|
|
The Persistence of Human Polyomaviruses
Blažková, Kristýna ; Drda Morávková, Alena (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Navzdory mnohaletému výzkumu jsou i ty nejznámější Polyomaviry - BK a JC - stále záhadou. Vzhledem k objevení mnoha nových Polyomavirů - KIV, WUV, MCV, HPyV6, HPyV7, TSV a HPyV9 v průběhu posledních pár let se ještě zdůraznila důležitost výzkumu mechanismů, které Polyomaviry využívají ve svých hostitelích. Pravděpodobný způsob přenosu je buď skrze dýchací cesty nebo fekálně-orální. Počáteční infekcí lidé procházejí nejčastěji v raném dětství nebo v předpubertálním věku. Poté následuje celoživotní perzistence. Seroprevalence lidských Polyomavirů je mezi dospělou populací relativně vysoká: BKV (81-97 %), JCV (35-69 %), KIV (55 %), WUV (69 %), MCV (25-46 %) a TSV (70-80 %). Lidské polyomaviry mohou v imunosuprimovaných jedincích působit i smrtelná onemocnění. Místo perzistence v lidech pravděpodobně závisí na konkrétním Polyomaviru. U BK a JC virů je prokázána perzistence v ledvinách a močových cestách. Lidské Polyomaviry byly dále detekovány v lymfatických tkáních, krvi, dýchacích, močových a trávicích cestách, není ale jasné, zda ve všech těchto místech i perzistují. Mezi mechanismy, které Polyomaviry využívají k vytvoření a udržení perzistence, mohou patřit virové miRNA a virový agnoprotein, které modulují samotnou proliferaci viru i imunitní odpověď. Jsou tedy do určité míry schopné seberegulace.
|
|
|
The expression of miRNA in HPV-associated and HPV-independent head and neck tumors
Vojtěchová, Zuzana ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Hejnar, Jiří (oponent) ; Slabý, Ondřej (oponent)
Nádory hlavy a krku představují skupinu nádorů dvojí etiologie. První skupinou jsou nádory asociované s infekcí HPV, druhou skupinou jsou nádory nevirové etiologie, které jsou spojeny s dvěma hlavními rizikovými faktory, a tím je kouření a konzumace alkoholu. Z publikovaných studií je zřejmé, že HPV-pozitivní nádory se vyskytují častěji u mladších pacientů a zároveň tito pacienti vykazují lepší prognózu a celkové přežívání. Z tohoto důvodu je zvažována modifikace léčby na základě etiologie nádorového onemocnění. Nicméně je důležité zajistit specifický, citlivý a klinicky významný biomarker pro přesné určení etiologie nádoru. Vhodným kandidátem pro takové biomarkery jsou miRNAs, jakožto malé nekódující regulační molekuly, které jsou stabilní i v archivních vzorcích, a jejichž rozdílná exprese byla detekována v řadě lidských nádorů a je specifická pro nádory různého původu. Předkládaná práce je zaměřena na miRNA profilování v HPV-pozitivních a HPV-negativních nádorech krčních mandlí a nádorech děložního hrdla s cílem najít rozdíly v regulaci důležitých karcerogenních drah nádorů virové a nevirové etiologie. Naše výsledky ukazují velkou heterogenitu v expresních profilech miRNAs u těchto nádorů. I přes využití velmi dobře charakterizovaného a jednotného souboru vzorků jsme detekovali malý překryv...
|
|
|
Analýza miRNA u nádorů asociovaných s lidskými papilomaviry
Pagáčová, Lucie ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Papilomaviry jsou malé DNA viry, které jsou spojovány s indukcí epiteliálních nádorů. HPV je známý jako infekční agens způsobující téměř 100 % nádorů cervixu, ale může být též původcem karcinomů v dalších místech anogenitálního traktu či nádorů hlavy a krku mužů i žen. Aktivní infekce HPV navozuje změny exprese miRNA, které mohou dále přispívat ke vzniku a progresi nádorů. Je již známo, že papilomaviry nekódují své vlastní virové miRNA, ale mohou ovlivňovat expresi buněčných miRNA. V této diplomové práci jsem u vybraných typů epiteliálních nádorů (vulvy, cervixu, anu a tonsil) určila jejich etiologii. Výskyt miRNA v tkáních jsem otestovala pomocí sekvenování nové generace. Ze získaných dat jsem určila expresní profily deregulovaných miRNA ve vztahu ke zdravé tkáni příslušné lokalizace. Ačkoli byl analyzován dostatečný počet vzorků, z důvodu nepřítomnosti statisticky relevantních diferenciálně exprimovaných miRNA ve vulvárních nádorech pozitivních na HPV, nebylo možné prokazatelně určit HPV-core miRNA společné pro všechny testované nádory vyvolané HPV. Mezi nádory ostatních lokalizací jsem nalezla překryv ve třech miRNA. Jedna z těchto miRNA (miR-139-5p) a dále miR-9-5p, které jsem určila na základě studia ostatních publikovaných dat, byly následně vybrané pro funkční testování in vitro. U HPV...
|
|
|
Na velikosti záleží - biogeneze a funkce siRNA u Arabidopsis
Přibylová, Adéla ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Honys, David (oponent)
RNA interference (RNAi) hraje důležitou roli v různých biologických procesech zahrnujících regulaci genů a transposonů, vývoje částí rostlinného těla, reakci na stres, remodelaci chromatinu a antivirovou obranu. Základem RNAi jsou krátké molekuly RNA (malé RNA, sRNA), které rostliny produkují ve velikostním rozmezí 21 - 24 nukleotidů (nt) a které jsou schopny na základě komplementarity rozpoznat cílové molekuly RNAi. Malé RNA lze rozdělit na dva základní typy: microRNA (miRNA) a malé interferující RNA (siRNA). K tvorbě a aktivitě malých RNA jsou potřeba proteiny z několika genových rodin: DICER-LIKE (DCL) vytváří malé RNA z dvouvláknového RNA prekurzoru, který je často tvořen aktivitou RNA dependentní RNA polymerázy (RDR). Proteiny ARGONAUTE (AGO) s těmito malými RNA asociují a vytváří tak RNA-indukovaný umlčující komplex (RISC), který hraje klíčovou roli v rozpoznání cílové molekuly a ve výkonné fázi RNAi. Na to, jakou dráhou se bude RISC komplex ubírat, má vliv velikost, struktura i biogeneze malé RNA. RNAi působí jednak na post-transkripční úrovni (PTGS), formou degradace cílové RNA či blokováním translace, a jednak na transkripční úrovni (TGS), kde sRNA zprostředkovávají metylaci histonů a DNA.
|
|
|
The role of microRNAs in chronic lymphocytic leukemia
Moravec, Martin ; Hájek, Miroslav (vedoucí práce) ; Macůrková, Marie (oponent)
1 Abstrakt MikroRNA (miR, miRNA) je nově objevená skupina molekul (19-25 nukleotidů dlouhých), které regulují genovou expresi na post-transkripční úrovni buď zablokováním translace cílové mRNA, nebo degradací mRNA. Jako jedna ze součástí z mechanismu umlčování genů, miRNA se zapojují do buněčných procesů, jako například do procesu apoptózy, dělení a vývoje buněk a obrany proti virům. miRNA se v poslední době studují ve spojení k nemocem. Chronická lymfocytární leukémie (CLL) je jednou z nejběžnějších leukémií v západních zemích, která postihuje především starší lidi. V mojí práci se zaměřuji na vysvětlení funkce miRNA molekul a jejich vztah k chronické lymfocytární leukémii. Popisuji získáné poznatky o miRNA-15, miRNA-16, miRNA-143, miRNA-145 a miRNA-155 ve spojení k tomuto onemocnění. Na základě současných vědeckých článků diskutuji také potenciální roli miRNA-326 v CLL patogenezi.
|
|
|
Substrate cleavage by mammalian Dicer isoforms
Kubíková, Jana ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Pospíšek, Martin (oponent)
Hostitelské organismy vyvinuly řadu antivirových odpovědí, které rozpoznávají a potlačují virovou infekci. Jedním ze znaků virové infekce je i přítomnost dvouvláknové RNA v buňce. Jedna z drah odpovídajících na dvouvláknovou RNA je RNA interference, která představuje klíčovou složku antivirové obrany u bezobratlých živočichů a rostlin. Savci využívají pro obranu před viry odlišnou dráhu, která rozpoznává dvouvláknovou RNA, nazývající se interferonová odpověd. RNA interference funguje jen v savčích oocytech a raných embryonálních stádiích, ačkoliv potřebné enzymové vybavení se nachází ve všech somatických buňkách, protože je využíváno mikroRNA dráhou. Předchozí studie ukázala, že funkčnost RNA interference v myších oocytech souvisí s přítomností oocytární isoformy Diceru (DicerO ), jež je zkrácená na N-konci. V této práci jsem se zaměřila na zhodnocení, zda DicerO zpracovává substráty typické pro RNA interferenci účinněji než nezkrácená isoforma Diceru (DicerS ), která se nachází v somatických buňkách. Za tímto účelem jsem vyvinula protokol na purifikaci Diceru, abych získala obě myší isoformy Diceru o vysoké čistotě. Následně jsem otestovala jejich aktivitu v neradioaktivní enzymové analýze na různých substrátech se strukturními prvky charakteristickými pro substráty RNA interference. Získané výsledky...
|
|
|
Buněčnou smrt regulující microRNA a jejich role ve vývoji a patologickych procesech.
Běhounek, Matěj ; Anděra, Ladislav (vedoucí práce) ; Seifertová, Eva (oponent)
MikroRNA jsou malé protein nekódující dsRNA dlouhé ~22 nukleotidů. Jejich hlavní úlohou je potlačovat genovou expresi pomocí odstranění/destabilizace mRNA či její degradace. Tyto malé RNA hrají významnou roli v regulaci mnoha buněčných procesů a bylo zjištěno, že ovlivňují expresi více než 30 % lidských genů. Mezi procesy, na které mají vliv, patří i programovaná buněčná smrt. Třebaže je tato práce zaměřena zejména na analýzu a charakterizaci role miRNA v regulaci apoptotické buněčné smrti, miRNA se mohou účastnit regulace i autofagické buněčné smrti či programované nekrózy. MiRNA mohou zvyšovat citlivost buněk k apoptóze potlačením exprese genů receptorů smrti, ale mohou také působit přímo pro-apoptoticky regulací exprese např. anti- apoptotického proteinu Bcl-2. V mnoha různých organismech jsou popsány tisíce miRNA a desítky z nich se účastní regulace buněčné smrti. Špatná, či narušená funkce miRNA, a s tím související změna signálů v apoptóze, vede k mnoha patologickým procesům, například k tumorigenezi či špatnému vývoji a homeostázi tkání. Pochopení, jak miRNA funguje v buněčné smrti, a případná praktická aplikace těchto znalostí by mohlo vést k významnému pokroku v léčení rakoviny, infarktu myokardu nebo jiných patalogických stavů.
|
|
|
Využití cirkulujících miRNA jako biomarkerů v diagnostice a terapii revmatických onemocnění
Prajzlerová, Klára ; Filková, Mária (vedoucí práce) ; Hrnčíř, Zbyněk (oponent) ; Procházková, Leona (oponent)
Úvod: MikroRNA (miRNA) jsou malé nekódující jednořetězcové RNA podílející se na inhibici genové exprese na posttranskripční úrovni, čímž ovlivňují řízení všech buněčných funkcí. Jejich dysregulace se podílí na patogenezi onemocnění, včetně revmatických. MiRNA se mohou vyskytovat i extracelulárně v tělních tekutinách, čímž představují nadějný diagnostický a prognostický ukazatel. Cílem práce bylo analyzovat expresi miRNA jako potenciálních biomarkerů stadia a aktivity nemoci a predikci terapeutické odpovědi u dvou nejčastějších zánětlivých revmatických onemocnění: spondyloartritidy (SpA) a revmatoidní artritidy (RA). Výsledky: Prokázali jsme odlišnou expresi cirkulujících miRNA u pacientů se SpA, které se lišily podle závažnosti axiálního postižení a/nebo korelovaly s aktivitou nemoci. Míra poklesu cirkulující miR-145 v plazmě po 3 měsících léčby TNF inhibitory u pacientů s ankylozující spondylitidou predikovala dobrou terapeutickou odpověď a dosažení nízké aktivity nemoci po roce léčby. Hladiny cirkulující i buněčné miR-125b v periferních mononukleárních buňkách (PBMC) byly u neléčených pacientů s časnou RA nižší v porovnání se zdravými kontrolami a stoupaly po zahájení terapie. Exprese miR-125 v PBMC u těchto pacientů před zahájením léčby odlišovala pacienty s (ne)dostatečnou terapeutickou...
|
|
|
Novel bile acid derivatives as a promising therapeutic approach for liver and metabolic disorders
Štefela, Alžbeta ; Pávek, Petr (vedoucí práce) ; Vítek, Libor (oponent) ; Juřica, Jan (oponent)
V ČESKÉM JAZYCE Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Kandidát: Mgr. Alžbeta Štefela Školitel: Prof. PharmDr. Petr Pávek, PhD. Název disertační práce: Nové deriváty žlučových kyselin jako slibný terapeutický přístup jaterních a metabolických onemocnění Žlučové kyseliny (ŽK) jsou amfipatické steroidní molekuly, které, jak je obecně známo, usnadňují trávení a vstřebávání lipidů a látek rozpustných v tucích. Kromě toho, nedávný výzkum ukázal, že ŽK představují důležité signalizační molekuly zapojené do řízení lipidového, glukózového a energetického metabolismu a imunitní odpovědi. ŽK vykazují tyto role aktivací intracelulárních jaderných receptorů, jako jsou receptory farnesoidní X (FXR), pregnanový X (PXR) anebo vitaminový D receptory. Navíc, ŽK fungují jako endokrinní signální molekuly a aktivují řadu biologických kaskád prostřednictvím membránového receptoru spojeného s G-proteinem, nazývaného jako TGR5. V důsledku těchto zjištění, struktura ŽK byla extenzívně modifikována s cílem identifikovat sloučeniny se specifickým zaměřením na výše zmíněné receptory jako slibný terapeutický přístup k léčbě různých jaterních a metabolických poruch včetně cholestázy, biliární cirhózy, nealkoholické steatohepatitidy nebo cukrovky. Hlavním cílem této...
|
|
|
MicroRNA pathway activity in mammalian oocytes
Kataruka, Shubhangini ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Simard, Martin (oponent) ; Cochella, Luisa (oponent)
Proměna vajíčka (oocytu) na embryo je jednou z nejsložitějších vývojových událostí, během které se diferencované vajíčko promění v totipotentní zygotu. Během růstové fáze oocyt hromadí mRNA, proteiny a další molekuly dokud nedosáhne stavu plně vzrostlého oocytu, ve kterém se transkripce zastaví. Plně vzrostlý oocyt má schopnost dokončit meiozu, být oplodněn a aktivovat zygotický genom. V období transkripčního klidu mezi plně vzrostlým oocytem a aktivací zygotického genomu je proto posttranskripční kontrola genové exprese nesmírně důležitá. Studie posttranskripčních regulačních drah v myších oocytech odhalily, že v myších oocytech existují v jedinečné sestavě regulační mechanismy využívající malé RNA. Zatímco mechanismus endogenní RNA interference (RNAi) je nezbytný pro normální vývoj oocyt, mikroRNA (miRNA) mechanismus, který je přítomný prakticky ve všech buněčných typech, je víceméně neaktivní a pro růst, zrání a oplodnění oocytů postradatelný. Můj doktorský projekt byl zaměřen na zodpovězení otázky proč jsou miRNA v oocytu nefunkční. Jelikož plně vzrostlý oocyt je mimořádně velká buňka s proporčně velkým mateřským transkriptomem, můj výzkum se soustředil na změny stochiometrie miRNA: mRNA, ke kterým dochází od zahájení růstu k plně dospělému myšímu oocytu. Ukázalo se, že miRNA se neakumulují...
|
host ::
RSS.