Název: Přímá klasifikace metagenomických signálů ze sekvenace nanopórem
Překlad názvu: Direct Binning of Metagenomic Signals from Nanopore Sequencing
Autoři: Lebó, Marko ; Jugas, Robin (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2019
Jazyk: slo
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstrakt: [slo] [eng]
Táto diplomová práca sa venuje klasifikačným metódam metagenomických signálov, nezávislých na referenčnej databáze, ktoré sú získané sekvenáciou pomocou sekvenátora MinION. Popisuje ako vznik a druh dát, s ktorými sa v metagenomike pracuje, tak už existujúce metódy klasifikácie metagenomických dát nezávislých na referenčnej databáze. Rovnako je v tejto práci popísané, aký veľký prielom v metagenomike znamenalo objavenie sekvenácie DNA tretej generácie a konkrétne sa táto práca špecializuje na funkciu sekvenátora MinION od spoločnosti Oxford Nanopore. Cieľom práce bolo na základe modelových dát metagenómu navrhnúť a zrealizovať vlastnú metódu klasifikácie metagenomických dát získaných zo sekvenátora MinION a na záver ju porovnať s už existujúcou metódou klasifikácie. This diploma thesis deals with taxonomy independent methods for classification of metagenomic signals, aquired by a MinION sequencer. It describes the formation and character of metagenomic data and already existing methods of metagenomic data classification and their development. This thesis also evaluates an impact of the third generation sequencing techniques in the world of metagenomics and further specialises on the function of the Oxford Nanopore MinION sequencing device. Lastly, a custom method for metagenomic data classification, based on data obtained from a MinION sequencer, is proposed and compared with an already existing method of classification.
Klíčová slova: metagenomic data clasification; metagenomics; Oxford nanopore; squiggle; third generation sequencing

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/177632

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-400964


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce