|
|
Metody pro doplňování chybějících dat v obrazu
Vodička, Radek ; Špiřík, Jan (oponent) ; Rajmic, Pavel (vedoucí práce)
Cílem této práce je popsat základní principy metod inpaintingu. Blíže se zde seznámíme s metodou postupné opravy poškozené oblasti z okrajů po bodech a pomocí úrovňových křivek. Výstupem práce je porovnání obrázků, kde byl inpainting aplikován, mezi sebou i s originálem a vyhodnocení, jaká metoda je v dané situaci pro daný typ obrázků nejvhodnější.
|
|
|
Rozpoznávání izolovaných slov
Vodička, Radek ; Křupka, Aleš (oponent) ; Sysel, Petr (vedoucí práce)
Cílem této práce je seznámení se s metodami rozpoznávání izolovaných slov. V teoretické části je osvětlení základních principů těchto metod a v praktické části je vytvořen program, který z těchto metod vychází. Pro rozpoznávání izolovaných slov jsou použity skryté Markovovy modely (HMM), pro získání rozhodovacích příznaků je zvolena kepstrální analýza.
|
|
|
Optimalizace digitální polymerázové řetězové reakce pro aplikaci v neinvazivní prenatální diagnostice
Šenkyřík, Pavel ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Vodička, Radek (oponent)
Digitální PCR (Polymerase Chain Reaction) je metoda umožňující absolutní kvantifikaci sekvencí DNA a proto nachází uplatnění v mnoha diagnostických disciplínách. Zaměřili jsme se na diagnostiku trisomie 21. chromosomu, která se projevuje jako Downův syndrom. Informace o genomu plodu lze získat z volné fetální DNA, která se během těhotenství uvolňuje do krevního řečiště matky z placenty. V prvním trimestru fetální DNA tvoří přibližně 5-10 % volné DNA a je tudíž vhodným cílem pro neinvazivní prenatální testování (NIPT). Potřebujeme však techniku, která je schopna rozlišit tuto relativně malou frakci volné fetální DNA a odlišit ji od volné DNA matky. Právě digitální PCR poskytuje díky širokým možnostem multiplexování různé způsoby, jak tohoto cíle dosáhnout. Zaměřili jsme se na optimalizaci multiplex reakce, která v jednom fluorescenčním kanále rozlišuje počet kopií referenčního chromosomu 18 a sledovaného chromosomu 21. Výsledné stanovení tohoto poměru nám poskytuje informaci ohledně rovnováhy mezi chromosomy a může nám tak potvrdit či vyvrátit přítomnost trisomické fetální frakce. Využitelnost navržené metody pro klinickou aplikaci jsme testovali vyšetřením vzorků DNA izolovaných z 25 vzorků plazmy těhotných se zdravými plody a z 15 vzorků plazem od těhotných s plody postiženými Downovým syndromem....
|
|
|
Komparativní analýza vybraných koordinačních ukazatelů plavecké techniky kraul a spontánního plazení
Vodička, Radek ; Sýkora, Karel (vedoucí práce) ; Kračmar, Bronislav (oponent)
AABBSSTTRRAAKKTT Název práce: Komparativní analýza vybraných koordinačních ukazatelů plavecké techniky kraul a spontánního plazení. Cíl práce: Cílem práce je provést komparativní analýzu průměrného pracovního kroku při plavecké technice kraul a při spontánním plazení. Metody: Povrchové elektromyografické měření svalové aktivity v kombinaci s plošnou kinematografickou analýzou pomocí synchronizovaného videozáznamu. Intraindividuální komparativní analýza s následnou interindividuální komparací timingů nástupů svalové aktivace v průběhu jednoho průměrného krokového cyklu. Výsledky: V průběhu plaveckého kroku byl u všech probandů shodný timing nástupů svalové aktivity u m. pectoralis major a m. latissimus dorsi. Tento jev se nám u plazení nepotvrdil. Klíčová slova: Plavecká technika, kraul, plazení, EMG, sval, lokomoce, pletenec ramenní
|
|
|
Využití molekulárně cytogenetických metod v reprodukční genetice
Paulasová, Petra ; Macek, Milan (vedoucí práce) ; Korabečná, Marie (oponent) ; Vodička, Radek (oponent)
Téma: Využití molekulárně cytogenetických metod v reprodukční genetice Chromosomové abnormality jsou jednou z hlavních příčin vrozených vad, poruch fertility a/nebo lidské infertility. Přibližně 40-50% lidských plodů je chromosomově abnormálních. Chromosomové abnormality jsou příčinou asi 6% potratů v prvním trimestru těhotenství a vyskytují se u přibližně u 0,6% živě narozených dětí. Většina těchto CA má svůj původ v gametogenezi a vzniká poruchou procesu meiosy. Každá gameta je finálním a originálním produktem meiosy, nesoucí originální chromosomovou výbavu. Cytogenetické vyšetření gamet představuje proto důležitý úkol z hlediska porozumění mechanismu, původu a etiologie výše zmíněných chromosomových abnormalit. V tomto ohledu vyšetření gamet však představuje technicky náročný úkol. Moje Ph.D. práce je zaměřena na rozvoj nových technik pro detekci chromosomových abnormalit v gametách a embryích. Vyvinuli jsme PNA-FISH metodu jako alternativu ke konvenční FISH a PRINS metodě, pro rychlou, účinnou a robustní in situ detekci chromosomových abnormalit v lidských gametách, polárních tělíscích a blastomerách. S použitím přímo značených PNA sond pro chromosomy 1, 4, 9, 16, X a Y jsme provedli jednoduchou i vícebarevnou PNA-FISH metodu. Tato práce potvrzuje efektivitu multibarevné PNA-FISH reakce jako...
|
|
|
Genetically determined progression factors of selected chronic nephropathies
Obeidová, Lena ; Reiterová, Jana (vedoucí práce) ; Skálová, Sylva (oponent) ; Vodička, Radek (oponent)
Polycystická choroba ledvin je závažné geneticky podmíněné onemocnění vyskytující se u dospělých i dětských pacientů. Základní charakteristikou tohoto onemocnění je vznik a postupné zvětšování renálních cyst, které nahrazují funkční tkáň ledvin. U řady pacientů tak dochází k renálnímu selhání. Renální cysty se ovšem mohou vyskytovat i u řady dalších onemocnění, včetně multisystémových syndromů. To u některých pacientů komplikuje diferenciální diagnostiku onemocnění. V naší studii jsme se nejprve soustředili na diagnostiku a charakterizaci genotypově-fenotypových souvislostí u pacientů s polycystickou chorobou vznikající v dětském věku, později jsme naši studii rozšířili i na dospělé pacienty a pacienty s nejasnou klinickou diagnózou. Zároveň jsme zvětšili portfolio analyzovaných onemocnění, a to na řadu nemocí, u nichž se může vyskytnout fenotyp polycystických ledvin, i na onemocnění necystická. Během našeho projektu jsme metodou masivního paralelního sekvenování analyzovali 149 pacientů - 128 s cystickými a 21 s necystickými klinicky diagnostikovanými nefropatiemi. Zároveň byly nálezy ověřeny Sangerovou sekvenací u 176 příbuzných našich probandů. Mutační detekce dosahovala 59% u cystických pacientů a 43% u necystických pacientů. U řady pacientů molekulárně genetická analýza odhalila jinou...
|
|
|
Funkce telomer a volné DNA u zdravých jedinců a u vybraných patologických stavů
Zinková, Alžběta ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Vodička, Radek (oponent) ; Drábek, Jiří (oponent)
Od objevu volné DNA (cfDNA) uplynulo více než 70 let, ale k největšímu zájmu o toto téma a k poznání dochází bezesporu v posledních třiceti letech. Využití nachází především v onkologii a prenatální diagnostice. Zatímco v těchto oborech je rutinně diagnosticky využívána, jen málo se ví o jejích fyziologických funkcích v organismu. Náš výzkum se proto zaměřuje na pochopení této úlohy a v experimentech pracuje zejména se vzorky získanými od zdravých jedinců. První studie byla zaměřena na rozdíly mezi plazmou a sérem zdravých jedinců. Položili jsme si otázku, zda se u nich liší koncentrace cfDNA a zastoupení telomerických sekvencí a zjistili jsme, že sérum obsahuje signifikantně více cfDNA než plazma, na druhou stranu je plazma relativně bohatší na telomerické sekvence. Při stimulačních experimentech s THP1 buňkami vykazovaly vzorky kultivované se sérem ošetřeným DNázou (bez přítomnosti cfDNA) vyšší expresi mRNA TNF-α (Tumor necrosis factor α), než vzorky kultivované s neošetřeným sérem a stejný trend byl pozorován i při stimulaci se vzorky plazmy. Studie zahrnující vzorky plazmy od deseti pacientů s celiakií a deseti zdravých kontrol ukázala při stimulaci THP1 buněk signifikantní rozdíly exprese mRNA TNF-α u DNázou ošetřených vs. neošetřených vzorků, kdy u ošetřených vzorků plazmy byla jejich...
|
|
|
Genetically determined progression factors of selected chronic nephropathies
Obeidová, Lena ; Reiterová, Jana (vedoucí práce) ; Skálová, Sylva (oponent) ; Vodička, Radek (oponent)
Polycystická choroba ledvin je závažné geneticky podmíněné onemocnění vyskytující se u dospělých i dětských pacientů. Základní charakteristikou tohoto onemocnění je vznik a postupné zvětšování renálních cyst, které nahrazují funkční tkáň ledvin. U řady pacientů tak dochází k renálnímu selhání. Renální cysty se ovšem mohou vyskytovat i u řady dalších onemocnění, včetně multisystémových syndromů. To u některých pacientů komplikuje diferenciální diagnostiku onemocnění. V naší studii jsme se nejprve soustředili na diagnostiku a charakterizaci genotypově-fenotypových souvislostí u pacientů s polycystickou chorobou vznikající v dětském věku, později jsme naši studii rozšířili i na dospělé pacienty a pacienty s nejasnou klinickou diagnózou. Zároveň jsme zvětšili portfolio analyzovaných onemocnění, a to na řadu nemocí, u nichž se může vyskytnout fenotyp polycystických ledvin, i na onemocnění necystická. Během našeho projektu jsme metodou masivního paralelního sekvenování analyzovali 149 pacientů - 128 s cystickými a 21 s necystickými klinicky diagnostikovanými nefropatiemi. Zároveň byly nálezy ověřeny Sangerovou sekvenací u 176 příbuzných našich probandů. Mutační detekce dosahovala 59% u cystických pacientů a 43% u necystických pacientů. U řady pacientů molekulárně genetická analýza odhalila jinou...
|
|
|
Analýza volných nukleových kyselin a její potenciální klinické využití.
Pazourková, Eva ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Drábek, Jiří (oponent) ; Vodička, Radek (oponent)
Tato práce se zabývá výzkumem volných nukleových kyselin (cfNA). V první části práce jsou prezentovány změny metylací promotorů genů spojených se zánětlivou a imunitní odpovědí organismu v průběhu hemodialýzy. I v tak krátkém časovém intervalu lze v plazmě detekovat změny metylačního profilu u některých genů. Byly prokázány změny u genů, které hrají roli v regulaci hematopoézy, a jejich souvislost s potřebou terapie anémie. Další studie cfNA zkoumala zastoupení miRNA v plazmě u pacientů s AML před léčbou a po léčbě. Výsledkem této studie je identifikace 6 miRNA, které jsou v době záchytu onemocnění u pacientů zvýšené a po úspěšné léčbě v první remisi se jejich hladiny snižují. Přítomnost cfNA je detekovatelná také v moči. Při výzkumu vhodného neinvazivního markeru karcinomu močového měchýře byly zjištěny zvýšené hladiny cfDNA v moči u pacientů. Dále bylo nalezeno 5 miRNA, jejichž hladiny jsou při onemocnění karcinomem sníženy. Zároveň bylo určeno spektrum miRNA, které se vyskytují v moči všech osob bez ohledu na pohlaví, věk a zdravotní stav osoby. Specifickou částí je práce s volnou fetální DNA (cffDNA). Analýzou cffDNA je u nás rutině určováno RhD plodu z krve matky. Testovali jsme možnost této diagnostiky novou metodou droplet digital PCR. Bylo zjištěno, že tato metoda dosahuje stejně dobrých...
|
|
|
Využití molekulárně cytogenetických metod v reprodukční genetice
Paulasová, Petra ; Macek, Milan (vedoucí práce) ; Korabečná, Marie (oponent) ; Vodička, Radek (oponent)
Téma: Využití molekulárně cytogenetických metod v reprodukční genetice Chromosomové abnormality jsou jednou z hlavních příčin vrozených vad, poruch fertility a/nebo lidské infertility. Přibližně 40-50% lidských plodů je chromosomově abnormálních. Chromosomové abnormality jsou příčinou asi 6% potratů v prvním trimestru těhotenství a vyskytují se u přibližně u 0,6% živě narozených dětí. Většina těchto CA má svůj původ v gametogenezi a vzniká poruchou procesu meiosy. Každá gameta je finálním a originálním produktem meiosy, nesoucí originální chromosomovou výbavu. Cytogenetické vyšetření gamet představuje proto důležitý úkol z hlediska porozumění mechanismu, původu a etiologie výše zmíněných chromosomových abnormalit. V tomto ohledu vyšetření gamet však představuje technicky náročný úkol. Moje Ph.D. práce je zaměřena na rozvoj nových technik pro detekci chromosomových abnormalit v gametách a embryích. Vyvinuli jsme PNA-FISH metodu jako alternativu ke konvenční FISH a PRINS metodě, pro rychlou, účinnou a robustní in situ detekci chromosomových abnormalit v lidských gametách, polárních tělíscích a blastomerách. S použitím přímo značených PNA sond pro chromosomy 1, 4, 9, 16, X a Y jsme provedli jednoduchou i vícebarevnou PNA-FISH metodu. Tato práce potvrzuje efektivitu multibarevné PNA-FISH reakce jako...
|
host ::
RSS.