Original title: Přímá klasifikace metagenomických signálů ze sekvenace nanopórem
Translated title: Direct Binning of Metagenomic Signals from Nanopore Sequencing
Authors: Lebó, Marko ; Jugas, Robin (referee) ; Sedlář, Karel (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2019
Language: slo
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [slo] [eng]
Táto diplomová práca sa venuje klasifikačným metódam metagenomických signálov, nezávislých na referenčnej databáze, ktoré sú získané sekvenáciou pomocou sekvenátora MinION. Popisuje ako vznik a druh dát, s ktorými sa v metagenomike pracuje, tak už existujúce metódy klasifikácie metagenomických dát nezávislých na referenčnej databáze. Rovnako je v tejto práci popísané, aký veľký prielom v metagenomike znamenalo objavenie sekvenácie DNA tretej generácie a konkrétne sa táto práca špecializuje na funkciu sekvenátora MinION od spoločnosti Oxford Nanopore. Cieľom práce bolo na základe modelových dát metagenómu navrhnúť a zrealizovať vlastnú metódu klasifikácie metagenomických dát získaných zo sekvenátora MinION a na záver ju porovnať s už existujúcou metódou klasifikácie. This diploma thesis deals with taxonomy independent methods for classification of metagenomic signals, aquired by a MinION sequencer. It describes the formation and character of metagenomic data and already existing methods of metagenomic data classification and their development. This thesis also evaluates an impact of the third generation sequencing techniques in the world of metagenomics and further specialises on the function of the Oxford Nanopore MinION sequencing device. Lastly, a custom method for metagenomic data classification, based on data obtained from a MinION sequencer, is proposed and compared with an already existing method of classification.
Keywords: metagenomic data clasification; metagenomics; Oxford nanopore; squiggle; third generation sequencing

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/177632

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-400964


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses