|
|
Studium exprese placentárně specifických microRNA u pacientek se spontánním předčasným porodem a předčasným odtokem plodové vody (PPROM)
Vintrová, Iva ; Hromadníková, Ilona (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
MicroRNA (miRNA) jsou krátké nekódující RNA o délce 18 až 25 nukleotidů hrající stěžejní roli v posttranskripční regulaci genové exprese. Existují miRNA, jejichž exprese je omezena pouze na určitý typ tkáně, a choroby, které jsou charakteristické unikátním expresním profilem miRNA. Předpokládala jsem, že by spontánní předčasný porod (PTB) a předčasný odtok plodové vody (PPROM) mohl být charakterizován unikátním expresním profilem miRNA. Sledovala jsem genovou expresi 15 placentárně specifických miRNA (miR-512-5p, miR-515- 5p, miR-516b-5p, miR-517-5p, miR-518b, miR-518f-5p, miR-519a-5p, miR-519d-3p, miR- 519e-5p, miR-520a-5p, miR-520h, miR-524-5p, miR-525-5p, miR-526a a miR-526b-5p) v placentární tkáni u pacientek s PTB, PPROM a u žen s fyziologickou graviditou a porodem v termínu (FG). PTB skupinu tvořilo 24 pacientek, PPROM skupinu 75 pacientek a FG skupinu 20 pacientek. Ke kvantifikaci genové exprese byla použita kvantitativní PCR v reálném čase. U PTB jsem v porovnání s kontrolami (FG) identifikovala 3 signifikantně upregulované miRNA (miR-516b-5p, miR-519d-3p a miR-524-5p) a 4 miRNA (miR-518b, miR-519a-5p, miR-520h a miR-526a) s trendem k upregulaci. U PPROM jsem identifikovala 3 miRNA (miR- 519d-3p, miR-520h a miR-526b-5p) s trendem k downregulaci v porovnání s kontrolami. Zároveň bylo...
|
|
|
Using of quantitative DNA method as a screening tool for effecient genotyping of samples in forensic DNA laboratory.
Koljenšič, Ivana ; Stenzl, Vlastimil (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
Quantification of human DNA in forensic samples is an important step during STR profiling because the STR genotyping is sensitive to the quantity of DNA used in the PCR reaction. This study focuses on the importance of quantification in the entire process of genetic analysis. Two real time PCR platforms (Roche LightCycler480 System and ABI 7900 RT PCR) were used to compare two commercial kits in terms of DNA quantification. It was found out that accuracy of absolute quantification values in commercial quantification kits is strongly dependent on the construction of calibration curve. Especially low template DNA samples were used to assess whether QuantifilerTM or Plexor® HY System can determinate a minimum quantification value (cut off value) below which STR profiles would consistently fail to be detected. The usage of Plexor® HY System enabled to determine the cut off quantification value more exactly probably due to different molecular background and chemistry used in this kit. Reliability and other issues connected with cut off value are discussed. In order to better understand the relationship between the quantity of DNA and the number of detectable loci series the dilution experiment with standard DNA007 was done. Quantitative and qualitative consequences of input DNA amount in evaluation of...
|
|
|
Střevní mikrobiom člověka: Vznik, ontogenetický vývoj, diverzita a možnosti využití v antropologii
Dvořáková, Barbora ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Schierová, Dagmar (oponent)
Střevní mikrobiom člověka je široký pojem zahrnující v sobě veškerý mikroorganismální život osidlující lidské střevo. Bakterie nacházející se v lidském střevě reprezentují největší část lidského mikrobiomu, tvoří značné procento buněčné výbavy člověka a jejich genomy představují významnou součást lidského genomu. Střevní mikrobiom má zásadní vliv na zdraví člověka a mění se během života např. v závislosti na změně stravy a užívání léčiv. Předkládaná práce se zabývá původem a vývojem střevního mikrobiomu, faktory, které působí na jeho utváření a diverzitu, a možnostmi jeho využití v antropologii.
|
|
|
Cytogenetické metody v genotoxikologii
Bártů, Linda ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Langová, Martina (oponent)
Každý den jsme vystaveni vlivu řady faktorů, které mohou působit jako mutageny na naši DNA. Věda zkoumající vliv takovýchto mutagenních faktorů, které mohou být fyzikálního, chemického i biologického původu, se nazývá genotoxikologie. Mezi fyzikální faktory patří v první řadě ionizující záření. Z chemických můžeme zmínit např. benzen či vinylchlorid nebo některé léky. Jako biologické mutagenní faktory mohou působit některé viry. Opravné mechanismy buňky, které opravují dvouvláknové zlomy DNA, se liší dle toho, jestli vyžadují rozsáhlé homologní sekvence (HRR) nebo naopak, zda se bez takovýchto sekvencí obejdou a vystačí si jen s krátkými homologními sekvencemi zahrnujícími několik málo bazí (NHEJ). Oba tyto mechanismy, pokud neproběhnou správně, mohou vést ke vzniku aberací chromosomů. Mezi získané chromosomové aberace patří translokace, vyskytující se často u nádorových buněk, delece, nebo například vznik acentrických fragmentů, dicentrických a prstencových chromosomů. Chromosomové aberace zahrnují chromatidové zlomy a chromatidové výměny. Metody pro vyšetření takovýchto změn je několik, mohou být rozděleny podle fáze, ve které se vyskytuje buňka v době vyšetření. Nejzákladnější metodou je klasické barvení Giemsou, které odhalí většinu aberací, kromě translokací a inverzí, a numerické odchylky...
|
|
|
Mechanismy účinku bisfenolu A s důrazem na metabolismus a plodnost
Houška, Jakub ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Novák, Jan (oponent)
Bisfenol A je endokrinní disruptor, tedy chemikálie vyskytující se v životním prostředí, lidmi konzumované stravě i vodě, která narušuje hormonální systém člověka i jiných organismů. Jakožto endokrinní disruptor má řadu negativních účinků na lidské zdraví. V této práci jsem se pokusil shrnout molekulární mechanismy těchto účinků se zaměřením na obezitu a plodnost. Mezi popisované mechanismy patří interakce bisfenolu s některými receptory, jeho vliv na syntézu enzymů i na epigenetické mechanismy jako metylace DNA či změny v expresi miRNA. V závěru práce se věnuji i možným způsobům eliminace zmíněných účinků. Klíčová slova bisfenol A, molekulární mechanismy, obezita, plodnost, receptor, epigenetické mechanismy, eliminace účinků
|
|
|
Endometriosis, its aetiopathogenesis and influence on female's fertility
Selková, Katarína ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Crha, Igor (oponent)
Endometrióza je na estrogéne závislé ochorenie žien v reprodukčnom veku. Často je uvádzaná ako jedna z príčin ženskej neplodnosti. Na jej rozvoj a progresiu vplýva množstvo exogénnych aj endogénnych faktorov. Jedná sa o heterogénne ochorenie a veľmi dôležitou úlohou je identifikácia kandidátnych génov, ktorá umožní lepšie pochopiť, prečo a za akých okolností sa endometrióza rozvíja. Pretože nie všetky ženy trpiace endometriózou sú neplodné, pokúsila som sa v tejto práci pozrieť sa na vybrané kandidátne gény, ktorých rizikové alely či epigenetická dysregulácia by mohli spájať endometriózu a neplodnosť. Z dostupnej literatúry sa zdá, že WNT4, génový klaster HOXA, ESR1, PGR, FN1, VETZ a GREB1 majú významnú úlohu v patogenéze endometriózy. Taktiež tieto gény zohrávajú dôležitú úlohu v rôznych biologických dráhach a ich dysregulácia vedie k nízkej miere implantácie, prípadne implantačnému zlyhaniu, nedostatočnej oogenéze, embryogenéze a v konečnom dôsledku k neplodnosti u pacientiek s endometriózou. Určenie génov, ktorých dysregulácia vyvoláva rozvoj endometriózy v populácii, je dôležité vzhľadom na narastajúcu incidenciu endometriózy a miery neplodnosti v posledných rokoch. Vďaka ďalším výskumom by potom bolo možné zefektívniť a urýchliť diagnostiku (dĺžka je aktuálne až do 7 rokov). Vynájdením nových...
|
|
|
Role of immune and adipose cells in the development of adipose tissue inflammation induced by stress associated with obesity
Kračmerová, Jana ; Rossmeislová, Lenka (vedoucí práce) ; Cahová, Monika (oponent) ; Daňková, Pavlína (oponent)
1 SHRNUTÍ Obezita, charakterizovaná zvýšenou akumulací tukové tkáně (TT), i přejídání jako takové jsou spojeny nejen se zvýšenými plasmatickými hladinami živin a metabolitů, ale i s narůstajícím rizikem vzniku dalších chorob, např. chorob kardiovaskulárního systému, rakoviny nebo insulinové rezistence. Pravděpodobným pojítkem mezi obezitou a chorob s ní spojených je zánětlivý stav organismu, pozorovaný jak na systémové úrovni jako zvýšené hladiny plasmatických cytokinů, tak na úrovni TT. Příčinou tohoto zánětlivého stavu může být narušený metabolismus TT. Adipocyty sekretují širokou paletu různorodých molekul včetně cytokinů. Za stresujících podmínek (hypoxie, stres endoplasmatického retikula) začnou adipocyty a následně i rezidentní imunitní buňky produkovat prozánětlivé cytokiny, které atrahují další imunitní buňky. Adipocyty mohou navíc uvolňovat zvýšené množství metabolitů (mastné kyseliny, glycerol), které rovněž přispívají k polarizaci imunitních buněk, zejména makrofágů. Cílem této práce bylo nalézt spojení mezi zvýšenými hladinami nutrientů (glukosa, mastné kyseliny) a zánětlivým stavem, resp. aktivací imunitních buněk u zdravých (obézních i štíhlých) jedinců. V první části této práce byla sledována akutní reakce imunitních buněk na experimentálně zvýšené hladiny nutrientů. Pokrm s vysokým obsahem...
|
|
|
The significance of extracellular DNA in osteoclastogenesis from peripheral blood precursors - in vitro study
Jelínková, Ivana ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Korabečná, Marie (oponent)
Úvod: Extracelulárna DNA (ecDNA) je bežnou súčasťou krvnej plazmy. Zvýšená hladina ecDNA sa v krvi vyskytuje u pacientov s niektorými autoimunitnými ochoreniami spojenými so zápalom, ako sú napríklad systematický lupus erythematosus, reumatoidná artritída alebo celiakia. Tieto choroby sú tiež spojené s vyšším rizikom vzniku osteoporózy. Kosť je dynamická štruktúra, ktorá prechádza neustálymi remodeláciami, za ktoré sú zodpovedné osteoblasty, osteocyty a osteoklasty. Vychýlenie ich rovnováhy môže viesť k patológiám, ako je napríklad osteoporóza. V tejto diplomovej práci sme sa zamerali na skúmanie ecDNA (zápalový faktor s preukázanými imunoregulačnými účinkami) a jej schopnosť meniť diferenciačný potenciál monocytov na osteoklasty a alternatívne tak spúšťať osteoklastogenézu. Materiál and metódy: Monocyty sme izolovali z periférnej krvi zdravých darcov a kultivovali v prítomnosti štyroch typov ODN, kontrolné (CO), stimulačné (ST), inhibičné (INH), telomerické (TLM), s fosfodiesterovými (-pO) alebo fosforotioátovými (-pS) kostrami počas dvoch týždňov, aby sme overili ich efekt na ľudské monocyty. Osteoklastogenézu sme vyhodnotili počtom osteoklastov spočítaných na svetelnom mikroskope, a ich aktivitu pomocou qPCR analýzy, kde sme analyzovali gény ACP5, CTSK, TLR9 a NFATc1. Výsledky: Pri testovaní -pO...
|
|
|
Role of inflammation in pathologic bone resorption in axial spondyloarthritis
Šebová, Eva ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Tencerová, Michaela (oponent)
Úvod: Axiálna spondyloartritída (axSpA), patrí medzi zápalové reumatické ochorenia. Je jedinečným modelom porúch remodelácie kostnej hmoty, pretože i keď jedným z hlavných diagnostických parametrov je miera kostnej novotvorby, zápal prítomný v tele pacientov zvyšuje riziko patologickej kostnej resorpcie, čo môže viesť k osteoporóze. Procesy patologickej resorpcie pri ax-SpA doposiaľ neboli úplne preskúmané, a to ako pri ochorení ako takom, tak ani pri jednotlivých formách ochorenia, teda pri nerádiografickej (nr-axSpA), rádiografickej axiálnej spondyloartritíde (r-axSpA) a ankylozujúcej spondylitíde (AS). Táto práca sa zaoberá vplyvom zápalového séra pacientov na proces diferenciácie osteoklastov z periférnych prekurzorov monocytov pacientov a zdravých darcov. Materiál a metódy: Monocyty separované z periférnej krvi buď pacientov axSpA , alebo zdravých darcov boli 14 dní in vitro stimulované sérom pacientov a paralelne sérom vekom a pohlavím zodpovedajúcich zdravých darcov. Osteoklasty boli vyhodnotené ako mnohojadrové, TRAP pozitívne bunky. Ich počty boli štatisticky spracované. Výsledky: Prostredie zápalového séra pacientov s axSpA stimulovalo osteoklastogenézu monocytov axSpA významne viac (P < 0,05) ako prostredie fyziologického séra v prípade, ak boli pridané exogénne cytokíny. Vo výsledkoch...
|
|
|
Marfanův syndrom, hlavní genetické příčiny
Šinknerová, Eliška ; Rothová, Olga (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
Tato bakalářská práce je rešerší odborných zdrojů týkajících se tématu Marfanova syndromu (dále také MFS), který prozatím nebyl v české odborné literatuře dostatečně popsán. Úvodní kapitoly se věnují všeobecným informacím a historii výzkumu MFS, jehož první popis byl zveřejněn v roce 1896 a další výzkum pokračoval do 90. let 20. století, kdy bylo středem zájmu mapování projevů a zjištění hlavních genetických příčin MFS. Výzkum nadále pokračuje do současné doby a je zaměřen na hledání konkrétních mutací způsobujích tento syndrom. Následně práce mapuje klinické projevy a symptomy jak klasického, tak neonatálního Marfanova syndromu, například projevy v mnoha tělních soustavách, jako jsou kosterní, kardiovaskulární, dýchací a další. Práce se zabývá rovněž procesem, který umožňuje Marfanův syndrom diagnostikovat. Těžiště práce spočívá v popisu molekulární podstaty tohoto syndromu a genetických aspektů. Podrobně popisuje gen FBN1 a různé typy mutací, které jsou zopovědné za vznik MFS. Pozornost je věnována také korelacím genotypu/fenotypu. Do této práce jsou také zahrnuty návrhy možností jak využít tematiku Marfanova syndromu ve výuce na středních školách a gymnáziích.
|
host ::
RSS.