Název: Characterizing contrasting soils and sediments with semispecific actinomycete r-DNA PCR primers
Překlad názvu: Charakteristika různorodých půd a sedimentů užitím specifických aktinomycetových r-DNA PCR primerů
Autoři: Hill, P. ; Krištůfek, Václav ; Caballero, S. ; Kroetsch, D. J. ; Rauch, Ota
Typ dokumentu: Příspěvky z konference
Konference/Akce: Present methods for investigation of microbial community biodiversity in soils and substrates. Methodological workshop /9./, České Budějovice (CZ), 2004-03-02 / 2004-03-03
Rok: 2004
Jazyk: eng
Abstrakt: [eng] [cze]
Most molecular biological studies of the soil characterise a few soils or sediments under a range of treatments or over a limited time. It is difficult to compare results between studies due to variations in DNA extraction method and PCR conditions. High diversity of the soil bacterial population means that it is impossible to characterise many soils through cloning and sequencing and that finger prints are often blurred and difficult to interpret. We compare a broad range of soils and zoo/anthropogenic sediments with actinomycete specific primers. ARDRA and cloning showed that these primers amplified mainly verrucomicrobia from tropical, temperate and sub-arctic soils and actinomycetes from biologically active and urban street sediments. We found two new groups that were broadly distributed in soils: a new actinomycete family and the AD-3 candidate division that was found in acid tropical and sub-arctic soils Většina molekulárně biologických studií půd charakterizuje půdy nebo sedimenty větší škálou přístupů. Není snadné porovnat výsledky mezi studiemi, neboť se používají různé metody DNA extrakce a PCR podmínek. Vysoká diverzita půdního bakteriálního společenstva způsobuje nemožnost charakterizovat velké množství půdních vzorků klonováním a sekvenováním a fingerprinty jsou často nečitelné a těžko interpretovatelné. Porovnali jsme širokou škálu půd a zoo/antropogenních sedimentů použitím specifických aktinomycetových primerů. ARDRA a klonování ukázaly, že tyto primery amplifikovaly hlavně verrucomicrobia z půd odebraných v tropických, mírných a subartických oblastí a aktinomycety z biologicky aktivních a městských sedimentů. Nalezli jsme dvě nové skupiny, které byly široce zastoupené v kyselé a sub-arktické půdě: novou čeleď aktinomycetů a kandidáta AD-3 divize
Klíčová slova: contrasting soils; sediments; semispecific actinomycete r-DNA PCR primers
Číslo projektu: CEZ:AV0Z6066911 (CEP)
Zdrojový dokument: Present methods for investigation of microbial community biodiversity in soils and substrates, ISBN 80-86525-03-1

Instituce: Ústav půdní biologie AV ČR (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dokument je dostupný v příslušném ústavu Akademie věd ČR.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11104/0012644

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-19943


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Věda a výzkum > AV ČR > Ústav půdní biologie
Konferenční materiály > Příspěvky z konference