|
|
Úloha obchodního cestujícího
Kolář, Adam ; Rozman, Jaroslav (oponent) ; Zbořil, František (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je navrhnout prostředí testující problém obchodního cestujícího a porovnat efektivitu jednotlivých přístupů k řešení. V první části jsou diskutovány možnosti genetických algoritmů v závislosti na nastavení křížení, mutací a velikosti populace. V druhé části jsou na stejný problém použity dva druhy neuronových sítí. Za zástupce samoučící varianty byla zvolena Kohonenova neuronová síť. Hopfieldova neuronová síť reprezentuje metodu minimalizace energetické funkce s pevným nastavením koeficientů. U obou neuronových sítí byly popsány možné výhody a nevýhody aplikace. V závěru byly všechny zjištěné poznatky interpretovány ve společném kontextu.
|
|
|
Genetické programování - Java implementace
Tomaštík, Marek ; Kuba,, Martin (oponent) ; Matoušek, Radomil (vedoucí práce)
Tato diplomová práce má za cíl vytvoření programové aplikace v jazyce Java, dále využitelné v oblasti automatického generování modelů, speciálně v úlohách tzv. symbolické regrese. Práce zahrnuje stručný popis genetického programování (GP) a vlastní implementací GP s důrazem na využití pokročilých operátorů (nedestruktivní operace, elitní přistup, zjednodušování výrazů). Pro zvolené datové množiny je technikou symbolické regrese generován matematický model. K ověření funkcionality je využito tzv. testovacích úloh. Pro vybrané parametry GP je hledáno optimální nastavení.
|
|
|
Závislost velikosti proudu IKs kanálu srdce na stimulaci
Kachan, Ksenia ; Čmiel, Vratislav (oponent) ; Bébarová,, Markéta (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se věnuje studiu frekvenční závislosti velikosti proudu srdečním kanálem vedoucím pomalou složku opožděného draslíkového proudu z buňky (IKs). Tato vlastnost IKs kanálu má velký funkční význam. Za insuficience jiných repolarizačních proudů, ale i za zvýšené srdeční frekvence, zejména za zvýšeného tonu sympatiku, totiž IKs představuje tzv. repolarizační rezervu, čímž zabraňuje nadměrnému prodlužování repolarizace akčního napětí srdečních buněk. Struktura IKs kanálu je kódována geny KCNQ1 (-podjednotka formující pór kanálu) a KCNE1 (modulační -podjednotka). Mutace v těchto genech narušují fyziologickou funkci IKs kanálu a způsobují vznik dědičných arytmogenních syndromů, zejména syndromu dlouhého intervalu QT (LQTS). Mezi takové mutace patří i mutace c.926C>T (p.T309I) v genu KCNQ1, která vede u heterozygotních nosičů ke vzniku LQTS typu 1. Teoretická část diplomové práce poskytuje základní informace o IKs kanálu a patch clamp technice, které jsou nezbytné pro provedení části praktické. Experimentální část spočívá v kultivaci a přechodné transfekci buněčné linie CHO pro následné elektrofyziologické měření technikou whole-cell patch clamp s cílem zkoumání závislosti velikosti IKs na frekvenci stimulace, jak u kanálů bez mutace, tak u kanálů tvořených podjednotkami bez mutace i s mutací T309I.
|
|
|
Optimalizace procesů v logistice s podporou vizualizace
Kršák, Martin ; Bidlo, Michal (oponent) ; Křivka, Zbyněk (vedoucí práce)
Cielom diplomovej prace je navrh, implementacia a porovnanie algoritmov, ktore optimalizuju procesy v logistike, prevazne v planovacej casti. Algoritmy pomocou heuristik a aproximacneho genetickeho algoritmu najdu takmer optimalne riesenie NP-tazkeho problemu, podobneho problemu obchodneho cestujuceho s oneskorenim niekolkych hodin. Ulohou tychto algoritmov je planovanie efektivnej trasy smetiarskym vozidlam, ktore zvazaju a rozvazaju velkoobjemny odpad do zbernych stredisk v konkretnom meste. Cielom optimalizacie je minimalizacia nakladov na dopravu.
|
|
|
Pokročilé metody globální optimalizace
Dudová, Aneta ; Kozumplík, Jiří (oponent) ; Mézl, Martin (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se věnuje pokročilým metodám globální optimalizace a hlavně problematice obchodního cestujícího. Zaměřuje se na popis tohoto problému a na jeho různé možnosti řešení, mezi které patří teorie grafů, heuristické algoritmy, evoluční algoritmy, v nich především genetické algoritmy a optimalizace pomocí mravenčí kolonie. V závěru je implementace zmíněných metod a provedené testování na různých datových souborech těchto algoritmů, které řeší přibližně problém obchodního cestujícího.
|
|
|
Predikce vlivu mutace na rozpustnost proteinů
Velecký, Jan ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Hon, Jiří (vedoucí práce)
Cílem práce je vytvoření prediktoru změny rozpustnosti mutovaného proteinu ze znalosti jeho původní 3D struktury. Predikce rozpustnosti proteinů je část bioinformatiky, která dosud není uspokojivě vyřešena. Přičemž především predikci ze 3D struktury není věnována náležitá pozornost. Práce obsahuje souhrn relevantních znalostí o proteinech, jejich rozpustnosti a stávajících predikčních nástrojích. Princip navrženého prediktoru je inspirován článkem Surface Patches, a práce si tak dává za cíl také ověřit výsledky v něm dosažené. Navržená predikce funguje podle změn oblastí kladného elektrického potenciálu nad povrchem proteinu. Nástroj byl úspěšně implementován a byla provedena celá řada výpočetně náročných experimentů. Z nich vyplynulo, že tímto způsobem lze elektrický potenciál, a tedy i prediktor, použít úspěšně jen u omezené množiny proteinů. Metoda použitá v článku navíc koreluje s mnohem jednodušší proměnou celkového náboje proteinu.
|
|
|
Genetické algoritmy – Multi-core CPU implementace
Studnička, Vladimír ; Kuba, Martin (oponent) ; Matoušek, Radomil (vedoucí práce)
Cílem diplomové práce je vytvořit co možná nejuniverzálnější knihovnu pro genetické algoritmy v jazyce C++, s určitým počtem implementovaných univerzálních operátorů a následně vytvořenou knihovnu otestovat na příkladech. Musí být implementována podpora více-jádrových procesorů pomocí OpenMP. Knihovna bude testována celkově na třech příkladech. První dva příklady jsou matematické funkce, které se používají právě k testování genetických algoritmů. Dalším testovacím příkladem je problém rozložení n-dam na šachovnici, aby se vzájemně neohrožovali. Nakonec se pokusíme pomocí navrhnutých algoritmů zjistit řešení puzzle s názvem Eternity II, za jehož vyřešení je vypsána odměna 2 milióny dolarů.
|
|
|
Vývoj meta-serveru pro předpověď vlivu mutací na funkci proteinu
Lisák, Peter ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Jaša, Petr (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá analýzou genomických dat, konkrétně předpovědí vlivu mutací na funkci proteinů z jejich sekvence a terciární struktury. V teoretickém úvodu práce shrnuje základy genetiky a bioinformatiky. Ve výsledkové části se práce zaměřuje na predikční nástroje SIFT, MAPP a AUTO-MUTE. Navrhuje způsob jednotného rozhraní pro práci s těmito nástroji. Společné rozhraní umožňuje zadávat výpočty a sbírat výsledky různých nástrojů z jednoho místa. Ze získaných dat predikuje vlastní konsensuální výsledek s očekávanou vyšší přesností než jednotlivé nástroje. Závěr práce je věnovaný testování aplikace na skutečných datech a porovnání předpovědí s experimentálně získanými výsledky.
|
|
|
Evoluční strategie v úloze anotace funkce nukleotidového polymorfismu
Šalanda, Ondřej ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Bendl, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato práce prezentuje nový přístup k predikci vlivu nukleotidového polymorfismu na funkci proteinu. Cílem je vytvořit nový metanástroj, který pomocí váhového konsensu kombinuje vlastnosti osmi již existujících nástrojů za účelem zvýšení přesnosti a univerzálnosti predikce. K nalezení vhodného rozložení vah je přistoupeno inovativně, používá se evoluční strategie. Parametry pro její spuštění jsou zjištěny experimentálně. Na závěr je uvedeno zhodnocení úspěšnosti nového nástroje a porovnání výsledků na testovacích sadách.
|
|
|
Analýza trankripčních variant genu TP 53 v lidských leukemických buňkách
Vlahová, Veronika ; Mgr.Diana Grochová, Ph.D. (oponent) ; Malčíková,, Jitka (vedoucí práce)
Teoretická část diplomové práce shrnuje obecné informace o lidském genu TP53 a proteinu p53, který je tímto genem kódován. Je zde pojednáno také o transkripčních variantách – izoformách p53. Experimentální část je zaměřena na detekci izoformy p53 a její kratší, dosud nepopsanou formu. Výchozím materiálem je periferní krev pacientů Fakultní nemocnice Brno, ze které byla po zpracování izolována RNA. Ta byla dále přepsána reverzní transkripcí do cDNA, která byla amplifikována pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR). Experimentálním měřením bylo dokázano, že p53 se vyskytuje ve všech B-lymfocytech pacientů s chronickou lymfocytární leukémií. Byla také prokázána existence kratší formy p53.
|
host ::
RSS.