|
| |
|
|
Bakteriální toxiny působící na biologických membránách
Benešová, Anna ; Fišer, Radovan (vedoucí práce) ; Sýkora, Jan (oponent)
Kolicin E1 je dlouho studovaný bakteriální toxin patřící mezi tzv. pórotvorné koliciny. Mechanismus jeho působení spočívá v tvorbě póru v cytoplazmatické membráně citlivé bakterie příbuzné produkčnímu kmeni vedoucí k depolarizaci membrány a smrti buňky. Koliciny obecně lze považovat za prostředek boje o zdroje mezi příbuznými kmeny Escherichia coli a dalších Enterobacteriaceae. Nedávno se objevila hypotéza, že kolicin E1 neslouží k zabíjení příbuzných bakterií, ale je produkovaný uropatogenními kmeny Escherichia coli k zabíjení buněk močových cest. Dosud byly zřejmě vlastnosti kolicinu E1 popisovány nepřesně, dohromady s jeho jinou sekvenční variantou - nově pojmenovaným kolicinem E11. Kolicin E11 se podle hypotézy mohl vyvinout jako prostředek boje s ostatními bakteriemi střevní mikrobioty. Cílem této diplomové práce bylo porovnat pórotvorné vlastnosti kolicinu E1 a E11 pomocí měření na planárních lipidových membránách a liposomech různého lipidového složení. Z výsledků vyplývá, že oba koliciny tvoří póry podobného charakteru, co se týká jejich vodivosti. Zároveň jsou póry obou kolicinů slabě kation selektivní. Testování aktivity kolicinů na liposomech ukázalo vyšší aktivitu kolicinu E1 oproti kolicinu E11 na membránách napodobujících složením nejen savčí buňky, ale i cytoplazmatickou membránu...
|
|
|
Objasnění vlastností a struktury pórotvorné domény kolicinu U bakterie Shigella boydii
Dolejšová, Tereza
Kolicin U je protein produkovaný bakterií Shigella boydii. Řadí se do skupiny pórotvorných kolicinů, které interagují s receptory ve vnější membráně bakterií blízce příbuzných produkčnímu kmeni. Následně je kolicin translokován přes vnější membránu a periplazmu. Nakonec se váže do cytoplazmatické membrány, kde tvoří transmembránové póry, které tuto membránu depolarizují, a v důsledku pak způsobují zánik buňky. Pórotvorné vlastnosti kolicinu U zatím nebyly podrobně studovány, proto jsem se ve své práci rozhodla tímto tématem zabývat. Ukázalo se, že póry kolicinu U jsou pravděpodobně tvořeny jedinou molekulou kolicinu a jsou napěťově ovládané. Kromě toho, měřením s neelektrolyty bylo možné stanovit přibližný vnitřní průměr póru (0,7-1 nm) a také byl určen jeho teoretický vnitřní profil. V neposlední řadě se tato práce zabývá uspořádáním membránových α-helixů pórotvorné domény kolicinu U v otevřeném stavu. S využitím biotinylačního značení bylo zjištěno, že po otevření kolicinového póru, dochází k translokaci části pórotvorné domény na opačnou stranu membrány. Konkrétně se ukázalo, že aminokyseliny na pozici F463 a D486 (mezi α-helixy H2-H4) jsou po otevření póru přítomné na trans straně membrány. Na závěr se tato práce také zabývá vlastnostmi peptidu H1, který odpovídá části prvního α-helixu...
|
|
|
Objasnění vlastností a struktury pórotvorné domény kolicinu U bakterie Shigella boydii
Dolejšová, Tereza ; Fišer, Radovan (vedoucí práce) ; Krůšek, Jan (oponent) ; Osička, Radim (oponent)
Kolicin U je protein produkovaný bakterií Shigella boydii. Řadí se do skupiny pórotvorných kolicinů, které interagují s receptory ve vnější membráně bakterií blízce příbuzných produkčnímu kmeni. Následně je kolicin translokován přes vnější membránu a periplazmu. Nakonec se váže do cytoplazmatické membrány, kde tvoří transmembránové póry, které tuto membránu depolarizují, a v důsledku pak způsobují zánik buňky. Pórotvorné vlastnosti kolicinu U zatím nebyly podrobně studovány, proto jsem se ve své práci rozhodla tímto tématem zabývat. Ukázalo se, že póry kolicinu U jsou pravděpodobně tvořeny jedinou molekulou kolicinu a jsou napěťově ovládané. Kromě toho, měřením s neelektrolyty bylo možné stanovit přibližný vnitřní průměr póru (0,7-1 nm) a také byl určen jeho teoretický vnitřní profil. V neposlední řadě se tato práce zabývá uspořádáním membránových α-helixů pórotvorné domény kolicinu U v otevřeném stavu. S využitím biotinylačního značení bylo zjištěno, že po otevření kolicinového póru, dochází k translokaci části pórotvorné domény na opačnou stranu membrány. Konkrétně se ukázalo, že aminokyseliny na pozici F463 a D486 (mezi α-helixy H2-H4) jsou po otevření póru přítomné na trans straně membrány. Na závěr se tato práce také zabývá vlastnostmi peptidu H1, který odpovídá části prvního α-helixu...
|
|
|
Cytochrome P450 oxidoreductase: Structurally functional study. Molecular pathology of Antley-Bixler syndrome.
Tomková, Mária ; Martásek, Pavel (vedoucí práce) ; Mazura, Ivan (oponent) ; Králová, Jarmila (oponent)
ABSTRAKTNADPH-P450 oxidoreduktáza (POR) je membránový flavoprotein, který transportuje elektrony na široké spektrum hemoproteinů, řada z nich hraje podstatnou úlohu v metabolizmu xenobiotik a steroidů. Vzhledem k nezastupitelné roli POR v metabolismu léků je v posledních letech pozorován zvýšený zájem o analýzu genu POR, zejména v oblasti farmakogenomiky. Mutace v genu POR způsobují onemocnění, které souborně nazýváme POR deficience. Toto onemocnění se projevuje širokým spektrem fenotypových projevů sahajících od poruch steroidogenéze až po kosterní malformace známé jako Antley-Bixlerův syndrom (ABS). Cílem předložené práce je analýza genu POR u pacientů s podezřením na POR deficienci a poprvé v běžné české a židovské populaci. Analyzovali jsme 644 alel nepříbuzných českých jedinců a 1128 alel v populaci židovské, 330 alel Aškenázů, 798 alel Sefardů. Následně byl studován vliv vybraných nových genetických variant na aktivitu POR proteinu. Definovali jsme frekvence alel genu POR v obou populacích, popsali jsme 14 nových variant vedoucích k aminokyselinovým záměnám POR proteinu a prozkoumali jsme dvě z nich s cílem určit jejich vliv na aktivitu proteinu. Dostupnost struktury lidské POR umožnila modelování nově popsaných variant a popis defektu na molekulární úrovni. Analýza genu POR byla následně v laboratoři...
|
|
|
Uplatnenie symbiotických húb glomus pri produkcii modelových zástupcov zeleniny
Nedorost, Ľudovít
Dizertační práce se zabývá využitím mykorhizní symbiózy při pěstování zeleniny a zaměřuje se na zvýšení výnosu a kvality. V literární části jsou charakterizovány mykorhizní symbiózy. Dále se v práci popisuje arbuskulární mykorhiza (AM) symbióza. Je tu popsána biologie AM symbiózy, vliv minerální výživy a vliv biotických a abiotických stresů. Tento popis je doplněn o perspektivní využití AM symbiózy v zemědělství. Pokusná část je zaměřena na hodnocení rostlin inokulovaných arbuskulárními houbami. Experiment se realizoval jako nádobový pokus v kontejnerech (2009 -- 2011), kde byl podle potřeby upraven substrát a závlahová dávka. Souběžně probíhalo vícero pokusů se sadbou zeleniny. Hodnotily se výnosové parametry, ale i nutriční parametry jako vitamin C, celková antioxidační kapacita a obsah sušiny. Velmi významným ukazatelem bylo i hodnocení kolonizace kořene mykorhizní houbou. Byly použity různé druhy arbuskulárních hub, jako i kombinace AM hub se saprofytickými houbami. Výsledky byly statisticky zpracovány. Na základě zjištěných výsledků můžeme konstatovat, že mykorhiza měla za následek zvýšení výnosu rajčat a póru pěstovaných v nádobách. Nebyl zjištěn statisticky průkazný vliv žádného mykorhizního ošetření na sušinu. Při analýze vitaminu C a u celkové antioxidační kapacity byl taktéž zjištěn pozitivní účinek inokulace. Sadba rajčat a salátu byla totožně ovlivněná AM houbami. Celkově se dá experiment zhodnotit jako úspěšný, pozitivní účinek mykorhizní symbiózy se podařilo prokázat.
|
|
| |
|
|
Cytochrome P450 oxidoreductase: Structurally functional study. Molecular pathology of Antley-Bixler syndrome.
Tomková, Mária ; Martásek, Pavel (vedoucí práce) ; Mazura, Ivan (oponent) ; Králová, Jarmila (oponent)
ABSTRAKTNADPH-P450 oxidoreduktáza (POR) je membránový flavoprotein, který transportuje elektrony na široké spektrum hemoproteinů, řada z nich hraje podstatnou úlohu v metabolizmu xenobiotik a steroidů. Vzhledem k nezastupitelné roli POR v metabolismu léků je v posledních letech pozorován zvýšený zájem o analýzu genu POR, zejména v oblasti farmakogenomiky. Mutace v genu POR způsobují onemocnění, které souborně nazýváme POR deficience. Toto onemocnění se projevuje širokým spektrem fenotypových projevů sahajících od poruch steroidogenéze až po kosterní malformace známé jako Antley-Bixlerův syndrom (ABS). Cílem předložené práce je analýza genu POR u pacientů s podezřením na POR deficienci a poprvé v běžné české a židovské populaci. Analyzovali jsme 644 alel nepříbuzných českých jedinců a 1128 alel v populaci židovské, 330 alel Aškenázů, 798 alel Sefardů. Následně byl studován vliv vybraných nových genetických variant na aktivitu POR proteinu. Definovali jsme frekvence alel genu POR v obou populacích, popsali jsme 14 nových variant vedoucích k aminokyselinovým záměnám POR proteinu a prozkoumali jsme dvě z nich s cílem určit jejich vliv na aktivitu proteinu. Dostupnost struktury lidské POR umožnila modelování nově popsaných variant a popis defektu na molekulární úrovni. Analýza genu POR byla následně v laboratoři...
|
|
| |
|
|
Nové možnosti využití pozitivních mikroorganismů při pěstování zeleniny
Drobil, Ondřej
Cílem diplomové práce bylo shromáždění dostupných informací o vyžívání přípravků s mikroorganismy a pomocných půdních přípravků. V experimentální části bylo cílem dokázat vliv těchto přípravků na výnosové a nutriční parametry póru (Allium porrum L.) na půdě chudé na živiny. Jako odrůda póru byla zvolena podzimní odrůda Gevaria F1. Na modelové kultuře zeleniny se zkoumal vliv přípravků z mykorhizními houbami Glomus intraradices BEG140, G. claroideum BEG210, G. microaggregatum BEG56, G. intraradices S7, G. versiforme společně s kmenem Trichoderma harzianum 78. Dále přípravek s obsahem výluhu z řas a bakteriemi Azospirillum brasilense K2012 242/9 NCAIM (P) B.001403, Azospirillum largimobile K2012 B41 NCAIM (P) B.001402, Leuconostoc mesenteroides K2009 25/4 NCAIM (P) B.001372, Pseudomonas chlororaphis K2009 13/4 B NCAIM (P) B.001370, Pseudomonas lundensis K2009 9/4-B NCAIM (P) B.001371 a látka Fenyl-7, což je syntetická obdoba strigolaktonů. Pokus se realizoval na pozemcích firmy Richter Rasen Slovakia s.r.o. . Z vyhodnocených výsledků vyplývá, že aplikace přípravků neměla zásadní vliv na výnosové parametry póru. Tendence vyššího výnosu, i když statisticky neprůkazné, měla varianta kontrolní. U ostatních stanovovaných parametrů výnosu měla vždy neprůkazně vyšší hodnotu varianta kontrolní. Nejvyšší obsah sušiny dopadl nejlépe pro variantu obsahující mykorhizní houby a trichodermu. Hodnocena byla i antioxidační kapacita, nejvyšší naměřená hodnota byla v rostlinách kontrolních v porovnání s nejnižším obsahem u varianty řasy a bakterie a přípravku Fenyl-7. Obsah dusičnanů v rostlinném pletivu byl nejvyšší u kontrolní varianty. Obsah vitamínu C měla nejvyšší hodnotu u varianty kontrolní a nejnižší u varianty s mykorhizou a trichodermou. Míra kolonizace byla u varianty s mykorhizou 70,1 %, kontrolní varianta v tomto vyhodnocení dosáhla hodnotu 25,65 % míry kolonizace kořene. Ze zpracovaných výsledků nelze jasně vyvodit závěr, že přípravky měly vliv na hodnocené parametry v případě testování v písčitých chudých půdách.
|
host ::
RSS.