|
|
Tracing Microendolithic Ichnocenoses: A paleoecological and taphonomic approach over the Phanerozoic
Herenio Kerkhoff, Marta Leticia ; Holcová, Katarína (vedoucí práce) ; Skupien, Petr (oponent) ; Soták, Ján (oponent)
Fosilní záznam mikrobiální aktivity zvláště endolitických organizmů byl studován na šesti lokalitách z oblasti Západních Karpat v rozsahu od svrchního oligocénu po miocén (serraval). Tři lokality jsou z České republiky (Mikulov, LOM-1 a Hevlín), dvě ze Slovenska (DNV a LKŠ) a jeden vzorek je z Maďarska (tardské íly lom Rozalia). Hlavním cílem projektu bylo ověřit jak snížený obsah kyslíku ovlivní mikroendoliltické společenstva a celkovú mikrobiální aktivitu zaznamenanú v schránkách bentických foraminifer. Stupeň hypoxie byl vyjádřen poměrem oxických/dysoxických a hypoxických foraminifer definovaným jako "Benthic Foraminifera Oxygen Index", který poukázal na převahu dysoxických taxónů ve společenstvech se zřídkavými oxickými prvky. Dalším typem mikrobiální aktivity jsou biofilmy. Rentgenová spektroskopie (EDX) ukázala významné obohacení sírou, fosforem a železem ve vzorcích z biofilmů ve srovnání s okolitou horninou. Metoda pryskyřičné odlitků umožnila identifikovat ichnocenózy indikující dysfotickou až hluboce eufotickou zónu, s převahou mikrovrteb produkovaných zástupci skupin Chlorophyta, Rodophyta a heterotrofními organizmy. Mikrovrtby produkované sinicemi Euygonum nodosum a Scolecia filosa byly zjištěny na několika schránkách z lokality DNV, které musely být transportované z mělké fotické zóny....
|
|
|
Contributions to the taxonomy, biogeography, ecology and pathogens of parasites (Diptera, Acari) of Old World bats
Ševčík, Martin ; Benda, Petr (vedoucí práce) ; Stanko, Michal (oponent) ; Bartonička, Tomáš (oponent)
Disertační práce předkládá soubor příspevků řešících některé faunistické, biogeografické, taxonomické a fylogenetické problémy vybraných skupin parasitů netopýrů společně s průzkumem potenciálních pathogenů u některých zástupců těchto parasitů vázaných na netopýry Starého světa. V první části práce je zpracovaná taxonomie prostigmátních roztočů - sametek (Trombiculidae) - z nálezů z Eurasie a Afriky. Výsledkem detailního morfologického a morfometrického studia je popis pěti nových taxonů, patřících ke čtyřem rodům: Chiroptella, Grandjeana, Rudnicula a Trombicula. Výsledky zároveň revidují diferenciaci ve skupině Trombicula sensu stricto, sumarizují nálezy druhů jednotlivých rodů a korigují zařazení původně popsaných druhů v rámci jednotlivých rodů, s finálním výstupem vytvoření klíčů uvedených rodů. K této části je přiložený první náčrt výsledků studia vztahů sametek a netopýrů, představující popis specifických vazeb jednotlivých taxonů obou skupin. Doplňkově jsou zařazeny studie představující nové nálezy a morfometrické vyšetření larev sametek z netopýrů Indonesie a rovněž morfometrické údaje a morfologické porovnání mesostigmátních roztočů (Spinturnicidae) s popisem nymfálních stadií skupiny Spinturnix myoti z východní a jihovýchodní Evropy. Druhá část práce koriguje starší publikované údaje a...
|
|
|
Phylogeographic and systematic studies of selected bat taxa of the western part of the Old World
Uvizl, Marek ; Benda, Petr (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent) ; Csorba, Gabor (oponent)
Netopýři přitahují pozornost díky jejich pozoruhodným adaptacím, jako je schopnost letu a echolokace, prodloužená délka života, fenotypová diverzita atd. Jejich fylogeneze byla a je stále studována pomocí nejmodernějších molekulárních metod, ovšem mnoho druhů nebo druhových skupin stále čeká až budou molekulárně zrevidovány. Tato charakteristika platí zejména pro druhy s velkými areály výskytu nebo druhové komplexy s kryptickou diverzitou. Takové taxony může stále nalézt i v západní části Starého světa. Do této oblasti se řadí Evropa, západní Asie a Afrika a jako celek představuje přirozenou oblast výzkumu středoevropských (Českých a Československých) chiropterologů. Tato disertační práce je zaměřená na revizi fylogenetických a fylogeografických vztahů šesti méně studovaných druhů a/nebo druhových skupin netopýrů za použití jak molekulárních, tak morfologických metod. Mitochondriální a jaderné sekvence genetických markerů byly generovány pro více než 10 druhů a dále byly použity pro tvorbu fylogenetických stromů, haplotypových sítí a odhadu doby divergence námi studovaných druhů netopýrů. Mezi hlavní výsledky této disertační práce patří: (1) doplnění dat a tím upřesnění distribučních areálů druhů, které patří do druhového komplexu netopýra řasnatého (Vespertilionidae: Myotis nattereri) a to díky...
|
|
|
Kvasinky a víno
Palíková, Petra ; Vadkertiová, Renata (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá identifikací vinných kvasinek izolovaných z bobulí a moštu vinné révy. K izolaci byla použita bílá odrůda vína Sauvignon, které bylo pěstováno a vyráběno podle požadavků ekologického zemědělství. Odebrané vzorky byly zpracovány v laboratoři a pomocí zřeďovací metody byly získány čisté kultury jednotlivých kvasinek. Z těchto čistých kultur byla pomocí komerčního kitu UltraCleanTM Microbial DNA Isolation Kit vyizolována DNA, která byla použita k další analýze. Izolovaná DNA byla naamplifikována metodou PCR, za použití ITS1 a ITS4 primerů. PCR produkty byly detekovány elektroforeticky v agarozovém gelu. Naamplifikované vzorky, následně přečištěné, byly podrobeny restrikční analýze, ke které bylo použito pět restrikčních endonukleáz: HaeIII, HinfI, TaqaI, AluI a MseI. Vzorky po restrikční analýze byly opět elektroforeticky detekovány, vizualizovány pod UV detektorem a porovnány s obrazem štěpení sbírkově zařazených kvasinek. Dále byla srovnána similarita těchto izolátů a to za použití programu BioNumerics, kde jako kritérium podobnosti byly zvoleny Pearsonovy koeficienty a UPGMA klastrová analýza. Výsledkem je potom dendrogram genetické podobnosti izolovaných kvasinek.
|
|
|
Bioinformatic Tool for Classification of Bacteria into Taxonomic Categories Based on the Sequence of 16S rRNA Gene
Valešová, Nikola ; Hon, Jiří (oponent) ; Smatana, Stanislav (vedoucí práce)
This thesis deals with the problem of automated classification and recognition of bacteria after obtaining their DNA by the sequencing process. In the scope of this work, a new classification method based on the 16S rRNA gene segment is designed and described. The presented principle is constructed according to the tree structure of taxonomic categories and uses well-known machine learning algorithms to classify bacteria into one of the classes at the lower taxonomic level. A part of this thesis is also dedicated to the implementation of the described algorithm and evaluation of its prediction accuracy. The performance of various classifier types and their settings is examined and the setting with the best accuracy is determined. The accuracy of the implemented algorithm is also compared to several existing methods. During validation, the implemented KTC application reached more than 45 % accuracy on genus prediction on both BLAST 16S and BLAST V4 datasets. At the end of the thesis, there are mentioned several possibilities to improve and extend the current implementation of the algorithm.
|
|
|
Virtuální botanický herbář s podporou výuky
Semmler, Jiří ; Burget, Radek (oponent) ; Rychlý, Marek (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá analýzou, návrhem a implementací webového informačního systému pro správu virtuálního herbáře v prostřední střední školy. Stávající služby na trhu nenabízí žádnou variantu, kde by mohli studenti spolupracovat s profesory při tvorbě jejich virtuálních herbářů. Tato služba poskytuje platformu pro tvorbu vlastních sbírek fotografií rostlin s velkým důrazem na jejich zařazení do taxonomického systému, důkladný popis, kontrolu plagiátů a vzájemnou komunikaci studentů a učitelů.
|
|
|
Optimalizace metody PCR-RFLP pro taxonomické zařazení kvasinek
Olivová, Radana ; Vadkertiová, Renata (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá optimalizací metody PCR – RFLP pro taxonomické zařazení kvasinek. Konvenční metody pro identifikaci kvasinek jsou časově náročné. Molekulárně biologické metody založené na PCR slouží k rychlé a precizní identifikaci v porovnání s tradičními fenotypovými metodami. V této práci byla použita molekulárně biologická metoda PCR – RFLP, která bere v úvahu , že v ribozomální DNA kvasinek se opakují konzervativní nekódující oblasti(tzv. spacery), jež jsou charakteristické pro každý druh i kmen. Pomocí PCR se amplifikovaly specifické úseky DNA, které byly štěpeny restrikčními endonukleázami a získané fragmenty jsou identifikovány pomocí horizontální elektroforézy. V literární rešerši jsou zpracovány informace o kvasinkách, jejich taxonomii a molekulárně biologických metodách.
|
|
|
Code Characterization for Automated User Interface Generation
Kadlec, Jaroslav ; Slavík,, Pavel (oponent) ; Sochor, Jiří (oponent) ; Zemčík, Pavel (vedoucí práce)
This work presents novel approach to automation of user interface creation. A taxonomy based on data characterization was adopted and new taxonomy for code characterization is proposed. Taxonomy points most important aspects of data and code so that it can be used in a process of automated user interface creation. The taxonomy is platform independent and can be stored as a metadata in the application file or in a separate external file. A process of automated user interface creation based on the taxonomy is proposed and individual parts of the process are described in more detail. Presented taxonomy and process of user interface generation are demonstrated on examples.
|
|
|
Sledování vlivu použití autochtonní kvasinky při výrobě vína v podmínkách vinařství
Beníčková, Romana ; Vadkertiová, Renata (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá identifikací kvasinek metodou RFLP-PCR. Cílem práce bylo identifikovat kvasinky přítomné ve víně odrůdy Veltlínské zelené v průběhu kvašení. Identifikace byla provedena amplifikací 5,8S-ITS úseků DNA polymerázovou řetězovou reakcí pomocí primerů ITS1 a ITS4. Namnožená DNA byla podrobena restrikční analýze pomocí restrikčních endonukleáz HaeIII, HinfI a HhaI. Restrikční analýzou pomocí určitého enzymu dojde k naštípání amplifikovaného úseku DNA na specifické fragmenty charakteristické pro daný druh kvasinek. Ve studovaném víně bylo potvrzeno dominantní postavení autochtonní kvasinky Saccharomyces cerevisiae v celém průběhu kvašení. Další identifikované kvasinky přítomné ve studovaném víně byly rodu Pichia. Druhou částí diplomové práce bylo rozšířit používanou databázi o charakterizaci 28 typových kvasinek použitím RFLP-PCR analýzy. K posouzení genetické podobnosti byl využit program BioNumerics, který zpracoval výsledky UPGMA analýzou shluků s využitím Jaccardových koeficientů.
|
|
|
Nástroj pro predikci atributů životního stylu na základě metagenomických dat z tlustého střeva
Kubica, Jan ; Hon, Jiří (oponent) ; Smatana, Stanislav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá analýzou lidského mikrobiomu na základě metagenomických dat z tlustého střeva. Předmětem zkoumání je zastoupení bakterií na různých taxonomických úrovních v závislosti na životním stylu jedince. Byl vytvořen nástroj klasifikující jednotlivé atributy, jako jsou stravovací návyky (vegetarián, vegan, všežravec), citlivost na lepek a laktózu, body mass index nebo věk či pohlaví, s využitím metod strojového učení. Při implementaci byly zvoleny metody k nejbližších sousedů (kNN), náhodný les (RF) a metoda podpůrných vektorů (SVM). Data pro natrénování klasifikátoru a vyhodnocení byla čerpána z projektu American Gut. Práce se rovněž zaobírá problémy spojenými s danými datovými sadami, jako je mnoharozměrnost, řídkost, jejich kompoziční závislost a nevyváženost.
|
host ::
RSS.