|
|
Vývoj nových izotopově značených sond pro relativní kvantifikaci proteinů
Procházková, Valérie ; Kukačka, Zdeněk (vedoucí práce) ; Vaňková, Pavla (oponent)
Objasnění struktury proteinů v živých organismech je důležitým krokem pro popis jejich úlohy v organismu. Jednou z metod strukturní biologie je chemické zesítění v kombinaci s hmotnostní spektrometrií, která je běžně používaným nástrojem pro charakterizaci terciální struktury proteinů nebo protein-proteinových interakcí. Tato metoda je založena na reakci síťovacího činidla, složeného ze dvou reaktivních skupin propojených raménkem o definované délce za vzniku kovalentní vazby. Hlavním cílem této práce bylo ověřit, zda je možné využít chemické zesítění v kombinaci s izotopově značenými činidly ke kvantifikaci dvou odlišných strukturních stavů. V práci byla využita činidla DSPU (disukcinimidyldipropionát močovina) a izotopově značená forma DSPUx. Činidla DSPU i DSPUx obsahují ve své struktuře labilní molekulu močoviny, která je při kolizně indukované disociaci štěpena na charakteristické fragmenty, díky kterým lze identifikovat zesítěné peptidy. Přístupy shora dolů a zdola nahoru bylo na vybraných proteinech (insulin, lidská karbonická anhydrasa a hovězí sérový albumin) zjištěno, že činidla DSPU a DSPUx interagují s vybranými peptidy a proteiny a jsou vhodná pro jejich kvantifikaci. Na modelu myoglobinu byly následně sledovány strukturní rozdíly v jeho dvou konformačních stavech, v přítomnosti hemu...
|
|
|
Jaderné receptory v regulaci genové exprese, vývoje a metabolismu Caenorhabditis elegans.
Yilma, Petr ; Kostrouch, Zdeněk (vedoucí práce) ; Pompach, Petr (oponent) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
4 Abstrakt Genetické regulační mechanismy genové exprese podmiňují správný vývoj, funkci a odpověď na potřeby organismu ve vztahu k proměnlivým životním podmínkám. Jsou však relativně pomalé. Životní procesy vyžadující rychlou odpověď na změny prostředí a metabolismu jsou z velké části prováděny na úrovni proteinů, především jejich posttranslačních modifikací a protein-proteinových interakcí. Cílem experimetnální práce spojené s touto disertací bylo využití modelového systému Caenorhabditis elegans ke studiu regulace genové exprese transkripčními faktory ze skupiny jaderných receptorů. Modelový systém C. elegans nabízí velmi výkonné experimetnální přístupy především v oblasti genetiky, genomiky a funkční fenotypické analýzy. V práci spojené s touto disertací jsem studoval regulaci genové exprese za experimantálních podmínek z hlediska funkční proteomiky a zaměřil jsem se na využití separačních metod a metod pokročilé proteomiky, především hmotnostní spektrometrie. V první části práce jsem charakterizoval jaderný receptor NHR-60 na úrovni proteinu. Tento jaderný receptor je exprimován ve dvou proteinových formách o velikosti 50 kDa a 64 kDa, které jsou s různou intensitou detekovány v materiálu z kultur C. elegans a to přes to, že na úrovni mRNA je nhr-60 exprimován ve formě jediné mRNA odpovídající proteinu...
|
host ::
RSS.