|
|
Využití deep-sequencing při studiu závislostí průběhu lentivirové infekce na variabilitě receptorů přirozené imunity.
Zelníková, Jana ; Jílek, Petr (vedoucí práce) ; Červený, Lukáš (oponent)
Jana Zelníková Využití deep sequencing při studiu závislostí průběhu lentivirové infekce na variabilitě receptorů přirozené imunity Diplomová práce Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Farmacie Cíl práce: Cílem práce bylo zjistit za použití modelu SIV infekce u makaků, tedy jediném současném modelu HIV infekce u lidí, jak se liší dvě skupiny makaků rhesus infikovaných virem SIV239, nebo SHIV clade C s odlišnou virovou náloží, v expresi haplotypů MHC molekul I. třídy pomocí nové metody pyrosekvenování. Metody: Pomocí reverzní transkriptázy jsme vzorky RNA z leukocytů makaků převedli na cDNA a provedli jsme PCR pro úsek 190 bp MHC I. třídy s fúzními primery s identifikátory MID pomocí FastStart High Fidelity Taq DNA polymerázy. Dále jsme postupovali dle protokolu od GS Junior System a vzorky jsme pyrosekvenovali na přístroji GS Junior System (Roche). Získaná data jsme analyzovali sadou skriptů v jazyce Python použitím řady filtračních kroků a pomocí softwaru DNA Star LaserGene 11. Alely jsme identifikovali pomocí programu ncbi-blast+ 2.2.25. Výsledky: Nalezli jsme 98 známých a 11 nových alel MHC I. třídy. Analýzou jsme nalezli alely, u kterých předpokládáme rychlý, nebo pomalý průběh onemocnění SIV. Alely s pomalým průběhem onemocnění: Mamu - A1*004, A1*007, A1*019,...
|
|
|
Neurogenetický potenciál kmenových buněk u myší
Slabá, Barbora ; Štaud, František (vedoucí práce) ; Červený, Lukáš (oponent)
Neurální kmenové buňky (NKB) se vyskytují v dospělém nervovém systému savců, nacházejí se ve dvou specifických oblastech: subventrikulární zóna předního mozku a subgranulární zóna gyrus dentatus v hipokampu. NKB získávají své specifické vlastnosti, vyzrávají a integrují se do funkčních celků, předtím než se mohou funkčně zapojit do nervového systému. Stále víme málo o mechanismech, které kontrolují tyto procesy a o funkci nově vznikajících neuronů v dospělém mozku. Velké množství faktorů na molekulární úrovni a vliv prostředí, to vše se může podílet na regulaci proliferace, vývoje a diferenciace somatických kmenových buněk v dospělém nervovém systému. NKB dávají vznik třem hlavním typům nervových buněk: neuronům, astrocytům a oligodendrocytům. Ukazuje se, že astrocyty mohou hrát klíčovou roli v regulaci neurogeneze: v neporušeném funkčním dospělém mozku i po jeho poškození. Pro odhalení funkce astrocytů v regulaci neurogeneze na molekulární úrovni, je nezbytným krokem nejprve porozumět regulaci neurogeneze v dospělém CNS. Abychom zjistili, jak se projeví odstranění genů intermediálních filament astrocytů (GFAP, vimentin) na počtu NKB, a jak zásah ovlivní vlastnosti neurálních kmenových buněk myší, analyzovali jsme neurosféry neurálních kmenových buněk. Neurosféry sloužili k porovnání charakteristik...
|
|
|
Studování příčin rezistence a identifikace bakteriálních izolátů pomocí širokého spektra laboratorních metod
Bavlovič, Jan ; Červený, Lukáš (vedoucí práce) ; Mladěnka, Přemysl (oponent)
Karlova Univerzita v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Student: Jan Bavlovič Školitelé: PharmDr. Lukáš Červený, Ph.D. Prof. Doutora Luísa Peixe Konzultanti: Doutora Ângela Novais Doutora Ana Freitas Název diplomové práce: Charakterizace multirezistentních izolátů Klebsiella pneumoniae a Enterococcus faecium spektroskopickými a genotypickými metodami Stále se zvyšující antimikrobiální rezistence je v současné době celosvětovým problémem. Mezi významné metody charakterizace antimikrobiální rezistence patří tradičně genomické postupy. Cílem této studie bylo zhodnotit potenciál metody Fourier transform infrared spectroscopy se zeslabeným kompletním odrazem (FTIR-ATR) pro identifikaci multirezistentních karbapenemasu produkujících K. pneumoniae a E. faecium izolátů. Analyzovali jsme 20 klinických K. pneumoniae izolátů získaných z různých laboratoří v Portugalsku v období od března 2014 do září 2015 a 143 dříve popsané vankomycin-rezistentní E. faecium izoláty získaných od lidí, zvířat a životního prostředí v 26 zemích mezi lety 1992 a 2015. Izoláty byly primárně charakterizovány genotypovými metodami, včetně testování antimikrobiální citlivosti, detekce karbapenemáz a betalaktamáz s rozšířeným spektrem (ESBLs), identifikace odolnosti vůči antibiotikům...
|
|
|
Interakce MRP2 transportéru s vybranými antiepileptiky
Garajová, Katarína ; Pávek, Petr (vedoucí práce) ; Červený, Lukáš (oponent)
Interakce MRP2 transportéru s vybranými antiepileptiky Epilepsie je časté neurologické onemocnění postihující přibližně 1-2% populace. U většiny epileptických pacientů jsou záchvaty účinně kontrolovány v současnosti dostupnými antiepileptiky (AED - anti-epileptic drugs). Uvádí se, že přibližně 30% pacientů nedochází k zastavení záchvatů, navzdory pečlivě optimalizované léčbě. Většina těchto pacientů s farmakorezistentní epilepsií neodpovídá na léčbu různými AED s různými mechanismy účinku, což naznačuje, že rezistence u epilepsie je multifaktoriálním fenoménem nezávislým od použitého léčiva. Na základě experimentálních a klinických studií byly předloženy dvě hlavní teorie vysvětlující vznik farmakorezistence. První z nich je hypotéza cílových struktur, která se zabývá změnami ve vlastnostech cílových struktur pro AED jako příčinami jejich snížené farmakosenzitivity. Druhou je transportérová hypotéza, která hovoří o zvýšené expresi efluxních multi-drug transportérů v mozku jako příčině snížení přístupu AED k cílovým strukturám. Největší a nejvýznamnější rodinou multidrug-transportérů exprimovaných v mozku a pravděpodobně odpovědných za snížení účinné koncentrace mnohých AED v mozkové tkáni je nadrodina ABC (ATP- binding cassete) transportérů. Jedním z transportérů této rodiny, kterým byla v současnosti...
|
|
|
Příprava rekombinantní cDNA některých lékových transportérů
Hadrabová, Zdeňka ; Štaud, František (vedoucí práce) ; Červený, Lukáš (oponent)
Pro následnou přípravu buněčné linie se zvýšenou expresí transportéru MRP3 byl připraven vhodný plazmid obsahující kódující sekvenci pro tento transportér. Experimentálně bylo stanoveno složení reakční směsi a teplotní profil PCR pro amplifikaci sekvence kódující transportér MRP3. Připojením adenosinu byl PCR produkt upraven pro klonování do plazmidu pCR® -XL-TOPO® . Plazmid pCR® -XL-TOPO® se zaklonovanou sekvencí a plazmid pZeoSV2(-) byly štěpeny restrikčními endonukleázami EcoRV a SpeI. Následně bylo možné díky komplementárním koncům vyštěpenou kódující sekvenci MRP3 zaklonovat do plazmidu pZeoSV2(-), který je vhodný pro transfekci eukaryotní buněčné linie. Klonování bylo úspěšné.
|
|
|
Beneficial Effects of 11β-HSD1 Inhibition on Cognitive Performance in a Mouse Model of Alzheimer's Disease
Červinková, Tereza ; Červený, Lukáš (vedoucí práce) ; Musílek, Kamil (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Kandidát: Tereza Červinková Školitel: PharmDr. Lukáš Červený, Ph.D. Název práce: Prospěšný vliv inhibice enzymu 11β-HSD1 na kognitivní výkon u myšího modelu Alzheimerovy choroby Prodloužení délky života jde ruku v ruce s kognitivními poruchami souvisejícími se stárnutím. Alzheimerova choroba je nejčastěji se vyskytující demence. Je to nevratné a progresivní neurodegenerativní onemocnění vyznačující se ztrátou mozkových funkcí. Nedávné studie naznačují, že nadměrné působení glukokortikoidů má škodlivé účinky na hippocampus a způsobuje narušení prostorové paměti. Navíc bylo prokázáno, že starší myši s kognitivním deficitem vykazují zvýšenou genovou expresi enzymu 11β-hydroxysteroid- dehydrogenázy typu 1 (11β-HSD1) v oblasti hippocampu a parietální kůry. Kmen myší zvaný Senescence-Accelerated Mouse Prone 8 (SAMP8) je přirozeně se vyskytující zvířecí model zrychleného stárnutí. Mnoho studií naznačuje, že SAMP8 vykazují behaviorální a histopatologické znaky Alzheimerovy choroby. V rámci této studie jsme hodnotili neuroprotektivní účinky inhibice enzymu 11β-HSD1 potentní sloučeninou s názvem RL-118, která je syntetizována na pyrrolidinovém základě, a/nebo účinky stravy na kognitivní funkce u různých skupin SAMP8...
|
|
|
Inhibice histon-deacatyláz a mitochondriální pohyb v neuronech
Prokopová, Iva ; Pávek, Petr (vedoucí práce) ; Červený, Lukáš (oponent)
Inhibice histon deacetyláz a mitochondriální pohyb v neuronech Mitochondriální pohyb je nezbytný pro správnou funkci neuronů a jeho narušení vede k neurodegeneraci. Podařilo se nám nalézt signifikantní rozdíly v pohybu mitochondrií mezi neurony striata a cortexu, získanými z mozku potkanů. Ve striatu se mitochondrie pohybují nižšími průměrnými rychlostmi a se sníženou celkovou dynamikou v porovnání s cortexem, přičemž zaujímají stejnou frakční okupaci nervových výběžků. V diplomové práci je diskutováno, jak tento fakt může přispět ke zvýšené náchylnosti k neurodegeneraci buněk striata. Použili jsme dvě různé metody analýzy mitochondriálního pohybu: manuální a polo- automatickou. Tyto metody dokáží určit průměrné rychlosti jednotlivých mitochondrií stejně jako celkovou dynamiku mitochondrií v určité sledované oblasti. Analyzovali jsme pouze neurony s vytvořenými synaptickými propojeními, mitochondrie se pohybovaly v obou směrech stejnými průměrnými rychlostmi, proto nebyly dále rozlišovány dle směru pohybu. Naše předběžné výsledky také odhalily, že inhibice histon deacetyláz pomocí trichostatinu A zvyšuje pohyb mitochondrií v neuronech striata, nezávisle na mitochondriální frakční okupaci a hladině Ca2+ ve výběžcích neuronů. Předpokládáme, že pravděpodobným mechanismem vzrůstu dynamiky mitochondrií...
|
|
|
Flow-cytometrická analýza inhibičního vlivu nových cílených léčiv na aktivitu ABC lékových efluxních transportérů
Burianová, Gabriela ; Hofman, Jakub (vedoucí práce) ; Červený, Lukáš (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Studentka: Gabriela Burianová Školitel: RNDr. Jakub Hofman, Ph.D. Název diplomové práce: Flow-cytometrická analýza inhibičního vlivu nových cílených léčiv na aktivitu ABC lékových efluxních transportérů Nádorová onemocnění patří k druhým nejčastějším příčinám úmrtí. Léčba je často kombinací klasické chemoterapie, radioterapie a chirurgické léčby. Novější možností je použití tzv. cílené protinádorové léčby, která se zaměřuje s větší specifitou na nádorové buňky. Komplikací úspěšné protinádorové léčby je vznik mnohočetné lékové rezistence (MDR), která může být mimo jiné způsobena zvýšenou expresí efluxních transportérů. ATP binding cassette (ABC) transportéry představují širokou rodinu transmembránových proteinů, které využívají energii ve formě ATP k transportu látek přes membránu. S MDR jsou spojeny především tři hlavní transportéry: P-glykoprotein (ABCB1), multidrug resistance-associated protein 1 (ABCC1) a breast cancer resistance protein (ABCG2). Inhibicí transportérů se zvýší akumulace chemoterapeutických substrátů uvnitř buněk. V této práci jsme zkoumali interakci šesti syntetických nízkomolekulárních látek (alisertib, ensartinib, entrectinib, talazoparib, tepotinib, vistusertib) s ABC transportéry...
|
|
|
Beneficial Effects of 11β-HSD1 Inhibition on Cognitive Performance in a Mouse Model of Alzheimer's Disease
Červinková, Tereza ; Červený, Lukáš (vedoucí práce) ; Musílek, Kamil (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Kandidát: Tereza Červinková Školitel: PharmDr. Lukáš Červený, Ph.D. Název práce: Prospěšný vliv inhibice enzymu 11β-HSD1 na kognitivní výkon u myšího modelu Alzheimerovy choroby Prodloužení délky života jde ruku v ruce s kognitivními poruchami souvisejícími se stárnutím. Alzheimerova choroba je nejčastěji se vyskytující demence. Je to nevratné a progresivní neurodegenerativní onemocnění vyznačující se ztrátou mozkových funkcí. Nedávné studie naznačují, že nadměrné působení glukokortikoidů má škodlivé účinky na hippocampus a způsobuje narušení prostorové paměti. Navíc bylo prokázáno, že starší myši s kognitivním deficitem vykazují zvýšenou genovou expresi enzymu 11β-hydroxysteroid- dehydrogenázy typu 1 (11β-HSD1) v oblasti hippocampu a parietální kůry. Kmen myší zvaný Senescence-Accelerated Mouse Prone 8 (SAMP8) je přirozeně se vyskytující zvířecí model zrychleného stárnutí. Mnoho studií naznačuje, že SAMP8 vykazují behaviorální a histopatologické znaky Alzheimerovy choroby. V rámci této studie jsme hodnotili neuroprotektivní účinky inhibice enzymu 11β-HSD1 potentní sloučeninou s názvem RL-118, která je syntetizována na pyrrolidinovém základě, a/nebo účinky stravy na kognitivní funkce u různých skupin SAMP8...
|
|
|
Studium interakcí antiretroviálního léčiva tenofoviru a jeho proléčiva tenofoviru disoproxil fumarátu s placentárními nukleosidovými transportéry
Lalinská, Anežka ; Červený, Lukáš (vedoucí práce) ; Hofman, Jakub (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Studentka: Anežka Lalinská Školitel: PharmDr. Lukáš Červený, Ph.D. Název diplomové práce: Studium interakcí antiretrovirálního léčiva tenofoviru a jeho proléčiva tenofoviru disoproxil fumarátu s placentárními nukleosidovými transportéry Tenofovir (TFV), který je podáván ve formě esterového proléčiva tenofovir disoproxil fumarátu (TDF), je významnou součástí kombinované antiretrovirální terapie. Často se používá v prevenci přenosu HIV infekce z matky na plod. Exaktní mechanismy zahrnuté v transportu TFV/TDF z matky do plodu nejsou detailně popsány. Jelikož se jedná o nukleosidová analoga, existuje možnost, že mechanismy transplacentárního přechodu mohou zahrnovat nukleosidové transportéry (NTs), ať už ekvilibrační či koncentrační (ENTs/CNTs). Cílem předkládané práce bylo studium role placentárních NTs v membránovém přestupu TFV a TDF. K tomuto účelu byla použita in vitro akumulační metoda, která byla provedena s využitím buněčné linie BeWo odvozené od placentárního choriokarcinomu. Vyhodnocením in vitro experimentů jsme zjistili, že TFV ani TDF pravděpodobně nejsou substráty NTs, role těchto transportérů v placentární kinetice TFV/TDF nebyla potvrzena. Z tohoto důvodu není třeba očekávat lékové interakce na NTs či...
|
host ::
RSS.