|
|
Methods for fast sequence comparison and identification in metagenomic data
Kupková, Kristýna ; Škutková, Helena (referee) ; Sedlář, Karel (advisor)
Předmětem této práce je vytvoření metody sloužící k identifikaci organismů z metagenomických dat. Doposud k tomuto účelu spolehlivě dostačovaly metody založené na zarovnání sekvencí s referenční databází. Množství dat ovšem s rozvojem sekvenačních technik rapidně roste a tyto metody se tak stávají díky své výpočetní náročnosti nevhodnými. V této diplomové práci je popsán postup nové techniky, která umožňuje klasifikaci metagenomických dat bez nutnosti zarovnání. Metoda spočívá v převedení sekvenovaných úseků na genomické signály ve formě fázových reprezentací, ze kterých jsou následně extrahovány vektory příznaků. Těmito příznaky jsou tři Hjorthovy deskriptory. Ty jsou dále vystaveny metodě maximalizace věrohodnosti směsi Gaussovských rozložení, která umožňuje spolehlivé roztřídění fragmentů podle jejich příslušnosti k organismu.
|
|
|
Metagenomic analysis of child gut microbioma
Zourková, Tereza ; Škutková, Helena (referee) ; Bartoň, Vojtěch (advisor)
The thesis is focused on the influence of the metagenome on child growth and the reasons for the usefulness of investigating the consequences of changes in the human intestinal microbiome. It also describes the general problematics of the microbiome and the history of its studies. The composition of the human intestinal microbiome and the connection with the immune system or, for example, hormone production, are also described here. The thesis also contains information on some methods of metagenome analysis, namely microscopic methods using previous cultivation, mass spectrometry and sequencing methods. The data analysis procedure using various bioinformatics software, with which the data were appropriately pre-processed, is also described here. Filtered data in this way are ready for the following metagenome profiling, which is also described here. At the end of the thesis, the profiling results are evaluated, based on which the course of changes in the microbiome during the aging of the child are estimated, which is the main goal of this bachelor's thesis.
|
|
| |
|
|
Methods for fast sequence comparison and identification in metagenomic data
Kupková, Kristýna ; Škutková, Helena (referee) ; Sedlář, Karel (advisor)
Předmětem této práce je vytvoření metody sloužící k identifikaci organismů z metagenomických dat. Doposud k tomuto účelu spolehlivě dostačovaly metody založené na zarovnání sekvencí s referenční databází. Množství dat ovšem s rozvojem sekvenačních technik rapidně roste a tyto metody se tak stávají díky své výpočetní náročnosti nevhodnými. V této diplomové práci je popsán postup nové techniky, která umožňuje klasifikaci metagenomických dat bez nutnosti zarovnání. Metoda spočívá v převedení sekvenovaných úseků na genomické signály ve formě fázových reprezentací, ze kterých jsou následně extrahovány vektory příznaků. Těmito příznaky jsou tři Hjorthovy deskriptory. Ty jsou dále vystaveny metodě maximalizace věrohodnosti směsi Gaussovských rozložení, která umožňuje spolehlivé roztřídění fragmentů podle jejich příslušnosti k organismu.
|
guest ::
