|
|
Herpetické viry ryb
Čečetka, Petr ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Herpetické viry napadající ryby jsou jedním z nejrozšířenějších virových patogenů ohrožující současné rybí populace jak ve volné přírodě tak i ty chované. Je jich celá škála od málo nebezpečných po vysoce rizikové, které se nekontrolovatelně rozšířily a způsobily velké ztráty v komerčních chovech a ohrožení volně žijících populací. U většiny z nich můžeme sledovat zvýšenou citlivost na teplotu a stresové faktory, které jsou nejčastěji důvodem opakovaného vypuknutí nákazy. Mezi nejlépe popsané rybí herpesviry patří ty, které napadají sladkovodní ryby. V současné době jsou objevovány další a další herpetické viry, které převážně napadají mořské ryby. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Adheze bakterií k povrchům
Budil, Jakub ; Beranová, Jana (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Bakteriální adheze je děj, při kterém planktonní buňka přisedá k substrátu, a je nezbytným krokem předcházejícím tvorbě bakteriálního biofilmu. Většina bakteriálních druhů je schopna tvořit biofilmy. Bakterie v biofilmu mimo jiné získávají vyšší odolnost vůči antibakteriálním látkám a dalším vnějším vlivům, což značně ztěžuje jejich odstranění. Bakteriální adheze je velmi komplexní proces, který je ovlivněn řadou fyzikálně-chemických faktorů i přítomností adhezivních struktur na povrchu bakterie a substrátu. Správný popis těchto faktorů umožňuje navržení vhodných úprav substrátu a prostředí při přípravě antiadhezivních a antibakteriálních povrchů či zefektivnění biotechnologických procesů využívajících mikroorganismy. Snížení bakteriální adheze je žádoucí hlavně v medicíně, posílení adheze zase umožňuje zvýšení efektivity procesů využívajících bakterie, například při zpracování odpadních vod. Tato práce shrnuje teorie využívané k předpovědím bakteriální adheze, popisuje modelový průběh adheze a ovlivnění procesu adheze fyzikálními, chemickými a biologickými faktory. Součástí práce je také přehled antiadhezivních a antibakteriálních povrchů. Klíčová slova: Bakterie, adheze, pili, bičík, antiadhezivní a antibakteriální povrchy.
|
|
|
Vliv PRDM9 histon H3K4 tri-metyl transferázy na chromozomální sterilitu
Svatoňová, Martina ; Forejt, Jiří (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Vliv PRDM9 histon H3K4 tri-metyl transferázy na chromozomální sterilitu Gen Prdm9 kóduje meiotickou metyl-transferázu umožňující metylaci lysinu 4 na histonu H3. Metylace H3K4 je spojována s aktivací genové exprese. Stejný gen byl naší laboratoří identifikován jako gen hybridní sterility myší, Hst1. Jeho další funkcí zjištěnou později je regulace "hot-spots" meiotické rekombinace u myší a u člověka. Cílem diplomové práce bylo využitím transgenních myší ověřit vliv nadpočetných kopií genu Prdm9 na chromozomální sterilitu indukovanou chromozomální translokací T43H. Bylo zjištěno, že samotný gen Prdm9 na pozorovanou změnu nemá vliv, ale byl potvrzen významný poziční efekt u translokace T43H. Translokace zděděná od otce způsobuje zhoršení parametrů fertility oproti té pocházející od matky
|
|
|
Studium kvasinkového kmene BR-S s delecí genu SIR2
Novotná, Pavla ; Kuthan, Martin (vedoucí práce) ; Pichová, Iva (oponent)
Kvasinky jsou jednobuněčné eukaryotické mikroorganismy, které jsou schopny tvorby mnohobuněčných útvarů tzv. kolonií. Různé kmeny kvasinek mají za definovaných životních podmínek charakteristickou morfologii kolonií. Typickým rysem přírodních izolátů ale i patogenních kvasinek je schopnost přepínat mezi dvěma či více morfotypy. Tento děj, nazývaný přepínání fenotypů, přispívá k rychlé adaptaci na změny podmínek prostředí a souvisí často se změnou rezistence vůči stresu či s virulencí patogenů. Přepínání fenotypů lze pozorovat i u nepatogenní Saccharomyces cerevisiae, u které dochází za stálých laboratorních podmínek k přepnutí z vrásčité morfologie z přírody izolovaného kmene BR-F na hladkou morfologii kmene BR-S. Tato změna morfologie je doprovázena změnami dalších fenotypových charakteristik. Při transkriptomové analýze bylo zjištěno, že kmen BR-F a BR-S se liší genovou expresí mimo jiné v subtelomerických oblastech, které jsou pod kontrolou histon acetyláz a histon deacetyláz. V této práci jsem se zaměřila na histon deacetylázu Sir2p, která by mohla mít vliv na přepínání fenotypů u Saccharomyces cerevisiae. Pro práci byla použita deleční mutanta v genu SIR2 u kmene BR-S připravená v naší laboratoři, která má změněnou morfologii kolonií. Výsledky naznačují, že kmen BR-S s delecí genu SIR2...
|
|
|
Bovinní papilomaviry
Voběrková, Eva ; Drda Morávková, Alena (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Bovinní papilomaviry (BPV) jsou malé neobalené dsDNA viry patřící do čeledi Papillomaviridae. Jakkoli jedním ze znaků této čeledi je vysoká druhová a tkáňová specifita, některé bovinní papilomavirů představují v tomto směru výjimku a jsou schopny infikovat i jiné skupiny obratlovců, jakkoli přenos na člověka zatím nebyl prokázán. Jako všechny viry z této skupiny, i BPV mají značný tumorogenní potenciál, zejména při infekci nepermisivních buněk. I v přirozeném hostiteli ale způsobují klinické onemocnění tvorbou papilomat, která mohou interferovat s životními projevy hostitele a způsobovat značné hospodářské ztráty. BPV byly dlouhá léta modelovými organismy pro studium svých lidských protějšků (lidské papilomaviry, HPV). V posledních letech ale studium BPV poněkud upadá, zastíněno úspěchem vakcín proti HPV. Tento úspěch ale zároveň otevírá možnost vývoje podobných vakcín proti BPV s cílem zamezit onemocnění hospodářských zvířat v chovech. Aby bylo možné úspěšně na takové vakcíně pracovat, je třeba nejdříve pochopit funkce viru a virových proteinů a mechanismus jejich interakce s hostitelskou buňkou. Stejně tak je třeba zmapovat jednotlivé BPV a jejich podobnosti a odlišnosti s ohledem na specifika jednotlivých typů. Takový přehled předkládá tato práce. Klíčová slova: bovinní papilomavirus, nemoci,...
|
|
|
Optimalizace postupů pro kvantifikaci miRNA z tenkojehlových bioptických vzorků karcinomu pankreatu.
Čuperková, Romana ; Benešová, Lucie (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Karcinom pankreatu (KP) je velmi závažné onemocnění s pětiletým přežitím menším než 5 %. V současné době neexistuje žádný spolehlivý nástroj pro diagnózu KP v jeho časných stádiích. Pacienti v době diagnózy tak bývají často v pokročilém stádiu onemocnění a léčba nemívá výrazný účinek. Z těchto důvodů se klade stále větší důraz na nalezení vhodných molekulárních znaků, a to zejména pro zlepšení diagnózy a odhad prognózy. Jedním z takových nadějných znaků jsou miRNA. Jejich analýza v tkáni pankreatu je ale složitý proces. Hlavním důvodem je velmi malé množství vzorku získaného tenkojehlovou biopsií a dále pak samotný charakter pankreatické tkáně, ze které bývá úspěšnost molekulárně-genetických vyšetření výrazně nižší v porovnání s ostatními tkáněmi. Dalším negativním faktorem je značná heterogenita tkáně, díky které se zastoupení nádorových buněk v různých částech vzorku často liší. A tak vhodná volba postupu izolace nukleových kyselin (NK) a následných analýz včetně kvantifikace nádorových buněk ve vzorku je pro správné stanovení hladin miRNA zcela klíčová. Tato práce je zaměřená na optimalizaci celého postupu stanovení hladin miRNA z bioptických vzorků pankreatické tkáně zahrnující izolaci NK, kvantifikaci nádorových buněk pomocí stanovení mutací v genu KRAS, syntézu cDNA a analýzu hladin...
|
|
|
Extracelulární matrix u kvasinkových populací
Novotná, Pavla ; Kuthan, Martin (vedoucí práce) ; Dvořáček, Lukáš (oponent)
Mikroorganismy se v přírodním prostředí nejčastěji vyskytují v mnohobuněčných formách, nejčastěji v biofilmech. Biofilm je charakterizován jako společenství buněk, žijících na rozhraní prostředí, uzavřených v extracelulární matrix. ECM tvoří významnou složku biofilmů u kvasinkových populací. Extracelulární matrix funguje jako ochranná bariéra a umožňuje buňkám přežívat v nepříznivých podmínkách i lépe kompetovat o prostředí s ostatními mikroorganismy. Tvoří také účinnou bariéru proti antibiotikům či jiným škodlivým látkám, což dělá z biofilmů velký problém ve zdravotnictví a průmyslu. Tvorba matrix může být ovlivněná morfologickými formami kolonií. U některých mikroorganismů dochází ke zvýšené tvorbě ECM při fenotypovém přepínání jako reakce na změnu životních podmínek. Složení ECM je rodově i druhově specifické. Hlavní složku matrix tvoří polysacharidy a proteiny.
|
|
|
Směrování virových částic pro cílenou dopravu látek do buněk
Váňová, Jana ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Virové částice představují díky své struktuře a schopnosti vstupovat do buněk, kde uvolňují svůj obsah, atraktivní nástroj pro dopravu látek do buněk. Pro terapeutické využití virů je třeba zajistit specifický a vysoce účinný vstup do cílových buněk. K tomuto účelu byly vyvinuty různé techniky směrování virů na požadované receptory. Tato práce nabízí přehled metod používaných při přesměrování virů se záměrem zhodnotit dosavadní úspěšnost přesměrování z hlediska specificity a účinnosti vstupu vytvořených virových částic do buněk. Na základě publikovaných dat a s ohledem na mechanismy virové infekce ukazuje, že je obtížné zamezit nespecifickému vstupu virových částic do buňky a dosažení absolutní specificity je zřejmě nemožné. I přes tato drobná omezení jsou virové nanočástice převratným terapeutickým nástrojem pro dopravu látek do buněk a je třeba jejich potenciálu využít.
|
|
|
Carbon nanomaterials and their interactions with bacteria
Jurková, Blanka ; Beranová, Jana (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Uhlíkové nanomateriály jsou v poslední době v centru pozornosti hlavně díky svým zajímavým, často unikátním vlastnostem. Mají široké možnosti využití, například v elektronice, optice, kosmetice solárních článcích, stavebních materiálech, vzduchových filtrech, k leštění materiálů, jako ochranné povrchy či suchá maziva. Zatímco jejich fyzikální a chemické vlastnosti jsou již dobře prozkoumány, výzkum jejich působní na živé organismy je stále v počátcích. Tato práce je zaměřena na interakce uhlíkových nanomateriálů, konkrétně grafenu, fullerenu, uhlíkových nanotrubiček a nanodiamantů, s bakterálními buňkami a jejich antibakteriální a antiadhezivní účinky. Mechanismy toxického působení zahrnují porušení vnějších struktur buňky v důsledku přímého kontaktu s nanomateriálem, narušení bakteriálního metabolismu nebo produkci volných kyslíkových radikálů. Přesné porozumění dějům, které se odehrávají mezi bakteriální buňkou a uhlíkovými nanomateriály, může přispět k výzkumu jejich možných aplikací v medicíně či možností jejich ekologické recyklace.
|
|
|
Studium funkce vybraných genů v koloniích divokých kmenů kvasinek
Tarabová, Eva ; Kuthan, Martin (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent)
Kmeny kvasinek Saccharomyces cerevisiae izolované ze svého přirozeného prostředí jsou schopny mnohobuněčného sociálního chování a tvorby komplexních strukturovaných kolonií v řadě vlastností podobným velmi odolným biofilmům patogenních kvasinek. Dalším typickým rysem přírodních kmenů je jejich fenotypová variabilita, tedy schopnost přecházet s relativně vysokou frekvencí mezi dvěma či více fenotypy. V případě patogenních kvasinek jsou takové fenotypové změny často provázeny odlišnou virulencí, rezistencí vůči různým stresovým podmínkám a léčbě antimykotiky. V důsledku dlouhodobé kultivace přírodních kmenů kvasinky Saccharomyces cerevisiae v laboratorních podmínkách dochází k jejich domestikaci, tedy přechodu na hladké kolonie a ztrátě některých vlastností typických pro strukturované kolonie. Tento proces je, stejně jako přepínání fenotypů, spojen s výraznými změnami v expresi genů a s celkovou změnou životní strategie kolonií. Mechanismy fenotypových přechodů u kvasinek jsou spojovány s epigenetickou regulací genové exprese pomocí transkripčního umlčování zajišťovaného histonovými deacetylázami. Studiem těchto mechanismů pomocí delečních mutant vybraných genů s potenciálním vlivem na tvorbu a vývoj kolonií divokých i domestikovaných kmenů se zabývá tato práce. Dosažené výsledky prokazují, že NAD+-závislá...
|
host ::
RSS.