|
|
Purifikace rekombinantních proteinů pomocí afinitní chromatografie
Zemek, Ondřej ; Mácha, Jaroslav (vedoucí práce) ; Hrdý, Ivan (oponent)
Izolace a purifikace rekombinantních proteinů je základním předpokladem pro studium jejich strukturních a funkčních vlastností. Mezi nejdůležitější metody, které jsou k tomuto účelu využívány patří afinitní chromatografie. V této práci jsou shrnuty v literatuře publikované vlastnosti a zkušenosti s využitím nejpoužívanějších afinitních tagů. Zde probrané tagy zahrnují:CBP, MBP, GST, polyhistidinové a polyargininové tagy, FLAG-tag, Strep-tag II a SpA a některé jejich modifikace. U jednotlivých tagů je probrán jejich původ a vlastnosti, vliv na formu a lokalizaci fúzního proteinu, způsob jeho vazby a eluce ze substrátu a možnosti jeho odstranění nebo využití v jiných metodách. Klíčová slova: afinitní chromatografie, rekombinantní protein, purifikace, afinitní tag
|
|
|
Charakterizace rekombinantního fragmentu protilátky proti znaku CD3
Písačková, Jana ; Maloy Řezáčová, Pavlína (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent)
Monoklonální protilátka MEM-57 rozpoznává antigen CD3, exprimovaný na T-lymfocytech periferní krve. Komplex membránových glykoproteinů CD3 asociuje s receptorem T-buněk a je zodpovědný za přenos aktivačního signálu. Protilátka MEM-57 má proto výrazný diagnostický a terapeutický potenciál. Mohla by být využita v diagnostice autoimunitních onemocnění, při klasifikaci T-buněčných leukemií nebo jako imunosupresivum při transplantacích. Nejslibnějším terapeutickým využitím protilátky MEM-57 by však byla konstrukce protilátkového fragmentu ve formátu BiTE (z angl. bispecific T-cell engager) pro léčbu rakoviny. Při konstrukci tohoto protilátkového formátu by byl jednořetězcový variabilní fragment protilátky MEM-57 (scFv, z angl. single-chain fragment, variable) spojen v jedné molekule s fragmentem scFv protilátky proti nádorovému antigenu. Tato práce je zaměřena na charakterizaci rekombinantního fragmentu scFv protilátky MEM-57. K heterologní expresi byl použit kmen E. coli BL21 (DE3) a vektor pET22b(+) kódující sekvenci pelB pro akumulaci produktu v periplasmatickém prostoru, vlastní rekombinantní protilátkový fragment scFv MEM-57, epitop c-myc a histidinovou kotvu. Byl vypracován dvoukrokový purifikační protokol zahrnující chelatační a ionexovou chromatografii, který poskytuje dostatečné množství...
|
|
|
Příprava vazebných partnerů 14-3-3 proteinů pro strukturní studie.
Kopecká, Miroslava ; Obšil, Tomáš (vedoucí práce) ; Teisinger, Jan (oponent)
Tyrosinhydroxylasa patří do skupiny hydroxylas aromatických aminokyselin a katalyzuje počáteční krok biosyntézy katecholaminových neuropřenašečů. Tento enzym má homoteramerní strukturu a skládá se ze tří strukturních domén: N-koncové regulační domény, katalytické domény a C-koncové tetramerizační domény. Aktivita tyrosinhydroxylasy je regulována fosforylací a regulací na úrovni exprese. Fosforylace Ser-19 umožňuje navázání proteinu 14-3-3, které ovlivňuje strukturu regulační domény a chrání ji před její defosforylací a degradací. Struktura regulační domény je stále neznámá, proto jsme se rozhodli pro její objasnění pomocí technik nukleární magnetické rezonance. Byl optimalizován expresní a purifikační protokol regulační domény tyrosinhydroxylasy. Protein byl exprimován jako fúzní protein obsahující histidinovou kotvu na N-konci polypetidového řetězce. Purifikace se skládala ze dvou kroků: z niklové chelatační chromatografie a gelové permeační chromatografie. Dynamický rozptyl světla a 1 H-NMR spektroskopie byly využity k ověření monodisperzity proteinu a jeho možného použití pro další experimenty.
|
|
|
Heterologní exprese NADPH:cytochrom P450 reduktasy
Stráňava, Martin ; Černá, Věra (vedoucí práce) ; Martínek, Václav (oponent)
NADPH:cytochrom P450 reduktasa (CPR) je flavoprotein o velikosti 78 kDa, který je spolu s cytochromy P450 součástí monooxygenasového systému vázaného v membráně endoplasmatického retikula. Monooxygenasový systém se účastní metabolizmu široké škály organických látek, včetně léčiv nebo různých polutantů přítomných v životním prostředí (polycyklické aromatické uhlovodíky, aromatické aminy aj.). CPR funguje jako přenašeč redukčních ekvivalentů z NADPH na příslušné cytochromy P450. Pro správnou interakci s cytochromy P450 je důležitá N-terminální hydrofobní doména kotvící protein v membráně. Odstranění této domény, např. trypsinovou proteolýzou, má za následek vznik solubilní CPR (72 kDa) a ztrátu katalytické aktivity vůči cytochromu P450. V průběhu heterologní exprese v bakteriích E. coli je proteolyticky labilní místo CPR (Lys56 - Ile57) cílem působení intracelulárních proteas s trypsinovou aktivitou, což může negativně ovlivnit výtěžky nativního 78 kDa proteinu. Předkládaná diplomová práce popisuje heterologní expresi, purifikaci a charakterizaci dvou forem potkaní CPR. Forma wtCPR představuje protein přirozeně se vyskytující v potkaním organismu (kmen Wistar), zatímco mCPR obsahuje aminokyselinovou substituci (K56Q) v místě proteolytické degradace. Výsledkem zmíněné substituce je proteolyticky...
|
|
|
Příprava expresních vektorů pro expresi helikasy z virů Zika a Dengue
Daňhelová, Kateřina ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent)
Viry Zika a Dengue se vlivem globalizace rozšiřují do všech kontinentů, které leží aspoň částí v tropickém a subtropickém pásu. S jejich rozšířením souvisí i vzestup vážných onemocnění způsobených těmito viry. Řešením tohoto problému mohou být nová léčiva, jež by byla účinná proti těmto infekcím. Jejich cílem zásahu mohou být různé virové proteiny, mezi nimi i virová helikasa, kterou se zabývá tato bakalářská práce. Tématem této práce bylo připravit expresní konstrukty pro produkci rekombinantních helikas virů Zika a Dengue prostřednictvím vhodného bakteriálního kmene Escherichia coli. Byly připraveny varianty odvozené od plasmidu pET-16b s vloženou helikasou virů Zika a Dengue. Následnou purifikací byla získána helikasa viru Zika, která bude dále využita pro výzkumné účely. Klíčová slova: Flavivirus, virus Zika, virus Dengue, helikasa, exprese, purifikace, enzymová aktivita
|
|
|
Příprava vybraných rekombinantních proteinů viru Aichi a dalších kobuvirů
Ludvík, Tomáš ; Bouřa, Evžen (vedoucí práce) ; Petrvalská, Olívia (oponent)
Virová 2Apro zastává mnoho důležitých funkcí v životním cyklu viru. Jedná se o proteasu, jež se podílí na štěpení virového polyproteinu v úseku VP1/2A. Struktura proteinu obsahuje tzv. aktivní místo, díky kterému dokáže protein vázat různé substráty v hostitelské buňce, což je esenciální pro virovou infekci. Pomocí 2Apro dokáže virus obejít imunitní odpověď hostitele a zastavit produkci klíčových hostitelských proteinů. Proto je proteasa 2Apro vhodný cíl pro zásah antivirotiky. V rámci této práce byly připraveny dva rekombinantní proteiny 2Apro z Aichi viru a Coxsackie viru B3. Jedná se o viry z rodiny Picornaviridae, které patří mezi lidské patogeny, jež v některých případech způsobují závažná onemocnění. Aichi virus je původcem gastroenteritidy a Coxsackie virus B3 v nejhorších případech způsobuje dilatační kardiomyopatii. Kardiomyopatie vede ke špatné funkci srdce důsledkem jeho rozšíření, čímž může dojít až k srdečnímu selhání. Klíčová slova: rekombinantní proteiny, 2Apro , Aichi virus, Coxsackie B3 virus
|
|
|
Ergothionein a mykothiol v biosyntéze linkosamidů
Seidlová, Bára ; Kameník, Zdeněk (vedoucí práce) ; Kopecký, Jan (oponent)
Specializované mikrobiální metabolity jsou popisovány jako nízkomolekulární bioaktivní látky, které svému producentovi neslouží pro růst, vývoj, ani reprodukci. Do této skupiny látek se řadí také linkosamidy, produkované převážně některými druhy bakterií z rodu Streptomyces. Součástí biosyntézy těchto antibiotik jsou mimo jiné dva nízkomolekulární thioly, ergothionein (ESH) a mykothiol (MSH). Mykothiol v této biosyntetické dráze figuruje jako zdroj síry, zatímco ergothionein tvoří s aminooktosovou jednotkou konjugát, který je jakožto substrát neobvyklého kondenzačního enzymu následně schopný vazby s enzymaticky aktivovanou aminokyselinou. Cílem této práce je izolace substrátu enzymu LmbD - linkomycinového biosyntetického konjugátu ESH a aminooktosy. Dalším cílem je pak studovat propojení metabolismu MSH a ESH s biosyntézou linkosamidů, konkrétně linkomycinu, celesticetinu a intervencinu, které jsou produkovány třemi různými kmeny. Bakteriální kmeny byly kultivovány v laboratorních podmínkách a k jednotlivým analýzám byly použity metody kapalinové chromatografie s UV a MS detekcí, jejichž konkrétní parametry byly vyvinuty a optimalizovány v rámci této diplomové práce. Výsledkem této diplomové práce je purifikovaný konjugát ESH s aminooktosovou jednotkou o hmotnosti 1,39 mg a čistotě 71,4 %. Dále se...
|
|
|
Depozice pomocí fokusovaného elektronového svazku
Juřík, Karel ; Zmeškal, Oldřich (oponent) ; Pospíšil, Jan (vedoucí práce)
V rámci této práce byla provedena série depozic pomocí fokusovaného elektronového svazku z trimethyl(methylcyklopentadienyl)platičitého komplexu v prostředí vodních par. Byla sledována závislost čistoty připravených materiálů na urychlovacím napětí svazku a tlaku vodních par. Bylo dosaženo maximálního obsahu platiny (27,2 ± 0,4) at. % (při urychlovacím napětí 5 kV, proudu svazku 1600 pA a tlaku vodních par 100 Pa). Po následném dlouhodobém vystavení atmosférickým vlivům (světlu, vzdušné vlhkosti a kyslíku) tato hodnota vzrostla až na konečných (39,2 ± 2,1) at. %.
|
|
|
Constant Current Chronopotentiometry as a Method for Detection of Singlet Oxygen Protein Damage
Ostatná, Veronika ; Vargová, Veronika ; Černocká, Hana ; Paleček, Emil
Proteins are one of the major targets for oxidative damage in the cell.Indirect non-radical oxidation of the protein via formation and subsequent reaction with single oxygen (O-1(2))is one of the major processes.In this work we studied the single oxygen(O-1(2))-mediated oxidation of bovine serum albumin (BSA) by constant current chronopotentiometry in combination with mercury electrode.Our chronopotentiometric data show that photo-oxidized BSA was more susceptible to the electric field-induced denaturation than non-oxidized native BSA. Our method utilizing intrinsic electrochemical signal of proteins provides a sensitive detection methods for minor damages in various proteins.
|
|
| |
host ::
RSS.