Original title:
Pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu
Translated title:
Pozitive and negative selection of mitochondrial genome
Authors:
Svoboda, Matěj ; Škutková, Helena (referee) ; Maděránková, Denisa (advisor) Document type: Bachelor's theses
Year:
2018
Language:
cze Publisher:
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií Abstract:
[cze][eng]
Tato bakalářská práce se zabývá detekcí pozitivní a negativní selekce v mitochondriálním genomu bezobratlých a obratlovců. Součástí práce je zpracovaná teorie evoluce a evolučních modelů. Hlavním bodem práce je vytvoření souboru algoritmů pro detekci pozitivní a negativní selekce v programovém prostředí RStudio. Následně jsou výsledky porovnány s hodnotami získanými nástrojem PAML.
This bachelor thesis deals with positive and negative selection detection in mitochondrial genome of invertebrates and vertebrates. The component of this paper is to interpret the theory of evolution and evolution models. The main objective of this bachelor thesis is to formulate the algorithm package for a positive and negative selection detection in a program environment, RStudio. Consequently, outcomes of algorithm are compared to values acquired by tool PAML.
Keywords:
Li-Wu-Luo method; mitochondrial genom; negative selection; Nei-Gojobori method; PAML; positive selection; RStudio.; Metoda Li-Wu-Luo; metoda Nei-Gojobori; mitochondriální genom; negativní selekce; PAML; pozitivní selekce; RStudio.
Institution: Brno University of Technology
(web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library. Original record: http://hdl.handle.net/11012/82501