|
|
Systém pro vyhledávání chemických struktur
Ševčík, Ivan ; Rychlý, Marek (oponent) ; Křivka, Zbyněk (vedoucí práce)
Táto práca sa zaoberá problémom vyhľadávania štruktúr vo veľkých databázach chemických látok. Cieľom je návrh a implementácia efektívneho systému podporujúceho dva základné typy vyhľadávania, ktorými sú vyhľadanie identickej štruktúry a podštruktúrne vyhľadávanie. Okrem značného množstva záznamov v databázach komplikuje túto úlohu algoritmicky náročná, grafová reprezentácia chemických štruktúr. V rámci práce sú predstavené spôsoby, pomocou ktorých je možné tieto problémy úspešne riešiť. Súčasťou práce je aj vytvorenie webovej služby, ktorá vyhľadávanie sprístupňuje užívateľom.
|
|
|
Representation of chemical compounds and its utilization in similarity search
Škoda, Petr ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Brezovský, Jan (oponent) ; Modrák, Martin (oponent)
Běžnou součástí vývoje léčiv je virtuální screening, který využívá metod podobnostního modelování a vyhledávání. Tyto metody většinou nejsou specifické pro daný makromolekulární cíl, nabízí se tedy možnost implementace nových metod, jenž by se byly schopné na daný cíl adaptovat. Nové metody však trpí dalšími problémy jako je dostupnost či neodpovídajícím benchmarking. Hlavní potíže s benchmarkingem spočívají ve špatném výběru referenčních metod, nedostatečné reprodukovatelnosti výsledků a použití nestandardních datových sad pro testování. Tyto potíže jsou navíc běžné i u benchmarkových studií, jenž se zaměřují na standardizované porovnání metod. Z těchto důvodů nové metody nejsou schopny získat důvěru doménových expertů, kteří tak často pracují se staršími metodami. V této práci se zaměřujeme na výše uvedené problémy. Nejprve představíme nové adaptivní metody metody pro virtuální screening. Dále představíme námi navržený nástroj pro virtuální screening, jenž by měl zlepšit dostupnost nově navržených metod. Nakonec představíme naši benchmarkovací platformu a kolekci datových sad, jenž je použitelná pro reprodukovatelné hodnocení metod virtuálního screeningu.
|
|
|
Systém pro vyhledávání chemických struktur
Ševčík, Ivan ; Rychlý, Marek (oponent) ; Křivka, Zbyněk (vedoucí práce)
Táto práca sa zaoberá problémom vyhľadávania štruktúr vo veľkých databázach chemických látok. Cieľom je návrh a implementácia efektívneho systému podporujúceho dva základné typy vyhľadávania, ktorými sú vyhľadanie identickej štruktúry a podštruktúrne vyhľadávanie. Okrem značného množstva záznamov v databázach komplikuje túto úlohu algoritmicky náročná, grafová reprezentácia chemických štruktúr. V rámci práce sú predstavené spôsoby, pomocou ktorých je možné tieto problémy úspešne riešiť. Súčasťou práce je aj vytvorenie webovej služby, ktorá vyhľadávanie sprístupňuje užívateľom.
|
|
|
Využití simulovaného žíhání pro optimalizaci molekulárních otisků ve virtuálním screeningu
Filandr, Adam ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Kratochvíl, Miroslav (oponent)
Ligand based virtual screening může být realizován pomocí různých molekulárních reprezentací. Fragment-feature molekulární reprezentace reprezentuje molekulu jako množinu fragmentů, kde každému fragmentu přiřadíme vektor deskrip- torů. První cíl práce je najít vhodnou podobnostní funkci pro takovou reprezentaci. Tato reprezentace může být také vylepšena přiřazením vah jednotlivým deskriptorům, které jim udávají prioritu v dané podobnostní funkci. Druhým cílem práce je prozkoumat možnosti simulovaného žíhání jako algoritmu použitého k nalezení vah. Experimentálně analyzujeme vliv použití různých typů fragmentů, typů deskriptorů, podobnostních funkcí, korelovaných deskriptorů, fragmentového šumu a parametrů simulovaného žíhání. Jelikož jsou experimenty výpočetně náročné, vyrobíme také nástroj vhodný pro rozsáhlé výpočty. 1
|
host ::
RSS.