|
|
Bioinformatic analysis of protein/DNA interactions
Božíková, Paulína ; Schneider, Bohdan (vedoucí práce) ; Hašek, Jindřich (oponent)
V této práci jsme analyzovali lokální strukturu DNA páteře v DNA vázané v kom- plexech s proteiny a volné DNA, a závislost lokální struktury na typu párování a na sekvenci. Za tím účelem jsme analyzovali přibližně 1400 krystalových struktur DNA v komplexech s proteiny a více než 400 krystalových struktur DNA nevázané v komplexech s proteiny. Lokální konformace DNA byly klasifikovány do 38 tříd dinukleotidových konformerů ntC popsaných dříve (Svozil et al. Nucleic Acids Res. 2008), které byly dále sdruženy do 16 klastrů strukturní abecedy ntA, aby- chom redukovali počet analyzovaných proměnných. Strukturní třídy ntA dinu- kleotidů tvořících páry bazí v dvoušroubovicích DNA byly uspořádány do tzv. Asociačních matic tak, že řádky a sloupce matic jsou označeny třídami ntA právě vázaných dinukleotidů. Analyzovali jsme tři základní matice. Dvě pro dinukleotidy vázané pouze do Watson-Crickových párů v protein/DNA komplexech, respektive v samotných DNA. Třetí matice byla sestrojena pro dinukleotidy vázané i jinými než Watson-Crickovými páry. Asociační matice jsme rovněž zkoumali v závislosti na sekvenci přispívajících dinukleotidů. Provedené analýzy ukazují rozdíly ve struk- turním chování různých...
|
|
|
Atrial fibrillation detection using time-domain methods
Sámel, Maroš ; Ronzhina, Marina (oponent) ; Janoušek, Oto (vedoucí práce)
The purpose of this work is to get better understanding of the problems of atrial fibrillation followed by the processing methods for detection of atrial fibrillation based on an analysis of the ventricular rhythm. Methods that are described: method of medians, methods based on histograms (using coefficient of variation and density histograms of RR and RR intervals), method using RdR map, method using complexity of RR intervals and methods based on a statistical framework by Gaussian distribution and Laplace function The practical part of this work is focused on comparing these methods and selecting the best one – method of medians is the chosen one. This is followed by implementation of this method in the Matlab and testing it on the real data from a selected database. In the end, the detection ability of our method is evaluated and compared with the thoeretical detection abilities of the other methods. Our algorithm for detection of atrial fibrillations, based on the median method, achieved excellent results with the highest value of specificity obtained at 93,976%, sensitivity at 89,182% and AUC (area under the curve) at 0,973.
|
|
|
Využití kvantifikace ošetřovatelské péče v psychiatrických nemocnicích
STUCHLÍKOVÁ, Jindřiška
Tématem bakalářské práce je využití kvantifikace ošetřovatelské péče v psychiatrických nemocnicích. Psychiatrie poskytuje léčbu nemocným s duševním onemocněním. Ve většině případů se pacient nemá se svými problémy na koho obrátit, proto vyhledá pomoc odborníka, v tomhle případě se jedná o psychologa, nebo psychiatra. Pokud není pacient z jakéhokoliv důvodu schopen na léčbu docházet ambulantně, lékař rozhodne o hospitalizaci nemocného. U těchto pacientů se poté provádí základní a speciální ošetřovatelská péče. Do základní ošetřovatelské péče řadíme podávání stravy, hygienu a jiné. Speciální ošetřovatelská péče zajišťuje diagnostické, terapeutické a monitorovací výkony. Práce má teoretickou a výzkumnou část. Teoretická část se zabývá oborem psychiatrie, formou a metodami péče, legislativním vymezením a dále vzděláním a kompetencemi sester. Výzkumné šetření vycházelo z metody kvantifikace ošetřovatelské péče od Pochylé a Pochylého z roku 2008 a bylo provedeno kvalitativně kvantitativní metodou. První část výzkumu se zabývala sbíráním dat a následným záznamem do záznamového archu. Dalším krokem bylo stanovit činnosti speciální ošetřovatelské péče. U výkonů byly následně stanoveny průměry a směrodatné odchylky, čímž jsme dostali průměrné časy všech výkonů. Cílem práce bylo stanovit průměrnou časovou náročnost u všech výkonů a dále stanovit časové hodnoty speciální ošetřovatelské péče u vybraných skupin pacientů. Ošetřovatelská péče se u nemocných mění dle aktuálního zdravotního stavu. Mezi další specifika ošetřovatelské péče patří i sledování nemocných, kteří mohou ohrozit sebe, nebo své okolí. Nejčastěji prováděným výkonem v psychiatrické nemocnici v oblasti podávání léků je podávání léků per os. Pro práci jsme si zvolily 3 cíle. Prvním cílem bylo inventarizovat speciální ošetřovatelskou péči v psychiatrických nemocnicích. Dalším cílem je zjistit průměrné časové hodnoty pro jednotlivé ošetřovatelské činnosti speciální ošetřovatelské péče v psychiatrické nemocnici. Posledním cílem bylo stanovit časové hodnoty speciální ošetřovatelské péče u vybraných skupin pacientů. Na základě prvního cíle byla stanovena výzkumná otázka: Jaký nejčastější výkon se provádí v psychiatrické nemocnici? Na základě druhého cíle byla stanovená výzkumná otázka: Jaké jsou průměrné časové hodnoty pro jednotlivé ošetřovatelské činnosti speciální ošetřovatelské péče v psychiatrické nemocnici? Na základě třetího cíle byla zvolena hypotéza: Časové hodnoty speciální ošetřovatelské péče se liší u vybraných skupin pacientů.
|
|
|
Bioinformatic analysis of protein/DNA interactions
Božíková, Paulína ; Schneider, Bohdan (vedoucí práce) ; Hašek, Jindřich (oponent)
V této práci jsme analyzovali lokální strukturu DNA páteře v DNA vázané v kom- plexech s proteiny a volné DNA, a závislost lokální struktury na typu párování a na sekvenci. Za tím účelem jsme analyzovali přibližně 1400 krystalových struktur DNA v komplexech s proteiny a více než 400 krystalových struktur DNA nevázané v komplexech s proteiny. Lokální konformace DNA byly klasifikovány do 38 tříd dinukleotidových konformerů ntC popsaných dříve (Svozil et al. Nucleic Acids Res. 2008), které byly dále sdruženy do 16 klastrů strukturní abecedy ntA, aby- chom redukovali počet analyzovaných proměnných. Strukturní třídy ntA dinu- kleotidů tvořících páry bazí v dvoušroubovicích DNA byly uspořádány do tzv. Asociačních matic tak, že řádky a sloupce matic jsou označeny třídami ntA právě vázaných dinukleotidů. Analyzovali jsme tři základní matice. Dvě pro dinukleotidy vázané pouze do Watson-Crickových párů v protein/DNA komplexech, respektive v samotných DNA. Třetí matice byla sestrojena pro dinukleotidy vázané i jinými než Watson-Crickovými páry. Asociační matice jsme rovněž zkoumali v závislosti na sekvenci přispívajících dinukleotidů. Provedené analýzy ukazují rozdíly ve struk- turním chování různých...
|
|
|
Vliv environmentálních faktorů na diverzitu lišejníkových fotobiontů
Červenková, Tereza ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Peksa, Ondřej (oponent)
Lišejníky jsou synergickým spojením nejméně dvou organismů, heterotrofní houby a fotosyntetické řasy nebo sinice. Toto sdružení má za následek, že interagující organismy jsou daleko tolerantnější vůči environmentálním vlivům, jelikož tyto organismy si vzájemně poskytují určité výhody, které by jako volně žijící jedinci nebyly schopné získat. Je všeobecně známo, že houboví partneři z lišejníku jsou daleko méně citliví, co se týče přírodních podmínek, jakými jsou např. teplota, nadmořská výška, množství srážek nebo typ a složení substrátu. Proto také mají houby tvořící lišejníky daleko větší ekologické valence než s nimi interagující fotobionti, z nichž většina rodů a druhů je adaptovaná pouze na určité podmínky prostředí. Z tohoto důvodu jsou to právě symbiotické řasy a sinice, které pravděpodobně z velké míry určují prvotní vznik lišejníku na dané lokalitě. Tato rešerše je převážně věnována adaptabilitě fotoautotrofních symbiontů lišejníků, tj. kokálních zelených řas a sinic, na environmentální podmínky. Ekologické rozrůznění fotobiontů má přímý vliv na jejich genetickou diferenciaci a tím i na diferenciaci samotných druhů lišejníků. Bohužel se v mnoha studiích většinou autoři zabývají pouze diverzitou makroskopického symbiotického partnera, tj. mykobionta, a ekologie fotobiontů je často přehlížena...
|
|
|
Stratification risk of disease progression in patients with abnormal cervical cytologic finding by means of molecular genetic analysis of selected biological factors
Gomolčáková, Barbora ; Kašpírková, Jana (vedoucí práce) ; Španielová, Hana (oponent)
Predmetom diplomovej práce bolo pomocou molekulárne - genetických techník sledovať vplyv vybraných herpesvírusov, polyomavírusov, Chlamydie trachomatis a metylácie promótorov tumor supresorových génov na vznik a progresiu ťažkých lézií u HPV pozitívnych pacientok. Potvrdenie prítomnosti týchto markerov u žien s ťažkými léziami na krčku maternice (KM) by pomohlo zvýšiť potrebnú špecificitu molekulárne genetického HPV testovania a tým ho odporučiť ako primárny screeningový test pre prevenciu karcinómu KM. HPV testovanie by tak mohlo nahradiť dnes prevládajúce cytologické vyšetrenie, ktoré vykazuje relatívne nízku citlivosť a tým aj množstvo falošne negatívnych výsledkov. Analyzované vzorky tvorili cytologické stery KM odobraté do tekutého média od 51 HPV pozitívnych žien s histologicky potvrdenou prítomnosťou ťažkej lézie. Ako kontrola boli použité odbery od 51 žien bez infekcie. Možný vplyv na progresiu ochorenia bol potvrdený iba pri metyláciách génových promótorov, ktorých prítomnosť bola detegovaná až u 26 pacientok. Je však veľmi nepravdepodobné, aby sa u všetkých týchto žien vyvinul karcinóm. Tento marker by teda mohol pomôcť stratifikovať pacientky v riziku, ale iba do istej miery. Napriek tomu, že samostatné pôsobenie zvyšných markerov v karcinogenéze karcinómu KM nebolo preukázané, nie je vylúčené...
|
|
|
Automatická klasifikace spánkových fází z polysomnografických dat
Kříženecká, Tereza ; Potočňák, Tomáš (oponent) ; Ronzhina, Marina (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá automatickou klasifikací polysomnografických záznamů, která je založená na analýze parametrů v časové a frekvenční oblasti. Parametry jsou počítány z 30s úseků EEG, EMG a EOG signálů snímaných v průběhu různých spánkových fází. Pomocí statistické analýzy jsou vybrány parametry, které jsou vhodné pro následnou automatickou klasifikaci spánkových fází. Klasifikace je poté provedena pomocí metody SVM a zhodnocení úspěšnosti klasifikace je provedeno pomocí senzitivity, specificity a procentuální úspěšnosti. Práce byla provedena v programovém prostředí MATLAB.
|
|
|
Biometrie otisku prstu
Smékal, Ondřej ; Drahanský, Martin (oponent) ; Fedra, Petr (vedoucí práce)
Algoritmy sloužící pro identifikaci a verifikaci osob pomocí rozpoznávání otisků prstů jsou již dlouhodobě rozšířeny a využívány ve forenzních aplikacích i v soukromém sektoru. Cílem této práce je seznámení se s různými aplikovanými matematickými modely zpracování obrazů otisků v digitální podobě. Druhým úkolem je prezentace algoritmického řešení vybraného postupu identifikace osoby pomocí otisku prstu. Algoritmus je řešen ve vývojovém prostředí programu Matlab.
|
|
|
Míry kvality klasifikačních modelů a jejich převod
Hanusek, Lubomír ; Hebák, Petr (vedoucí práce) ; Řezanková, Hana (oponent) ; Skalská, Hana (oponent)
Prediktivní sílu klasifikačních modelů lze vyhodnotit různými ukazateli. V oblasti data miningu (dále DM) se nejvíce využívají míry Giniho koeficient, Kolmogorovova-Smirnovova statistika a lift. Tyto míry jsou založeny na zcela rozdílném způsobu výpočtu a je-li analytik zvyklý používat jednu z těchto měr, může být pro něj těžké udělat si představu o kvalitě modelu vyhodnoceném jinou mírou. Tato práce si klade za cíl nalézt mezi jednotlivými mírami převodní mechanismus. Přestože hlavní důraz je kladen na tři výše uvedené míry, práce se zabývá i dalšími ukazateli, a to sensitivitou, specificitou, celkovou správností a plochou pod ROC křivkou. Při vývoji DM modelů často vzniká potřeba pracovat nikoli s původním základním souborem o rozsahu miliónů či desítek miliónů pozorování, ale s výběrem, který je stratifikovaný dle hodnot vysvětlované proměnné Y. Vyhodnotí-li se pak model na stratifikovaných datech, vzniká potřeba vědět, jak se jednotlivé míry změní při přepočtu na základní soubor. Tato práce popisuje způsob, jak tento převod uskutečnit. Součástí této práce je i softwarová aplikace, která výše uvedené převody umožňuje. S její pomocí lze nejen převádět jednu míru kvality na druhou, ale také převádět míry získané na stratifikovaném souboru na soubor základní. Výstupem této aplikace je vedle požadovaných měr (sensitivita, specificita, celková správnost, Giniho koeficient, Kolmogorovova-Smirnovova statistika) také konfuzní matice a grafy kvality (lift křivka, gains křivka, ROC křivka a KS křivka). Internetová adresa, kde lze aplikaci stáhnout, a také uživatelský manuál k této aplikaci jsou součástí této práce. Veškerá teorie popsaná v této práci byla ověřena na reálných datových souborech.
|
|
|
Specifika ošetřovatelské péče u pacienta s leukémií
KAFKOVÁ, Zuzana
Onkohematologiecké oddělení poskytuje komplexní péči o nemocné s nádorovými chorobami krvetvorného systému. Zásadou na těchto odděleních je důležitost dodržování standardů ošetřovatelských postupů.V teoretické části je popsána anatomie a fyziologie krvetvorného systému, popisuje základní dělení leukémii, diagnostikou a léčbou. Je zde popsán přehled ošetřovatelských postupů včetně psychologického přístupu k pacientům. Praktická část je zaměřena na metodiku výzkumu, výsledky rozhovoru a zúčastněného pozorování na interním oddělení intermediální péče v nemocnici České Budějovice, a.s.
|
host ::
RSS.