|
|
Vyhledáváni repetitivní DNA z nukleotidových sekvencí
Moskovská, Kateřina ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
V této práci je rozebrána problematika repetitivních DNA a algoritmů pro vyhledávání tandemových repetic. Tandemové repetice hrají důležitou roli v biologickém průmyslu. Slouží jako genetické markery pro tvoření genetických map, profilů DNA pro určování otcovství a ve forenzní oblasti. Dalším důvodem pro jejich vyhledávání je, že mají za následek několik závažných onemocnění člověka. Algoritmy pro jejich vyhledávání jsou proto předmětem mnoha studií. Algoritmy dělíme do dvou hlavních skupin – algoritmy porovnávající řetězce DNA a algoritmy založené na zpracování numericky reprezentované DNA. Úkolem této bakalářské práce je vybrat si zástupce z každé skupiny, navrhnout jejich realizaci a tu poté také předvést v programovém prostředí Matlab. Výsledkem práce by mělo být porovnání obou programů na základě vybraných kritérií s pomocí několika sekvencí. Těchto několik vybraných sekvencí budou mít za úkol tyto programy zpracovat a výsledky z těchto zpracování budou mezi sebou porovnány.
|
|
|
Conservation genetics of the grey wolf in Central Europe
Valentová, Kamila Anna ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Galov, Ana (oponent)
Tato práce se věnuje ochranářské genetice vlka obecného v České republice a okolních regionech. Dvacet jedna mikrosatelitů, gen pro amelogenin určující pohlaví a kontrolní oblast mitochondriální DNA byly použity k určení druhu, identifikaci jednotlivců a určení příbuzenských vztahů mezi nimi, analýze populační struktury a určení demografických trendů na základě vzorků sbíraných mezi roky 2014 a 2021. Genetická detekce vzorků lišek a psů, které byly původně nesprávně přiřazeny vlkům, ilustruje překážky terénního monitoringu vlka obecného. Nebyly zjištěny přímé důkazy výskytu F1 hybridů. Byla zaznamenána nižší diverzita alel u vlků z Čech v porovnání s vlky ze Západních Karpat, způsobená pravděpodobně následkem nedávné expanze. Geografické vzdálenosti mezi místy jednotlivých genetických záchytů v této studii byly relativně malé či střední, nasvědčující pravidelnému pohybu zvířat v rámci jejich domovských okrsků. Byly detekovány pouze dvě disperze na dlouhou vzdálenost přesahující 300 km. Výsledky analýz příbuzenských vztahů poukazují na přibližné rozložení smeček v zájmovém území. Většina příbuzenských vztahů byla odhalena v severním regionu České republiky, kde byla zaregistrována první smečka v roce 2014. V rámci zájmové oblasti byla identifikována středoevropská nížinná, karpatská a italsko-alpská...
|
|
|
Vývoj vnitrodruhové diverzity invazního patogenu olší Phytophthora ×alni
Pecka, Štěpán ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Sedlářová, Michaela (oponent)
Phytophthora alni s. l. (plíseň olšová, Peronosporomycetes: Stramenopila) je invazní patogen způsobující fytoftorovou hnilobu kořenů a krčků olší. Z Evropy je znám od 90. let, z ČR od roku 2001. V rámci druhového komplexu P. alni s. l. jsou známy tři druhy. V Evropě v současnosti nejrozšířenější triploidní Phytophthora ×alni (Phytophthora alni subsp. alni) vznikl hybridizací mezi druhými dvěma taxony. Analýzou mikrosatelitů byly v předchozích pracích objeveny desítky genotypů, kterým však dominoval genotyp jediný (Pxa-1) a většina ostatních genotypů z něj byla odvozená. Tyto práce se však rozcházely v tom, jestli zastoupení tohoto genotypu v čase narůstá, či klesá ve prospěch jiných genotypů. Tato diplomová práce porovnává změny populace P. ×alni v povodí Vltavy za posledních čtrnáct let, během kterých došlo na mnohých lokalitách k výraznému úbytku dostupných hostitelů tohoto patogenu. Pro určení multilokusových genotypů bylo využito 10 mikrosatelitů. Mezi 94 izoláty P. ×alni spolehlivě určenými na úroveň genotypu bylo 23 různých genotypů. Žádný z těchto genotypů, kromě dominantního, však nebyl nalezen na stejných lokalitách opakovaně. Byl patrný nárůst zastoupení dominantního genotypu (z 63 % na 86 %). Většina ostatních genotypů byla jen mírně odlišná od Pxa-1 (nejčastěji ztrátou heterozygozity)....
|
|
|
Evoluce karyotypu, pohlavních chromozomů a repetitivně uspořádaných genů u vybraných skupin araneomorfních pavouků
Voráčková, Diana ; Forman, Martin (vedoucí práce) ; Sadílek, David (oponent)
Pavouci (Araneae) jsou rozmanitou skupinou zajímavou pro studium cytogenetiky. Je pro ně charakteristická diverzita systémů pohlavních chromozomů. Nejběžnějším systémem je X1X20, kde X1X2 symbolizuje dva nehomologní X a 0 absenci Y. Přítomnost chromozomu Y u pavouků nebývá obvyklá a byla popsána hlavně u skupiny Synspermiata, pro které je pravděpodobně ancestrální systém X1X2Y. Pro objasnění evoluce tohoto systému u Synspermiata byly studovány karyotypy 10 druhů čeledi Sicariidae. 2n u samců se pohybovalo od 19 do 23. Všichni zástupci rodu Loxosceles měli X1X2Y, u rodu Sicarius byl objeven sekundárně vzniklý systém XY. Dále byla porovnána distribuce molekulárně cytogenetických markerů (genů pro 18S rRNA, 5S rRNA, histon H3, U2 snRNA) metodou fluorescenční in situ hybridizace (FISH). Tyto markery se nalézaly výlučně na autozomech, a to na jednom nebo dvou párech. Metodou FISH s celogenomovými sondami obou pohlaví byl zjištěn odlišný patern akumulace samčích specifických sekvencí na Y chromozomu u různých druhů. Chromozom Y byl u všech Sicariidae drobný. Velký Y s výraznou akumulací Y specifických sekvencí byl v předešlých pracích detekován u X1X2Y systému zástupce jiné synspermiátní čeledi, třesavky Pholcus phalongoides (Pholcidae). V rámci této práce dále byla testována hypotéza, že za zvětšení Y...
|
|
|
Population genetics of grey wolf in Western Carpathians
Veselovská, Lenka ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Suchomel, Josef (oponent)
Vlk je vrcholový predátor, ktorý hrá kľúčovú rolu pri udržiavaní ekologickej rovnováhy najmä v lesnatých habitatoch. Táto diplomová práca sa zaoberá populačnou štruktúrou a demografiou vlka dravého na Slovensku. Štúdia je založená na dátach z dvoch zimných sezón v rokoch 2017 až 2019. Zvláštna pozornosť sa venuje územiu Západných Karpát. Na slovenskom území sa areál vlka dravého môže rozprestierať až na 60 % celej oblasti. Štruktúra a početnosť vlčích populácii je ovplyvňovaná prirodzenými faktormi, ako je izolácia horských celkov, disperzia, i antropogénnymi vplyvmi ako fragmentácia populácií líniovými stavbami, zvýšená mortalita vplyvom dopravných kolízií a donedávna každoročnými kvótami na odstrel jedincov. Bol využitý prístup najmä neinvazívnej genetiky pomocou vybraných 10 jadrových mikrosatelitových markerov, markeru na detekciu pohlavia a mitochondriálnych sekvencií. Najskôr bola overená druhová príslušnosť vzoriek ku skúmanému druhu a pod štatistickou kontrolou bola prevedená filtrácia kvality dát. Pomer pohlavia u skúmanej vzorky bol 1:1,3 v prospech samcov. Na identifikáciu jedincov do haploskupín a následne do haplotypov, sme použili mitochondriálne markery. Pre popis populačnej štruktúry bola použitá Bayesiánska klastrovacia analýza mikrosatelitových dát pomocou programu STRUCTURE....
|
|
|
Prostorová molekulární ekologie medvěda hnědého v Západních Karpatech
Šrutová, Jana ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Hájková, Petra (oponent)
V dnešní lidmi pozměněné krajině jsou populace volně žijících zvířat častěji vystaveny ostrovnímu efektu a s tím souvisejícímu riziku ztráty genetické variability, která může vést až k extinkčnímu víru. Krajinná genetika zkoumá mikroevoluční procesy v populacích a jejich funkční vztah k prvkům krajiny. Propojení výsledků genetických analýz a výsledků habitatového modelování zkoumaného druhu pomáhá stanovit např. rozhraní vhodných prostředí nebo antropogenní bariéry genového toku v krajině. Analýza prostorové populační struktury volně žijících zvířat je důležitým nástrojem pro ochranu a manažment populací. Mezi lety 2019-2021 bylo na území Slovenska získáno 2172 převážně neinvazivních vzorků medvěda hnědého (Ursus arctos), přičemž majoritní část byla sebrána v západokarpatské oblasti. Pomocí mikrosatelitového panelu, který obsahoval 10 polymorfních lokusů a gen SRY na určení pohlaví, bylo identifikováno celkem 1036 genotypů, z toho 632 unikátních genotypů. Populace se jeví poměrně diverzifikovaná a zjištěná heterozygotnost je srovnatelná s jinými početně stabilními populacemi medvědů v Evropě. Pomocí programu STRUCTURE byla provedena bayesiánská klastrovací analýza, která slovenskou populaci rozdělila na tři, respektive čtyři subpopulace podle zvolené metody. Struktura populace byla dále analyzována...
|
|
|
Genetic analysis of dicyemid infrapopulations suggests sexual reproduction and host colonization by multiple individuals is common
FLEGROVÁ, Tereza
This study explores the infrapopulation structure of Dicyema moschatum in its host Eledone moschata with the use of microsatellite markers. In order to assess the infrapopulation diversity, set of eight microsatellite markers was selected and respective oligonucleotides were designed for this population genetics study. Fragmentation method was used to analyze various microsatellite markers and the results were analyzed in bioinformatic programs that focus on standard population genetic metrics. Obtained results proved to provide new information about D. moschatum mating system and infection strategy.
|
|
|
Molekulární demografie medvěda hnědého v Západních Karpatech
Tkáčová, Nikola ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Tkadlec, Emil (oponent)
Spolehlivé odhady velikosti populace jsou zásadním nástrojem pro efektivní druhovou ochranu a management. Tato práce si kladla za cíl stanovit pomocí neinvazivní genetiky odhad cenzní velikosti populace, genetickou variabilitu a populační strukturu medvěda hnědého (Ursus arctos) na Slovensku, které zahrnuje většinu západokarpatské populace. Během let 2019-2021 bylo získáno celkem 2172 vzorků. Jednalo se zejména o neinvazivní vzorky, především o vzorky trusu, které byly doplněny tkáňovými vzorky. Následně byla izolována DNA a amplifikováno 12 mikrosatelitových lokusů a lokus pro gen SRY jako pohlavní marker. Podařilo se určit 1036 genotypů, z toho 632 unikátních. Slovenská populace má poměrně vysokou genetickou diverzitu a vykazuje podobné hodnoty heterozygotnosti jako populacena území s dobrým stavem ochrany a celistvou krajinou. Na základě Bayesiánské klastrovací analýzy byla zkoumaná populace rozdělena do čtyř genetických klastrů, mezi nimiž pravděpodobně existuje určitá míra genového toku. Ve východní části Slovenska (Východní Karpaty) byl zjištěn pouze jeden klastr. Ve střední části Slovenska (Západní Karpaty) jsou zastoupeny všechny klastry. Poměr pohlaví (samci/samice) byl 1.006. U samců byla pozorována vyšší míra opětovných záchytů. Velikost populace byla odhadnuta pomocí přístupu...
|
|
|
Krasová polje východní Hercegoviny z perspektivy ryby rodu Telestes
Doulíková, Tereza ; Vukićová, Jasna (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent)
Oblast Dinárského krasu na Balkáně patří mezi centra diverzity s vysokým počtem sladkovodních endemických ryb. Hlavním důvodem vysokého stupně endemismu jsou četné paleoklimatické a geologické události, které měly vliv na formování celé oblasti. Toky krasových poljí Dinárské oblasti tvoří specifický ekosystém, kterému se některé druhy ryb přizpůsobily. Polje bývají pravidelně zaplavována, což vede k aktivaci různých podzemních cest a propojení poljí. Tyto ryby tráví část roku v povrchových a část v podzemních vodách a mohou využívat podzemní toky k migraci. Cílem této diplomové práce je zhodnotit genetickou variabilitu dvou endemických druhů ryb rodu Telestes žijících v krasových poljích v oblasti východní Hercegoviny a zjistit přítomnost genového toku mezi jednotlivými populacemi důsledkem spojení podzemních toků. Pro tento účel byla izolována DNA 102 jedinců z pěti různých lokalit. Pro analýzy byl použit mitochondriální marker cytochrom b a 16 mikrosatelitů. Výsledky poukazují na velmi nízkou genetickou variabilitu mezi druhy a populacemi. Analýza mitochondriálního markeru neprokázala propojení populací jednotlivých druhů, s výjimkou možného propojení populace Telestes metohiensis z řeky Mušnica s populací z řeky Zalomka, které sdílely jeden haplotyp. Jednotlivé populace jsou pravděpodobně velmi...
|
|
|
Genetická struktura mediteránních populací kaloně Rousettus aegyptiacus
Marešová, Tereza ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent)
6 Abstrakt Rod Rousettus představuje jediný rod kaloně, který se vyskytuje v Asii i v Africe a dosahuje severního okraje areálu čeledi. Toto neobvyklé rozšíření je spojeno se schopností echolokace, následným obýváním jeskyní a pravděpodobně s dalšími etologickými a termoregulačními adaptacemi k životu v poměrně chladném a suchém klimatu. Pro tuto studii byly použity metody k rozpoznání jednotlivých geneticky odlišných populací za účelem lepšího pochopení cest kolonizace a současného disperzního a migračního chování kaloně egyptského (Rousettus aegyptiacus) v Mediteránních a jim přilehlých oblastech. Moderními postupy populační a krajinné genetiky bylo analyzováno 553 jedinců ze 72 lokalit za použití 20 jaderných mikrosatelitů. Naše výsledky ukázaly významnou genetickou vzdálenost jedinců z východní Afriky a další dělení v severní části areálu. Výrazně se oddělují kyperské populace a pro vyšší K se dále vymezují kolonie z egyptských oáz. V rozporu s dosavadní taxonomií druhu je genetická blízkost populací z jihu Arabského poloostrova a ze Sinajského poloostrova. Naše zjištění upozorňují na roli mořských a pouštních oblastí jakožto bariér zabraňujících genovému toku a na vývoj populační struktury u kaloňů, která je v souladu s biogeografickými schématy známými v rámci dané čeledi i v dalších oblastech. Je...
|
host ::
RSS.