|
|
Vliv proteinu 14-3-3 na intradoménové interakce ubiktivin ligasy Nedd4-2
Pohl, Pavel ; Obšilová, Veronika (vedoucí práce) ; Žáková, Lenka (oponent) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
CZ Lidská ubikvitin ligasa Nedd4-2 (NEDD4L) ubikvitinuje široké spektrum membránových proteinů a receptorů a hraje tak klíčovou roli v udržování homeostázy organismu. Tento enzym je regulován fosforylací a následnou interakcí s proteiny 14-3-3, čímž je primárně ovlivněna schopnost proteinu Nedd4-2 interagovat s různými substráty. Jen velmi málo je však známo o molekulární podstatě této protein-proteinové interakce. V této práci jsme se zaměřili na biofyzikální charakterizaci úlohy jednotlivých fosforylačních míst a mapování strukturních změn Nedd4-2 způsobených vazbou proteinů 14-3-3. Naše experimenty za užití metod analytické ultracentrifugace odhalily, že k stabilní vazbě proteinu Nedd4-2 na proteiny 14-3-3 je zapotřebí primárně dvou fosforylačních míst Ser342 a Ser448 . Krystalová struktura komplexu 14-3-3ηΔC:Nedd4-2335-455 T367A poté odhalila simultánní vazbu obou fosforylovaných reziduí do vazebného žlábku proteinu 14-3-3. Modelování na základě dat z maloúhlového rozptylu rentgenového záření a chemického zesítění spojeného s hmotnostní spektrometrií nastínilo rozsáhlé strukturní změny v oblasti jednotlivých domén proteinu Nedd4-2. Vazba proteinu 14-3-3η blokuje doménu WW3 proteinu Nedd4-2 v centrálním kanálu proteinu 14-3-3 a zároveň mění vzájemné pozice domén WW2 a WW4. WW domény Nedd4-2 jsou...
|
|
| |
|
|
Role of RAD18 in ubiquitin signaling at DNA double-strand breaks
Palek, Matouš ; Macůrek, Libor (vedoucí práce) ; Čermák, Lukáš (oponent)
RAD18 je E3 ubikvitin ligáza, která se podílí na ochraně replikační vidličky před kolapsem způsobeným poškozenou DNA. Narušená funkce tohoto důležitého faktoru regulujícího replikaci byla popsána v souvislosti s některými lidskými nádory. Klinická relevance těchto zjištění však není známá. Cílem této práce bylo zhodnocení vybraných RAD18 variant nalezených u pacientů s nádory prsu a ovarií. Její výsledku ukazují, že RAD18 varianty vykazují defekty nejen v ochraně replikační vidličky, ale i v opravě dvouřetězcových zlomů. U této nekonvenční role RAD18 se ví, že je závislá na činnosti dalších ubikvitin ligáz, jak ale přispívá k samotné opravě zůstává záhadou. Dalším cílem této práce proto bylo osvětlení funkce RAD18 v opravě dvouřetězcových DNA zlomů homologní rekombinací s důrazem na jeho vztah s 53BP1. Výsledná data ukazují, že RAD18 kompetuje s 53BP1 o stejné vazebné místo a efektivně brání jeho akumulaci na poškozenou DNA, čímž podporuje resekci DNA. Tato antagonistická funkce RAD18 je vymezená jak prostorově (do okolí opravného centra) tak i časově (do S fáze). Navíc se zdá, že je regulovaná existencí dvou RAD18 komplexů. Potenciální modely vysvětlující tuto regulaci jsou diskutovány na konci této práce. Klíčová slova: RAD18, oprava dvouřetězcových zlomů, ubikvitinace, nádorové varianty, resekce...
|
|
|
Rakovinotvorný a metastatický potenciál nádorových buněk s nefunkčním ubikvitinačním komplexem CRL4
Slámová, Monika ; Procházka, Jan (vedoucí práce) ; Grantz Šašková, Klára (oponent)
Ubikvitinační komplex CRL4 (Cullin Ring Ligase) vzbuzuje velkou pozornost z důvodu jeho účasti ve fyziologických a patologických procesech, zejména při vývinu rakoviny. Je popsáno, že Cullin4 a/b proteiny slouží jako onkoproteiny u různých malignit. Vzhledem ke své roli v regulaci rakoviny byly identifikovány léky cílené na CRL4, mezi které patří thalidomid a jeho deriváty inhibující jeden ze substrátových receptorů komplexu, protein Cereblon. Adaptorový protein v CRL4 komplexu - DDB1, který se účastní mimo jiné oprav DNA, má také svou roli v rakovinných onemocněních, ale mechanismus této funkce dosud nebyl zcela objasněn. Předmětem této diplomové práce bylo studium dopadů vyřazení a potlačení funkce CRL4 komplexu v prostatické rakovinné linii LNCaP. Značně variabilní změny v proliferaci a migraci buněk byly pozorovány při ovlivnění funkce komplexu za použití látky thalidomid. Vytvoření buněčné linie LNCaP s podmíněně potlačenou funkcí DDB1 sloužilo ke studiu dynamiky nádorů v myším modelu. Výsledky ukazují, že potlačení funkce DDB1 má inhibující vliv na proliferaci nádorových buněk, ale zvyšuje jejich schopnost invazivity do přilehlých tkání. Úplné vyřazení genu DDB1 v linii LNCaP vedlo k buněčné letalitě. Variabilní a kontextuálně dependentní vlastnosti genu DDB1 v onkogenezi podněcují k dalšímu...
|
|
|
Dysregulation of E3 ubiquitin ligases in inflammatory bowel diseases
Armerová, Eliška ; Petrezsélyová, Silvia (vedoucí práce) ; Červená, Klára (oponent)
E3 ubikvitin ligázy jsou početnou rodinou enzymů, které se účastní mnoha buněčných dějů jako jsou opravy poškozené DNA, transport membránových proteinů, modifikace chromatinu, buněčný cyklus a apoptóza. Bylo dokázáno, že E3 ubikvitin ligázy se významně podílejí na udržování střevní homeostázy a jejich abnormální funkce spojená s jejich deregulací přispívají k zánětlivým onemocnění střev jako je ulcerózní kolitida a Crohnova choroba. V posledních letech bylo identifikováno díky GWAS přibližně 200 rizikových lokusů, které jsou náchylné k těmto onemocněním. Včetně těch kódujících E3 ubikvitin ligázy. Cílem této práce je porovnat již identifikované E3 ubikvitin ligázy spojené s těmito onemocněními a podat jejich přehled se zaměřením na regulaci střevní homeostázy. Klíčová slova: E3, ubikvitinace, idiopatické střevní záněty, střevní homeostáza, CD, UC
|
|
|
Deregulace E3 ubikvitin ligáz v zánětlivých onemocnění střev
Armerová, Eliška ; Petrezsélyová, Silvia (vedoucí práce) ; Červená, Klára (oponent)
E3 ubikvitin ligázy jsou početnou rodinou enzymů, které se účastní mnoha buněčných dějů jako je oprava poškozené DNA, transport membránových proteinů, modifikace chromatinu, buněčný cyklus a apoptóza. Bylo dokázáno, že E3 ubikvitin ligázy se významně podílejí na udržování střevní homeostázy a jejich abnormální funkce spojená s jejich deregulací přispívají k zánětlivým onemocnění střev jako je ulcerózní kolitida a Crohnova choroba. V posledních letech bylo identifikováno přibližně 200 rizikových lokusů, které jsou náchylné k těmto onemocněním, včetně těch kódujících E3 ubikvitin ligázy. Těch bylo aktuálně identifikováno 10. Cílem této práce je porovnat již identifikované E3 ubikvitin ligázy spojené s těmito onemocněními a podat jejich přehled se zaměřením na regulaci střevní homeostázi. Klíčová slova: E3, ubikvitinace, idiopatické střevní záněty, střevní homeostáza, CD, UC
|
|
| |
|
|
Efekt inhibice proteasomu na proteom Arabidopsis thaliana
Dufek, Martin
Proteazom se vyskytuje ve všech eukaryotních organizmech a jeho struktura je vysoce konzervovaná. Hlavní funkcí tohoto multi-proteinového komplexu je usnadnění proteinového obratu a degradace špatně složených, změněných, opotřebených, nebo nepotřebných proteinů. Degradace proteazomem je převážně závislá na kooperaci s komplexním systémem, který konjuguje ubikvitin k proteinům určeným degradaci. Proteazomová dráha je úzce spojena se signálními dráhami fytohormonů a jako taková může hrát významnou roli v růstu a vývoji rostlin. Tato bakalářská práce nazvaná "Efekt inhibice proteazomu na proteom Arabidopsis thaliana" se zabývá ubikvitin-dependentní proteazomovou dráhou se zaměřením na signalizaci fytohromonů. V experimentální části byl pozorován efekt inhibice proteazomu na proteom modelové rostliny Arabidopsis thaliana. Pomocí LC-MS profilování bylo sledováno více jak 1400 proteinů. Statistické zpracování umožnilo nahlédnout do molekulárních mechanizmů odpovědi na proteazomovou inhibici.
|
host ::
RSS.