaerobní linii nálevníků v rámci této podtřídy, v které byl dosud molekulárně popsán pouze jediný druh. Ukázali jsme, že se jedná o diverzifikovanou linii, která velmi pravděpodobně představuje nový řád. Díky sběru mnoha vzorků sladkovodních a mořských anoxických sedimentů vznikla na našem pracovišti největší sbírka kultur anaerobních skutikociliátů na světě. To nám umožnilo osekvenovat gen pro 18S rRNA 55 kultur skutikociliátů a studovat jejich morfologii pod světelným mikroskopem a různými metodami barvení stříbrem. Mimo to jsme využili techniky transmisní a skenovací elektronové mikroskopie ke studiu ultrastruktury jak nálevníků, tak i symbiontů. K identifikaci symbiontů jsme využili také další metody, jako jsou sekvenace mikrobiomu nálevníků či fluorescenční in-situ hybridizace. Jelikož všichni studovaní zástupci této linie hostí prokaryotické symbionty, došli jsme k...
|
|
| |
|
|
Klasifikace bakterií pomocí markerových genů
Pelantová, Lucie ; Hon, Jiří (oponent) ; Smatana, Stanislav (vedoucí práce)
Cílem této práce je návrh a implementace nové metody klasifikace bakterií podle sekvencí několika markerových genů. Pro řešení tohoto problému bylo zvoleno 10 markerových genů. Výsledný MultiGene klasifikátor dělí trénovací sadu do několika skupin a pro každou je vybrán gen dosahující nejlepších výsledků v jejím rozpoznání. V práci je popsána implementace MultiGene klasifikátoru a jeho otestování v porovnání s ostatními klasifikátory bakterií a s klasifikací čistě podle genu 16S rRNA.
|
|
|
Mikrobiologická kvalita masa v průběhu zrání
Hoferková, Adéla
Diplomová práce se zabývá problematikou zrání masa a mikrobiologií hovězího masa se zaměřením na významné druhy bakterií. V průběhu 8 týdnů zrání byla sledována mikrobiologická kvalita hovězího masa z hlediska anatomické části skotu (nízký roštěnec a vrchní šál z kýty). Dále byly porovnány rozdíly v mikrobiologické kvalitě na povrchu a ve vnitřní části jednotlivých vzorků bez ohledu na dobu zrání. Na povrchu a uvnitř roštěnce a kýty byl sledován celkový počet mikroorganismů, bakterie z čeledi Enterobacteriaceae a počet plísní a kvasinek. Ve vnitřní části vzorků byly navíc sledovány počty bakterií mléčného kvašení a počty psychrotrofních mikroorganismů. Počty sledovaných skupin mikroorganismů na povrchu a uvnitř roštěnce a kýty se nelišily (p > 0,05). Během 8 týdnů zrání došlo k nárůstu (p < 0,05) CPM na povrchu i uvnitř obou analyzovaných částí. Počáteční kontaminace enterobakteriemi byla nepatrná (2 log KTJ.g-1/cm-2), ke zvýšení docházelo až v průběhu skladování. Výrazný podíl na mikrobiomu vakuově baleného hovězího masa měly bakterie mléčného kvašení.
|
|
|
Studium imunopatologických mechanismů autoimunitní uveitidy a definování nových terapeutických možností.
Seidler Štangová, Petra ; Svozílková, Petra (vedoucí práce) ; Rozsíval, Pavel (oponent) ; Farghali, Hassan (oponent)
Cílem této práce bylo získat nové poznatky o mechanismech autoimunitní uveitidy a testovat nové způsoby léčby, které nebyly u uveitid studovány nebo jejichž efekt je sporný. Hlavní důraz byl kladen na úlohu mikroorganismů v procesu uveitidy. K dosažení cílů byl využit myší model experimentální autoimunitní uveitidy včetně modelu bezmikrobního a byly analyzovány vzorky nitroočních tekutin pacientů. Na experimentálním modelu byla hodnocena intenzita zánětu in vivo klinicky a post mortem histologicky. Hodnocen byl efekt imunomodulační léčby. Intenzita zánětu byla porovnána mezi skupinami bezmikrobních a konvenčních myší. U konvenčních myší byl sledován terapeutický efekt antibiotik podávaných s cílem ovlivnit mikrobiom. Ve vzorcích nitroočních tekutin pacientů s autoimunitní uveitidou byly sledovány známky po proběhlém infekčním procesu a hodnoceny hladiny cytokinů a dalších faktorů. Zhodnocení efektu imunomodulační léčby prokázalo účinnost mykofenolát mofetilu, což podporuje jeho širší využití při léčbě autoimunitní zadní uveitidy v humánní medicíně. Snížení bakteriálního osídlení vedlo k poklesu intenzity zánětu, a tím potvrdilo význam mikroorganismů v procesu autoimunitní uveitidy, a to jak u bezmikrobních myší, tak u konvenčních myší léčených antibiotiky. Výsledky analýzy nitroočních tekutin podporují...
|
|
|
Local steroidogenesis in peripheral tissues and its regulation
Langová, Veronika ; Ergang, Peter (vedoucí práce) ; Hudcovic, Tomáš (oponent)
Vrozené i adaptivní imunitní reakce jsou modulovány hormonálně, mimo jiné pomocí glukokortikoidů, a působením mikrobiomu, nicméně přesný mechanismus není zcela objasněn. Tato studie se zabývá vlivem mikrobiomu na de novo biogenezi a lokální regeneraci glukokortikoidů. Konkrétním předmětem analýzy je vliv komenzálů na expresi genů kódujících steroidogenní enzymy (Star, Cyp11a1, Hsd3b1, Cyp21a1, Cyp11b1) a enzym zajišťující regeneraci glukokortikoidů (Hsd11b1) v nadledvinách, tračníku, slezině a mesenteriálních lymfatických uzlinách. Studie byla provedena na konvenčních a bezmikrobních myších. Exprese všech 5 komponent de novo steroidogeneze byla pozorována pouze v nadledvinách a tračníku. V lymfatických orgánech byla pozorována především exprese Star, Cyp11a1 a Hsd3b1, naznačující pouze schopnost produkce progesteronu, nikoli jeho další konverzi na kortikosteron. Vlivem přítomného mikrobiomu došlo k poklesu exprese Star ve všech studovaných tkáních, exprese ostatních enzymů byla ovlivněna tkáňově specificky či ovlivněna nebyla. Konvenční myši vykazovaly zvýšenou expresi Hsd11b1 ve slezině, v ostatních orgánech exprese ovlivněna nebyla. Exprese Hsd11b1 nebyla ovlivněna ani in vitro stimulací Toll-like receptorů v imunitních buňkách izolovaných z mesenteriálních lymfatických uzlin. Z výsledků lze tedy...
|
|
|
Střevní mikrobiota a poruchy nálady
Ambrožová, Lucie ; Herink, Josef (vedoucí práce) ; Jílek, Petr (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biologických a lékařských věd Kandidát: Lucie Ambrožová Školitel: Doc. MUDr. Josef Herink, DrSc. Název diplomové práce: Střevní mikrobiota a poruchy nálady Střevní mikrobiom je složen zejména ze dvou dominujících kmenů Bacteroidetes a Firmicutes. Další kmeny jsou zastoupeny v menší míře. Jedinci mají stabilní jádro mikrobiomu, které se v průběhu času nemění, a také příležitostné střevní bakterie, které se mění v průběhu života. Střevní mikrobiom ovlivňuje řada faktorů. Mezi ně patří například způsob porodu, kojení, strava, zdravotní stav a léky. Každý jedinec má svůj specifický mikrobiom. Bylo však zjištěno, že lidskou populaci lze rozdělit do tří střevních skupin neboli enterotypů. V každém enterotypu dominuje jiný bakteriální kmen. Bylo prokázáno, že střevní mikrobiom komunikuje s mozkem a funguje to i opačně. Tato komunikační cesta bývá nazývána osa střevo - mozek a probíhá prostřednictvím několika mechanismů (nervovým, endokrinním, metabolickým a imunitním). K normálnímu vývoji mozku je zapotřebí správné osídlení střev nepatogenními bakteriemi. Narušení symbiózy mikrobiomu může vést k poruchám nálady, a také k neuropsychiatrickým poruchám (deprese, autismus, schizofrenie a další). Zjistilo se, že serotoninergní systém...
|
|
|
Změny střevního mikrobiomu u pacietů s idiotypickými střevními záněty léčenými pomocí anti-TNF-α
Damašková, Dagmar ; Mrázek, Jakub (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
česky Crohnova choroba spadá společně s ulcerózní kolitidou do skupiny idiopatických střevních zánětů označovaných jako IBD (inflammatory bowel disease). Vyskytuje se především ve vyspělých zemích, kde pacientů s touto nemocí neustále přibývá. IBD je imunologicky podmíněné multifaktoriální onemocnění, jehož mechanismus vzniku stále není znám. Zavedeným léčebným postupem je léčba zánětu pomocí kortikosteriodů a imunosupresiv. Kromě střevního zánětu, který je primárním cílem léčby, je u pacientů prokázaná i střevní dysbióza. Právě mikrobiota může být jedním z možných terapeutických cílů a léčebným postupem adjuvantní nebo biologická terapie. Adjuvantní terapie přímo cílí střevní mikrobiotu za pomoci probiotik, kdežto cílem biologické léčby je TNF-α, prozánětlivý cytokin, produkovaný ve velké míře makrofágy. Cílem této diplomové práce je zhodnotit změny střevní mikrobioty u IBD pacientů ve vztahu k adjuvantní a biologickou terapii. Pro analýzu bakteriální diverzity byly vyzkoušeny tři možné metody izolace DNA. Rapid beat beating + column (RBB+C) byla vybraná pro analýzu vzorků pacientů, protože vykazovala jak největší výtěžek DNA, tak nejvyšší čistotu DNA. Nejprve byla diverzita zkoumána kvalitativně pomocí degradační gradientové gelové elektroforézy (DGGE) s následnou sekvenací zajímavých bandů. Dále...
|
|
|
Diverzita mikrobiomů vybraných druhů ovádů (Diptera: Tabanidae) a její vliv na přenos trypanosom \kur{(Trypanosoma sp.)}
SVOBODOVÁ, Simona
U krev sajícího hmyzu z čeledi Tabanidae jsou známy bakteriální symbionti Spiroplasma z čeledi Spiroplasmaceae, Midichloria z čeledi Midichloriaceae a Wolbachia z čeledi Rickettsiaceae. Do dnešní doby byl mikrobiom ovádů popsán velmi okrajově, nicméně v této práci je studován detailně. Ve studii je popsán mikrobiom 7 druhů ovádů z Afriky, USA a České republiky, který obsahuje bakterie z čeledí Spiroplasmataceae, Chthoniobacterales, Pseudomonadaceae,Acetobacteraceae, Enterobacteriaceae, Flavobacteriaceae, Staphylococcaceae,Halomonadaceae, Moraxellaceae. Dále byl analyzován vliv Trypanosomy na složení mikrobiomu. Ve výsledku jsem však nenašla žádné signifikatní rozdíly mezi infikovanými a neinfikovanými jedinci, z čehož vyplývá, že Trypanosoma nemá na složení mikrobiomu vliv.
|
|
|
Mechanismy patogeneze experimentální autoimunitní uveitidy a možnosti jejich ovlivnění.
Klímová, Aneta ; Heissigerová, Jarmila (vedoucí práce) ; Pitrová, Šárka (oponent) ; Holáň, Vladimír (oponent)
Úvod: Autoimunitní uveitida postihuje zejména střední věkovou kategorii a přes stále se rozvíjející terapeutické možnosti způsobuje těžké postižení zraku. Vzhledem k široké klinické variabilitě je studium autoimunitní uveitidy v humánní medicíně limitované, proto byly vyvinuty experimentální modely. Cílem naší práce bylo zavést reprodukovatelný model experimentální autoimunitní uveitidy v České republice a dále na tomto modelu sledovat zastoupení CD3+ a F4/80+ buněk v sítnici, zhodnotit vliv mikrobiálního prostředí na intenzitu nitroočního zánětu a testovat terapeutické možnosti. Materiál a metody: Myším kmene C57BL/6J byl aplikován sítnicový antigen (IRBP 1-20, interphotoreceptor retinoid binding protein) potencovaný kompletním Freundovým adjuvans a pertusovým toxinem, který vyvolá mírnou zadní autoimunitní uveitidu. Myši pocházely z konvenčního a gnotobiotického (bezmikrobního) chovu. Intenzita uveitidy byla hodnocena podle standardizovaných protokolů in vivo biomikroskopicky a post mortem histologicky na řezech barvených hematoxylin eozinem. Vzorky tkání byly analyzovány také imunohistochemicky a průtokovou cytometrií. Standardní sledovací doba experimentu byla 35 dnů. Myši s uveitidou z konvenčního chovu byly léčeny perorálními antibiotiky (metronidazol a ciprofloxacin) podávanými profylakticky...
|
host ::
RSS.