|
|
Analýza epigenetického profilu u pacientů s neurovývojovým onemocněním
Vítková, Magdalena ; Steiner Mrázová, Lenka (vedoucí práce) ; Krejčík, Zdeněk (oponent)
Neurovývojová onemocnění (NDD) jsou onemocnění charakterizována abnormálním vývojem centrálního nervového systému a mozku, zároveň mohou být spojena se specifickou změnou metylace DNA. Rychlý rozvoj sekvenačních technik především celogenomového (whole genome sequencing; WGS) a celoexomového sekvenování (whole exome sequencing, WES) napomohl k odhalení celé řady genů spojených s NDD. Problémem v diagnostice pacientů s NDD zůstává určení patogenity nalezených variant. Analýza metylačních profilů pomocí mikročipů nebo metylačního sekvenování u pacientů s NDD nesoucí variantu nejasného významu (variant of uncertain signifikance, VUS) může poskytnout cenné informace k řešení tohoto problému. V této diplomové práci je ukázána možnost využití těchto přístupů k funkční klasifikaci nalezených variant v genech KDM5C, ARID1B, ATRX, BRWD3 a KDM5C. Cílem bylo zjistit, zda u pacientů s NDD v porovnání s dalšími probandy a zdravými kontrolami dochází ke změnám v epigenetickém profilu, na jehož základě by mohla být potvrzena diagnóza. Klíčová slova: epigenetický profil, DNA metylace, histonová modifikace, NDD, KDM5C, ARID1B, ATRX, BRWD3
|
|
|
Polyomavirové minichromozomy: interakce se složkami vrozené imunity
Satratzemis, Christos ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Trejbalová, Kateřina (oponent)
Genom polyomavirů má podobu kruhové dsDNA (double-stranded DNA), která je ve virionech a během celého replikačního cyklu v komplexu s buněčnými histony. Komplex polyomavirové DNA s histony je tak vzhledem ke strukturní podobnosti s chromatinem eukaryot označován jako minichromozom. Stav chromatinu minichromozomu ovlivňuje transkripci a replikaci virové DNA, což by mohlo být využito vrozenou imunitní odpovědí buňky na virovou infekci. Složkou vrozené imunity, jež působí na virový chromatin, je nekanonický histon H3.3, jeho chaperon DAXX-ATRX (death domain associated protein 6-alpha-thalassemia, mental retardation X-linked syndrome) a proteinové komplexy zvané PML (promyelocytic leukemia protein). Pro indukci vrozené imunitní reakce je však nutná detekce molekul signalizujících infekci či buněčný stres. Během infekce myším polyomavirem (MPyV) je reakce spouštěna DNA senzorem cGAS (cyclic GMP-AMP synthase). V této diplomové práci byla sledována distribuce histonu H3.3, chaperonového komplexu DAXX- ATRX a proteinu PML v průběhu infekce MPyV. Histon byl posléze ve virovém chromatinu detekován hmotnostní spektrometrií. Data naznačují, že chaperonový komplex a protein PML by se mohly podílet na regulaci vkládání H3.3 do chromatinu MPyV. Pro další studium senzoru cGAS byl konstruován plazmid kódující...
|
host ::
RSS.