|
|
Regulátory TORC1 aktivity u kvasinek
Trubitsyna, Yana ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
TORC1 ("Target Of Rapamycin") je vysoce konzervovaná serin-threoninová kináza, která se podílí na regulaci růstu, metabolismu, apoptózy a proliferace. Řada regulátorů a mechanismů regulace TORC1 jsou konzervovány v různých eukaryotických buňkách. TORC1 v kvasinkových buňkách je homologem mTORC1 ("mammalian Target Of Rapamycin") v savčích buňkách. Správná regulace aktivity TORC1 je nutná pro správné fungování organismů, proto jsou TORC1 a jeho regulátory předmětem mnoha výzkumů. I mutace jednotlivých proteinu, které jsou součástí regulačních komplexů ovlivňujících TORC1 aktivitu může vést k nenapravitelným poškozením buněk a organismů. Tato práce má za cíl popsat regulátory TORC1 u kvasinek a ve vybraných případech porovnat mechanismy regulace TORC1 u kvasinek a mTORC1 u savčích buněk. Tato práce též zahrnuje informace o některých regulačních mechanismech mTORC1 které zatím u kvasinek nebyly popsány. Klíčová slova - TORC1, mTORC1, regulace, aktivita, kvasinky
|
|
|
Temporální charakteristiky v řeči průvodců při opakování textu
Hanušová, Kateřina ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Veroňková, Jitka (oponent)
Řeč průvodců je specifický typ projevu. Jedná se o polopřipravený monolog, který mluvčí v téměř totožné podobě realizuje několikrát za sebou. Takový projev tedy skýtá možnosti nahlédnutí do stálosti tempa u jednotlivých mluvčích. Tato práce vznikla na příkladu čtyř zámeckých průvodců a zpracovává dvě opakování jejich výkladu. Jednotlivými proměnnými, které v práci sledujeme, jsou artikulační a mluvní tempo, pauzy a členění na prozodické jednotky. Práce přináší detailní popis těchto proměnných u jednotlivých mluvčí a celkové porovnání tendencí, které se u mluvčích objevují.
|
|
|
Role mitochondrií a retrográdní signalizace při vývoji kvasinkových kolonií
Podholová, Kristýna ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent)
Jednobuněčné organismy jako jsou kvasinky, byly dříve převážně studovány v třepaných kulturách a nikoli na pevném povrchu, jak je tomu běžné v přírodě. V přírodě totiž skoro žádná buňka nežije osamoceně, ale naopak často tvoří mnohobuněčné kolonie nebo biofilmy. V současné době již řada studií probíhá i na pevném médiu, tedy za podmínek podobnějších podmínkám přírodním. Naše laboratoř vyvinula speciální techniky pro výzkum kolonií kvasinky Saccharomyces cerevisiae. Tyto techniky nám umožňují popis a zkoumání jednotlivých subpopulací a buněk v kvasinkové kolonii. Cílem této práce bylo připravit řadu mutantních kmenů produkujících cílové geny mitochondriální RTG signalizace, popsat morfologii a ultrastrukturu jejich kolonií a pomocí nich přispět k objasnění funkce retrográdní dráhy při vývoji kvasinkové kolonie. Práce popisuje expresi několika vybraných genů (CIT2, RTG1, RTG2, RTG3) ve výchozím kmeni BY4742 a v dalších mutantních kmenech s delecí jednoho či více regulačních genů RTG dráhy. Výsledky získané v rámci diplomové práce spolu s výsledky dalších autorů se staly součástí vědecké publikace (Podholová et al., 2016). Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Temporální charakteristika promluvových úseků v řeči profesionálních mluvčích
Hrachová, Jana ; Veroňková, Jitka (vedoucí práce) ; Palková, Zdena (oponent)
Tato práce se zabývá temporální charakteristikou promluvových úseků ve čtených projevech profesionálních mluvčích. Hlavním cílem výzkumu je sledování variability artikulačního tempa (AT) v rámci promluvových úseků. Doména, ve které AT zkoumáme, je tedy promluvový úsek a také se zabýváme celkovým artikulačním tempem. Zkoumaným materiálem byly čtené komentáře v češtině k přírodopisným dokumentům. Pro ověřování statistické významnosti jsme využili lineární model smíšených efektů a test ANOVA. Výsledky z měření celkového průměrného artikulačního tempa v rámci promluv ukázaly, že se hodnoty jednoho mluvčího výrazně liší od ostatních mluvčích. Interpersonální variabilitu prokázaly také testy ANOVA a prokázala se rovněž intrapersonální variabilita. Průměrné hodnoty AT s ohledem na lineární členění se ukázaly jako poměrně vyrovnané. Statistická ověření také neprokázala statistickou signifikanci. Při rozborech promluvových úseků jsme zjišťovali, zda má na AT vliv velikost promluvových úseků v taktech, dále pozice taktu v úseku a jaké jsou směry změn AT taktů uvnitř promluvového úseku. Statistickými testy byla ověřena významnost vlivu velikosti promluvového úseku i pozice taktu na AT. Analýzy směrů změn AT taktů v úseku naznačily obecný trend poklesu AT během promluvového úseku. Výrazné zpomalování se...
|
|
|
Role nízkomolekulárních metabolitů při vývoji kvasinkových kolonií
Bezdíčka, Martin ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Dostál, Jiří (oponent)
Výzkum kolonií kvasinek Saccharomyces cerevisiae na pevném glycerolovém médiu prokázal diferenciaci kolonie na dva zcela odlišné specializované buněčné typy U a L. K této diferenciaci dochází pravděpodobně díky komunikaci mezi jednotlivými buňkami a koloniemi kvasinek a v reakci na změny množství živin v médiu. Regulovaný diferencovaný vývoj vede k dlouhodobému přežívání kolonie. Výzkum těchto dvou buněčných typů prokázal vyšší odolnost vůči stresům u U typu buněk a zjistil jistou podobnost vztahu mezi U a L buňkami a vztahu rakovinotvorných buněk vůči zdravým buňkám v savčím organismu. Cílem diplomové práce bylo izolovat tyto dva buněčné typy a testovat jejich odolnost vůči vybraným nízkomolekulárním látkám Ehrlichovy dráhy. Ehrlichova dráha byla objevena v roce 1907 a klasifikována jako katabolická dráha některých aminokyselin u kvasinek S. cerevisiae. V dráze vznikají nízkomolekulární meziprodukty popsané jako odpadní alkoholy a kyseliny. Tyto látky jsou hojně využívané pro své aroma v potravinářství a kosmetice. Několik studií ukázalo, že tyto látky mohou působit jako stresory a mohou ovlivňovat některé důležité funkce buňky jako je například přepínání na pseudohyfální růst u buněk S. cerevisiae. V rámci diplomové práce byly vybrány některé látky Ehrlichovy dráhy a ve zjištěných koncentracích byl...
|
|
|
Function and localization of the SUN family of proteins in yeast populations
Kuznetsov, Evgeny ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Janderová, Blanka (oponent) ; Malcová, Ivana (oponent)
Rodina SUN proteinů (Uth1p, Sun4p, Sim1p, Nca3p) je skupina proteinů vyskytujicích v houbach a podobných glucanazům bunečny steny. SUN proteiny mají vysokou homologie v jejich C-terminalní doméně která je 256 aminokyselin dlouhá. Naše předchozí studium vývoje kvasinkových koloní odhalilo, že členy rodiny SUN proteinů mohou byt zapojený do procesu stárnutí a také mohou hrát důležitou roli pro přežívaní během vývoje a růstu mnohobunečné kvasinkové populace. V naší laboratoři jsme provedli microarray analýzu změn expresí genů v koloních, ktera ukázala výrazné změny v urovni exprese člena SUN rodiny UTH1. Kmen s deletovaným UTH1 genem vykazuje zpomalenější růst a horší přeživaní v kvasinkových koloních při porovnaní s wild type kmenem. Nicméně v své práci jsem se soustředil na identifikaci a ziskaní vice informací o funkcích jednotlivych SUN proteinů a zjištění jejich přesné lokalizace. Je zajimavé, že nekteré SUN proteiny mají duální lokalizaci (Uth1p a Sun4p) v mitochondrích a buněčné stěně a mohou byt spojeny s jejich funkcí. V této disertační práci, kapitola "Results and discussion" byla rozdělena na dvě části: první adresovaná otázkám, které se týkají lokalizace, regulaci zavislé na kysliku a možne zapojení SUN proteinů v remodelaci buněčné stěny. Druhé časti předcházel vývoj nové metody...
|
|
|
Autofagie a další procesy v koloniích přírodních kmenů kvasinek
Novosadová, Zuzana ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Groušl, Tomáš (oponent)
Abstrakt Kvasinky Saccharomyces cerevisiae na pevném médiu vytvářejí mnohobuněčné útvary zvané kolonie. V rámci vývoje kvasinkové kolonie dochází k diferenciaci buněk a změnám metabolismu, mimo jiné se tvoří vrstva horních a dolních buněk. Metabolická aktivita horních a dolních buněk se liší. Například hladina autofagie je vyšší v U buňkách. V rámci této diplomové práce byl z dostupné literatury vytvořen ucelený přehled poznatků o molekulárních mechanismech autofagie v kvasinkách. Kolonie kvasinek při nedostatku živin do okolí v pulzech produkují amoniakový signál, díky kterému komunikují na dlouhé vzdálenosti. Studie, odhalující diferenciaci buněk v kolonii a amoniakovou signalizaci mezi koloniemi, byly prováděny s použitím laboratorních kmenů kvasinek. Kvasinky izolované z přírody vytvářejí trojrozměrné útvary zvané vrásčité kolonie. Kvasinky v rámci vrásčitých kolonií také vytvářejí různé buněčné subtypy, ale situace se zdá složitější než v rámci kolonií laboratorních kmenů kvasinek, které vytvářejí hladké kolonie. Pro studium diferenciace a dalších procesů v koloniích divokých kmenů kvasinek byly vytvořeny kmeny produkující ukazatelové proteiny Icl2p, Pox1p, Mae1p, Pma1p, Pma2p, Ino1p, Met17p, Atg8p s fluorescenční značkou. Pro...
|
|
|
Strukturně motivovaná analýza gravitačních intonačních jevů tří nářečí češtiny
Pospíšilová, Iva ; Volín, Jan (vedoucí práce) ; Palková, Zdena (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá problematikou gravitačních jevů v intonaci češtiny v závislosti na geografickém původu mluvčích. Teoretická část se věnuje důležité části suprasegmentální roviny jazyka - intonaci, intonační variabilitě a především gravitačním jevům v intonaci. Dále přináší výběrový dialektologický popis tří českých regionů, jimž se práce věnuje: Plzeňska, Štítecka a Břeclavska. Praktická část je zaměřena na intonologickou analýzu řečového materiálu (celkem od 74 mluvčích) získaného ve zmíněných regionech: průměrné hodnoty směrnic, získané aplikací regresní přímky, pro dané skupiny mluvčích byly porovnány a okomentovány, a to s ohledem na věk a pohlaví respondentů, (ideální) počet taktů či relativní přítomnost zjišťovacích otázek. klíčová slova: intonace, intonační gravitace, region, mluvčí, regresní přímka
|
|
|
Retrográdní signalizace mezi mitochondriemi a jádrem u kvasinek.
Podholová, Kristýna ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Fraiberk, Martin (oponent)
Retrográdní dráha je signální dráha probíhající mezi mitochondriemi a jádrem. Pomocí retrográdní dráhy se kvasinkové buňky Saccharomyces cerevisiae vyrovnávají se zhoršujícími se podmínkami pro život jako je vyčerpání bohatých zdrojů živin a přechod na chudé zdroje živin, pokles mitochondriálního membránového potenciálu, ztráta mitochondriální DNA a s tím spojená nefunkčnost citrátového cyklu. Většina těchto podmínek je spojena se stárnoucí populací. Mezi klíčové proteiny retrográdní dráhy patří RTG proteiny zahrnující transkripční faktor Rtg1p/Rtg3p a cytoplazmatický protein Rtg2p. Retrográdní dráha je složitě regulovaná pomocí několika negativních a pozitivních regulátorů včetně TOR dráhy, která negativně reguluje retrográdní dráhu. Mezi cílové geny retrográdní dráhy patří geny pro enzymy citrátového cyklu, pro peroxisomální enzymy, pro transportéry a pro další enzymy anaplerotických drah. Pomocí retrográdní odpovědi se buňka snaží upravit svůj metabolismus tak, aby byla schopná překonat nepříznivé podmínky prostředí, v němž žije. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Role metabolismu nukleotidů při vývoji kolonií Saccharomyces cerevisiae
Dvořáková, Markéta ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Seydlová, Gabriela (oponent)
Kvasinky jsou jednobuněčné mikroorganizmy, které tvoří kolonie, jejichž morfologie je charakteristická pro daný kmen a liší se v závislosti na růstových podmínkách. Při komunikaci kolonií Saccharomyces cerevisiae je v pulzech produkován amoniak, který slouží jako signál o vyčerpání živin (PALKOVÁ et al. 1997). Bylo zjištěno, že v průběhu vývoje obřích kolonií S.cerevisiae dochází ke změnám genové exprese, metabolizmu a také změnám v produkci amoniaku. Byly identifikovány geny, jejichž exprese se mění v průběhu vývoje obřích kolonií S. cerevisiae. Mezi tyto geny patří některé geny účastnící se různých metabolických drah, transportu amoniaku, metabolizmu aminokyselin a také nukleotidů. Byly také popsány geny, jejichž delece může mít vliv na produkci amoniaku (ČÁP et al., 2010), (VÁCHOVÁ a PALKOVÁ 2005), (PALKOVÁ et al. 2002). Tato práce je zaměřena na sledování vlivu delece vybraných genů účastnících se nukleotidového metabolizmu a také možného vlivu přidaných extracelulárních bází na růst, morfologii, diferenciaci a také na produkci amoniaku u obřích kolonií S. cerevisiae. V rámci práce byly připraveny kmeny S. cerevisiae produkující proteiny značené Gfp (Ade4p-Gfp, Adk1p-Gfp, Urk1p-Gfp, Fcy2p-Gfp, Fur4p-Gfp, Fcy22p-Gfp) a dále sledován vývoj obřích kolonií S. cerevisiae s delecemi vybraných genů...
|
host ::
RSS.