|
|
Dietní opatření při syndromu dráždivého tračníku
Leschinger, Alena ; Maruna, Pavel (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent)
Bakalářská práce se zaměřuje na dietní opatření při syndromu dráždivého tračníku. Cílem práce bylo zjistit stravovací zvyklosti pacientů s tímto onemocněním a vyhodnotit, zda dodržují dietní opatření, která jsou při tomto onemocnění doporučována, zjistit, jaký mají charakter obtíží a kdy se příznaky objevují, a zda jsou pacienti dostatečně edukováni ohledně dietních opatření. Tato práce vychází z hypotézy, že se pacienti nestravují dle dietních opatření, která jsou při tomto onemocnění doporučována, a proto se u nich symptomy vyskytují častěji. Výzkum probíhal pomocí dotazníkového šetření. Pacienti byli dotazováni na nejčastější projevy tohoto onemocnění, četnost symptomů, jejich stravovací zvyklosti, zkušenosti s dietami a také na míru informovanosti ohledně dietních opatření. Celkem bylo vyhodnoceno 32 dotazníků. Výsledky výzkumu ukazují, že se většina pacientů nestravuje podle dietních opatření. Důsledkem je jejich nízká informovanost ohledně dietních postupů. U většiny pacientů se symptomy vyskytují každý den nebo několikrát týdně. I když pacienti cíleně omezili některé potraviny, u kterých je známo, že mohou vyvolávat příznaky, je u nich přesto četnost symptomů vysoká. Klíčová slova: syndrom dráždivého tračníku, mikrobiom, dietní opatření, výživa, stres
|
|
|
Mechanismy stojící za nepoměrem pohlaví v prevalenci autoimunitních onemocnění
Ráček, Vojtěch ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Ciferská, Hana (oponent)
Studie prokázaly, že ženy mají obecně silnější imunitní odpovědi než muži. Na druhou stranu jsou díky tomu náchylnější k autoimunitním onemocněním a tvoří až 80 % pacientů. U žen dochází k procesu zvanému inaktivace chromosomu X, jehož výsledkem je epigenetické umlčení jednoho z chromosomů X. Některé X-vázané geny, například TLR7 a CD40L, tomuto mechanismu však mohou v určitých buňkách či tkáních uniknout. Výsledkem toho je nerovnoměrná exprese těchto genů mezi pohlavími, která napomáhá ke vzniku a náchylnosti k autoimunitním onemocněním, jako například systémovému lupusu erythematosus, revmatoidní artritidě a Sjögrenově syndromu. Dalším zajímavým faktorem vysvětlujícím toto nerovnoměrné zastoupení pohlaví je dlouhá nekódující RNA XIST, která je hlavním regulátorem procesu inaktivace. Tato RNA je klíčová pro vznik lupusu a společně s dalšími proteiny, které se podílí na epigenetickém umlčení jednoho z chromosomů X, tvoří ribonukleoproteinový komplex. Mnohé z proteinů tohoto komplexu jsou autoantigeny u celé řady autoimunitních onemocnění a mohou sloužit jako klinické ukazatele pro diagnózu těchto chorob. Ačkoliv mikrobiom a pohlavní hormony také hrají důležitou roli v rozvoji autoimunitních onemocnění, práce je zaměřena zejména na úlohu RNA XIST a unikajících genů. Klíčová slova: autoimunitní...
|
|
|
The influence of roots on the chemical properties of the apoplast and the rhizosphere
Puldová, Kristýna ; Fendrych, Matyáš (vedoucí práce) ; Šámalová, Markéta (oponent)
Chemické vlastnosti apoplastu a rhizosféry jsou zásadní pro vývoj a celkové zdraví rostliny. Apoplast zahrnuje prostor mimo plazmatickou membránu, včetně jeho obsahu jako je plyn, voda a rozpuštěné látky. Změny v jeho vlastnostech výrazně ovlivňují různé procesy. Jedním z nich je buněčný růst - prodloužení buněčných stěn závislé na pH. Rhizosféra je prostředí půdy v blízkosti a pod vlivem kořene. Je charakterizována abiotickými faktory, jako je přítomnost živin a toxických sloučenin. Také se jedná o prostor s vysokým zastoupením mikroorganismů. Rostliny mohou chemické vlastnosti apoplastu i rhizosféry výrazně ovlivňovat, aby zlepšily své podmínky pro růst. Tato práce shrnuje nejdůležitější mechanismy kořenů rostlin, které tyto chemické vlastnosti mění, se zaměřením na modelovou rostlinu Arabidopsis thaliana. Ukazuje, jak a kde jsou tyto mechanismy propojeny a jakým způsobem se vzájemně ovlivňují. Důraz je kladen na proces kořenového růstu a mechanismy zvyšování dostupnosti živin. Klíčová slova: apoplast, rhizosféra, H+ ATPáza, růst kořene, rhizodepozice, kořenové exsudáty, živiny, mikrobiom
|
|
|
Blechy jako hostitelé a přenašeči bakterií
Hovorková, Jana ; Hammerbauerová, Iva (vedoucí práce) ; Myslivcová Fučíková, Alena (oponent)
Blechy (Siphonaptera) jsou celosvětově významnými ektoparazity a přenašeči mnoha lidských patogenů. Mezi původce nejzávažnějších infekcí přenášené blechami patří Yersinia pestis, Rickettsia spp. a Bartonella spp. způsobující mor, rickettsiózy a bartonellózy. V této práci jsem se zaměřila na mikrobiom blech s důrazem na vzájemné interakce bakterií, které jsou blechami přenášeny nebo jsou ve vztahu ke svému blešímu hostiteli patogenní, mutualistické či komenzální. Složení blešího mikrobiomu může být ovlivňováno jak vzájemnými interakcemi jednotlivých bakterií, tak mnoha různými faktory, mezi které patří například druh a pohlaví blechy či jejího hostitele, vlhkost a teplota vnějšího prostředí či geografická lokalita.
|
|
|
Forenzní mikrobiologie
Stejskalová, Pavlína ; Vaněk, Daniel (vedoucí práce) ; Šneberger, Jiří (oponent)
Forenzní mikrobiologie je mladý obor, jenž vznikl v reakci na antraxové útoky ze září a října 2001, později známé jako Amerithrax. Tehdy bylo cílem forenzní mikrobiologie analyzovat mikrobiální důkazní materiál asociovaný s bioterorismem a biozločinem. S nástupem metabarkódování a nástupem sekvenování nové generace bylo možné rozšířit pole působnosti forenzní mikrobiologie. V současnosti se tento obor uplatňuje v monitorování životního prostředí, využití personalizovaného mikrobiomu pro účely forenzní identifikace, ve studiu vlivu mikroorganismů na rozkladné procesy, ve vyšetřování sexuálně motivované trestné činnosti, při archeologických a antropologických výzkumech, interpretaci výsledků forenzní toxikologické analýzy nebo objasnění příčiny v případech náhlého úmrtí. Klíčová slova: bioterorismus, bakteriologické zbraně, monitoring životního prostředí, mikrobiom, identifikace, PMI, stabilita forenzních vzorků, sexom, SIDS
|
|
|
Dashboard pro hodnocení výsledků metatranskriptomické analýzy nástroji bioBakery
Hýl, Jan ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Bartoň, Vojtěch (vedoucí práce)
Metatranskriptomická analýza poskytuje informaci o právě exprimovaných genech organismu v době odebrání analyzovaného vzorku. Rozmach zkoumání genů přišel s vývojem sekvenačních technologií a technologickým pokrokem. Tato práce pojednává o nukleových kyselinách a jejich významu v genetice. Zabývá se pojmy metatranskriptom, metagenom a mikrobiom. Popisuje metodu sekvenování od značky Illumina a představuje software vhodný pro metatranskriptomickou analýzu. Následně práce zahrnuje vytvoření testovacího datasetu, vytvoření dashboardu pro vizualizaci dat a vyzkoušení tohoto dashboardu na testovacím datasetu.
|
|
|
Mikrobiom sýru zrajícího pod mazem a jeho proměna v závislosti na jednotlivých fázích výroby
Jandová, Karolína ; Mikešová,, Martina (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Teoretická část popisuje sýry zrající pod mazem, dále se věnuje technologii výroby těchto sýrů s důrazem na vývoj mikrobiomu a popisuje jejich nejčastější žádoucí mikroorganismy a kontaminanty. Krátce se také věnuje legislativním požadavkům na mikrobiální nezávadnost těchto sýrů. V experimentální části je zkoumán vývoj mikrobiomu a kontaminace plísní sýru zrajícího pod mazem. Nejdříve byly ve výrobním závodu odebrány vzorky z jednotlivých kroků výroby. V první části bylo provedeno kultivační a mikroskopické vyšetření. V druhé části bylo ze vzorků izolováno DNA pomocí komerčního kitu a fenol-chloroformové extrakce. Spektrofotometricky byla stanovena koncentrace a čistota izolátů. Izoláty DNA byly použity jako matrice pro qPCR pro zkoumání stěžejního mikrobiomu a kontaminace plísněmi. V rámci kultivačního a mikroskopického vyšetření byly stanoveny očekávané bakterie, kvasinek bylo nalezeno několik druhů, oproti očekávaného jednoho. Byly nalezeny také kontaminace plísní. Pomocí molekulárních diagnostických technik byla prokázána přítomnost bakterií, kvasinek, plísní a rodů Brevibacterium a Candida.
|
|
|
Střevní mikrobiom a jeho změny ve vztahu k léčbě chronických onemocnění
Hurych, Jakub ; Cinek, Ondřej (vedoucí práce) ; Kolář, Milan (oponent) ; Falt, Přemysl (oponent)
Práce se zabývá reakcí střevního mikrobiomu na terapeutické intervence ve třech longitudinálních studiích u chronických onemocnění gastrointestinálního traktu: Crohnovy choroby, celiakální autoimunity a syndromu dráždivého tračníku. K tomu byly využity četné metody mikrobiomové analýzy stolice (zejména masivně paralelní sekvenování 16S rDNA či 18S rDNA a metagenomické sekvenování) s následnou bionformatickou a statistickou analýzou. U Crohnovy choroby jsme detekovali dosud nepopsanou sekundární povahu změn střevního bakteriomu po léčbě anti-TNF. U celiakální autoimunity, kde byl v předchozích pracích popsán efekt intervence probiotik na serologické markery nemoci, střevní bakteriom i metabolom, jsme popsali absenci významných změn na prospěšné střevní prvoky. U syndromu dráždivého tračníku jsme po podání čtyř dávek transplantace směsné mikrobioty pozorovali významnou reakci bakteriomu, avšak bez odpovědi na redukci klinických obtíží. Výsledky studií by mohly přispět k lepšímu poznání role střevního mikrobiomu v patogenezi těchto závažných onemocnění. Klíčová slova: mikrobiom, Crohnova choroba, celiakie, syndrom dráždivého tračníku
|
|
|
Tvorba biofilmu u probiotických kultur a možnosti jeho využití ve farmacii
Ryšávka, Petr ; Obruča, Stanislav (oponent) ; Vorlová, Lenka (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Práce byla zaměřena na vývoj adhezivní formy probiotik ve formě biofilmu na kombinovaných nosičích s prebiotickou složkou, druhá část práce byla věnována vlivu potravin na množení a přežívání vybraných typů probiotických bakterií. Dále byl sledován vliv individualizované probiotické suplementace na změny střevního mikrobiomu člověka. V první části práce byly vybrány a otestovány vhodné adherentní probiotické kmeny pro tvorbu biofilmu. Podařilo se zavést metody a otestovat různé varianty nosičů pro kultivaci a navázání bakterií. In vitro experimenty ověřily stabilitu biofilmu a jeho odolnost vůči nízkému pH, žluči a antibiotikům ve srovnání s planktonní formou. Rovněž byl sledován antimikrobiální efekt probiotických kmenů ve formě biofilmu. Kultivace multidruhového biofilmu na kombinovaném nosiči byla optimalizována a zároveň byla potvrzena stabilita biofilmu a finální životnost probiotických bakterií. Ve druhé části práce byl hodnocen vliv různých potravin a nápojů na životaschopnost probiotických bakterií důrazem na simulaci průchodu gastrointestinálním traktem. Byly testovány jak modelové roztoky (různé koncentrace alkoholu, cukru, soli, bílkovin a různé pH) tak různé druhy skutečných potravin a nápojů. Vliv potravin a nápojů byl testován na monokulturách Lactobacillus acidophilus, Bifidobacterium breve a na probiotických kapslích obsahujících smíšenou kulturu probiotických mikroorganismů. Přežití probiotik v různých potravinových matricích v simulovaném prostředí gastrointestinálního traktu bylo kvantitativně odlišné. Podařilo se definovat potraviny vhodné pro podporu množení probiotických bakterií. Poslední část práce byla zaměřena na cílenou úpravu střevního mikrobiomu individualizovanými probiotiky, kterábyla připravena na základě molekulárně biologické analýzy střevního mikrobiomu zaměřené na detekci procentuálního zastoupení laktobacilů, bifidobakterií a kmenů Firmicutes a Bacteroidetes. Personifikovaná probiotická suplementace potvrdila pozitivní efekt tohoto přístupu na změny mikrobiomu zejména na zvýšení obsahu laktobacilů, bifidobakterií a celkové diverzity mikrobiomu.
|
|
|
Tool for Visualization of Microbiome Data
Mišáková, Silvia ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Smatana, Stanislav (vedoucí práce)
This Bachelor's thesis focuses on the development of a new tool for the visualization of microbiome data. The developed tool uses Principal Component Analysis (PCA) and Principal Coordinates Analysis (PCoA) for dimension reduction. Bray-Curtis difference and UniFrac distance metric are used for distance matrix calculation. Then, the processed data is colored based on user-selected metadata. The results are presented by two types of graphs. The first is a bar chart and shows the proportion of each principal component. The second, scatter chart, visualize the final result of the required analysis. As part of the development of the tool, the possibility to download the calculated matrix and also a table of the first N main components calculated by the analysis were added.
|
host ::
RSS.