|
|
Analýza epigenetického profilu u pacientů s neurovývojovým onemocněním
Vítková, Magdalena ; Steiner Mrázová, Lenka (vedoucí práce) ; Krejčík, Zdeněk (oponent)
Neurovývojová onemocnění (NDD) jsou onemocnění charakterizována abnormálním vývojem centrálního nervového systému a mozku, zároveň mohou být spojena se specifickou změnou metylace DNA. Rychlý rozvoj sekvenačních technik především celogenomového (whole genome sequencing; WGS) a celoexomového sekvenování (whole exome sequencing, WES) napomohl k odhalení celé řady genů spojených s NDD. Problémem v diagnostice pacientů s NDD zůstává určení patogenity nalezených variant. Analýza metylačních profilů pomocí mikročipů nebo metylačního sekvenování u pacientů s NDD nesoucí variantu nejasného významu (variant of uncertain signifikance, VUS) může poskytnout cenné informace k řešení tohoto problému. V této diplomové práci je ukázána možnost využití těchto přístupů k funkční klasifikaci nalezených variant v genech KDM5C, ARID1B, ATRX, BRWD3 a KDM5C. Cílem bylo zjistit, zda u pacientů s NDD v porovnání s dalšími probandy a zdravými kontrolami dochází ke změnám v epigenetickém profilu, na jehož základě by mohla být potvrzena diagnóza. Klíčová slova: epigenetický profil, DNA metylace, histonová modifikace, NDD, KDM5C, ARID1B, ATRX, BRWD3
|
|
|
Analýza RNA slizničního epitelu nosohltanu
Vítková, Magdalena ; Steiner Mrázová, Lenka (vedoucí práce) ; Hojný, Jan (oponent)
Nosohltanový stěr je velmi heterogenní snadno dostupný biologický materiál, který se využívá především k diagnostice infekčních onemocnění horních cest dýchacích. V poslední době je však čím dál více využíván i v biomedicínském výzkumu. Nosohltan je místem styku zevního a vnitřního prostředí jedince, je místem první imunitní odpovědi při vniknutí cizorodých látek či patogenů do dýchacích cest. Poškození sliznice spouští zánětlivé, reparační a regenerační procesy, kterých se účastní celá řada buněk imunitního systému. Sliznice nosohltanu jsou trvale osídleny rozsáhlou skupinou mikroorganismů, které mají vliv na propuknutí a průběh onemocnění. Nosohltanový stěr je tak velmi bohatým zdrojem širokého spektra buněk hostitele a jeho mikrobiomu. Zavedením metody masivního paralelního sekvenování došlo k rozvoji a automatizaci metod izolace DNA a RNA. Dále vedla k výraznému snížení nákladů na jejich analýzu a poskytuje řadu informací o genomu hostitele, zastoupení mikroorganismů, přítomnosti patogenů a také o aktuální výši exprese genů hostitele i patogenu. Díky zavedení metody single cell sekvenování je možné sledovat interakci jednotlivých buněčných typů za fyziologického stavu i během imunitní odpovědi. Cílem práce je poskytnout přehled o biologické funkci nosohltanu, jeho buněčném složení a metod RNA...
|
host ::
RSS.