Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 11 záznamů.  1 - 10další  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Genetické aspekty domestikačního znaku pukavosti lusku u hrachu
Čevelová, Lucie
Cílem diplomové práce je studium genetické podstaty významného domestikačního znaku pukavosti lusku. Analyzovány byly dva druhy hrachu, kulturní hrách s nepukavými lusky JI92 (Pisum sativum subsp. sativum) a planý hrách s pukavými lusky JI64 (Pisum sativum subsp. elatius). Reciprokým křížením těchto dvou linií byly vytvořeny rekombinantní inbrední linie (RILs), z celkových 134 RILs linií bylo vybráno 9 kontrastních linií. V rámci služby jsme využili masivně paralelní sekvenování 3' konců cDNA, získaná reverzní transkripcí mRNA, která byla izolována ze švů lusků. Díky této metodě byly vygenerovány 3 kandidátní geny. Následně jsme zjišťovali expresi těchto tří kandidátních genů pro pukavost pomocí kvantitativní Real-Time PCR (RT-qPCR). Amplifikační křivky a hodnody Ct vygenerované z průběhu RT-qPCR byly následně použity pro vytvoření grafů, které slouží pro zobrazení míry exprese kandidátních genů. Jako nejvhodnější kandidát byl zvolen gen Ps15, který je u hrachu přítomen v LGIII v oblasti Dpo1, a proto by mohl být zodpovědný za pukavost lusku.
Vliv mírného teplotního stresu na expresi genů metabolismu cytokininů a kinetiku růstu klíčních rostlin Arabidopsis thaliana
Truong, Thanh Huong
Vzhledem ke klimatickým změnám, které negativně dopadají na výnosy hospodářsky významných plodin, představuje teplotní stres hrozbu pro udržitelné zemědělství. Studium adaptace a aklimace rostlin vůči zvyšené teplotě proto patří mezi současné výzvy věděckého úsilí. Rostliny jsou během svého života vystaveny různým teplotním podmínkám. Odpověď na nepříznivé teploty zahrnuje řadu signálních drah, které regulují mnoho dalších vývojových a buněčných procesů. Koordinace vývojových procesů za podmínek zvýšené teploty nebo jiných vnějších faktorů je primárně řízena rostlinnými hormony. Tato práce se věnovala studiu interakce mírně zvýšené teploty (29 °C) a rostlinných hormonů cytokininů u modelové rostliny Arabidopsis thaliana. Pro sledování vlivu cytokininů za zvýšené teploty byly provedeny experimenty sledující morfologii rostlin, kinetiku růstu, genovou expresi a kvantifikaci cytokininů. Sledováním elongace embryonálního stonku (hypokotylu), která představuje charakteristickou odpověď rostlin na zvýšenou teplotu, bylo prokázáno, že cytokininy mají významnou úlohu při regulaci odpovědi na zvýšenou teplotu. Analýzou genové exprese a přímým stanovením hladin endogenních cytokininů jsme zjistili, že hladina cytokininů je snížena v odpovědi na mírně zvýšenou teplotu, což dále ukazuje na význam cytokininů při adaptaci na teplotní stres.
Role cytokininů při teplotou indukovaném přechodu rostlin z vegetativní do generativní fáze
Malých, Veronika
V současnosti se mnoho studií zabývá dopadem klimatických změn na rostlinnou produkci. Odpověď rostlin na zvýšenou teplotu zahrnuje elongaci děložního stonku a řapíků, hyponastii listů, změny v nástupu kvetení, a dokonce i potlačení vývoje květů, což může vést ke snížení výnosu plodin. Aklimatizace a odpověď na stresové podněty jsou společně regulovány hladinami rostlinných hormonů, jako jsou auxiny, gibereliny, brassinosteroidy a cytokininy. Přestože cytokininy hrají významnou roli při fyziologických i vývojových procesech, interakce teploty a cytokininů v regulaci vývoje a růstu rostlin nebyla prozatím dostatečně prozkoumána. Tato práce se zabývá účinkem cytokininů na morfologii a nástup kvetení u modelové rostliny Arabidopsis thaliana, a to při mírně zvýšené teplotě za podmínek dlouhého dne. Bylo zjištěno, že při modulaci hladiny cytokininů dochází k redukci rostlinné biomasy a plochy listové růžice, přičemž rozsah tohoto účinku závisí na teplotě. Rovněž bylo potvrzeno, že interakce cytokininů a teploty hraje významnou roli v přechodu rostlin do generativní fáze vývoje rostlin.
Molekulárně biologická charakterizace vybraných producentů PHA
Kubáčková, Eliška ; Brázda, Václav (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá molekulárně biologickou charakterizací vybraných producentů polyhydroxyalkanoátů (PHA). V rámci práce byly pomocí molekulárně biologických metod identifikovány a charakterizovány PHA produkující termofilní izoláty pocházející ze vzorků aktivovaného kalu a kompostu. Sekvenací 16S rRNA genu byly termofilní izoláty identifikovány a taxonomicky zařazeny do kmene bakterií Firmicutes. U těchto bakteriálních izolátů byla stanovena schopnost produkce PHA na úrovni genotypu pomocí konvenční PCR detekcí phaC genu kódujícího PHA syntázu, který je klíčovým enzymem biosyntézy PHA. U většiny izolovaných bakterií byly detekovány PHA syntázy I., II. a IV. třídy, přičemž PHA syntázy tříd I a II nejsou pro detekované rody bakterií charakteristické. Největšího zastoupení izolátů představoval druh termofilní bakterie Aneurinibacillus thermoaerophilus, u kterého byla detekována PHA syntáza IV. třídy. V druhé části diplomové práce byla zavedena metoda RT-qPCR pro studium exprese vybraných genů bakterie Cupriavidus necator H16 zapojených do metabolismu PHA. V rámci zavedení metody byla provedena optimalizace PCR detekce vybraných genů a optimalizována kvantifikace genů pomocí real-time PCR. Testovaná metoda zahrnovala kroky izolace RNA, syntézu cDNA a kvantifikaci úseků genů, u nichž byly na základě získaných dat stanoveny kritické body metody.
Porovnání metod izolací dvouvláknové RNA z rostlinného pletiva se zaměřením na výtěžnost virové frakce
MATYÁŠOVÁ, Alena
Pro diagnostiku rostlinných patogenů lze využít masivně paralelní sekvenování (HTS), které má výhodu v sekvenčně nespecifickém zachycení sekvencí všech přítomných organismů ve vzorku. Vstupní materiál lze připravit více metodami podle účelu použití. Cílem této práce je porovnat kvalitativní a kvantitativní profil dvou metod pro izolaci RNA z rostlinného pletiva s obohacením o dvouvláknové frakce za účelem zvýšení množství virových RNA vůči RNA hostitelské rostliny. Srovnávanými metodami jsou běžně využívaná afinní celulózní chromatografie a diferenciální centrifugace s LiCl. Jako výzkumný soubor byla použita rostlina jetele lučního (Trifolium pratense L.) infikovaná viry s jednovláknovými a dvouvláknovými RNA genomy. Tyto viry byly v rostlině v minulosti detekovány pomocí HTS. Testovanými metodami byly z rostliny extrahovány ribonukleové kyseliny. Pomocí metody RT-PCR byly amplifikovány specifické fragmenty osmi virů a po vyhodnocení gelové elektroforézy byl porovnán kvalitativní profil obou metod. Pro porovnání kvantitativního profilu byly vybrány tři viry s různými druhy RNA genomů. Metodou RT-qPCR byla provedena jejich relativní kvantifikace. S využitím softwaru Bio-rad CFX Manager 3.1 byla vyhodnocena normalizovaná exprese jednotlivých virů k 26S ribozomální RNA jako referenční kontrole. Pomocí obou porovnávaných metod byla detekována přítomnost všech testovaných virů. Po vyhodnocení kvantifikačních dat a provedení statistických testů (F-test, T-test) s hladinou významnosti = 0,05 bylo shledáno, že mezi metodou afinní celulózní chromatografie a metodou s diferenciální centrifugací s LiCl není signifikantní rozdíl.
Využití metody RT-PCR při studiu reakce rostlin řepky na stres chladem
MANDÁK, Michal
Přestože podíl řepky olejky (Brassica napus) vůči ostatním olejnatým plodinám na světovém trhu neustále stoupá, její potenciál pro kultivaci je, tak jako u řady dalších plodin, stále omezený kvůli její citlivosti na abiotický stres chladem. Teoretická část této práce se proto zabývá problematikou rostlinného stresu a popisem metody RT-qPCR v kontextu vhodnosti jejího užití pro kvantifikaci změn ke kterým během chladového stresu dochází. V praktické části byla provedena analýza genové exprese u vybraného dehydrinového genu ERD10 včetně popisu odebírání vzorků z rostlin, způsob izolace RNA, reverzní transkripce do cDNA a vlastní RT-qPCR. Výzkumný soubor tvořili dvě odrůdy řepky Cadeli a Navajo podrobené stresu chladem při (2°)C. Původním předpokladem bylo, že mezi těmito odrůdami bude znatelný rozdíl v úrovni exprese ERD10 genu v závislosti na schopnosti těchto rostlin odolávat stresu chladem. Interpretace dat pak i přes jejich neúplnost tuto původní domněnku potvrdila. V průběhu prvních 6ti dní stresu chladem docházelo u odrůdy Navajo k znatelně vyšší expresi oproti odrůdě Cadeli. Na základě souvislosti mezi expresí ERD10 a odolností vůči chladu by mělo být možné použít ERD10 jako jeden z markerů k selekci chladu odolných genotypů.
Analýza genů indukovaných abiotickým stresem u řepky
HOŠTIČKOVÁ, Irena
Šlechtění na odolnost vůči abiotickým stresorům je v současné době jedním z nosných témat šlechtění rostlin. Ve šlechtitelských programech řepky byla v případě selekce rostlin s vyšší odolností abiotickým stresům pozornost po dlouhé období věnována převážně jen popisným morfologickým a fyziologickým parametrům. V rámci této dizertační práce bylo provedeno několik experimentů zaměřených na identifikaci potenciálních genů spojených s reakcí na abiotický stres pomocí metody RT-qPCR (quantitative reverse transcription PCR). Zároveň byla použita metoda SPR (rezonance povrchového plazmonu), moderní optická metoda, která umožňuje studovat velmi nízké koncentrace nativních proteinů i v přítomnosti jiných látek, umožňuje kvantifikaci konkrétních proteinů vazbou na specifické protilátky a u řepky či jiných významných plodin nebyla doposud použita. Protein ERD10 byl pomocí metody rezonance povrchového plazmonu (SPR) identifikován jako protein účastnící se reakce na stres chladem, resp. aklimatizaci. Z výsledků vyplývá, že akumulace proteinu ERD10 ve standartních podmínkách ovlivňuje dynamiku změny jeho akumulace v průběhu stresu chladem. V případě, že hledáme genotypy, které by měly vynikat svou schopností aklimatizovat se i během krátkého teplého podzimu, nabízí se analýza akumulace dehydrinů metodou rezonance povrchového plazmonu jako vhodná metoda pro rychlý, nenáročný a relativně levný skrínink většího množství genotypů ve šlechtitelských kolekcích. Dalšími testovanými geny byly LTI78, RCI2A, NRP1 a dva geny pro hypotetické proteiny. Jejich relativní exprese se v průběhu stresu chladem také výrazně zvyšovala. O funkci těchto genů a proteinů se toho zatím ví velmi málo, proto budou jistě zajímavým předmětem dalších experimentů. Dále byla testována také relativní exprese genů vytipovaných podle výsledků analýzy proteinů metodou MALDI-TOF/TOF u regenerovaných mikrosporových embryí odvozených z rostlin řepky stresovaných simulovaným suchem. Byly testovány geny pro lactoylglutathione lyázu I, fosfolipázu D 1 a peroxiredoxin antioxidázu. U odolnější odrůdy ve standardních podmínkách a na začátku stresu byla naměřena významně nižší exprese genu pro peroxiredoxin antioxidázu. Tento gen bude předmětem našeho dalšího zkoumání jako potenciální marker pro výběr genotypů, které mohou být odolnější stresu suchem.
Glutamate receptors in NG2-glial cells: gene profiling and functional changes after ischemic brain injury
Waloschková, Eliška ; Anděrová, Miroslava (vedoucí práce) ; Růžička, Jiří (oponent)
Glutamát je hlavním excitačním neuropřenašečem v mozku savců a jeho přenos je zodpovědný za vyšší mozkové funkce, jako jsou učení, pamět či kognice. Účinek glutamátu je zprostředkován různými typy glutamátových receptorů, jejichž vlastnosti byly doposud studovány převážně v neuronech. Glutamátové receptory jsou ovšem exprimovány také v NG2 gliových buňkách, nicméně jejich role, jak ve zdravém tak i v poškozeném mozku, není zcela známá. Cílem této práce bylo objasnit složení a funkce těchto receptorů u NG2 gliových buněk za fyziologických podmínek a po fokální cerebrální ischemii. K tomuto účelu jsme použili transgenní myši, ve kterých jsou NG2 gliové buňky značeny pomocí fluorescenčního proteinu, což nám umožnilo jejich přesnou identifikaci. Analýza expresního profilu glutamátových receptorů v NG2 gliových buňkách byla provedena pomocí metody RT-qPCR na úrovni jedné buňky. Dále byla použita imunohistochemie a fluorescenční metoda zobrazování intracelulárních hladin vápenatých iontů (calcium imaging) pro detekci glutamátových receptorů na úrovni proteinu a charakterizaci jejich funkčních vlastností.
Metodika detekce virů obilnin a trav pomocí SYBR Green I RT-qPCR
Jarošová, Jana ; Dráb, Tomáš ; Beoni, Eva ; Kumar, Jiban
Čeleď Poaceae je zemědělsky nejdůležitější čeledí rostlin na světě. Čeleď Poaceae je také hostitelem mnoha patogenů včetně více než sta známých druhů virů. Rozložení výskytu jednotlivých druhů virů se liší v závislosti na hostitelích, zeměpisných a jiných podmínkách. Tato metodika poskytuje popis způsobu detekce devíti virů obilnin a trav: virus mozaiky sveřepu (BMV), virus žluté zakrslosti ječmene (BYDV), latentní virus jílku (LoLV), virus nekrotické mozaiky ovsa (ONMV), virus mozaiky jílku (RgMV), půdou přenosný virus mozaiky obilnin (SBCMV), virus skvrnitosti spartiny (SpMV), virus zakrsalosti pšenice (WDV), a virus čárkovité mozaiky pšenice (WSMV) pomocí metody SYBR Green I RT-qPCR.
Plný text: Stáhnout plný textPDF
Single cell expression analysis of genes with potential mrna gradient in mouse oocytes
Dorosh, Andriy ; Margaryan, Hasmik ; Vodička, Martin ; Ergang, Peter ; Šídová, Monika ; Dvořáková-Hortová, Kateřina
In frogs, there are clearly visible differently pigmented animal and vegetal poles of the egg determined before fertilization and leading to asymmetrical divisions. Mammalian egg does not show any comparable differentiation and it has been generally accepted that even the individual blastomeres in 2-cell and 4-cell embryos are homogenous. However, recent findings suggest that those blastomeres display different gene expression patterns and might already possess some inclinations to specific cell lineages. We therefore raised a question, whether there could be any mRNA or protein gradients in pre-fertilization oocytes similar to a previously described amphibian egg one. In mammalian eggs, there is a membrane region that is poor in microvilli, cortical granules are absent beneath plasma membrane and sperm cells generally do not bind to this location. This microvilli free region also covers the egg nucleus, and cytoskeleton localization differs markedly to the rest of the cortical space, forming actin –myosin II cortical cap/ring and is considered as animal pole. The purpose of this study was to determine gene products that can be detected at single cell level using qPCR and display gradient like distribution in mature oocytes. We checked expression of 12 selected genes in a pool of 10 oocytes and single mature oocytes. Then, we analysed gene expression in fixed intact oocytes and those undergoing laser capture microdissection procedure (LCMD). Eventually, we have determined six candidate genes for the study of intracellular spatial gene expression in mature mammalian oocytes by subcellular qPCR and in situ hybridization.

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 11 záznamů.   1 - 10další  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.