|
DNA vazebné vlastnosti proteinů rodiny CSL ve Schizosaccharomyces pombe
Ptáčková, Martina ; Půta, František (vedoucí práce) ; Doležal, Pavel (oponent)
Transkripční faktory rodiny CSL (CBF1/RBP-Jκ/Suppressor of Hairless/Lag-1) jsou jako výkonná složka signální kaskády Notch podstatné pro mnohé vývojové procesy metazoálních organismů, ale mohou působit také nezávisle na Notch. V nedávné době byla jejich přítomnost prokázána v houbových organismech, které postrádají signalizaci Notch a také většinu známých metazoálních interakčních partnerů. Proteiny CSL jednobuněčné kvasinky Schizosaccharomyces pombe, Cbf11 a Cbf12, byly experimentálně určeny jako neesenciální jaderné transkripční faktory, které antagonistickým způsobem regulují buněčnou adhezi, produkci extracelulárního materiálu, morfologii kolonií, septaci a oddělování dceřiných buněk, koordinaci jaderného a buněčného dělení a udržování ploidie. Responzivní geny těchto faktorů dosud nejsou známé. V této práci byly predikovány geny S. pombe, jejichž promotorové oblasti představují možné přímé cíle pro vazbu proteinů Cbf. Vazba proteinů Cbf11, Cbf12 a také zkráceniny Cbf12∆N na vazebné elementy pro faktory CSL obsažené v regulačních oblastech vybraných genů S. pombe byla testována in vitro metodou EMSA a následně v případě proteinu Cbf11 in vivo metodou ChIP. Proteiny Cbf11 a Cbf12∆N sekvenčně specificky rozpoznávají vazebné elementy in vitro, ale jejich afinita, stejně tak jako jejich vazebné...
|
|
Význam rostlinných proteinů z podrodiny ABCB pro transport auxinu
Kubeš, Martin ; Zažímalová, Eva (vedoucí práce) ; Hejátko, Jan (oponent) ; Reinöhl, Vilém (oponent)
Polární transport auxinu poskytuje základní informaci o směru a poloze pro řadu vývojových procesů v rostlinách. Na buněčné úrovni je uskutečňován jak pasivní difuzí tak aktivním transportem prostřednictvím membránových proteinů - AUX1/LAX, PIN a ABCB. Cílem této disertační práce bylo charakterizovat roli ABCB1, ABCB4 a ABCB19 proteinů v polárním transportu auxinu s využitím transformovaných tabákových BY-2 buněčných linií. Ukázalo se, že lokalizace ABCB1, 4 a 19 proteinů na plazmatické membráně (PM) je nepolární. ABCB4 protein na PM byl po ošetření inhibitory auxinového transportu do buňky (1-NOA, 2-NOA a CHPAA) stabilnější; navíc využití ABCB4 buněčné linie pomohlo odhalit nové vlastnosti endocytotických markerů - FM barviv. Indukce ABCB19 proteinu vedla ke snížení akumulace 3 H-NAA s charakteristickým buněčným fenotypem, podobně jako u PIN7 overexprimované buněčné linie. Tento charakteristický fenotyp mohl být v případě PIN7 overexprimované buněčné linie zvrácen aplikací NPA jako inhibitoru transportu auxinu ven z buněk, zatímco v případě k NPA méně citlivé ABCB19 overexprimující buněčné linii ke zvrácení fenotypu nedošlo. Za důležité lze považovat, že se podařilo prokázat jedinečnou vlastnost ABCB4 proteinu: jeho duální koncentračně závislou funkci při transportu auxinu v kořenech Arabidopsis,...
|
|
Bordetella Adenylate Cyclase: Molecular Mechanism of Action and Its Use for Antigen Delivery
Kamanová, Jana
Název disertační práce: Adenylátcyklázový toxin bakterie Bordetella pertussis: molekulární mechanismus působení a jeho využití jako nosiče antigenů Autor: Jana Kamanová Souhrn První část této dizertační práce se věnuje molekulárnímu mechanismu působení adenylát-cyklázového toxinu (CyaA). Tento protein z rodiny RTX toxinů je sekretovaný gramnegativní bakterií Bordetella pertussis, která způsobuje infekční onemocnění nazývané černý kašel. CyaA hraje klíčovou roli ve schopnosti tohoto patogena kolonizovat sliznice horních cest dýchacích a to díky schopnosti potlačovat baktericidní funkce myeloidních fagocytujících buněk imunitního systému hostitele. CyaA se váže na integrin CD11b/CD18 (označovaný také jako CR3 nebo αMβ2) těchto buněk, vytváří v jejich buněčných membránách malé kation-selektivní kanály, a dopravuje do jejich cytozolu N-koncovou adenylát- cyklázovou (AC) doménu. Ta je po svém průniku do buněčného cytozolu aktivována navázáním eukaryotického kalmodulinu a katalyzuje velmi efektivní přeměnu ATP na cAMP, jednu z klíčových molekul buněčné signalizace. Tím dochází v napadených buňkách k nárůstu hladiny cAMP, což vyvolá rychlou ztrátu schopností fagocytózy pomocí Fc-receptorů a oxidativního vzplanutí těchto buněk. CyaA má unikátní schopnost přenášet svou AC doménu do cytozolu buněk přímo z...
|
|
Sestřih intronu TUB3i v buňkách mutantních v genu PRP45
Konířová, Jana ; Půta, František (vedoucí práce) ; Zimmermannová, Olga (oponent)
Protein Prp45 kvasinek Saccharomyces cerevisiae představuje esenciální faktor podílející se na sestřihu pre-mRNA. Již dříve byla v naší laboratoři připravena zkrácená verze genu PRP45, prp45(1-169), vykazující termosensitivní fenotyp. Tato práce se pokouší přispět k lepší charakterizaci této mutanty. Testovali jsem citlivost buněk prp45(1-169) k inhibitoru polymerace mikrotubulů benomylu a následně jsme zjistili, že nadprodukce Tub3 z plasmidu nalezenou citlivost mutant prp45(1-169) k benomylu potlačuje. Dále jsem se zabývali vlivem delece intronů z genů TUB1, TUB3 a COF1 na citlivost buněk prp45(1-169) ke zvýšené teplotě. Pomocí metody RT-qPCR jsme zjistili, že v důsledku mutace prp45(1-169) dochází k výraznému zvýšení hladiny pre-mRNA všech sledovaných genů což by mohlo znamenat, že sestřih v těchto buňkách je poškozen již před první transesterifikační reakcí.
|
|
Třískové hospodářství obráběcího stroje
Bílek, Vít ; Zbožínek, Adam (oponent) ; Holub, Michal (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá třískovým hospodářstvím obráběcího stroje a skládá se ze tří částí. V teoretické části je popsán mechanismus tvorby třísky, její tvar, teplota, technologické veličiny popisující třísku, třískové dopravníky, drtiče třísek, briketovací lisy a filtry řezné kapaliny. V další části je návrh třískového hospodářství pro výrobní úsek skládající se z šesti obráběcích strojů. V poslední části je konstrukční návrh a výpočet dopravníku třísek.
|
|
Synchronizace cirkadiánního systému během prenatálního a časného postnatálního vývoje
Houdek, Pavel ; Sumová, Alena (vedoucí práce) ; Novotná, Růžena (oponent)
Jednou z nemnoha vlastností společných takřka všem živým organismům je schopnost vytvářet a udržet endogenní rytmy, které jsou řízeny biologickými hodinami. Opakují-li se takové děje s periodou přibližně 24 hodin, mluvíme o rytmech cirkadiánních. Cirkadiánní hodiny řídí rytmy molekulárních, fyziologických i behaviorálních dějů a přizpůsobují jejich chod pravidelnému střídání dne a noci a změně roční doby. V případě savců je centrální oscilátor biologických hodin uložen v suprachiasmatických jádrech (SCN) hypotalamu a synchronizuje rytmy periferních oscilátorů uložených v buňkách ostatních tkání. Centrální oscilátor synchronizuje své rytmy s vnějším prostředím především skrze pravidelné střídání světla a tmy, ale mohou na něj působit i jiné podněty. Například, během prenatálního vývoje jsou fetální biologické hodiny v synchronizaci svých rytmů zcela odkázány na nesvětelné podněty vysílané mateřským organismem. Tato studie je zaměřena na zkoumání mechanismů komunikace mezi mateřským a fetálním centrálním oscilátorem. V práci je testována hypotéza, zda mateřský melatonin hraje významnou úlohu při zprostředkování synchronizace cirkadiánních hodin ve fetálních SCN. Navíc se práce zabývá také mechanismem, kterým by k této synchronizaci mohlo docházet na úrovni molekulárního mechanismu hodin v SCN....
|
|
Vliv různých potravin na viabilitu a růst probiotických bakterií
Vajglová, Klára ; Němcová, Andrea (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Cílem a zaměřením této práce bylo studium vlivu potravin a nápojů na viabilitu a růst probiotických bakterií. Vliv potravin a nápojů byl testován na monokulturách Lactobacillus acidophilus, Bifidobacterium breve a na směsné kultuře probiotických mikroorganismů. V experimentální části pak byly probiotické kultury inkubovány ve vybraných potravinách a nápojích. Následně pak byly podrobeny vlivům simulovaného trávicího traktu. U některých probiotických kultur docházelo i během inkubace v trávicím traktu k nárůstu viabilních buněk. Nárůst buněk vykazovaly potraviny, které obsahovaly vyšší obsah cukrů a tuků nebo jejich vhodnou kombinaci. Jejich nárůst byl v některých případech až čtyřnásobný. Na základě výsledků je možné říci, že směsné probiotické kultury mají lepší předpoklady pro udržení dostatečného množství viabilních buněk i během trávicího procesu a že probiotické mikroorganismy je lepší konzumovat během jídla než je jen s nápojem.
|
|
Biotypizace askomycetních kvasinek
Jurnečková, Alena ; Dudášová,, Hana (oponent) ; Stratilová, Eva (vedoucí práce)
Pro biotypizaci MALDI-TOF bylo vybráno celkem 84 izolátů kvasinek například z vody, rostlin, ovocných plodů nebo půdy. Veškeré kmeny byly kultivovány na sladinovém agaru a YPD médiu. Vzorky pro biotypizaci byly upraveny podle metody firmy Bruker Daltonik GmbH, Chemického ústavu SAV a kombinací obou těchto metod. Jednotlivé kmeny byly identifikovány na základě analýzy intracelulárních ribozomálních proteinů hmotnostní spektrometrií MALDI-TOF. V případě nejednoznačnosti výsledků byla u daných kmenů vyizolována DNA a sekvenována doména D1/D2 26S rRNA. Identifikace kmenů byla provedena srovnáním jejich hmotnostních spekter se spektry sekvenovaných kmenů v programu MALDI Biotyper 3.0. Výsledkem byly hodnoty skóre, na jejichž základě byla posouzena vzájemná podobnost kmenů. Z celkového počtu 84 kmenů, jich 18 bylo předem sekvenováno a sloužily tak jako vzorové kmeny pro porovnání s neznámými izoláty. Dohromady 51 kmenů bylo jednoznačně taxonomicky zařazeno do 18 fylogenetických skupin na úrovni druhu. Pro celkem 6 kmenů byla biotypizace hmotnostní spektrometrií MALDI-TOF opakována z důvodu nejednoznačnosti výsledků. U 15 kmenů nebylo taxonomické zařazení jasně určeno, a proto byly navrženy na sekvenaci domény D1/D2 26S rRNA. Pouze jeden kmen z celkového množství nebylo možné na základě sekvenování identifikovat, a proto byla izolace DNA opakována. V případě 8 kmenů byly výsledky sekvenování shodné s původně navrženým taxonomickým zařazením. Naopak zbylých 6 kmenů bylo identifikováno jako jiný druh. U 20 vybraných kmenů byly stanoveny základní charakteristiky pomocí mikrobiologických metod. Byl pozorován vzhled kolonií na tuhém médiu a také vzhled kultur v tekutém médiu. Dále pak byla stanovena konstanta radiálního růstu a přítomnost ureázy. V neposlední řadě bylo provedeno mikroskopické pozorování buněk a kvasná zkouška na sacharidových médiích.
|
|
Role proteinu Prp45 v expresi a zrání mRNA
Abrhámová, Kateřina ; Půta, František (vedoucí práce) ; Pichová, Alena (oponent) ; Janderová, Blanka (oponent)
Souhrn Prp45p ze Saccharomyces cerevisiae a Snw1p ze Schizosaccharomyces pombe jsou pro eukaryotní buňku nepostradatelné proteiny, které vykazují vysoký stupeň homologie se savčím transkripčním regulátorem a nestřihovým faktorem SNW/SKIP. Analyzovali jsme esenciální funkci těchto proteinů v obou kvasinkách a nalezli mutaci (prp45(1-169)), která u mutantního kmen s odpovídající chromozomální delecí způsobuje citlivost vůči vyšší kultivační teplotě a hypersenzitivitu vůči cykloheximidu, hydroxymočovině, látce calcofluor white a inhibitorům polymerizace mikrotubulů. Při kultivaci ve 30řC jsou tyto kvasinky často prodloužené, deformované a větší než wt. Po synchronizaci ve 37řC zastavují kvasinky prp45(1-169) svůj růst s dvojnásobným obsahem DNA. Zjistili jsme, že teplotní senzitivita kmene prp45(1-169) není překonána a hypersenzitivita vůči mitotickým jedům je jen částečně potlačena odstraněním intronu z genu TUB1. To odlišuje prp45(1-169) od těch mutant v sestřihových faktorech, jež vykazují na tubulinu závislý blok v G2/M fázi, který může být překonán pomocí verze tub1 bez intronu . Pomocí analýzysestřihu in vitro jsme zjistili, že sestřih optimálních substrátů není narušen. Porovnávali jsme stabilitu a obsah RNA mezi prp45(1-169) a wt kvasinkami při různých teplotách pomocí microarray analýzy. Expresi a...
|
|
Periferní cirkadiánní hodiny savců, jejich molekulární mechanismus a synchronizace
Polidarová, Lenka ; Kuthan, Martin (oponent) ; Sumová, Alena (vedoucí práce)
Mammalian circadian clock in peripheral organs, molecular mechanism and entrainment The circadian system controls timing of behavioral and physiological processes in most organisms. In mammals, central oscillator is located in the suprachiasmatic nuclei (SCN) of the anterior hypothalamus. Apart from the SCN, peripheral oscillators are located in numerous organs like liver, heart, lung, muscle, intestine etc. The central and peripheral oscillators need to be synchronized by external cues (Zeitgeber). The SCN coordinates and entrains the phase of the clocks in numerous peripheral tissues via neuronal and humoral signals. For the SCN, dominant synchronizer is external light-dark cycle. Peripheral oscillators are cell-autonomous, they could work also independently of the SCN as a consequence of a feeding cycle. The basic molecular core clock mechanism responsible for generating circadian rhythms in the central and peripheral clocks is composed of transcriptional/translational feedback loops between the clock genes and their protein products. The aim of the present thesis was to ascertain whether the clock gene and protein expressions exhibit circadian rhythms in the rat intestine and whether the core clock mechanism drives expression of a cell cycle regulator rWee1. Next aim was to reveal how the circadian...
|
host ::
