Název: Reconstructing phylogeny from patchy data of rodents
Autoři: Martínková, Natália ; Moravec, J.
Typ dokumentu: Příspěvky z konference
Konference/Akce: Summer School on Computational Biology /8./, Mikulov (CZ), 2012-09-12 / 2012-09-15
Rok: 2012
Jazyk: eng
Abstrakt: To reveal phylogeny of sparsely sequenced taxa, standard methods could not be successfully used due to patchy character of data and new methods had to be developed. We summarize such methods and present their funcionality on phylogeny of Arvicolini voles. Analyzing tree space with terraces, we have found that supermatrix approach is superior to supertree approach in extracting signal from data and determining a resolved and well-supported phylogeny. The most widely used program from Bayesian phylogeny inference fails to determine the correct lengths of branches in a large supermatrix with a lot of missing data, it still successfully determines the true tree topology.
Klíčová slova: arvicolini; Bayesian inference; phylogeny; supermatrix; supertree
Zdrojový dokument: Proceedings of the 8th Summer School in Computational Biology: From analysis of genomic data to clinical applications - case studies, ISBN 978-80-7204-804-5

Instituce: Ústav biologie obratlovců AV ČR (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dokument je dostupný v příslušném ústavu Akademie věd ČR.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11104/0223586

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-156456


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Věda a výzkum > AV ČR > Ústav biologie obratlovců
Konferenční materiály > Příspěvky z konference