|
|
Epigenetic control of PU.1 gene transcription during development of 5-Azacytidine resistance in acute myeloid leukemia
Křtěnová, Petra ; Burda, Pavel (vedoucí práce) ; Čuřík, Nikola (oponent)
Hematopoéza je vysoce koordinovaný proces, ve kterém hematopoetická kmenová buňka dává vzniknout všem krevním buněčným elementům. Pro myeloidní a lymfoidní vývoj je nezbytná přísná regulace exprese transkripčního faktoru PU.1. Delece PU.1 u myši je letální a jeho deregulace během vývoje hematopoetických buněk je spojena s hematologickými malignitami jako je akutní myeloidní leukémie (AML) a myelodysplastický syndrom (MDS). MDS a AML jsou závažné poruchy krvetvorby charakterizované expanzí nezralých krevních buněk a nedostatkem diferencovaných funkčních buněk. V patofyziologii leukemogeneze hrají významnou roli nejenom genetické, ale také epigenetické aberace. Deregulace PU.1 související s epigenetickými změnami na regulačních oblastech PU.1 genu představuje intenzivně studovaný mechanismus. Moderní terapie MDS a určité skupiny AML pacientů je založena na léčbě DNA hypometylačními látkami jako je 5-azacytidine (AZA), který ovlivňuje, mimo jiné, i regulaci PU.1 genu. Léčba AZA však často selhává a mechanismy rezistence nejsou příliš známy. V této práci prezentujeme výsledky z klonů rezistentních na AZA připravených z MDS/AML buněčné linie OCI-M2. Analyzovali jsme DNA metylace a hydroxymetylace na klíčovém regulačním elementu genu PU.1 (URE). Zjistili jsme, že epigenetické modifikace na URE značně ovlivňují...
|
|
|
Modifikace chromatinu v souvislosti s transgenerační pamětí rostlin na abiotické stresy
Vyskočilová, Barbara ; Holá, Dana (vedoucí práce) ; Fischer, Lukáš (oponent)
Rostliny jsou neustále vystavovány mnohým stresovým faktorům, které mají za následek změnu exprese různých genů. Ta může být regulována na více úrovních, včetně modifikací struktury chromatinu. Některé z těchto modifikací mohou přetrvávat i po skončení období, kdy byla rostlina stresu vystavena a mohly by případně plnit roli jakési "stresové paměti". V této práci se zabývám tzv. meiotickou/transgenerační "stresovou pamětí" v souvislosti s působením abiotických stresorů. Na základě provedené kompilace uvedené problematiky lze konstatovat, že prací, které se zabývají touto problematikou, je poměrně málo a většinou se jedná o studie pocházející až na výjimky ze stejné laboratoře. Téměř všechny studie se zabývaly jen metylací DNA a jejich design nebyl vždy úplně optimální. Důkazů pro transgenerační "stresovou paměť" rostlin je podle mého názoru zatím nemnoho a bude rozhodně potřeba hlubších a dalších studií pro její potvrzení. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Epigenetické mechanismy v signální dráze interferonu γ
Fišerová, Lenka ; Reiniš, Milan (vedoucí práce) ; Javorková, Eliška (oponent)
IFNγ je důležitý cytokin zprostředkující imunitní odpověď, včetně imunity protinádorové. IFNγ ovlivňuje expresi mnoha genů, které pak regulují různé procesy v buňce. V nádorových buňkách byly pozorovány defekty v signální dráze IFNγ a chyby v regulaci exprese genů indukovaných IFNγ, např. genů pro antigen prezentující mašinérii (APM) nebo hlavní histokompatibilní komplex (MHC). Epigenetické mechanismy mohou hrát roli v regulaci exprese genu pro IFNγ a také genů IFNγ regulovaných, včetně komponent jeho signální dráhy. U lymfocytů z nádorů byla pozorována omezená schopnost produkovat IFNγ spojena s epigenetickým umlčením genu pro IFNγ. V nádorových buňkách bylo prokázáno epigenetické umlčení exprese genů v signální dráze IFNγ, jako transkripčních faktorů IRF a dalších genů regulovaných IFNγ, např. genů pro APM a MHC nebo indoldioxygenázu. V případě jejich aktivace pomocí IFNγ byly pozorovány epigenetické změny v regulačních oblastech těchto genů. IFNγ se dá tak považovat za epigenetické agens. Epigenetické modulátory dokáží aktivovat expresi některých genů regulovaných IFNγ, čímž je možno částečně vysvětlit imunomodulační účinky těchto agens. Epigenetické regulace genů řízených IFNγ jsou také důležité pro únik nádorových buněk imunitní odpovědi. Klíčová slova: Interferon γ, epigenetika, methylace...
|
|
| |
|
|
Epigenetická regulace genů pro HLA II. třídy ve vztahu ke stárnutí organismu
Říhová, Adéla ; Kotrbová - Kozak, Anna Katarzyna (vedoucí práce) ; Slavčev, Antonij (oponent)
Úvod: Glykoproteiny hlavního histokompatibilního sytému (MHC) jsou nezastupitelnými spoluúčastníky regulace imunitní odpovědi a udržování imunitní homeostázy. Regulace jejich exprese hraje důležitou roli v adaptivní imunitní odpovědi. V poslední době je velmi zkoumaným mechanismem této regulace metylace DNA v regulačních oblastech, které jsou klíčové pro dostupnost DNA transkripčním faktorům. Stárnutí organismů je mimo jiné spojováno se změnami v metylaci DNA. Zvýšená predispozice k imunosenescenci ve stáří by mohla být následkem právě změn v metylačním stavu regulačních oblastí genů MHC II. třídy. Cíle: Cílem této práce je analýza metylačního stavu regulační oblasti genu DQB1 a porovnání rozdílu mezi generacemi a jednotlivými alelami. Dále je porovnána úroveň exprese mRNA genu DQB1 mezi generacemi a mezi jednotlivými alelami. Metody: Z krve dárců tří různých věkových skupin byly izolovány DNA a RNA. DNA byla genotypizována a modifikována bisulfitovou konverzí. Dále byly amplifikovány regulační oblasti genů DQB1 a byly klonovány do bakterií. Pozitivní klony byly selektovány a podrobeny metylační analýze. RNA byla přepsána do cDNA pomocí reverzní transkripce a její relativní úroveň exprese byla určena pomocí kvantitativní PCR. Výsledky: Mezigenerační analýza intronu 1 ukázala statisticky významný...
|
|
|
Studium lokálních změn ve stabilitě dvoušroubovice DNA po methylaci cytosinu pomocí jaderné magnetické rezonance
Socha, Ondřej ; Římal, Václav (vedoucí práce) ; Kouřilová, Hana (oponent)
Metylace cytosinu v CpG dinukleotidech hraje významnou roli při regulaci genové exprese a diferenciaci buněk. Oligonukleotidy s CpG motivem po metylaci příliš nemění svoji prostorovou strukturu, je však značně ovlivněna stabilita dvoušroubovice. V této práci je pomocí jaderné magnetické rezonance studováno tání duplexu DNA dvou selfkomplementárních oligonukleotidů o složení CAAC GTTG a CAAm5C GTTG liších se pouze metylací centrálního cytosinu. Za tímto účelem byla změřena NMR spektra 1H v rozsahu teplot (276-350)K. Fitováním spektrálních čar bázových vodíků s ohledem na probíhající chemickou výměnu mezi duplexy a samostatnými vlákny byly získány rovnovážné i kinetické parametry tání duplexu nezávisle pro jednotlivé rezonance. Metylace cytosinu v centrálním CpG motivu zvyšuje teplou tání, a to pro každý bázový pár. To poukazuje na vysokou míru kooperativity při tvorbě a rozpadu duplexu v celé molekule měřeného osmimeru. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Epigenetické regulace u autoimunitních onemocnění se zaměřením na revmatoidní artritidu
Horková, Veronika ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Hušáková, Markéta (oponent)
Přesná příčina revmatoidní artritidy, jako i dalších autoimunitních onemocnění ještě stále není identifikována. V posledních dvaceti letech epigenetika ukázala novou tvář immunitního systému. Dědičné změny mimo sekvence DNA poskytují další komponentu hrající roli v autoimunitě. Metylace DNA, modifikace histonů - proteinů, kolem kterých je DNA obmotána, či interference malých sekvencí RNA - microRNA, všechny tyto mechanismy ovlivňují genovou expresi a tím umožňují zvýšenou produkci prozánětlivých faktorů vedoucích k autoimunitním reakcím. Kromě toho, geny regulující apoptózu jsou často cílem epigenetickách modifikací. Tyto mechanismy nejenže poskytují další úroveň imunitní obrany, ale poskytují také vysvětlení pro vyšší náchylnost žen k autoimunitním nemocím i vliv prostředí na patogenezi těchto nemocí.
|
|
|
Modifikace chromatinu v souvislosti s "priming" fenoménem u rostlin
Marková, Hana ; Holá, Dana (vedoucí práce) ; Fischer, Lukáš (oponent)
Rostliny jsou v přirozeném prostředí vystaveny mnoha různým stresorům, kterým se musí dokázat přizpůsobit. Bylo zjištěno, že rostliny si mohou "zapamatovat" předchozí stresovou odpověď a na následné vystavení stejnému stresoru zareagovat rychleji a ve větší míře. Jedním z předpokládaných mechanismů tohoto tzv. "primingu" by mohly být změny na úrovni chromatinových modifikací. Modifikace chromatinu se zpravidla v průběhu stresové reakce dynamicky mění. Některé změny by však mohly zůstat trvalé, čímž by se vytvořila specifická, meioticky nebo mitoticky transmisibilní "stresová paměť". V případě mitoticky transmisibilní "stresové paměti" byl takový jev zatím pozorován u stresu v důsledku dehydratace, zasolení, mechanického poškození, kombinace různých stresorů a systémové rezistence na patogenní bakterie. Zatím se jedná jen o několik málo studií; už teď se ale ukazují rozdíly v reakci konkrétních genů, stejně jako závislost na délce stresového stimulu a délce period mezi prvním a druhým stresem. Velkým nedostatkem dosavadních studií je jejich zaměření pouze na histonové modifikace. Nicméně v rámci dosud studovaných chromatinových modifikací se zdá, že jako hlavní značka pro "priming" by mohla sloužit převážně H3K4me3. Naproti tomu modifikace H3K27me3 zřejmě jako "paměťová značka" neslouží. Na vyvození...
|
|
|
Metylace DNA u hematoonkologických onemocnění
Šeborová, Karolína ; Beličková, Monika (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Metylace DNA je jednou z nejčastějších epigenetických modifikací, při které dochází k přenosu metylové skupiny z donorové molekuly S-adenosyl-L-metioninu na 5'pozici cytosinu za vzniku 5-metylcytosinu. Tato reakce je katalyzována DNA metyltransferázami. Epigenetická modifikace hraje důležitou roli v regulaci transkripce, genomovém imprintingu, inaktivaci X-chromozómu a vývoji organismu. Právě její role v regulaci transkripce je důležitá u nádorových onemocnění. Zejména její aberantní formou, hypermetylací, může docházet k umlčení transkripce tumor supresorových genů vedoucí k progresi nádorového onemocnění. Klíčová slova: metylace DNA, demetylační léčba, hematoonkologická onemocnění, metody detekce, myelodysplastický syndrom
|
|
|
Role genu pro FTO v genetické determinaci "civilizačních" onemocnění
Dlouhá, Dana
Obezita je rizikovým faktorem rozvoje mnoha civilizačních onemocnění. Mezi tato onemocnění s nejvyšší úmrtností patří kardiovaskulární onemocnění (KVO), diabetes mellitus 2. typu (DM2), některá nádorová onemocnění a onemocnění pohybového aparátu. Jedním z genetických rizikových faktorů determinujících tělesnou hmotnost je gen pro FTO ("fat mass and obesity associated protein"). Úkolem této disertační práce bylo zjistit, 1) zda výskyt rizikových alel u vybraných polymorfismů koreluje s BMI u české populace, 2) analyzovat souvislost mezi variantou v 1. intronu v genu pro FTO a rizikem infarktu myokardu/ akutního koronárního syndromu (IM/ AKS), 3) renálním selháním (ESRD) a 4) výskytem kolorektálního karcinomu (CRC). Polymorfismy rs17817449 (1. intron) a rs17818902 (3. intron) jsme analyzovali metodami PCR-RFLP či RT PCR. Potvrdili jsme souvislost varianty v prvním, ale ne ve třetím intronu s BMI u české kontrolní populace. Intervenční studie ukázaly souvislost se změnami BMI (pouze rs178117449) u dětí, ale ne u obézních žen. U pacientů s AKS jsme nalezli korelaci mezi G alelou a zvýšeným rizikem tohoto onemocnění (OR 1,49). U pacientů s ESRD jsme detekovali souvislost mezi výskytem stejné alely a rozvojem onemocnění (OR 1,37). U pacientů s CRC jsme souvislost s výskytem rizikové alely u varianty v 1....
|
host ::
RSS.