|
|
Molecular identification of probiotic bacteria in milk products form commercial yoghurt cultures
Horňan, Samuel ; Fialová, Lenka (oponent) ; Smetana, Jan (vedoucí práce)
Lactic acid bacteria are considered as an important group of bacteria with probiotic effects, which are being widely used in the food industry or pharmacology. Identification and characterization of important probiotic strains play an essential role in the validation of probiotic products for commercial purposes. Their identification using molecular-biology techniques (most commonly PCR method) is one of the standard tools in commercial operations and services. The aim of this bachelor thesis is a literature review of probiotics and probiotic strains as well as a summary of current knowledge about the use of molecular biology techniques for identification of these bacteria with probiotic properties in dairy products. The experimental part of this work verifies the presence of probiotic bacteria declared on selected commercial dairy products using the polymerase chain reaction (PCR) method.
|
|
|
Využití molekulárních technik k charakterizaci kvasinek rodu Metschnikowia
Schneiderwindová, Nicole ; Brázda, Václav (oponent) ; Němcová, Andrea (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá možnostmi provedení a využití molekulárních metod k charakterizaci kvasinek rodu Metschnikowia a také aplikací metod v biotechnologiích případně v potravinářském průmyslu. V teoretické části je zaměřená na stručný popis kvasinek, zejména vybraných druhů, které se používaly během praktické části, možnosti jejich využití, a především na detailní popis všech použitých molekulárních technik. V praktické části se zaměřuje na optimalizaci použitých molekulárních metod, konkrétně metody pulzní gelové elektroforézy (PFGE) a metody denaturační gradientové gelové elektroforézy (DGGE). Na začátku byla provedena kultivace kvasinek za optimálních podmínek, které jsou pro tento rod specifické. Dále byla pomocí izolačních technik izolována jejich DNA, která byla následně podrobena zpracování pomocí metod PFGE a PCR–DGGE. Nejvíce bylo třeba optimalizovat postup izolace DNA. Bylo provedeno několik optimalizací koncentrace lyzačních enzymů, zejména pak enzymu lytikázy. Také bylo potřeba stanovit správný poměr low-melting agarosy a izolované DNA, což bylo zásadní pro správnou konzistenci izolovaných DNA bločků a pro jejich další uplatnění při PFGE analýze. Nakonec byla provedena optimalizace metody PFGE, která přinesla správné rozdělení chromozomů, díky čemuž bylo možné jednotlivé chromozomy popsat dle jejich velikosti podle použitého standardu CHEF kvasinky Hansenula wingei. Pro správnou optimalizaci samotného procesu DGGE analýzy bylo třeba nejdříve izolovat kvasinkovou DNA pomocí kitu, tato DNA byla následně použita jako templát pro PCR reakci. Byla optimalizována také teplota annealingu pro jednotlivé skupiny použitých primerů. Amplikony, které byly získány pomocí této reakce byly separovány pomocí metody DGGE. U této techniky bylo zapotřebí především optimalizace základních parametrů jako je rozsah denaturačního gradientu či celkový čas separace. Dle výsledků měření lze určit, že postup izolace DNA kvasinek a jejich následná analýza pomocí molekulárních metod pulzní gelové elektroforézy a denaturační gradientové gelové elektroforézy byla úspěšná. Podařilo se nám alespoň částečně popsat genom a určit počet chromozomů u všech použitých druhů kvasinek rodu Metschnikowia.
|
|
|
Využití magnetických nano- a mikro částic při izolaci DNA z vybraných druhů potravin
Ráčková, Lucie ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Kovařík, Aleš (vedoucí práce)
V práci byla ověřována mikrometoda izolace rostlinné DNA z vybraných druhů zeleniny (cibule, brokolice) a potravinových výrobků v kvalitě vhodné pro konvenční polymerázovou řetězovou reakci (PCR). Mikrometoda umožňuje izolaci DNA pomocí magnetických nosičů z hrubých lyzátů buněk, získaných přímou homogenizací rostlinných tkání. Byly porovnávány různé způsoby zpracování homogenátů. Homogenizace probíhala v lyzačním pufru s obsahem cetyltrimetylamoniumbromidu (CTAB). Byl testován vliv organických extrakčních činidel chloroform-oktanolu a isopropanolu. Z homogenátů byla DNA purifikována reverzibilní adsorpcí na magnetické částice. Byly testovány celkem čtyři různé typy magnetických částic. U izolovaných DNA bylo provedeno spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty. Amplifikovatelnost DNA byla ověřena pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR). Byly použity dvě sady specifických primerů pro rostlinnou ribosomální DNA (rDNA). Produkty PCR dlouhé 700 a 220 bp byly detegovány agarózovou gelovou elektroforézou. Byly prokázány rozdíly ve výtěžku a kvalitě DNA v závislosti na způsobu zpracování homogenátů a použitých magnetických nosičích. Navržený postup s dvěma nosiči byl testován pro izolaci DNA z potravinových výrobků obsahujících rostlinný materiál (rostlinné pomazánky). DNA se amplifikovala v PCR. Mikrometoda je vhodná pro DNA analýzu potravin.
|
|
|
Authenticity of natural plant component in cosmetics products
Kubalová, Michaela ; Fialová, Lenka (oponent) ; Němcová, Andrea (vedoucí práce)
The purpose of this thesis was to study the authenticity of selected natural ingredients in cosmetic products. These were specifically cosmetic products that contained citruses, mint or lavender. Commercially available isolation kits were used for DNA isolation. The presence of plant origin DNA was verified by PCR method using primers specific for the ITS2 region of plants. The presence of limonene, a significant allergen contained in said plants, was determined in the samples by PCR method using primers for limonene synthase. At the same time, its presence was verified by HPLC method. In addition, two primers were tested for lavender and monitored for their efficacy, with no significant difference in the usage.
|
|
|
Studium řízení metabolismu karotenogenních kvasinek na molekulární úrovni
Pokrývková, Zuzana ; Kočí, Radka (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Predložená diplomová práca sa zaoberala molekulárnou charakterizáciou karotenogénnych kvasiniek. Použitými technikami pre analýzu konzervovaných úsekov rDNA D1/D2 oblasti veľkej ribozomálnej podjednotky 26S oblasti a ITS1 a 5,8-ITS2 oblastí boli „nested PCR“ a denaturačná gradientová elektroforéza DGGE. Z výsledkov DGGE vyplýva, že všetky analyzované kmene karotenogénnych kvasinek majú veľmi podobnú sekvenciu týchto oblastí, kvasinka Rhodotorula mucilaginosa so zbierkovým číslom CCY 20-7-28 preukazovala odlišnosti od ostatných kmeňov karotenogénnych kvasiniek. Pre doplnenie molekulárnej charakterizácie pomocou sekvencie ribozomálnych génov bola prevedená taktiež fenotypová charakterizácia celkom ôsmich kmeňov karotenogénnych kvasinek. K tomuto účelu boli prevedené utilizačné testy na rôznych substrátoch a ďalej rastové a produkčné charakteristky jednotlivých kmňov. Cieľom práce bolo taktiež pripraviť taký kmeň karotenogénnej kvasinky, ktorý sa vyznačuje nadprodukciou metabolitov, najmä karotenoidov a lipidov, a to pomocou náhodnej mutácie spôsobenej UV žiarením. Ako vhodný kandidát bol vybraný kmeň C. capitatum CCY 10-1-2 na základe predchádzajúcich štúdií, kde se preukázal ako dobrý producent TAG na odpadnom glycerole. Tento kmeň bol následne adaptovaný na odpadovú srvátku, glycerol a glukózu ako jednoduchý zdroj uhlíku.
|
|
|
Využití metody PCR pro identifikaci probiotických baktérií v mléčných potravinových výrobcích
Klaška, Dominik ; Brázda, Václav (oponent) ; Smetana, Jan (vedoucí práce)
V rámci práce byla izolována DNA z komerčně dostupného bílého jogurtu. Izolovaná DNA, která byla získána dvěma rozdílnými metodami, byla pomocí spektrofotometru podrobena analýze. Obě metody poskytly dostatečně koncentrovanou i kvalitní DNA pro další analýzu pomocí PCR. Přesně dané úseky izolované DNA byly využitím specifických primerů amplifikovány. Prostřednictvím gelové elektroforézy byla dokázána přítomnost domény Bacteria a při rodově specifické amplifikace také přítomnost bakterií rodu Lactobacillus.
|
|
|
Stanovení Staphylococcus aureus a Bacillus cereus v cukrářských výrobcích
Vdolečková, Monika ; Necidová,, Lenka (oponent) ; Šárka,, Bursová (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se v teoretické části zaměřuje na popis bakterií Bacillus cereus a Staphylococcus aureus, jakožto bakterií, které mohou kontaminovat suroviny ať už rostlinného či živočišného původu. Obě tyto bakterie se mohou vyskytovat v půdě, ve vodě, ale můžeme se s nimi i setkat na naší pokožce. Tato skutečnost může napomáhat kontaminaci při výrobě cukrářských výrobků. V experimentální části byly zpracovány odebrané vzorky vánočního cukroví. U vánočního cukroví byla sledována přítomnost výše zmíněných bakterií a u vzorků, kde byla přítomnost bakterií prokázána, byly dále detekovány geny kódující produkci toxinů. Ze stanovených výsledků vyplývá, že vánoční cukroví z tržní sítě i domácí výroby není hlavním zdrojem S. aureus, ale jsou možným zdrojem toxigenních kmenů bakterie B. cereus.
|
|
|
Tvorba biofilmu u probiotických kultur a možnosti jeho využití ve farmacii
Ryšávka, Petr ; Obruča, Stanislav (oponent) ; Vorlová, Lenka (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Práce byla zaměřena na vývoj adhezivní formy probiotik ve formě biofilmu na kombinovaných nosičích s prebiotickou složkou, druhá část práce byla věnována vlivu potravin na množení a přežívání vybraných typů probiotických bakterií. Dále byl sledován vliv individualizované probiotické suplementace na změny střevního mikrobiomu člověka. V první části práce byly vybrány a otestovány vhodné adherentní probiotické kmeny pro tvorbu biofilmu. Podařilo se zavést metody a otestovat různé varianty nosičů pro kultivaci a navázání bakterií. In vitro experimenty ověřily stabilitu biofilmu a jeho odolnost vůči nízkému pH, žluči a antibiotikům ve srovnání s planktonní formou. Rovněž byl sledován antimikrobiální efekt probiotických kmenů ve formě biofilmu. Kultivace multidruhového biofilmu na kombinovaném nosiči byla optimalizována a zároveň byla potvrzena stabilita biofilmu a finální životnost probiotických bakterií. Ve druhé části práce byl hodnocen vliv různých potravin a nápojů na životaschopnost probiotických bakterií důrazem na simulaci průchodu gastrointestinálním traktem. Byly testovány jak modelové roztoky (různé koncentrace alkoholu, cukru, soli, bílkovin a různé pH) tak různé druhy skutečných potravin a nápojů. Vliv potravin a nápojů byl testován na monokulturách Lactobacillus acidophilus, Bifidobacterium breve a na probiotických kapslích obsahujících smíšenou kulturu probiotických mikroorganismů. Přežití probiotik v různých potravinových matricích v simulovaném prostředí gastrointestinálního traktu bylo kvantitativně odlišné. Podařilo se definovat potraviny vhodné pro podporu množení probiotických bakterií. Poslední část práce byla zaměřena na cílenou úpravu střevního mikrobiomu individualizovanými probiotiky, kterábyla připravena na základě molekulárně biologické analýzy střevního mikrobiomu zaměřené na detekci procentuálního zastoupení laktobacilů, bifidobakterií a kmenů Firmicutes a Bacteroidetes. Personifikovaná probiotická suplementace potvrdila pozitivní efekt tohoto přístupu na změny mikrobiomu zejména na zvýšení obsahu laktobacilů, bifidobakterií a celkové diverzity mikrobiomu.
|
|
|
Charakterizace vybraných kmenů kvasinek z životního prostředí
Bečková, Alena ; Omelková, Jiřina (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá identifikací sbírkových kvasinek získaných z různých podmínek životního prostředí. Sbírkové kvasinky byly získány ze Sbírky kultur kvasinek CCY Chemického ústavu Slovenské akademie věd v Bratislavě. Cílem je rozšíření databáze kvasinek, která slouží v laboratoři Fakulty chemické při určování kvasinek odebraných ze vzorků potravin. Identifikace kvasinek byla provedena pomocí metody PCR-RFLP. Sledovaný úsek se nachází v oblasti 5,8S-ITS a je vymezený primery ITS1 a ITS4. Při restrikční analýze byly použity restrikční endonukleasy HaeIII, HinfI, HhaI a TaqI. U zkoumaných kvasinek byla dále zjišťována mimobuněčná lipolytická aktivita pomocí jednoduchého testu na agaru SpiritBlue, který působením lipas ztrácí modrý pigment.
|
|
|
Charakterizace karotenogenních kvasinek pomocí molekulárních technik
Kostovová, Iveta ; Čarnecká, Martina (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Cílem předložené diplomové práce byla charakterizace karotenogenních kvasinek pomocí molekulárních technik. K tomuto účelu byly amplifikovány mezidruhově variabilní a přitom konzervované sekvence genomové DNA, a to konkrétně oblasti rDNA D1/D2 velké ribosomální podjednotky a úseky ITS1 a 5,8-ITS2 rDNA. Tyto sekvence byly podrobeny analýze metodou DGGE, která prokázala odlišnost kmene S. roseus ve všech analyzovaných úsecích rDNA od ostatních kmenů karotenogenních kvasinek. Ke karyotypové charakterizaci kvasinek byla optimalizována metoda PFGE, a to jak izolace intaktní DNA, tak parametry PFGE. Celkem bylo analyzováno devět kmenů karotenogenních kvasinek rodů Rhodotorula, Sporobolomyces, Cystofilobasidium a Phaffia. Součástí diplomové práce byla také aplikace molekulárních metod k molekulární analýze úseků D1/D2 u mutantních kmenů karotenogenních kvasinek. Tyto kmeny byly adaptovány na odpadní substráty, jakými byly těstoviny a glycerol a v této práci byla ověřena stabilita jejich produkčních vlastností.
|
host ::
RSS.