Ústav molekulární genetiky

Nejnovější přírůstky:
2016-02-08
14:39
Phosphoinositide islets in the cell nucleus: a novel nuclear compartment?
Sobol, Margaryta ; Filimonenko, Vlada ; Šmíd, O. ; Yildirim, Sukriye ; Kalendová, Alžběta ; Hozák, Pavel
The eukaryotic nucleus is recognized as a highly organized organelle, where nuclear architecture plays a role in gene regulatory networks and RNA processing events. We introduce novel structures containing phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP2) which seem to be of importance as well. It was previously described that PIP2 is present in interchromatin granule clusters (IGC). Recently, we published data on PIP2 involvement in nucleolar organization and transcription of genes coding rRNA. Based on this, we mapped PIP2-containing structures using pre-embedding immunolabeling and 3D electron tomography also in nucleoplasm. In addition to PIP2 detected in IGC and in the nucleolus, PIP2-positive structures are present in nucleoplasm as 70-100 nm roundish “phosphoinositide islets”. Using EELS, SIM, and STED, we demonstrated that they are composed mostly of phosphoinositides, and they are surrounded by chromatin. To explore the possible functions of the PIP2-containing islets, we mapped relative localization of PIP2 with a wide range of nuclear proteins involved in transcription, splicing, and chromatin organization using advanced immunogold electron microscopy and SIM. We demonstrate that at the periphery of the islets, PIP2 co-localizes or is located in close proximity to nascent transcripts as well as to the proteins engaged in Pol II transcription, mRNA splicing, and organization of chromatin. Direct binding, gradient fractionation, and mobility assays also showed nucleoplasmic interactions between PIP2 and proteins engaged in the chromatin remodelling and transcription by Pol I and Pol II. Further, we revealed recruitment of some nuclear skeletal proteins into complexes with PIP2 using pull-down and 2D-electrophoresis assays. Taken together, our data allow us to suggest that newly observed PIP2-containing islets might play an important role in chromatin organization and nuclear architecture, thus participating in regulating gene transcription.

Úplný záznam
2011-07-01
17:02
Mikroskopie 2008
Hozák, Pavel
Dvoudenní konference reagující na nejnovější trendy v světelné a elektronové mikroskopii a jejich dopad na mikroskopické badatele v českých zemích a na slovensku. Prezentovány jsou příspěvky jak z oblasti biomedicínské, tak z oblasti fyziky a materiálových věd. Konference se koná v lyžařském sportovním areálu v srdci českomoravské vysočiny a je zakončena opulentním rautem s ochutnávkou vín.

Úplný záznam
2011-07-01
16:58
Regulace syntézy ribozomů v bakteriích
Krásný, Libor
Rychle rostoucí bakterie potřebují velké množství ribozomů pro pokrytí potřeby zvýšené buněčné translace. Bakterie v podmínkách omezené výživy mají potřebu ribozomů nízkou kvůli šetření energií. Počet ribozomů je regulován na úrovni transkripce ribozomální RNA (rRNA).

Úplný záznam
2011-07-01
16:57
Původ proteinů kančí semenné plazmy
Maňásková, Pavla ; Kyselová, Vendula ; Tichá, M. ; Jonáková, Věra
Spermadhesiny byly nalezeny pomocí svých protilátek v kančí epididymální tekutině, ale DQH a beta microseminoprotein nikoli. Nepřímá imunofluorescenční technika byla použita pro odhalení distribuce proteinů semenné plasmy na řezech tkání kančích reprodukčních orgánů. mRNA beta-MSP v testes, semenných vacích a prostatě.

Úplný záznam
2011-07-01
16:57
Vazebné vlastnosti proteinů kančí semenné plazmy v reprodukčním procesu
Jonáková, Věra ; Maňásková, Pavla ; Liberda, J. ; Tichá, M.
Proteiny kančí semenné plasmy (spermadhesiny a DQH protein) se váží na povrch spermie při ejakulaci. Vazba spermie k epiteliálním buňkám oviduktu a ke glykoproteinům zony pellucidy je zprostředkována protein-sacharidovými interakcemi (lektin-like).Tyto interakce hrají roli v tvorbě oviduktálního rezervoáru spermií, v uvolnění kapacitovaných spermií z povrchu oviduktu a ve vazbě spermie na zonu pellucidu vajíčka.

Úplný záznam
2011-07-01
16:55
Microsatellite region in the murine oncogene src - its primary structure and variability during evolution
Fučík, Vladimír ; Šindelka, Radek ; Beran, Jaroslav ; Ferjentsik, Zoltán ; Jonák, Jiří
In the fifth intron of the Mus musculus oncogene src a complex microsatellite was discovered that consists of a CA run and 31 bp apart followed by track of TG dinucleotides interrupted by extra Gs in specific intervals. As the 31 bp interlink can assume a hairpin structure, the whole region can be viewed as an imperfect inverted repeat. The microsatellite was sequenced in imbred lines of M. m. musculus and M. m. domesticus, as well as in mice of both subspecies trapped near the hybrid zone. Differences in the length of repeat regions, insertion/deletions and simple base changes characterize the strains. Hybrids between the two species could be identified by sequencing of cloned PCR products. The structure of the microsatellite in more distant species was found to be conspicuously different. Instead of frequent (CA)18-25, we can see only (CA)8 in M. spretus, CATGCGCCCCCCA in Mus pahari and CACCCCCC in Mus caroli. No similar structure is present in the corresponding human src intron.

Úplný záznam
2011-07-01
16:55
Metody experimentálního určení fází (MIR, MAD,SAD) v krystalografické analýze biologických makromolekul
Brynda, Jiří
Důležitost metod poskytujících nepředpojaté řešení fázového problému se stává vstupem molekulární biologie a biochemie do tzv. post-genomické éry stále významnější. V článku jsou popsány klasické metody experimentálního určení fází:1) Metoda isomorfních derivátů s těžkými atomy 2) Metoda Anomálního rozptylu při různých vlnových délkách 3) Metoda Anomálního rozptylu při jedné vlnové délce Čím lepší jsou vaše první, experimentální mapy, tím více modelu můžete spolehlivě vystavět do nepředpojaté (modelem nezatížené) mapy před sečtením fází (původní + model). MAD fáze pocházejí z perfektně izomorfních dat a tak netrpí disordrem jako je to běžné u MIR map na malém rozlišení. MIR fáze zase na druhou stranu poskytují výtečnou fázovací sílu na nízkém rozlišení a výsledkem je lepší propojení mapy v prostoru. Není proto překvapivé, že nejlepší mapy jsou buď MAD mapy nebo kombinované MIR-MAD mapy.

Úplný záznam
2011-07-01
16:55
Structural Studies of anti-CA IX Monoclonal Antibody M75 Fab Fragment in Complex with its Epitope Peptide
Mader, Pavel ; Štouračová, Renata ; Brynda, Jiří ; Závada, Jan
CA IX is a cell surface protein that exerts capacity of binding cell surface receptors, and is associated with several types of human carcinomas. Monoclonal antibody M75 recognizes specifically an epitope identified as six repeats of amino acid sequence PGEEDLP, localized in the proteoglycan like domain of CA IX. Structural study of the M75 Fab fragment in complex with its epitope peptide PGEEDLPGEEDL is presented.

Úplný záznam
2011-07-01
16:55
Zpracování difrakčních dat krystalů biologických makromolekul získaných oscilační metodou
Brynda, Jiří
Příspěvek popisuje jednotlivé komponenty monochromatického difraktometru vhodného pro měření krystalů biologických makromolekul a také základní principy rotační metody. Optimální strategie pro měření difrakčních dat na krystalech makromolekul je diskutována. Geometrické faktory ovlivňující kompletnost dat jsou symetrie reciproké mřížky a geometrické uspořádání jednotlivých komponent monochromatického difraktometru, které ovlivňují kvantitativně kompletnost měřených dat.

Úplný záznam
2011-07-01
16:55
A Phenylnorstatine Inhibitor Binding to HIV-1 Protease: Geometry, Protonation and Subsite-Pocket Interactions Analyzed at Atomic Resolution
Brynda, Jiří ; Řezáčová, Pavlína ; Fábry, Milan ; Hořejší, Magdalena ; Štouračová, Renata ; Sedláček, Juraj ; Souček, M. ; Hradílek, M. ; Lepšík, M. ; Konvalinka, J.
The x-ray structure of a complex of HIV-1 protease (PR) with a phenylnorstatine inhibitor Z-Pns-Phe-Glu-Glu-NH2 has been determined at 1.03 A, the highest resolution so far reported for any HIV PR complex. The inhibiot shows subnanomolar Ki values for both the wild-type PR and the variant representing one of the most common mutations linked to resistance developoment. The structure displays a unique pattern of hydrogen bonding to the two catalytic aspartate residues. The high resolution permits to assess the donor/acceptor realtions of this hydrogen bonding and to indicate a proton shared by the two catalytic residues. Structural mechanism for the unimpaired ihnibition of the protease Val82Ala mutant is also suggested, based on energy calculations and analyses.

Úplný záznam