|
|
RNA secondary structure conservation identification module for rPredictor
Pešek, Jan ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Škoda, Petr (oponent)
Porovnávání sekundárních struktur ribozomálních RNA je oblast, která je v současné době otevřeným výzkumným problémem. Tato práce se soustředí na vývoj programu porovnávajícího tzv. vzájemnou zakonzervovanost skupiny sekundárních rRNA struktur. Tento program je začleněn jako nový modul existujícího systému rPredictor, skládajícího se z databáze struktur a algoritmu pro predikci těchto struktur. Práce zahrnuje úvod do problematiky identifikace konzervovanosti sekundárních struktur a shrnuje známé přístupy k tomuto problému. Výsledkem práce je pak samostatně funkční program pro porovnávání konzervovanosti sekundárních struktur a dále nový analytický modul systému rPredictor, v jehož rámci lze pomocí implementovaného programu porovnávat sekundární struktury ze systémové databáze. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Doménová a strukturní charakterizace tyrozinových fosforylačních míst proteinů v nádorových buňkách
Vávra, Dan ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Brábek, Jan (oponent)
Fosforylace je důležitým mechanismem regulace funkce a aktivity proteinů. Fosforylace tyrosinu má zásadní roli v signálních drahách. U mnoha nádorových onemocnění byla zjištěna aberantní fosfotyrosinová signalizace. Má práce se zabývá charakterizací patologických vlastností tyrosinových fosforylačních míst v plicních a kolorektálních nádorech z hlediska aminokyselinové sekvence, sekundární struktury, doménové příslušnosti, exprese, výskytu u modelových organismů. To vše na základě literárních ůdajů a dat proteinových databází. Zjistil jsem, že v nádorech nevznikla nová fosforylační místa. α-helixy a β-listy jsou ve srovnání se smyčkami fosforylovány výraznou měrou. Nejvíce fosforylovány jsou kinázové domény a Annexin. V nádorech dochází ke změně exprese fosforylovaných proteinů. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Analýza vybraných sekundárních struktur nukleových kyselin
Skružný, Petr ; Mokrejš, Martin (vedoucí práce) ; Drda Morávková, Alena (oponent)
Práce představuje databázi experimentálně ověřených sekundárních struktur nukleových kyselin. Tyto struktury byly čerpány z dostupné odborné literatury. Databáze je anotovaná a struktury jsou analyzovány z hlediska kvality a ukázalo se, že experimentálně získaná data nejsou vždy dostatečná - velice často jich je vzhledem k délce struktury málo a kvalita publikovaných struktur není přesvědčivá. Zároveň práce diskutuje některé problémy se kterými se lze u experimentálně ověřených struktur setkat. Databáze byla dále porovnána s databází RFAM, vůči které přináší i přes svůj malý rozsah 80 nových struktur. Možným využitím databáze všech 166 struktur je testování a optimalizace programů určených k predikci sekundární struktury nukleových kyselin. Práce dále představuje některé možné směry zlepšení kvality obsažených struktur.
|
|
|
Měření konformačních vlastností nukleových kyselin
Hrazdilová, Ivana ; Renčiuk,, Daniel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá charakteristikou nejvýznamějších konformací nukleových kyselin. Kromě klasické B-DNA šroubovice popisuje i alternativní konformace A-DNA, Z-DNA, triplexu, nebo také guaninového, či cytozinového kvadruplexu. Dále je zde uveden přehled nejrozšířenějších metod používaných pro určení konkrétní konformace. Mezi metody uvedené v práci patří nukleární magnetická rezonance (NMR), metoda cirkulárního dichroismu (CD), rentgenová krystalografie, výpočetní metody, absorpční spektrofotometrie a její využití při analýze křivek tání. V prostředí MATLAB byl vytvořen algoritmus s grafickým uživatelským rozhraním pro analýzu křivek tání, který uživateli poskytuje termodynamické parametry, jako je mezní teplota a entalpie, určující stabilitu zkoumaného vzorku.
|
|
|
Vyhledávání kvadruplexů v DNA sekvencích
Sečka, Martin ; Lexa, Matej (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá vyhledáváním, vizualizací a filtrací sekvencí potenciálně tvořících kvadruplexy v sekvencích DNA. Ve spolupráci s Biofyzikálním ústavem AV ČR byla za tímto účelem vytvořena webová aplikace, která využívá nový algoritmus pro hledání všech možných umístění kvadruplexů v rámci zadané sekvence. Návrh a implementace tohoto algoritmu jsou také součástí této práce.
|
|
|
Webový server pro predikci sekundární struktury proteinů
Villem, Lukáš ; Očenášek, Pavel (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Tento diplomový projekt se zabývá problematikou predikce sekundární struktury proteinů. Po teoretickém úvodu následuje studie dostupných nástrojů, návrh a implementace webové aplikace, která kombinuje funkcionalitu několika webových nástrojů pro predikci sekundární struktury. Uživatel má možnost volit si počet využitých metod a vložit vybranou sekvenci jako prostý text nebo jako soubor ve standardním formátu. Získáním výsledků z vybraných nástrojů lze data konvertovat na unifikovaný formát, výsledek zobrazit uživateli a nad daty vytvořit vlastní predikci. Výsledná aplikace je testována a vliv jednotlivých nástrojů je upraven s cílem zvýšit úspešnost predikce. Výstupem aplikace je výsledek predikce, který je opět k dispozici jako text nebo soubor ke stažení.
|
|
|
Predikce struktury kvadruplexu
Mikula, Adrian ; Lexa, Matej (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá způsobem vyhledávání a predikcí struktury kvadruplexů v sekvencích DNA. Jsou zde vysvětleny související pojmy, které jsou důležité pro pochopení funkcí kvadruplexů, jejich vlastnosti a možnosti geometrického uspořádání. Také jsou zde popsány současné metody, které umožňují vyhledávání a predikci struktur kvadruplexů a to jak fyzikálně-chemické, tak výpočetní. Je zde taky vysvětlen princip molekulárního modelování, který byl použit ve výsledné aplikaci. Součástí této práce je i návrh a popis implementace finálního řešení vyhledávání a predikce struktury kvadruplexů pomocí nástrojů AMBER Tools.
|
|
|
Biodegradace environmentálních polutantů - krystalogeneze vybraného enzymu
JUNG, Jakub
Krystalizace je složitý kinetický proces, při kterém dochází k přeměně kapalného roztoku na pevnou látku. Poznání struktury makromolekulárních látek je nezbytné pro objasnění strukturně-funkčních vztahů. Halogenalkandehalogenasy jsou mikrobiální enzymy, které katalyzují hydrolýzu vazby uhlík-halogen v halogenovaných uhlovodících. Na základě této vlastnosti jsou tyto enzymy schopny odbourávat halogenované sloučeniny. Jelikož je životní prostředí hodně zatěžováno různými polutanty, je biodegradace nezbytný krok ke zkvalitnění životního prostředí. Halogenalkandehalogenas se mohou využít i jako biosenzory, jelikož dokáží detekovat kontaminaci halogenovanými uhlovodíky. Tato bakalářská práce se zabývá vlastním krystalizačním procesem halogenalkandehalogenasy DpcA izolované z organismu Psychrobacter cryohalolentis K5. Cílem práce bylo získat vhodné krystaly pro rentgenovou analýzu. Na začátku celého experimentu bylo nutné provést gelovou SDS-PAGE elektroforézu pro ověření čistoty proteinu. Na základě vysoké čistoty proteinu je možné provést krystalizačním experimenty. Bylo využito jak základních krystalizačních metod, tak i těch pokročilých. Výsledkem byly monokrystaly o vhodné kvalitě a velikosti, které by mohly být využity v dalších experimentech. Zejména by se jednalo o rentgenovou difrakční analýzu, díky které může být vyřešena atomární 3D struktura molekul. Jelikož mají halogenalkandehalogenasy nízkou aktivitu s halogenovanými substráty, tak by cílem proteinového inženýrství mělo být její zvýšení. Další výzkum by se pak měl zabývat modifikací substrátové specifity.
|
host ::
RSS.