|
|
Identifikace organismů pomocí analýzy nukleotidových denzitních vektorů
Maděránková, Denisa ; Babula, Petr (oponent) ; Schwarz, Daniel (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Většina metod pro analýzu genomických dat pracuje se sekvencemi v jejich symbolickém zápisu. Genomické sekvence lze považovat za formu biologického digitálního signálu, který je možné analyzovat metodami zpracování digitálních signálů. Sekvence v symbolickém zápisu však musí být před zpracováním převedeny do vhodného numerického formátu. Tato dizertační práce představuje metodu numerické reprezentace genomických dat, nukleotidové denzitní vektory, a jejich využití k molekulární identifikaci organismů. V současnosti populární DNA barcoding je přístup molekulární identifikace organismů na základě porovnávání krátkých sekvencí určitého úseku mitochondriálního genomu. V této dizertační práci navržená metoda identifikace organismů na základě porovnávání nukleotidových denzitních vektorů byla testována na rozsáhlém souboru DNA barcodingových sekvencích. Navržený způsob identifikace do druhů byl dále rozšířen a otestován na vyšší taxonomické skupiny jako je čeleď. Dále také byly pro testovací data zkonstruovány a porovnány dendrogramy ze standardně používaných evolučních vzdáleností a vzdáleností mezi nukleotidovými denzitními vektory.
|
|
|
Analýza mitochondriálních genů živočichů pro DNA barcoding
Brabencová, Klára ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato diplomová práce obsahuje literární rešerši na téma mitochondriální genom a DNA barcodingu. Praktická část se zabývá sestavením datasetu mitochondriálních sekvencí z databáze GenBank a vytvořením funkce pro extrakci jednotlivých genů, které jsou obsaženy v mitochondriálním genomu. Tato funkce byla vytvořena v programovém prostředí Matlab. DNA barcoding je metoda, která vytvořením čárového kódu života přiřadí každému živočišnému druhu na Zemi jeho specifickou a unikátní značku, podle které by mohl být daný jedinec snadno a rychle identifikován. Neexistuje ucelená práce zkoumající vhodnost jednotlivých mitochondriálních genů. Proto tato práce zkoumá potenciály ostatních mitochondriálních genů a hodnotí jejich účinnost pro DNA barcoding výpočtem jejich vnitrodruhových a mezidruhových variabilit.
|
|
|
Návrh a implementace systému rozpoznávání druhů kobylek na základě jejich zvukových projevů
Schwarz, Jan ; Peterek, Nino (vedoucí práce) ; Hlaváčová, Jaroslava (oponent)
Ze strany biologů vzešel nápad na vytvoření systému na rozpoznávání druhů kobylek podle stridulací nahraných v terénu. V této práci se zabýváme rozlišením prozatím pěti druhů kobylek vyskytujících se na území České republiky za pomoci volně dostupného nástroje na rozpoznávání řeči HTK. Kromě samotného akustického modelu je součástí práce i internetové rozhraní, které pořízenou nahrávku vyhodnotí a výsledek zaznamená pro další zpracování. V současné fázi máme vytvořený model založený na omezeném počtu trénovacích nahrávek, který dává uspokojivé výsledky. Internetové rozhraní nicméně funguje i jako sběrný systém, tudíž cesta k rozšiřování a zlepšování modelu je otevřená.
|
|
|
Návrh a implementace systému rozpoznávání druhů kobylek na základě jejich zvukových projevů
Schwarz, Jan ; Peterek, Nino (vedoucí práce) ; Hlaváčová, Jaroslava (oponent)
Ze strany biologů vzešel nápad na vytvoření systému na rozpoznávání druhů kobylek podle stridulací nahraných v terénu. V této práci se zabýváme rozlišením prozatím pěti druhů kobylek vyskytujících se na území České republiky za pomoci volně dostupného nástroje na rozpoznávání řeči HTK. Kromě samotného akustického modelu je součástí práce i internetové rozhraní, které pořízenou nahrávku vyhodnotí a výsledek zaznamená pro další zpracování. V současné fázi máme vytvořený model založený na omezeném počtu trénovacích nahrávek, který dává uspokojivé výsledky. Internetové rozhraní nicméně funguje i jako sběrný systém, tudíž cesta k rozšiřování a zlepšování modelu je otevřená.
|
|
|
Molekulární fylogeneze rodu Geosmithia
Korittová, Celie ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Tomšovský, Michal (oponent)
Rod Geosmithia zahrnuje 11 popsaných a několik desítek dosud nepopsaných druhů hub, které se vyskytují téměř výhradně v požercích podkorního hmyzu (zejména kůrovců). V rámci předkládané diplomové práce byla provedena fylogenetická analýza na základě sekvencí čtyř genů kódujících proteiny, konkrétně TEF-1, RPB2, Mcm7 a Tsr1. Tato analýza potvrdila, že ekologické strategie geosmithií (tzn. vazba na listnáče či jehličnany a adaptace na symbiózu s ambrosiovými brouky) se vyvinuly několikrát opakovaně. Na základě získaného fylogenetického stromu jsem rozlišila 51 druhů (ve smyslu "Genealogical Concordance Phylogenetic Species Recognition"). Dále jsem testovala schopnost těchto genů sloužit jako "barcode" pro identifikaci blízce příbuzných druhů geosmithií.
|
|
|
Identifikace organismů pomocí analýzy nukleotidových denzitních vektorů
Maděránková, Denisa ; Babula, Petr (oponent) ; Schwarz, Daniel (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Většina metod pro analýzu genomických dat pracuje se sekvencemi v jejich symbolickém zápisu. Genomické sekvence lze považovat za formu biologického digitálního signálu, který je možné analyzovat metodami zpracování digitálních signálů. Sekvence v symbolickém zápisu však musí být před zpracováním převedeny do vhodného numerického formátu. Tato dizertační práce představuje metodu numerické reprezentace genomických dat, nukleotidové denzitní vektory, a jejich využití k molekulární identifikaci organismů. V současnosti populární DNA barcoding je přístup molekulární identifikace organismů na základě porovnávání krátkých sekvencí určitého úseku mitochondriálního genomu. V této dizertační práci navržená metoda identifikace organismů na základě porovnávání nukleotidových denzitních vektorů byla testována na rozsáhlém souboru DNA barcodingových sekvencích. Navržený způsob identifikace do druhů byl dále rozšířen a otestován na vyšší taxonomické skupiny jako je čeleď. Dále také byly pro testovací data zkonstruovány a porovnány dendrogramy ze standardně používaných evolučních vzdáleností a vzdáleností mezi nukleotidovými denzitními vektory.
|
|
|
Analýza mitochondriálních genů živočichů pro DNA barcoding
Brabencová, Klára ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato diplomová práce obsahuje literární rešerši na téma mitochondriální genom a DNA barcodingu. Praktická část se zabývá sestavením datasetu mitochondriálních sekvencí z databáze GenBank a vytvořením funkce pro extrakci jednotlivých genů, které jsou obsaženy v mitochondriálním genomu. Tato funkce byla vytvořena v programovém prostředí Matlab. DNA barcoding je metoda, která vytvořením čárového kódu života přiřadí každému živočišnému druhu na Zemi jeho specifickou a unikátní značku, podle které by mohl být daný jedinec snadno a rychle identifikován. Neexistuje ucelená práce zkoumající vhodnost jednotlivých mitochondriálních genů. Proto tato práce zkoumá potenciály ostatních mitochondriálních genů a hodnotí jejich účinnost pro DNA barcoding výpočtem jejich vnitrodruhových a mezidruhových variabilit.
|
|
|
Aplikace barcodingu na rod \kur{Folsomia} (Collembola) a mitochondriální genom \kur{F. candida}
SLÁMOVÁ, Martina
Testovali jsme použití molekulárního markeru COI pro při identifikaci druhů rodu Folsomia (Collembola). Marker byl úspěšně amplifikován a osekvenován. Dendrogram konstruovaný metodou Neighbor-Joining s modelem Kimura-2-Paremeter rozdělil testované jedince do očekávaných skupin a vysoká vnitrodruhová variabilita F. quadriocullatat ukazuje na existenci kryptických druhů. Dále jsme získali 65 % mitochondriálního genomu F. candida, kde jsme identifikovali 16 genů pro tRNA, 9 genů kódujících proteiny a 2 geny pro rRNA. Pozice všech nalezených genů se shodují s pořadím zjištěným u G. hodgsoni, a jejich charakteristika se výrazně neodlišuje od ostatních mitochondriálních genomů zastupců řádu Collembola.
|
|
|
Identifikace druhů a molekulární taxonomie bejlomorek (\kur{Cecidomyiidae})
STROUHALOVÁ, Renata
Byly testovány čtyři molekulární markery ke zjištění jejich využití pro identifikaci druhů čeledi Cecidomyiidae. Dva z nich byly úspěšně naamplifikovány, mitochondriální gen COI a nukleární fragment ITS1. Následné analýzy vnitrodruhové a mezidruhové variability nám umožnily vyřešit několik taxonomických nejasností. Oba markery se ale zdají dosti variabilní pro spolehlivé rozdělení bejlomorek na rodové a druhové úrovni.
|
host ::
RSS.