|
|
Faktory interagující s bakteriální RNA polymerázou
Sudzinová, Petra ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Fišer, Radovan (oponent)
Bakteriální buňka musí umět rychle měnit svou genovou expresi, aby přežila nestálé okolní podmínky. Nejvýznamnější úrovní, na které dochází ke změnám genové exprese, je transkripce. Klíčovým enzymem transkripce je RNA polymeráza (RNAP), která je regulována transkripčními faktory (TF). Tyto faktory působí na RNAP různými způsoby. V této práci je vytvořen přehled různých bílkovin a jiných faktorů, vlivu jejich funkce na transkripci a mechanismy jejich účinku. Faktory se dají rozdělit podle mnoha kritérií. Hlavním kritériem, podle kterého je sepsána i tato práce, je způsob interakce s RNAP: TF dělíme podle toho, zda se vážou jen na RNAP, nebo vážou DNA a RNAP, nebo interagují s RNA a RNAP. Tato práce přináší ucelený pohled na různé TF, kombinací jejichž působení může bakteriální buňka vytvářet přesnou a žádoucí odpověď genové exprese na změny vyvolané vnějším prostředím.
|
|
|
Cis a trans elementy uplatňující se v odezvě rostlin na sucho (se zvláštním zřetelem na regulaci fotosyntetických genů)
Panchártek, Daniel ; Holá, Dana (vedoucí práce) ; Feketová, Zuzana (oponent)
Abiotické stresory jako sucho, vysoká koncentrace soli či chlad dokážou velkou měrou ovlivnit vývoj a růst rostlin. Cis a trans elementy jsou jednou z možností, jak mohou rostliny regulovat svůj metabolismus v případě, kdy se jejich aktuální životní podmínky změní v nepříznivé. Tímto způsobem je indukována exprese řady genů, které nefungují pouze ve smyslu navození tolerance, ale i jako obecná odpověď na tyto stresory. Těchto dějů se účastní velká škála transkripčních faktorů a dalších trans faktorů, které se často vážou na specifické sekvence v promotorech - cis elementy. V posledních letech bylo provedeno mnoho prací na toto téma, sucho ale zůstává stále jednou z nejméně probádaných oblastí. Přesto byly popsány hlavní signální dráhy a komplexy kaskád směřující k regulaci exprese cílových genů. Některé z těchto cílových genů souvisejí s fotosyntetickým aparátem a jejich regulace může u rostlin stresovaných suchem výrazně ovlivnit účinnost fotosyntézy. Tato práce stručně popisuje hlavní cis a trans elementy rostlin uplatňující se v odezvě na sucho (se zvláštním zřetelem právě na regulaci fotosyntetických genů). Klíčová slova: sucho, genová exprese, cis-element, transkripční faktor, kyselina abscisová, fotosyntéza, promotor.
|
|
|
Odlišení primárně mediastinálního a difuzního velkobuněčného B-lymfomu s využitím metody real-time kvantitativní polymerázové řetězové reakce
Votavová, Hana ; Trněný, Marek (vedoucí práce) ; Papajik, Tomáš (oponent) ; Kozák, Tomáš (oponent)
SOUHRN Difuzní velkobuněčný lymfom (DLBCL) je nejčastější typ non-Hodgkinského lymfomu. Je to molekulárně i prognosticky heterogenní onemocnění, jehož tři hlavní geneticky definované podtypy (germinal center-like/GC-like, non-germinal center- like/nonGC-like a primárně mediastinální B-lymfom/PMBL) není v současné době možné spolehlivě odlišit jinak než pomocí genových čipů. Metoda genových čipů vyžaduje dostupnost čerstvě zmražené vyšetřované tkáně a její technická a ekonomická náročnost ji činí v rutinní praxi nevyužitelnou. Vzhledem k prognostické odlišnosti je však informace o podtypu DLBCL důležitá. Jednak ze strany pacienta, který má právo vědět, jak závažné je jeho onemocnění, jednak z hlediska klinických studií, u kterých může mít náhodné zařazování pacientů bez znalosti podtypu tumoru vliv na výsledky studie. Předkládaná práce se zabývá zjednodušením diagnostiky podtypu primárně mediastinálního B-buněčného lymfomu (PMBL) v rámci skupiny DLBCL. Využívá běžně dostupné a na skladování nenáročné vzorky tkání zalitých v parafínových blocích (tzv. FFPE tkáň) a dále analýzu genové exprese pomocí všeobecně rozšířené metody real-time kvantitativní PCR (RTqPCR). Jako výchozí metoda pro odlišení PMBL/DLBCL pacientů je v práci použita klinicko-patologická diagnóza, která je v současnosti uznávána jako...
|
|
|
Podjednotka delta bakteriální RNA polymerázy a její role v regulaci genové exprese u Bacillus subtilis
Dvořáček, Lukáš ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Podjednotka delta bakteriální RNA polymerázy a její role v regulaci genové exprese u Bacillus subtilis. V této práci se zabývám regulací genové exprese u eubakterií. V první cásti shrnuji soucasné poznatky o klícové fázi genové exprese - transkripci, blíže se pak zameruji na regulaci iniciace transkripce pomocí malých efektorových molekul (guanosin tetrafosfát, iniciacní nukleosid trifosfát) u genu pro ribozomální RNA. Ve druhé, experimentální cásti této práce se zabývám rolí relativne málo studované podjednotky RNA polymerázy z gram pozitivních bakterií - proteinu _ - pri iniciaci transkripce a jejího vlivu na regulaci RNA polymerázy pomocí koncentrace iniciacního nukleosid trifosfátu.
|
|
|
The role of microRNAs in chronic lymphocytic leukemia
Moravec, Martin ; Macůrková, Marie (oponent) ; Hájek, Miroslav (vedoucí práce)
1 Abstrakt MikroRNA (miR, miRNA) je nově objevená skupina molekul (19-25 nukleotidů dlouhých), které regulují genovou expresi na post-transkripční úrovni buď zablokováním translace cílové mRNA, nebo degradací mRNA. Jako jedna ze součástí z mechanismu umlčování genů, miRNA se zapojují do buněčných procesů, jako například do procesu apoptózy, dělení a vývoje buněk a obrany proti virům. miRNA se v poslední době studují ve spojení k nemocem. Chronická lymfocytární leukémie (CLL) je jednou z nejběžnějších leukémií v západních zemích, která postihuje především starší lidi. V mojí práci se zaměřuji na vysvětlení funkce miRNA molekul a jejich vztah k chronické lymfocytární leukémii. Popisuji získáné poznatky o miRNA-15, miRNA-16, miRNA-143, miRNA-145 a miRNA-155 ve spojení k tomuto onemocnění. Na základě současných vědeckých článků diskutuji také potenciální roli miRNA-326 v CLL patogenezi.
|
|
|
Úloha vybraných ABC transportérů v rozvoji karcinomu prsu
Perglerová, Karolína ; Stiborová, Marie (oponent) ; Souček, Pavel (vedoucí práce)
Karcinom prsu je v mnoha zemích nejčastější příčinou smrti u žen. Jednou z možností léčby tohoto onemocnění je použití protinádorových léčiv (chemoterapie). Individuální rozdíly v odpovědi pacientek na podané léky jsou častou příčinou selhání léčby. To, nakolik je podaný lék v těle využit, závisí z velké části i na tom, nakolik jsou molekuly léčiv transportovány skrze biologické membrány. Mezi proteiny, transportující molekuly léčiv, patří ABC transportní proteiny, například ABCB1, ABCC1 a ABCC2. Předpokládá se, že rozdíly v expresních hladinách těchto proteinů a jejich genetické variace mohou způsobovat individuální rozdíly ve farmakokinetice a ovlivňovat výsledky působení mnoha léků. Tato diplomová práce se zaměřuje na význam genové exprese ABCB1, ABCC1 a ABCC2 a také na identifikaci a význam jednonukleotidových polymorfismů v genu pro ABCC1 protein.
|
|
|
Produkce amoniaku koloniemi mutantů a stárnutí strukturovaných kolonií Saccharomyces cerevisiae
Nedbálková, Jana ; Heidingsfeld, Olga (oponent) ; Janderová, Blanka (vedoucí práce)
Produkce amoniaku koloniemi mutantů a stárnutí strukturovaných kolonií Saccharomyces cerevisiae Cílem této diplomové práce je sledovat vývoj, respektive stárnutí buněk v kvasinkových koloniích Saccharomyces cerevisiae. Kvasinkové buňky S. cerevisiae tvoří na pevném substrátu mnohobuněčné organizované struktury - kolonie, ve kterých dochází k mezibuněčným interakcím. Tyto interakce mají vliv na formování, morfologii a stárnutí kvasinkové kolonie. Tato práce je zaměřena na změny v produkci amoniaku obřími koloniemi delečních mutant, a také na stárnutí kolonií se zvrásněnou morfologií. Charakterizovala jsem mutantní kmeny S. cerevisiae, s delecí v genech RTG1, RTG2, RTG3, FIS1, CIT2, jejichž produkty hrají významnou roli ve vývoji kolonie. Transkripce těchto genů se mění v průběhu vývoje kolonií při přechodu z acidické do alkalické fáze. Zjistila jsem, že míra produkce amoniaku byla ve shodě s výsledky alkalizace média v okolí obřích kolonií a že uvedené mutanty odvozené od kmene BY produkovaly amoniak od 15. dne. Míra produkce amoniaku koloniemi kmene rtg3∆ byla srovnatelná s rodičovským kmenem, nižší produkce oproti rodičovskému kmeni byla zjištěna u fis1∆, rtg1∆ a rtg2∆. Naopak u kmene cit2 byla produkce amoniaku vyšší-než u rodičovského kmene. Připravila jsem kmeny S. cerevisiae ƩSh , u kterých jsem pomocí...
|
|
|
Delta podjednotka RNA polymerázy u Grampozitivních bakterií
Matějčková, Jitka ; Beranová, Jana (oponent) ; Krásný, Libor (vedoucí práce)
1 Abstrakt Aby bakteriální buňka přežila neustále se měnící podmínky, musí se na ně adaptovat. Tato adaptace je podmíněna změnou genové exprese. Klíčovým krokem genové exprese je transkripce. Hlavním enzymem bakteriální transkripce je RNA polymerasa (RNAP), což je esenciální vícepodjednotkový enzym. RNAP je nejvíce prostudována u Escherichia coli, modelového organismu gram negativních bakterií. Porovnala jsem E. coli a Bacillus subtilis (zástupce gram pozitivních bakterií) a shrnula jsem rozdíly v RNAP a transkripci. Jejich RNA polymerasy se liší přítomností podjednotky δ u gram pozitivních bakterií. Tato podjednotka zvyšuje promotorovou selektivitu, recykluje jádro RNAP a celkově stimuluje syntézu RNA. Podjednotka δ ovlivňuje sporulaci a virulenci některých bakterií. V této práci jsem shromáždila současné poznatky o jednotlivých částech genové exprese, zejména o regulaci iniciace transkripce a o podjednotce δ RNAP.
|
|
| |
|
|
Vliv Vps34p na růst a vývoj kvasinkových kolonií
Červenka, Jakub ; Schierová, Michaela (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Fosfatidylinositol-3-kinázová (PI3K) signální dráha je evolučně konzervována u všech eukaryotických organizmů a její hlavní funkcí je regulace autofágie a cílení proteinů do vakuoly/lyzozomu. Pro patogenní kvasinky druhů Candida albicans a Cryptococcus neoformans je PI3K signální dráha nezbytná pro jejich virulenci. U kvasinky Saccharomyces cerevisiae je PI3K signální dráha tvořena dvěma proteiny - Vps34p, který je fosfatidylinositol-3-kinázou, a jeho regulátorem Vps15p. V rámci této diplomové práce jsem se zabýval vlivem PI3K signální dráhy na růst a vývoj kolonií přírodních i laboratorních kmenů S. cerevisiae. Ověřil jsem, že delece VPS34 či VPS15 má u laboratorních haploidních kmenů významný vliv na velikost kolonií a na invazivní růst (u kmene ΣSh vps15Δ). Delece VPS34 nebo VPS15 také zvyšuje citlivost buněk k oxidativnímu stresu a detergentům. Kmeny bez VPS34 odvozené od přírodních kmenů se nepodařilo připravit, pravděpodobně pro jeho esencialitu u těchto kmenů. Konstitutivní exprese VPS34 neovlivňuje rezistenci buněk při inhibitorových testech, velikost a diferenciaci kolonií ani amoniakovou signalizaci, rozdíly však lze pozorovat v morfologii makrokolonií a způsobu jejich zarůstání do média. Značení Vps34p na C-konci pomocí GFP negativně ovlivňuje funkci Vps34p a u haploidních kmenů vede k...
|
host ::
RSS.