Original title: Characterizing contrasting soils and sediments with semispecific actinomycete r-DNA PCR primers
Translated title: Charakteristika různorodých půd a sedimentů užitím specifických aktinomycetových r-DNA PCR primerů
Authors: Hill, P. ; Krištůfek, Václav ; Caballero, S. ; Kroetsch, D. J. ; Rauch, Ota
Document type: Papers
Conference/Event: Present methods for investigation of microbial community biodiversity in soils and substrates. Methodological workshop /9./, České Budějovice (CZ), 2004-03-02 / 2004-03-03
Year: 2004
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
Most molecular biological studies of the soil characterise a few soils or sediments under a range of treatments or over a limited time. It is difficult to compare results between studies due to variations in DNA extraction method and PCR conditions. High diversity of the soil bacterial population means that it is impossible to characterise many soils through cloning and sequencing and that finger prints are often blurred and difficult to interpret. We compare a broad range of soils and zoo/anthropogenic sediments with actinomycete specific primers. ARDRA and cloning showed that these primers amplified mainly verrucomicrobia from tropical, temperate and sub-arctic soils and actinomycetes from biologically active and urban street sediments. We found two new groups that were broadly distributed in soils: a new actinomycete family and the AD-3 candidate division that was found in acid tropical and sub-arctic soils Většina molekulárně biologických studií půd charakterizuje půdy nebo sedimenty větší škálou přístupů. Není snadné porovnat výsledky mezi studiemi, neboť se používají různé metody DNA extrakce a PCR podmínek. Vysoká diverzita půdního bakteriálního společenstva způsobuje nemožnost charakterizovat velké množství půdních vzorků klonováním a sekvenováním a fingerprinty jsou často nečitelné a těžko interpretovatelné. Porovnali jsme širokou škálu půd a zoo/antropogenních sedimentů použitím specifických aktinomycetových primerů. ARDRA a klonování ukázaly, že tyto primery amplifikovaly hlavně verrucomicrobia z půd odebraných v tropických, mírných a subartických oblastí a aktinomycety z biologicky aktivních a městských sedimentů. Nalezli jsme dvě nové skupiny, které byly široce zastoupené v kyselé a sub-arktické půdě: novou čeleď aktinomycetů a kandidáta AD-3 divize
Keywords: contrasting soils; sediments; semispecific actinomycete r-DNA PCR primers
Project no.: CEZ:AV0Z6066911 (CEP)
Host item entry: Present methods for investigation of microbial community biodiversity in soils and substrates, ISBN 80-86525-03-1

Institution: Institute of Soil Biology AS ČR (web)
Document availability information: Fulltext is available at the institute of the Academy of Sciences.
Original record: http://hdl.handle.net/11104/0012644

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-19943


The record appears in these collections:
Research > Institutes ASCR > Institute of Soil Biology
Conference materials > Papers