|
|
Vliv mikroplastů na střevní mikrobiom žížal, jejich imunitní systém a metabolom
Flohrová, Tereza ; Cajthaml, Tomáš (vedoucí práce) ; Lišková, Petra (oponent)
Mikroplasty jsou velmi rozšířenými polutanty. Nachází se ve vodném, vzdušném i půdním prostředí. Mikroplasty se uvolňují přímo do půdy kupříkladu z mulčovacích fólií a textilií. V půdě se mikroplasty deponují a mohou mít negativní vliv na půdní mikrofaunu a makrofaunu. Žížaly jako ekosystémoví inženýři a půdní a střevní bakterie hrají významnou roli při biogeochemických cyklech biogenních prvků. Narušení funkce žížal, jejich střevních bakterií nebo bakterií půdních by mohlo mít dopad na celý ekosystém. V rámci této diplomové práce, byly žížaly Apporectodea sp. vystaveny mikroplastům z polypropylenové černé netkané textilie o koncentraci 1 g/kg půdy a 0,0265 g/kg půdy po dobu 14, 28 a 56 dní. Byla sekvenována DNA pro identifikaci bakterií ze střeva žížal, z obsahu žížalího střeva a z chovné půdy. Dále byla provedena necílená analýza metabolitů z žížalího těla a extrakce imunitních buněk z žížal pomocí tří rozdílných metod. Nebyly zjištěny žádné signifikantní změny způsobené přítomností mikroplastů v zastoupení bakterií ze střeva, obsahu střeva a půdy, ale byly detekovány statisticky významné změny v metabolomu. Ze žížal se nepodařilo izolovat dostatečný počet imunitních buněk na další analýzu. Z výsledků není možno jednoznačně prokázat, zda mají mikroplasty vliv na střevní mikrobiotu žížal a jaký...
|
|
|
Dynamic metabolomic prediction from genetic variation
Nemčeková, Petra ; Weckwerth, Wolfram (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Hordeum vulgare, like many other crops, suffers from the reduction of genetic diversity caused by climate changes. Therefore, it is necessary to improve the performance of its breeding. Nowadays, the area of interest in current research focuses on indirect selection methods based on computational prediction modeling. This thesis deals with dynamic metabolomic prediction based on genomic data consisting of 33,005 single nucleotide polymorphisms. Metabolomic data include 128 metabolites belonging to 25 Halle exotic barley families. The main goal of this thesis is to create dynamic metabolomic predictions using different approaches chosen from relevant publications. The created models can be helpful for the prediction of phenotype or for revealing important traits of Hordeum vulgare.
|
|
|
The modification of gut microbiota composition by dietary intervention: the effect of plant-based and western-type diet
Ďásková, Nikola ; Cahová, Monika (vedoucí práce) ; Beneš, Jiří (oponent) ; Tlaskalová - Hogenová, Helena (oponent)
Tato dizertační práce zkoumá vztah mezi stravou, střevní mikrobiotou a metabolickým zdravím. Konkrétně se zaměřuje na vztah mezi složením střevní mikrobioty a nepřenosnými metabolickými chorobami, jako je obezita a diabetes 2. typu (T2D). Cílem první studie je posoudit rozdíly ve složení a metabolismu střevní mikrobioty mezi zdravými štíhlými dlouhodobými vegany a omnivory. Studie ukazuje, že zatímco složení střevní mikrobioty se mezi oběma skupinami významně neliší, jsou zde významné rozdíly ve fekálním, sérovém a močovém metabolomu. Tyto rozdíly lze přičíst odlišné dostupnosti substrátů ve stravě, protože veganská strava je spojena s přechodem od proteolytického k sacharolytickému fermentačnímu programu. Naše výsledky podporují hypotézu o odolnosti i metabolické flexibilitě střevní mikrobioty u dospělých jedinců. Kromě taxonomických analýz zahrnuje tato disertační práce také metabolomiku pro vyhodnocení funkčních projevů střevní mikrobioty. Zavádíme novou metodu hodnocení schopnosti střevní mikrobioty produkovat prospěšné metabolity se specifickým zaměřením na syntézu butyrátu pomocí qPCR kvantifikace bakteriální butyryl-CoA:acetát CoA-transferázy. In silico jsme identifikovali lidské střevní bakterie, které jsou vybaveny but genem, navrhli jsme a ověřili šest sad degenerovaných primerů...
|
|
|
Dynamic metabolomic prediction from genetic variation
Nemčeková, Petra ; Weckwerth, Wolfram (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Hordeum vulgare, like many other crops, suffers from the reduction of genetic diversity caused by climate changes. Therefore, it is necessary to improve the performance of its breeding. Nowadays, the area of interest in current research focuses on indirect selection methods based on computational prediction modeling. This thesis deals with dynamic metabolomic prediction based on genomic data consisting of 33,005 single nucleotide polymorphisms. Metabolomic data include 128 metabolites belonging to 25 Halle exotic barley families. The main goal of this thesis is to create dynamic metabolomic predictions using different approaches chosen from relevant publications. The created models can be helpful for the prediction of phenotype or for revealing important traits of Hordeum vulgare.
|
|
|
The role of gut microbiome in the development of type 2 diabetes
Movsesian, Lilit ; Cahová, Monika (vedoucí práce) ; Funda, David (oponent)
Během posledních desetiletí bylo získáno mnoho dat dokazujících vliv střevní mikrobioty a metabolomu na rozvoj diabetu 2. typu a dalších metabolických poruch, jako je obezita. Tato bakalářská práce poskytuje přehled známých informací o tomto vztahu a klade si za cíl zdůraznit význam dalšího výzkumu pro objevení potenciální léčby. Zvažují se bakteriální taxony a metabolity nejvíce spojené s výskytem diabetu, stejně jako ty, které jsou spojeny se zlepšenou tolerancí glukózy a inzulínu. Práce také porovnává podobnosti, rozdíly a rozpory diskutovaných studií. Klíčová slova: diabetes 2. typu, obezita, mikrobiom, metabolom
|
host ::
RSS.