|
|
Vyhledávání genů - webová aplikace
Stiborová, Lucie ; Koutný, Jiří (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Cílem bakalářské práce je vytvořit uživatelské rozhraní a naimplementovat samotnou webovou aplikaci se zaměřením na vyhledávání genů. Jedná se o výukovou aplikaci, kdy každý uživatel má možnost zadání vlastní sekvence nukleotidů, popřípadě vybrání předdefinovaného řetězce. Tato aplikace musí být schopna načíst, zpracovat a rozhodnout o existenci potencionální genu. Na základě jednoduché statistické metody předá výsledek zpět uživateli.
|
|
|
Predikce struktury kvadruplexu
Mikula, Adrian ; Lexa, Matej (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá způsobem vyhledávání a predikcí struktury kvadruplexů v sekvencích DNA. Jsou zde vysvětleny související pojmy, které jsou důležité pro pochopení funkcí kvadruplexů, jejich vlastnosti a možnosti geometrického uspořádání. Také jsou zde popsány současné metody, které umožňují vyhledávání a predikci struktur kvadruplexů a to jak fyzikálně-chemické, tak výpočetní. Je zde taky vysvětlen princip molekulárního modelování, který byl použit ve výsledné aplikaci. Součástí této práce je i návrh a popis implementace finálního řešení vyhledávání a predikce struktury kvadruplexů pomocí nástrojů AMBER Tools.
|
|
|
Srovnání úspěšnosti Siri, Cortany a Google
Procingerová, Lucie ; Černocký, Jan (oponent) ; Szőke, Igor (vedoucí práce)
Cílem této práce je porovnat úspěšnost překladu mluveného slova do textu s využitím několika služeb. Primárně se jedná o aplikace od společností Apple Inc., Microsoft Corporation a Google Inc., avšak je zde zahrnuto také několik dalších aplikací, dostupných převážně on-line. Tento dokument obsahuje popis zadaného problému, rozbor postupu provádění přepisu u jednotlivých služeb. Následně jsou rozebrány výsledky testu a porovnány s referenčními výstupy. Na závěr je uvedena diskuze těchto pokusů.
|
|
|
SNP
Orság, Michal ; Terén, Laco (oponent) ; Ambrůz, Jan (vedoucí práce)
Zámerom diplomovej práce bolo priblížit dianie po roku 1945, kedy nastalo obdobie spomínania v spolocnosti, ktoré slúžilo ako terapia, politika a estetika. Práce na spomienkach sa postupne pretavili, okrem iných veci, do pomníkov, ktoré pôsobia proti kolektívnemu zabudaniu.Vznikli miesta spomínania, ktoré sa vztahujú na historické udalosti i na súkromné príbehy. Partizánske pomníky tak posiali krajinu, v ktorej majú pripomínat v podstate neprítomné. Znovuspomínanie si, tak dostáva na povrch opät zabudnuté informácie, ktoré vytváraním logických súvislosti tvoria štruktúru. Táto štruktúra podlieha zmene, ktorej dopomáha prepisovanie a prekrývanie sa informácií v jednotlivých vrstvách štruktúry. Ani umenie sa nevyhýba spomínaniu a zabúdaniu, tematizuje ich a vytvára si stratégie, medzi ktoré je zahrnuté aj prepisovanie. Média aj individuá prepisujú prázdne miesta minulosti v súcastnosti, zbieraním a skladaním mozaiky, ktorá dovoluje napísat si vlastnú identitu.
|
|
|
Tolerance poškození DNA novými, biologicky aktivními komplexy platiny
Vystrčilová, Jana ; Vrána, Oldřich (oponent) ; Nováková,, Olga (vedoucí práce)
Protinádorová aktivita platinových cytostatik je spojována se schopností těchto látek interagovat s DNA. Platinové komplexy mohou změnit strukturu DNA modifikováním bází, zejména quaninů. Biologickým důsledkem takovýchto interakcí jsou změny v replikaci a transkripci. Komplex RNA polymerázy je zastaven v místě poškození DNA a tím označí lézi pro opravné proteiny, které se uplatňují v nukleotidové excizní opravě. Tento mechanismus opravy je spojován s odstraněním objemných DNA poškození z genomu. Hlavním cílem této práce bylo studovat toleranci poškození DNA způsobenými vazbou nových, biologicky aktivních komplexů platiny (II), které obsahují deriváty aromatických cytokininů jako ligandů; cis-[Pt (2-chlor-6-(4-methoxybenzylamino) - 9-isopropylpurin)2Cl2] (PR-001), cis-[Pt (2-chlor-6-(benzylamino)-9-isopropylpurin)2 Cl2 ] (PR-002) a cis-[Pt (2 - (3-hydroxypropylamino) -6 - (benzylamino)-9-isopropylpurin)2 Cl2] (PR-005). Byly připraveny konstrukty DNA, které obsahovaly jednu specifickou DNA lézi a promoterovou sekvenci pro lidskou RNA polymerázu II a bakteriofágovou T7 RNA polymerázu. Metoda přípravy konstruktu využívá polymerázové řetězové reakce (PCR) a biotin-streptavidin interakcí na paramagnetických částicích k purifikaci konečného produktu. Syntetické oligomery (75-mer, 56-mer a 15-mer) jsou ligovány na 5´-biotinovaný pCI-neo-G-less-T7 PCR fragment, kde 15-mer je buď nemodifikován nebo modifikován komlexem PR-005 a cisplatinou. Také byla studována inhibice RNA polymerázové aktivity na globálně modifikovaných plazminech pCI-neo a pUC19 novými platinovými komplexy a cisplatinou. Zjistili jsme, že bifunkční adukty komplexu PR-005 na rozdíl od aduktů PR-001 a PR-002 účinně snižují množství transkriptu plné délky syntetizovaných oběma polymerázami. Tento výsledek lze vysvětlit tím, že vnitrořetězcový můstek a velké aromatické neodstupující ligandy komplexu PR-005 tvoří pro polymerázy výraznou stérickou překážku.
|
|
| |
|
|
Adaptace hmyzu na chlad: role šokových proteinů z nadrodiny Hsp.
ŠTĚTINA, Tomáš
Šokové proteiny (Hsps) jsou evolučně konzervovanou skupinou proteinů. Hsps jsou známy pro svou unikátní schopnost opravovat nesprávně složené proteiny, jež by se jinak hromadily v buňce během stresových podmínek. Nejlépe prostudované jsou inducibilní Hsp70. Použili jsme larvy 3. instaru transgenního mutanta octomilky Drosophila melanogaster, který postrádá ve svém genómu všechny kopie genu hsp70. Posuzovali jsme: 1) zda-li absence tohoto genu ovlivňuje schopnost larev přežít chladový stres; a 2) zda-li nějaký jiný gen z rodiny Hsp s kompenzuje ztrátu hsp70. Zjistili jsme, že: 1) přežívání v chladu je u larev kmene u Hsp- shodné ve srovnání s divokým kmenem Hsp+; 2) žádný jiný gen z rodiny Hsps nekompenzuje ztrátu hsp70 na úrovni transkripce. V současnosti se zaměřujeme na analýzu odpovědi na chladový stres na úrovni proteinů.
|
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.