|
|
Taxonomy, diversity and clinical relevance of the genus Aspergillus
Hubka, Vít ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Labuda, Roman (oponent) ; de Beer, Wilhelm (oponent)
Aspergillus je druhově bohatý rod zahrnující téměř 400 druhů, který má velký ekonomický význam v oblastech medicíny, potravinářství, farmakologii a biotechnologických disciplínách. Výzkum zahrnutý v této práci se zaměřuje na aktuální problémy týkající se rodového konceptu, podrodové klasifikace a delimitace druhů. Práce reaguje na potřebu taxonomických revizí některých sekcí a druhových komplexů, a poskytuje nové informace o etiologii aspergilózy. Citlivosti k běžně užívaných antimykotikům jsou poskytnuty pro některé méně běžné oportunní patogeny. Taxonomická část práce přispěla k taxonomické stabilitě a novému konceptu rodu Aspergillus, který se změnil v reakci na přerušení duální nomenklatury u hub. Byl shromážděn dostatek argumentů (např. ověření monofilie, jednotící fenotypové znaky) pro zachování širokého pojetí rodu a vyhnutí se jeho rozdělení na několik rodů. Všechny rody typifikované jmény teleomorf a mající anamorfu Aspergillus byly synonymizovány s rodem Aspergillus, a byla vybrána vhodná jména podle pravidel priority; byly vytvořeny nové kombinace pro teleomorfní druhy, které postrádaly příslušná jména v rodě Aspergillus. Tato práce také přispěla ke zdokonalení podrodového členění prostřednictvím návrhu čtyř nových sekcí v podrodu Circumdati, které byly vytvořeny pro druhy s dosud...
|
|
| |
|
|
In-vivo a ex-vivo modely povrchových mykóz
Míková, Ivana ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Julák, Jaroslav (oponent)
12. 5. 2016 In vivo a ex vivo modely povrchových mykóz (bakalářská práce) Ivana Míková Abstrakt V bakalářské práci jsem se zabývala významem využití laboratorních zvířat (in vivo modely) a uměle vytvořených tkání (ex vivo modely) pro studium povrchových mykóz. Účelem použití těchto modelů je zejména objasnění patogeneze onemocnění (průnik patogena do organizmu, klinické, histopatologické a imunologické změny) nebo testování nových metod léčby. Pro úspěšné založení experimentu je stěžejní výběr vhodného a citlivého modelu, metodika přípravy inokula a příprava modelu před inokulací. Mezi nejrozšířenější in vivo a ex vivo modely patří malí hlodavci (morče, myš, potkan), kožní ekvivalenty a keratinové filmy vyrobené z lidských vlasů, nehtů nebo zvířecích kopyt. Práce shrnuje jejich výhody a nevýhody. Dále se práce zabývá tím, kterými dermatofyty a dimorfními patogeny byly modely úspěšně inokulovány a za jakým konkrétním účelem byly použity. Nejčastěji zkoumaní původci povrchových mykóz patří do skupiny dermatofytů (Trichophyton, Microsporum, Epidermophyton, Arthroderma) nebo dimorfních hub (Blastomyces a Sporothrix). Obě tyto skupiny houbových patogenů způsobují u zvířat a člověka povrchové mykózy, Blastomyces a Sporothrix mohou být i původci systémových onemocnění. Jejich morfologie a ekologie jsou shrnuty v...
|
|
|
Objasnění druhových hranic v sekci Restricti rodu Aspergillus na základě multigenové fylogeneze a analýzy fenotypu
Sklenář, František ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Janko, Karel (oponent)
Sekce Restricti je jednou z posledních sekcí rodu Aspergillus, která dosud nebyla revidována v moderní taxonomické éře. Jedná se o osmofilní druhy s jednoduchou morfologií, jejichž hlavní význam spočívá ve znehodnocování potravin, krmiva a osiva, navíc některé druhy negativně ovlivňují vnitřní ovzduší budov. Při poslední taxonomické revizi z roku 2008 založené pouze na molekulárně genetických datech zahrnovala sekce sedm druhů. V této práci bylo studováno celkem 126 izolátů této sekce, pocházejících ze čtyř kontinentů, včetně ex- typových kmenů. Revize sekce byla provedena přístupem kombinujícím molekulárně fylogenetické analýzy s tradičními taxonomickými metodami. Pro rekonstrukci fylogeneze byly využity moderní metody vymezení druhů založené na modelu mnohodruhové koalescence (multispecies coalescent model). Z tradičních metod byla zahrnuta analýza morfologie (makro- a mikromorfologie, včetně skenovací elektronové mikroskopie) a fyziologie (růst v osmotickém gradientu při několika kultivačních teplotách). Kromě sedmi popsaných druhů bylo analýzou odhaleno osm nových, dosud nepopsaných druhů. Nejvíce nových druhů bylo nalezeno v rámci komplexu Aspergillus penicillioides. Klíčová slova: Aspergillus restrictus, osmofilní houby, delimitace druhů, model mnohodruhové koalescence, multigenová...
|
|
|
Molekulární typizace izolátů z komplexu Arthroderma benhamiae, původce epidemické zoonotické dermatofytózy v Evropě
Čmoková, Adéla ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Hrabák, Jaroslav (oponent)
Před několika lety byl druh Arthroderma benhamiae mezi klinickými mykology téměř neznámý, přesto dnes působí v České republice kolem 40 % dermatofytických infekcí přenesených ze zvířat na člověka. Rezervoárem druhu jsou především morčata a další hlodavci. Podobná situace je i v dalších státech střední a západní Evropy. Příčina výrazného nárůstu v incidenci infekcí zatím nebyla zjištěna, stejně jako nebyly navrženy dostatečně variabilní molekulární markery, které by tuto příčinu pomohly odhalit. Pro potřeby studie byly vybrány izoláty (n=268) z případů lidských i zvířecích dermatofytóz z ČR, Německa, Belgie, Švýcarska, Itálie, Japonska a USA. K odhalení vnitrodruhové variability bylo navrženo deset variabilních mikrosatelitních markerů a byla provedena sekvenční analýza dvou genetických lokusů (oblast ITS rDNA a gen gpdh). Studován byl také fenotyp kmenů na úrovni mikro- a makromorfologie, a růstové parametry kmenů při několika teplotách a na několika kultivačních médiích. Určeny byly i párovací typy jednotlivých izolátů a provedeny křížící pokusy mezi geneticky příbuznými i vzdálenými kmeny. Sekvenční analýza odhalila celkem 6 různých genotypů (SG1-SG6) mezi kmeny druhu A. benhamiae, většina (99%) kmenů patřila do 3 hlavních subpopulací: americko-evropské (SG1), evropské (SG2) a evropsko-japonské...
|
|
|
Pohlavní systém a druhový koncept u heterothalických druhů Aspergillus v sekci Fumigati
Dudová, Zuzana ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Mencl, Karel (oponent)
Cílem této práce bylo objasnit mezidruhové hranice v druhovém komplexu Aspergillus viridinutans. Druhy patřící do tohoto komplexu jsou primárně půdní organismy, ale stále častěji jsou zaznamenávány jako oportunní patogeni zvířat i člověka. U celkem 98 izolátů z různých substrátů a zemí byly získány sekvence čtyř genů (kalmodulin, beta tubulin, aktin, velká podjednotka RNA polymerázy II) pro fylogenetickou analýzu, zjištěno pohlavní ladění a provedeny párovací pokusy na různých kultivačních médiích a při různých teplotách. Zkoumány byly též fyziologické a morfologické charakteristiky. Obdobný postup byl aplikován i u některých dalších heterothalických druhů v sekci Fumigati, u nichž zatím nebylo popsáno pohlavní stádium. Klíčová slova: Aspergillus viridinutans, Aspergillus turcosus, fylogenetická analýza, MAT geny, anamorfa, teleomorfa, párovací pokusy, MAT1-1, MAT1-2
|
|
|
Mechanismy adaptace vláknitých hub na vodní stres
Sklenář, František ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Nováková, Alena (oponent)
Některé druhy vláknitých hub dokáží růst na substrátech s nízkou vodní aktivitu, které buď obsahují málo vody, nebo mají vysoký obsah osmoticky aktivních látek. Tyto houby jsou nejčastěji označovány jako osmotolerantní nebo xerotolerantní. Vyskytují se zejména v půdě v aridních oblastech a v hypersalinních prostředích. Ekonomicky významné jsou druhy znehodnocující skladované potraviny, osivo a krmivo. Předkládaná práce přináší přehled fyziologických a morfologických adaptací houbových organismů na vodní stres a zabývá se i jejich molekulárně genetickým podkladem. Je také uveden přehled taxonomického zařazení houbových organismů přizpůsobených růstu při nízké vodní aktivitě. Samostatné kapitoly jsou věnovány vlivu odlišných osmoticky aktivních látek na fenotyp hub a možnostem využití médií s osmoticky aktivními látkami pro taxonomické účely.
|
|
|
Molekulární metody v taxonomii a epidemiologii dermatofyt
Čmoková, Adéla ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Hamal, Petr (oponent)
V bakalářské práci jsem se zabývala úlohou a aplikací molekulárních metod v taxonomii a epidemiologii dermatofyt a otázkou jejich druhového konceptu. V první části jsem se věnovala zhodnocení výhod a nevýhod současných druhových konceptů a jejich problematickou aplikací u skupiny dermatofyt. V druhé části jsem se zaměřila na molekulární metody používající genetické markery ke studiu fylogenetických vztahů a diskriminaci dermatofyt, např. metodu PCR-RFLP, PCR-fingerprintové metody a sekvenaci, kde jsem se věnovala především cílovým genům a jejich rozlišovací schopnosti. V poslední části práce jsem zmapovala molekulární metody užívané k typizaci izolátů na nižší než druhové úrovni, mezi které patří např. analýza mikrosatelitů, PCR-fingerprintové metody, multilokusová sekvenční typizace a jejich konkrétní případy využití v epidemiologii.
|
|
|
Geny β-tubulinových paralogů u rodu Aspergillus: taxonomický význam a markery použitelné v jejich rozlišení
Hubka, Vít ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Bunček, Martin (oponent)
Gen pro beta-tubulin (benA) patří k nejvíce využívaným genům v taxonomii a identifikaci druhů u rodu Aspergillusi u ostatních hub. Napříč druhy rodu Aspergillus se v genomech gen pro beta-tubulin vyskytuje buď v podobějediného genu (benA), nebo může být přítomen ještě paralogní gen tubC. Jak bylo zjištěno, oba paralogy bylyv taxonomii rodu Aspergillus opakovaně použity v kombinovaném datasetu společně. Tato práce charakterizujeoba geny u řady druhů Aspergillus, reviduje v současnosti používané primery pro beta-tubulin a předkládá nové primery pro použití u rodu Aspergillus, které jsou více specifické pro gen benA. Navíc se snaží řešitnepřehlednou situaci kolem paralogů navržením řady markerů, které více či méně specificky odliší oba paralogy- parametry hodnotící "codon usage", složení bazí, délka intronů, sekvenční motivy. Součástí práce je i rozsáhlástudie molekulární diversity 349 izolátů Aspergillus (PCR-fingerprint, sekvenace - ITS, benA, rpb2, caM)pocházejících z českých sbírek a klinického materiálu mezi nimiž bylo nalezeno celkem 82 druhů. Na jejím základě bude navrženo devět nových taxonů, které byly odhaleny i v ekonomicky velmi významných sekcíchjako jsou sekce Nigri, Fumigati nebo Aspergillus (Eurotium spp.). Pět druhů v sekci Aspergillus budesynonymizováno s již popsanými druhy. Studie...
|
|
| |
host ::
RSS.